View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12671_low_14 (Length: 371)

Name: NF12671_low_14
Description: NF12671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12671_low_14
NF12671_low_14
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-355)||(15646058-15646412)
chr4 (15-357)||(17823671-17824013)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-355)||(21967570-21967924)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-352)||(17150705-17151056)
chr3 (8-352)||(3517668-3518012)
chr3 (15-307)||(23824558-23824850)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-352)||(18292291-18292642)
chr6 (9-349)||(2897189-2897529)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-352)||(12124562-12124913)
chr7 (15-355)||(591102-591442)
chr7 (15-322)||(47556280-47556587)
chr7 (15-307)||(22862686-22862978)
chr7 (59-295)||(20694967-20695203)
chr7 (59-295)||(20700445-20700681)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (15-322)||(49905-50212)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (60-291)||(221672-221903)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (45-322)||(10798605-10798882)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 15646412 - 15646058
Alignment:
Q  1 catgaatcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattata 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15646412 catgagtcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgcccccgaagattgcaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatt 15646313  T
Q  101 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  15646312 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggatcccacaccgtaattataccaccagaa 15646213  T
Q  201 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646212 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagagcgacacacgaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 15646113  T
Q  301 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctcttctc 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15646112 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctcttctc 15646058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 17824013 - 17823671
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgacc 114  Q
    |||||||| || ||||||||||||  |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  |||| ||    
T  17824013 aaattagagaccgcatcccacaaaacctgacgtcccctattattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacatttcattattttttaagaacgtcc 17823914  T
Q  115 ccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagc 214  Q
    |||| |||||||| ||||  | ||  || || |||| |||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||  |||||| ||     
T  17823913 ccttgatcatcaagcaatttgcaatgtttacagtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataataccaccagatgcgtcaactgaaga 17823814  T
Q  215 tttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacactgacggt 314  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||||||||| |||     
T  17823813 tttaaaagaaaaggccattggagcagacccccatagagaacgacacaaaaattcatcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataacactgtcggc 17823714  T
Q  315 ttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctcttctctg 357  Q
    |||||||| | ||| |  |||  || |||||||||||||||||    
T  17823713 ttcctctcagaaaccaacctattaatctccctcctcttctctg 17823671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 21967570 - 21967924
Alignment:
Q  1 catgaatcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattata 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  21967570 catgaaccaagaataaattagaaacagcttcccacaaactctgacgccccctagaattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacacttcattatt 21967669  T
Q  101 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaa 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  21967670 attaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgtgaaatattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggatcccacaccgtaataataccaccagag 21967769  T
Q  201 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21967770 gcaccaactgcagctttgaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccacttccaactttgattcttgcaaac 21967869  T
Q  301 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctcttctc 355  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21967870 ataacactgacggtttccgctcggcaacaagtcgaagaacctccctcctcttctc 21967924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 17151056 - 17150705
Alignment:
Q  1 catgaatcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattata 100  Q
    |||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  17151056 catgaaccaagaacaaattagagacagcttcccacaaactctgacgccccctaatattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacacttcattatt 17150957  T
Q  101 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaa 200  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||  | ||  || |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  17150956 tttaataaacaaccccttgatcatcaaacaatttgcaatgtttaccgtcaaccaaacatccaacacattaggatcccacaccgtaataataccaccagat 17150857  T
Q  201 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 300  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  17150856 gtaccaactgaaggtttaaaagaaaaagccataggatcaggcccccaaatagatcgacacaagaactcatcaaccacttccaacttcgattcttgtaaac 17150757  T
Q  301 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctctt 352  Q
    |||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||    
T  17150756 ataacattgacggcttcctctcgacaactagtctattaacctccatcctctt 17150705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Original strand, 3517668 - 3518012
Alignment:
Q  8 caagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaata 107  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||    
T  3517668 caagaataaattagagatagcttcccacaaaatctggcgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcatgatttttaata 3517767  T
Q  108 aacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaa 207  Q
    ||||||||||| || ||||||||||  | || ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||  ||||||    
T  3517768 aacgaccccttgattatcaaacaatttgcaatatttaccgtcaaccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagacacaccaa 3517867  T
Q  208 ctgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacac 307  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||    
T  3517868 ctgaagatttaaaagaaaaagccatgggatcaggcccccaaagagaacgacacaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttgtaaacataacac 3517967  T
Q  308 tgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctctt 352  Q
    |||||| ||||||||||| || | |||   |||||||||||||||    
T  3517968 tgacggcttcctctcggcgactaatctgttaacctccctcctctt 3518012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 307
Target Start/End: Original strand, 23824558 - 23824850
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcatta-tatttaataaacgac 113  Q
    |||||||| || |||||||||||   |||||| || |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |    
T  23824558 aaattagagaccgcatcccacaagacctgacgtcctctattattacaaggagcatatatatttgccaaacaaaacacttcattattatttaa-aaacgtc 23824656  T
Q  114 cccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcag 213  Q
    || ||||||||||| ||||  | ||| || || |||| |||||||||||  ||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||    
T  23824657 cctttaatcatcaagcaatttgcaaagtttacagtcacccaaacatccaacacactagggtcccacacagtaataataccaccagaagcgccaactgaag 23824756  T
Q  214 ctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacac 307  Q
     |||||||||||| ||||| || ||||||||||| | |||||||||||| || || ||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||||    
T  23824757 atttaaaagaaaaggccattgggtcagacccccatagagaacgacacaaaaattcgtcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataacac 23824850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 168; Significance: 6e-90; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 18292642 - 18292291
Alignment:
Q  1 catgaatcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattata 100  Q
    |||||| |||||| |||||||| | ||| ||||||||| |||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||     
T  18292642 catgaaccaagaacaaattagagatagcttcccacaaaatctggcgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcatgatt 18292543  T
Q  101 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaa 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||  || ||||||| |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||     
T  18292542 tttaataaacgaccccttgatcatcaaacaatttgcaatgtttaccgtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagac 18292443  T
Q  201 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 300  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| || |||||||| ||||    
T  18292442 gcaccaactgaagatttaaaataaaaagccatgggatcaggcccccaaatagaacgacagaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttgtaaac 18292343  T
Q  301 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctctt 352  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | |||   |||||||||||||||    
T  18292342 ataacactgacggcttcctctcggcaactaatctgttaacctccctcctctt 18292291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 349
Target Start/End: Original strand, 2897189 - 2897529
Alignment:
Q  9 aagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataa 108  Q
    ||||| ||||||||||  || ||||||||| | || |||||||||  ||| ||||||||||||| |||  | |||||||||| ||| | ||  |||||||    
T  2897189 aagaacaaattagaaatggcttcccacaaaatttgtcgccccctattattgcaaggagcataaacattaactaaacaaaacatttcgtgattcttaataa 2897288  T
Q  109 acgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaac 208  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  | || ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||| |||||||||||||  || ||||||||    
T  2897289 acgaccccttgatcattaaacaatttgcaatatttaccgtcaaccaaacatccaaaacactaggatcccacacagtaataataccacctgacgcaccaac 2897388  T
Q  209 tgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacact 308  Q
     | || |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||| | |||||||| |    
T  2897389 agaaggtttaaaagaaaaggccatgggatcaggcccccaaatagatcgacacaagtactcatcaaccacttccaccttcgattcttgtacacataacatt 2897488  T
Q  309 gacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcct 349  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||   ||||||||||||    
T  2897489 gacggcttcctctcggcaactaatctgttaacctccctcct 2897529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 12124562 - 12124913
Alignment:
Q  1 catgaatcaagaataaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattata 100  Q
    |||||| |||||| |||||||| | ||| |||||||||  ||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  12124562 catgaaccaagaacaaattagagatagcttcccacaaaagctggcgccccctattattgcaaggagcataaatatttaccaaacaaaacatttcattatt 12124661  T
Q  101 tttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaa 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||  || ||||||| |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||     
T  12124662 tttaataaacgaccccttgatcatcaaacaatttgtaatgtttaccgtcatccaaacatccaacacactaggatcccacaccgtaataatgccaccagac 12124761  T
Q  201 gcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaac 300  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| ||||    
T  12124762 gcaccaactgaagatttaaaagaaaaagcaatgggatcaagcccccaaatagaacgacacaagtactcatcaaccacttccaatttcgattcttgtaaac 12124861  T
Q  301 ataacactgacggtttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctctt 352  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||| | |||   |||||||||||||||    
T  12124862 ataacactaacggcttcctctcggcaactaatctgttaacctccctcctctt 12124913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 355
Target Start/End: Original strand, 591102 - 591442
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgacc 114  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| | ||| | ||||||||    
T  591102 aaattagatacagcctcccacaacatctgtcgccccctaatattagaaggagcataaatgtttgccaaacaaaacatgtcattgttttttaaaaacgacc 591201  T
Q  115 ccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagc 214  Q
    |||| |||||||| ||||  | || ||| || |||| |||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||     
T  591202 cctttatcatcaagcaatttgcaatatttacagtcatccaaacatccagcacactaggatcccacaccgtaataataccaccagacgcaccaactgaaga 591301  T
Q  215 tttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacactgacggt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| | |||||| | ||||||||||| | |     
T  591302 tttaaaagaaaaagccataggagtaggtccccatatagaacgacacaaaaactcatcaaccacctccaacttcgtttcttgtagacataacactgtcagc 591401  T
Q  315 ttcctctcggcaacaagtctaagaacctccctcctcttctc 355  Q
    ||||| |||||||| || ||| ||| |||||||||||||||    
T  591402 ttcctttcggcaactagcctatgaatctccctcctcttctc 591442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 322
Target Start/End: Original strand, 47556280 - 47556587
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgacc 114  Q
    |||||||| | || |||||||||   ||| |||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |   | ||| || |    
T  47556280 aaattagacaaagaatcccacaacacctgtcgccccctactatcacaaggagcataaatattcgccaaacagaacacctcattatttgctacaaaggagc 47556379  T
Q  115 ccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagc 214  Q
    | ||||  ||||||||||  | || ||| || | |||||| |||||||  |||  ||||| ||||| ||| |||||||| | ||||||||| |||| |||    
T  47556380 ctttaacaatcaaacaattagcaatatttactgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaacgtgataatacctccagaagcaccgactgaagc 47556479  T
Q  215 tttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacactgacggt 314  Q
    |||||| ||| |||||||   ||||| |||||| |  ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| || ||||| | ||||||||| | ||||    
T  47556480 tttaaaggaataagccatcaaatcagccccccataaggaacgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataacaccgccggt 47556579  T
Q  315 ttcctctc 322  Q
    || |||||    
T  47556580 tttctctc 47556587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 22862978 - 22862686
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgacc 114  Q
    |||||||| | || |||||||||   ||| |||||||||  || ||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| | | | ||| || |    
T  22862978 aaattagacaaagaatcccacaacacctgtcgccccctactatcacaagaagcataaatattcgccaaacagaacacctcattatttgttacaaaggagc 22862879  T
Q  115 ccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagc 214  Q
    | ||||  ||||||||||    || ||| || | |||||| |||||||  |||  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||    
T  22862878 ctttaacaatcaaacaattatcaatatttactgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaccgtaataatacctccagaagcaccgactgaagc 22862779  T
Q  215 tttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacac 307  Q
    |||||| ||| |||||||   ||||| |||||| |  || |||||||| |||||||| |||||  ||||||| || ||||| | |||||||||    
T  22862778 tttaaaggaataagccatcaaatcagccccccataaggagcgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataacac 22862686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 20695203 - 20694967
Alignment:
Q  59 acaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaaca 158  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||||| |||| ||| ||| |  |||  ||| ||||  ||||||||||    || ||| ||||||| |||||||    
T  20695203 acaaggggcataggtattagccaaacaaaacaattcactattttttaagaacctccctttaacaatcaaacaattaacaatattcaccgtcacccaaaca 20695104  T
Q  159 tccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgac 258  Q
    ||||  ||| |||  | |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |  |||||||    
T  20695103 tccaacacactagagtcccacactgtaataataccaccagacgcaccaactgaaggtttaaaagaaaaagccatcggaccagatccccacaacgaacgac 20695004  T
Q  259 acaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttg 295  Q
    | |||| ||||   |||||  ||||||| ||||||||    
T  20695003 ataagacctcactcaccacctccaacttagattcttg 20694967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 59 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 20700681 - 20700445
Alignment:
Q  59 acaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaaca 158  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||||| |||| ||| ||| |  |||  ||| ||||  ||||||||||    || ||| ||||||| |||||||    
T  20700681 acaaggggcataggtattagccaaacaaaacaattcactattttttaagaacctccctttaacaatcaaacaattaacaatattcaccgtcacccaaaca 20700582  T
Q  159 tccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgac 258  Q
    ||||  ||| |||  | |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |  |||||||    
T  20700581 tccaacacactagagtcccacactgtaataataccaccagacgcaccaactgaaggtttaaaagaaaaagccatcggaccagatccccacaacgaacgac 20700482  T
Q  259 acaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttg 295  Q
    | |||| ||||   |||||  ||||||| ||||||||    
T  20700481 ataagacctcactcaccacctccaacttagattcttg 20700445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 50212 - 49905
Alignment:
Q  15 aaattagaaacagcatcccacaaactctgacgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgacc 114  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |  ||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||    
T  50212 aaattagagacagcgtcccacagaacctgtcgccccctattatcacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattattttttatgaacgtcc 50113  T
Q  115 ccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagc 214  Q
    | || || ||||| ||||  | ||  || || |||| |||||||| ||  ||| |||||| ||| ||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||     
T  50112 ctttgattatcaagcaatttgcaatgtttacagtcatccaaacattcaacacactaggatcccataccgtaataatgccaccagacgcaccaactgaaga 50013  T
Q  215 tttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacactgacggt 314  Q
    ||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||| || |||     
T  50012 tttaaaataaaagcccattggagcagacccccactgagagcgacacaagaactcatcaaccacctccaacttcgattcttgtatacataacaatgtcggc 49913  T
Q  315 ttcctctc 322  Q
    ||||||||    
T  49912 ttcctctc 49905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 60 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 221903 - 221672
Alignment:
Q  60 caaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaaccgtcaaccaaacat 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||  ||| || |  || |||||||  | || ||| || |  ||||| ||||    
T  221903 caaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattactttttatgaacttccctttcacaataaaacaattagcaatatttactgataaccagacat 221804  T
Q  160 ccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagacccccaaatagaacgaca 259  Q
    |||| ||| |||||| |||||| || |||||||| | ||| |||||||| | || |||| ||||||| ||||  ||||||  |||||| |  || |||||    
T  221803 ccaccacactaggatcccacacagtgataatacctccagaggcaccaacagaaggtttataagaaaaggccaacggatcatccccccacaacgatcgaca 221704  T
Q  260 caagaactcatcaaccactgccaactttgatt 291  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  221703 caagaactcatcaaccacctccaacttcgatt 221672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 45 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10798882 - 10798605
Alignment:
Q  45 cgccccctaagattacaaggagcataaatatttgccaaacaaaacacttcattatatttaataaacgaccccttaatcatcaaacaatgcgaaaaattaa 144  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||| |   | ||| || || ||||  ||||||||||    || ||| |    
T  10798882 cgccccctactatcacaaggagcataaatattcgccaaactgaacacctcattatttgctacaaaggagcctttaacaatcaaacaattatcaatattta 10798783  T
Q  145 ccgtcaaccaaacatccactacattaggattccacaccgtaataataccactagaagcaccaactgcagctttaaaagaaaaagccataggatcagaccc 244  Q
    | | |||||| |||||||  |||  ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||   ||||| |||    
T  10798782 ctgacaaccagacatccaacacagaaggatcccacaccgtgataatacctccagaagcaccgactgaagctttaaaggaataagccatcaaatcagcccc 10798683  T
Q  245 ccaaatagaacgacacaagaactcatcaaccactgccaactttgattcttgcaaacataacactgacggtttcctctc 322  Q
    ||| |  ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| || ||||| | ||||||||| | |||||| |||||    
T  10798682 ccataaggaacgacacaaaaactcatccaccacctccaacttcgactcttgaatacataacaccgccggttttctctc 10798605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University