View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12671_low_2 (Length: 745)

Name: NF12671_low_2
Description: NF12671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12671_low_2
NF12671_low_2
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (15-732)||(11014947-11015664)
chr3 (27-716)||(11005397-11006089)
chr3 (17-732)||(11023959-11024674)
chr3 (258-732)||(47451353-47451836)
[»] chr4 (57 HSPs)
chr4 (274-685)||(48852825-48853239)
chr4 (299-672)||(45371593-45371963)
chr4 (298-628)||(48147279-48147609)
chr4 (416-652)||(49043704-49043940)
chr4 (298-621)||(45365787-45366116)
chr4 (361-565)||(48156052-48156262)
chr4 (294-672)||(48903119-48903497)
chr4 (488-666)||(48870921-48871099)
chr4 (488-666)||(48876225-48876403)
chr4 (488-564)||(7790441-7790517)
chr4 (443-555)||(49038511-49038623)
chr4 (288-406)||(48705170-48705288)
chr4 (488-666)||(48886607-48886785)
chr4 (484-545)||(7773468-7773529)
chr4 (484-545)||(7878740-7878801)
chr4 (487-627)||(48864395-48864535)
chr4 (294-386)||(49043997-49044089)
chr4 (364-466)||(43596153-43596255)
chr4 (488-564)||(7908663-7908739)
chr4 (488-558)||(7813838-7813908)
chr4 (492-564)||(7771760-7771832)
chr4 (419-527)||(49048216-49048323)
chr4 (79-122)||(48735423-48735466)
chr4 (488-558)||(7800998-7801068)
chr4 (485-531)||(45384549-45384595)
chr4 (161-222)||(49044140-49044201)
chr4 (162-222)||(48852734-48852794)
chr4 (487-559)||(48863625-48863697)
chr4 (52-142)||(48891385-48891472)
chr4 (79-122)||(48147758-48147801)
chr4 (382-545)||(50666561-50666733)
chr4 (437-545)||(7237386-7237500)
chr4 (80-138)||(7877727-7877785)
chr4 (79-133)||(48170592-48170646)
chr4 (79-125)||(48902929-48902975)
chr4 (298-379)||(7765804-7765885)
chr4 (173-222)||(7877807-7877856)
chr4 (173-222)||(7908398-7908447)
chr4 (345-458)||(45384634-45384747)
chr4 (182-223)||(48705329-48705370)
chr4 (182-223)||(48735352-48735393)
chr4 (82-138)||(7908325-7908381)
chr4 (281-475)||(37826709-37826909)
chr4 (488-527)||(7766003-7766042)
chr4 (435-474)||(7878048-7878087)
chr4 (72-119)||(48156465-48156512)
chr4 (488-531)||(48861649-48861692)
chr4 (80-122)||(7237764-7237806)
chr4 (80-122)||(7771396-7771438)
chr4 (80-122)||(7773858-7773900)
chr4 (80-122)||(7790081-7790123)
chr4 (177-222)||(7773776-7773821)
chr4 (298-379)||(7786626-7786707)
chr4 (488-545)||(7786825-7786882)
chr4 (77-122)||(48875841-48875886)
chr4 (350-466)||(50250454-50250572)
chr4 (426-479)||(50669378-50669431)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (298-672)||(21015992-21016366)
chr6 (296-405)||(21979420-21979529)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (538-679)||(4030297-4030438)
chr8 (332-527)||(4962180-4962385)
chr8 (486-531)||(4031583-4031628)
chr8 (596-672)||(15349352-15349428)
chr8 (275-386)||(4031711-4031822)
chr8 (162-218)||(4031858-4031914)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (298-532)||(179220-179463)
chr5 (301-621)||(9119928-9120257)
chr5 (479-531)||(29688481-29688533)
chr5 (487-531)||(42561990-42562034)
chr5 (175-222)||(179112-179159)
chr5 (301-384)||(29696401-29696484)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (538-679)||(29350833-29350974)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (493-554)||(24367531-24367592)
chr1 (353-545)||(24340634-24340829)
chr1 (353-545)||(24352999-24353194)
chr1 (486-545)||(24310575-24310634)
chr1 (486-545)||(24416137-24416196)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (486-545)||(48884183-48884242)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 11015664 - 11014947
Alignment:
Q  15 tggacatcacaaacaaataccttttcctgcttccaatttagatgccaaatattcatgttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattac 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11015664 tggacatcacaaacaaataccttttcctgcttccaatttagatgccaaatattcatgttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattac 11015565  T
Q  115 ttggtggtatccgtgtcctataatacaagtatagacccagtagaagataatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacg 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11015564 ttggtggtatcagtgtcctataatacaagtatagacccagtagacgataatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacg 11015465  T
Q  215 aaattgagtgtcctggatttgtaaagtataatcacttcccttattatatgaatgcaaatgatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11015464 aaattgagtgtcctggatttgtaaagtataatcacttcccttattatatgaatgcaaatgatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattca 11015365  T
Q  315 ttggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11015364 ttggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgac 11015265  T
Q  415 tatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaataca 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11015264 tatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaataca 11015165  T
Q  515 aagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattat 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11015164 aagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtattatcccccaatatgctctacaaaaagtggtggtattat 11015065  T
Q  615 tggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgctcatactttaacgatccatgtgccctagtggctatg 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11015064 tggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgctcatactttaacgatccatgtgccctagtggttatg 11014965  T
Q  715 tacacagagtctctgctt 732  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11014964 tacacagagtctctgctt 11014947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 11006089 - 11005397
Alignment:
Q  27 acaaataccttttcctgcttccaatttagatgccaaatattcatgttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatcc 126  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  11006089 acaaataccttttcctccttccaatttagatgcaaaatatgtatgttgtctatatggttttgggtatgaccattcaagagatgattacttggtggtatca 11005990  T
Q  127 gtgtcctataatacaagtatagacccagtagaagataatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgagtgtc 226  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11005989 gtgtcctatgataaaagtgtagacccaattgaagataatatttcatcacgtttgaagtttttctcattgagagcgaatacatggaaagaaattgagtgtc 11005890  T
Q  227 ctggatttgtaaagtataatcacttcccttattatatgaatgcaaatgatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattcattggttctcttt 326  Q
     |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11005889 atggattggtgaagtatactcacttcccttattatatgaatgcaaatgatgatcccaaggtagggacgctttttaatgggactattcattggttctcttt 11005790  T
Q  327 tcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctata 426  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  11005789 tcgccatgatttgtcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttagagatgccttttccatatggttttgatcatgaacctata 11005690  T
Q  427 gattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgt 526  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11005689 gattgtgatttgtggatatttggagaatttcttagtctatgggctatgggggatgaaacaattgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgt 11005590  T
Q  527 cttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatgg 626  Q
    |||||  |||  |||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||| |||| |||||||||| | ||||| |||||  ||||||||| ||||||||    
T  11005589 cttggactaaggctcttgtcttatctattgatggcatttgcattcagtacgatccgccaatatgctttacaaaatgtggtcatattattgggacaaatgg 11005490  T
Q  627 tggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgctcatactttaacgatccatgtg---ccctagtggctatgta 716  Q
    ||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||   ||||| ||||||||||    
T  11005489 tggtactggattggtgaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaaccgctcatactataacgaaccatgtggacccctactggctatgta 11005397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 11024674 - 11023959
Alignment:
Q  17 gacatcacaaacaaataccttttcctgcttccaatttagatgccaaatattcatgttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattactt 116  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11024674 gacatcacaagaaaataccatttcctccttccaatttagatgccaaatattcatgttgtctatatggttttgggtatgaccattcaagagatgattactt 11024575  T
Q  117 ggtggtatccgtgtcctataatacaagtatagacccagtagaagataatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaa 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| | | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11024574 ggtggtatcagtgtcctatgataagagtatagacctaattgaagaaaatatttcatcacatttgaagtttttctctttgagagctaatacatggaacgaa 11024475  T
Q  217 attgagtgtcctggatttgtaaagtataatcacttcccttattatatgaatgcaaatgatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattcatt 316  Q
    |||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  11024474 attgagtgtcttggattggtgaagtataagcacttcccttattatatgaatgtaaatgatgatcccacagtagggacactctttaatgggaatattcatt 11024375  T
Q  317 ggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgacta 416  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  11024374 ggttctcttttcgcaatgatttatcaatggatgttattattgcctttgatttagtggaaagggaacttttggagatgccttttccagatggttttgatca 11024275  T
Q  417 tgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaa 516  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11024274 tgaacctatggattgtgatttgtggatatttggagaatttctcagtctatgggctatggggggtgtaacaattgaaatatgggttatgaaagaatacaaa 11024175  T
Q  517 gtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattg 616  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  11024174 gtgcattcgtcttggactaagactcttgtcctatctattgattacatttacattcagtatgatcccccaatatgctctacaaaatgtggtcatattattg 11024075  T
Q  617 gaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgctcatactttaacgatccatgtg---ccctagtggctat 713  Q
    |||||||||||  |||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    |||||| |||||    
T  11024074 gaacaaatggtactgg---attggtgaagtatgatggcaatggtcagctgctagaaaatcgctcatactataacgatccatgtggacgcctagtagctat 11023978  T
Q  714 gtacacagagtctctgctt 732  Q
    ||| |||||||| ||||||    
T  11023977 gtatacagagtccctgctt 11023959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 258 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 47451836 - 47451353
Alignment:
Q  258 ttatatgaatgcaaatgatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgtt 357  Q
    |||||||||| ||  ||||||||| | |||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| |    
T  47451836 ttatatgaattcatgtgatgatcctagagtagggtggctcttcaatggggctatttattggttggcttttcgtcatgatatatccatgaatgttattgct 47451737  T
Q  358 ggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttc 457  Q
    |  ||||||||| ||||||| ||| |||| ||  || |||| ||||||| ||||||| |||||||||   |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  47451736 gcatttgatttaatggaaagaaaatttttagatgtgaatttgccagatgattttgaccatgaacctaccaattgtggtttgtgggtatttggagaatttc 47451637  T
Q  458 taagtctatgggctatgg------aggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatc 551  Q
    | |||||| ||| | |||      |  |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||| ||  |    
T  47451636 ttagtctaagggttctggattgtcataatgatatagttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagttaattcgtcttgggaaaagactcttgttcttcc 47451537  T
Q  552 tattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgat 651  Q
    |||||||| |||| ||  | |||||| |  |||  ||  |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |   | |||||| |||||| ||    
T  47451536 tattgatggcattccctctcagtacttttaccccttaacctctacaaaaagtggtgatattattggaacagatgatgataccggattggttaagtataat 47451437  T
Q  652 ggcaatggtcagttgctagagaatcgctcatactttaacgatccatgtg---ccctagtggctatgtacacagagtctctgctt 732  Q
    | ||| || |||||| ||||| |||| || || | ||||||||||||||    || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47451436 gacaaaggacagttgttagagcatcgttcctattgtaacgatccatgtggatgccaagtggttatgtacacagagtctctgctt 47451353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 57)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 274 - 685
Target Start/End: Original strand, 48852825 - 48853239
Alignment:
Q  274 gatgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggat---gttattgttggctttgatttag 370  Q
    |||||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| ||   |||||||| | ||||||||||     
T  48852825 gatgatcccagagtagggtcgctttttaatggggctattcattggttggcttttcgtcatgatttaccaatgaataatgttattgtggcctttgatttaa 48852924  T
Q  371 tggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggc 470  Q
    |||||||||||||||| ||| ||  ||| || |||| |||| || |||||||||   |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||     
T  48852925 tggaaaggaaacttttagagttgtctttgccggatgatttttaccatgaacctacctattgcgatttgtgggtatttagagaatttctaagtatatgggt 48853024  T
Q  471 tatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccatt 570  Q
     |||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||| || ||| ||  |  |||| ||| |    
T  48853025 catgggggatgatacagttgaaatatgggtcatgaaagaatacaaagtgcgttcgtcttggactaagactcttgttctttcttttagttccattcccact 48853124  T
Q  571 gagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctag 670  Q
     | |||| | |||||||||| | | |||| ||||||| ||||||||||||  |||||| | ||| |||||| |||||||||||| | || || |||||||    
T  48853125 cactacttttccccaatatgttgtacaaagagtggtgatattattggaacggatggtgatagtggattggtgaagtatgatggcgaaggacatttgctag 48853224  T
Q  671 agaatcgctcatact 685  Q
    || | ||||| ||||    
T  48853225 agcaccgctcctact 48853239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 299 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 45371963 - 45371593
Alignment:
Q  299 ttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattt 398  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  |||    
T  45371963 ttaatggggctatttattggttgtcttttcgtcatgatttatcgatgagtgttattcttgcctttgatttaatggaacggaaacttttagagatgtcttt 45371864  T
Q  399 tccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgg 498  Q
     || ||||||||||||  ||  |||| | |||||||||| ||| |||| ||| ||||||| ||||| ||||||| | |||| |  |||||||||||||||    
T  45371863 gcctgatggttttgaccctggtcctacatattgtgatttttgggtattcggaaaatttctcagtctttgggctaagaaggaagatacagttgaaatatgg 45371764  T
Q  499 gttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaa 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||  |||| |||| | || | | |  ||||| | ||||| | || | | |||    
T  45371763 gttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggactaagacttttgttcttcctatcgatggcgttccaactcggtacttttccccattgtgttgtacaa 45371664  T
Q  599 aaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagag 672  Q
    |||| |||| ||| ||||||||| ||||| ||||   |||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  45371663 aaagcggtgatataattggaacagatggtcgtgg---attggtgaagtatgatgacaatggacagtttctagag 45371593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 298 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 48147609 - 48147279
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcatt 397  Q
    |||| |||| |||||||||||||  |||||| | |||||||| ||| |||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||    
T  48147609 tttagtggggctattcattggttggcttttcacaatgatttagcaagggatgttattattgcatttgatttaatggaaaggagacttttagagatgcctt 48147510  T
Q  398 ttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatg------gaacagttga 491  Q
    ||||||||||||||| |  |||| ||  | || || |||||||| |||||||| ||||||| ||||||  || ||||||  |||      | | ||||||    
T  48147509 ttccagatggttttggccttgaatctgaatatagtcatttgtgggtatttggacaatttctcagtctaacgggtatggatcatgacaatagcagagttga 48147410  T
Q  492 aatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgc 591  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||    | |||||||||| |||| ||      |||| | |||| ||||||    
T  48147409 aatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggactaagactcttaatttgtctattgatggcattccc------tacttttcccctatatgc 48147316  T
Q  592 tcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtg 628  Q
    ||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  48147315 tccacaaaaagtggtgacattattggaacaaatggtg 48147279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 416 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 49043940 - 49043704
Alignment:
Q  416 atgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaa 515  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| ||||| |||   || |||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49043940 atgaacctacagattgtgatttgtgggtatttggtgaacttcttagtgtatggactagacagaatgatatagttgaaatatgggtgatgaaagaatacaa 49043841  T
Q  516 agtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattatt 615  Q
    |||||||||||| |||  ||| ||||||||  | |||||||||| |||| ||| | | ||||   | |||||||| | | |||||| ||||| |||||||    
T  49043840 agtgcattcgtcatggactaagactcttgttttttctattgatgtcattcccactcattacttcgctccaatatgttgtacaaaaattggtgatattatt 49043741  T
Q  616 ggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatg 652  Q
    |||||  ||||||  | || |||||| ||||||||||    
T  49043740 ggaactgatggtgaagttggattggtgaagtatgatg 49043704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 298 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 45366116 - 45365787
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcatt 397  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||  | || |||   | ||||||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||  | || ||||    
T  45366116 tttaatggggctattcattggtttgcttttcatcttggtttgcgattggatgttattatttcctttgatttaatcgaaaggaaacttttttatattcatt 45366017  T
Q  398 ttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatg-----ga-acagttga 491  Q
    |||||||||  ||| ||  |||||||   ||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||| | |||||||||||  |||     || ||||||||    
T  45366016 ttccagatgagtttaaccgtgaacctcacgattgtggtttgtgggtatttggagaatttttcagtttttgggctatggattatgataatgatacagttga 45365917  T
Q  492 aatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgc 591  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||   || ||||  || ||  ||||||||| |||| ||| | | |||| | ||||  |||||    
T  45365916 aatatgggtgatgaaagaatataaagtgcgttcgtcttggacaaagactcacgttcttcctattgatggcattcccactcaatacttttcccctttatgc 45365817  T
Q  592 tcttcaaaaagtggtggtattattggaaca 621  Q
    ||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  45365816 tctacaaaaagcggtgatattattggaaca 45365787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 361 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 48156262 - 48156052
Alignment:
Q  361 tttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacct-atagattgtgatttgtggatatttggagaatttcta 459  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| || ||  | || ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  48156262 tttgatttaatggatcggaaacttttagagatgccttttcctgatggttttcaccatacaactgata-attgtaatttgtgggtatttggagaatttctc 48156164  T
Q  460 agtctatgggctatgga---gg---atggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatcta 553  Q
    ||| |||||||| | ||   ||   ||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  |||    
T  48156163 agtttatgggctgttgattgggctaatgaaagagttgaaatatgggtgatgaacgaatacaaagtgcattcttcttggactaaaactcttgtccttccta 48156064  T
Q  554 ttgatgacattt 565  Q
    |||||| |||||    
T  48156063 ttgatggcattt 48156052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 294 - 672
Target Start/End: Original strand, 48903119 - 48903497
Alignment:
Q  294 gctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatg 393  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||  |||||||||  || | |||||||||||| |||||||||| || |||   | ||||| |||||     
T  48903119 gctctttaatggggctattcattagttggcttttcatcatgatttaagaaagaatgttattgttgcctttgatttaatgaaaaaagacctttttgagatt 48903218  T
Q  394 cattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggag---gatggaacagttg 490  Q
    | | | |||  || | | ||||||||| ||| | | |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||    |||   | | |||    
T  48903219 cctctcccacttgatgtggactatgaatctacaaagtgtgatttatgggtatttggagaatttcttagcctatgggctttggattacgataataaatttg 48903318  T
Q  491 aaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatg 590  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |  ||| || |||||   || ||||||||   |||||| || |||||||||    
T  48903319 aaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcatttgtcttggactaaaatttgtgttctgtctat---tggcatttccaccaagtactttcacccaatatg 48903415  T
Q  591 ctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagag 672  Q
     |||||||||| |||||  || ||||||||||| | ||||  |  |||||| |||||| ||| ||| || ||||| ||||||    
T  48903416 ttcttcaaaaaatggtgacatcattggaacaaaagatggtactagattggtgaagtataatgacaaaggacagttcctagag 48903497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 488 - 666
Target Start/End: Original strand, 48870921 - 48871099
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaat 587  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||   || |||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||| || | ||||| |    
T  48870921 ttgaaatgtgggtgatgaatgaatacaaagtgaactcgtcttggacaaagactcttgttctttctgttgatgacatttccgatgagtccttttccccatt 48871020  T
Q  588 atgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttg 666  Q
     |||| | |||||||||||| |||||||||| || || |||||  || |||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  48871021 gtgctgtacaaaaagtggtgatattattggagcacatagtggtattggattggtgaagtatgatgacaatggacagttg 48871099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 488 - 666
Target Start/End: Original strand, 48876225 - 48876403
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaat 587  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||   || |||||||| || ||| ||||||||||||||  ||||| || | ||||| |    
T  48876225 ttgaaatgtgggtgatgaatgaatacaaagtgaactcgtcttggacaaagactcttgttctttctgttgatgacatttccgatgagtccttttccccatt 48876324  T
Q  588 atgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttg 666  Q
     |||| | |||||||||||| |||||||||| || || |||||  || |||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  48876325 gtgctgtacaaaaagtggtgatattattggagcacatagtggtattggattggtgaagtatgatgacaatggacagttg 48876403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 488 - 564
Target Start/End: Original strand, 7790441 - 7790517
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatt 564  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  7790441 ttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggactaaaactcttgttctttctattgatgccatt 7790517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 443 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 49038623 - 49038511
Alignment:
Q  443 tatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactct 542  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  ||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||    
T  49038623 tatttcgagaatttctcagtgtatgggctatggagcgtgctaccgttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagttcattcgtcttggactaagactct 49038524  T
Q  543 tgtcctatctatt 555  Q
    ||| || ||||||    
T  49038523 tgttctgtctatt 49038511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 288 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 48705288 - 48705170
Alignment:
Q  288 agggatgctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttg 387  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||  ||| ||| |||||||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||     
T  48705288 aggggtgctctataatggggctattcattggttggcttatcgtcatgatttacgaaaggatgttattgttgcctttgatttaatggaaagggaacttttt 48705189  T
Q  388 gagatgcattttccagatg 406  Q
    || |||| ||| |||||||    
T  48705188 gatatgcttttgccagatg 48705170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 488 - 666
Target Start/End: Original strand, 48886607 - 48886785
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaat 587  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||   || |||||||| || ||| |||||||||||||   ||||| || | ||||| |    
T  48886607 ttgaaatgtgggtgatgaatgaatacaaagtgaactcgtcttggacaaagactcttgttctttctgttgatgacatttctgatgagtccttttccccatt 48886706  T
Q  588 atgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttg 666  Q
     |||| | |||||||||||| |||||||||| || || |||||  || |||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  48886707 gtgctgtacaaaaagtggtgatattattggagcacatagtggtattggattggtgaagtatgatgacaatggacagttg 48886785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 484 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 7773529 - 7773468
Alignment:
Q  484 acagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  7773529 acagttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggattaaatctcttgt 7773468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 484 - 545
Target Start/End: Original strand, 7878740 - 7878801
Alignment:
Q  484 acagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7878740 acagttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcatcttggattaaaactcttgt 7878801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 487 - 627
Target Start/End: Original strand, 48864395 - 48864535
Alignment:
Q  487 gttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaa 586  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||| ||  ||||||||   ||||||| |  ||||| ||  ||      
T  48864395 gttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggactaagattcttgttcttcctattgattttatttccactcggtactttcttcctt 48864494  T
Q  587 tatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggt 627  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  48864495 tatgctctacaaaaagtggcgatattattggaacagatggt 48864535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 294 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 49044089 - 49043997
Alignment:
Q  294 gctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaactttt 386  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||  | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  49044089 gctctttaatggggctattcactggttggcttttcatcttgatttatcaatgaatgttattgttgcctttgatttaattgaaaggaaactttt 49043997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 364 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 43596255 - 43596153
Alignment:
Q  364 gatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtc 463  Q
    |||||| | ||||| ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  43596255 gatttaattgaaagcaaactcttagagatgctttttcccgatggttttgactatgatcctaaaaattgtgatatgtgggtatttggggaatttcttagtc 43596156  T
Q  464 tat 466  Q
    |||    
T  43596155 tat 43596153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 488 - 564
Target Start/End: Original strand, 7908663 - 7908739
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatt 564  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| || ||| |||||| ||||    
T  7908663 ttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcatcttggaataaaactcttgttctttctgttgatgccatt 7908739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 488 - 558
Target Start/End: Original strand, 7813838 - 7813908
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgat 558  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||| |||||    
T  7813838 ttgaaatatgggtgttgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggaataaaactcttgttctttctgttgat 7813908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 492 - 564
Target Start/End: Original strand, 7771760 - 7771832
Alignment:
Q  492 aatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatt 564  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| || ||| |||||| ||||    
T  7771760 aatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcgtcatggactaaaactcttgttctttctgttgatgccatt 7771832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 419 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 49048323 - 49048216
Alignment:
Q  419 aacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagt 518  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| || || ||||| ||| ||||| ||| | ||||||  | ||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  49048323 aacctacagattgtgatttgtgggtatt-ggtgagtttctcagtgtatggactaagcaggatgatatagttgaaatatgggtgatgaaagagtataaagt 49048225  T
Q  519 gcattcgtc 527  Q
    |||||||||    
T  49048224 gcattcgtc 49048216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 48735466 - 48735423
Alignment:
Q  79 tatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48735466 tatggttttgggtatgaccatttaacagatgattacttggtggt 48735423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 488 - 558
Target Start/End: Original strand, 7800998 - 7801068
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgat 558  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||| |||||    
T  7800998 ttgaaatatgggtgttgaaagattacaaagtgcattcgtcttggaataaaactcttgttctttctgttgat 7801068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 485 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 45384595 - 45384549
Alignment:
Q  485 cagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgg 531  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45384595 cagttgaaatatgggtgatgaaagaatataaagtgcattcgtcttgg 45384549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 161 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 49044201 - 49044140
Alignment:
Q  161 ataatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  49044201 ataatatttcattacatttggagtttttctcattgagagataatagatggaatgaaattgag 49044140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 222
Target Start/End: Original strand, 48852734 - 48852794
Alignment:
Q  162 taatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48852734 taatgtttcatcacatttagagtttttctcattgagagctaatgcatggaaagaaattgag 48852794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 487 - 559
Target Start/End: Original strand, 48863625 - 48863697
Alignment:
Q  487 gttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatg 559  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||    
T  48863625 gttgacatatgggtgatggaagaatacggagtgcattcatcttggattaaaactcttgtgctttctattgatg 48863697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 142
Target Start/End: Original strand, 48891385 - 48891472
Alignment:
Q  52 ttagatgccaaatattcatgttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatccgtgtcctataatacaa 142  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| |||||||    |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||    
T  48891385 ttagatgccaactatttatgttatctatatggttttaggtatgag---ttaagagatgattagttggtggtttcagtgtcctatgatacaa 48891472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 79 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 48147801 - 48147758
Alignment:
Q  79 tatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  48147801 tatggttttgggtatgaccagttaacagatgattacttggtggt 48147758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 382 - 545
Target Start/End: Original strand, 50666561 - 50666733
Alignment:
Q  382 cttttggagatgcattttccagatggt---tttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatgga-- 476  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||   |||| | ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||| | | ||| |||||| ||      
T  50666561 cttttagagatgcctcttccagatggtgattttgtccatgtacctataaattgtgatttgtgggtatttagagagtttcttaatttatcggctattgatt 50666660  T
Q  477 ----ggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
        | |||  ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  50666661 atgtgaatgatacaattgaattatgggtgatgtaagaatacaaagtgcattcatcttggactaaaactcttgt 50666733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 437 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 7237500 - 7237386
Alignment:
Q  437 tgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatg-----ga-acagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttg 530  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  |||  |||     || ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  7237500 tgtgggtatttggagaatttctcagtctatgggctcaggattatgataatgatacaattgtaatatgggtgatgaaagaatacaaaatgcattcgttttg 7237401  T
Q  531 ggttaaaactcttgt 545  Q
    |  ||||||||||||    
T  7237400 gactaaaactcttgt 7237386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 138
Target Start/End: Original strand, 7877727 - 7877785
Alignment:
Q  80 atggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatccgtgtcctataat 138  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  7877727 atggttttggttatgaccaatcaagagatgattacttggtggtttcattgtcctataat 7877785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 48170646 - 48170592
Alignment:
Q  79 tatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatccgtgtcct 133  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  48170646 tatggttttgggtatgatcagttaagagatgattacttagtggtttcagtgtcct 48170592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 79 - 125
Target Start/End: Original strand, 48902929 - 48902975
Alignment:
Q  79 tatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatc 125  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  48902929 tatggttttgggtatgaccactcaagagatgattacttgatggtatc 48902975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 298 - 379
Target Start/End: Original strand, 7765804 - 7765885
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaagga 379  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||  || |||||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7765804 tttaatggggctattcattggttgtcttcgcgtcatgatatagctttggatgtcattgttggctttgatttaacggaaagga 7765885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 222
Target Start/End: Original strand, 7877807 - 7877856
Alignment:
Q  173 cacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||    
T  7877807 cacatttgaagtttttctcatttagagataatacatggaaagaaactgag 7877856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 222
Target Start/End: Original strand, 7908398 - 7908447
Alignment:
Q  173 cacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||    
T  7908398 cacatttgaagtttttctcagttagagataatacatggaaagaaattgag 7908447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 345 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 45384747 - 45384634
Alignment:
Q  345 ggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggata 444  Q
    |||||||||| |||   |||||||| | |||| |||||||||  | |||||||| |||||||  ||| ||  ||||||||  ||||||| ||||||| ||    
T  45384747 ggatgttattattgctgttgatttaatcgaaatgaaacttttttatatgcatttgccagatgagtttaaccgtgaacctaccgattgtggtttgtgggta 45384648  T
Q  445 tttggagaatttct 458  Q
    ||||||||||||||    
T  45384647 tttggagaatttct 45384634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48705370 - 48705329
Alignment:
Q  182 agtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgagt 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  48705370 agtttttctcattgagagttaatacatggaaagaaattgagt 48705329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 48735393 - 48735352
Alignment:
Q  182 agtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgagt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  48735393 agtttttctcattgagagctaatacctggaaagaaattgagt 48735352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 82 - 138
Target Start/End: Original strand, 7908325 - 7908381
Alignment:
Q  82 ggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggtatccgtgtcctataat 138  Q
    |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||    
T  7908325 ggttttggttatgaccagtcaagagatgattacttggtggtttcattgtcctataat 7908381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 281 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 37826909 - 37826709
Alignment:
Q  281 ccaaagtagggatgctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaa 380  Q
    |||||||||||   ||||| |||||| | |||||||||||  ||| ||| | ||||| | || || || ||||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  37826909 ccaaagtagggtcactcttaaatggggccattcattggttaacttatcgtcgtgattcaccactgcatcttattgttgcctttaatttaatggaaaggaa 37826810  T
Q  381 acttttggagatgca--tt----ttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatg 474  Q
    ||| || ||||| |   ||    ||||||||| |||| || |||| |||  | ||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  37826809 actgttagagatacccgttccagttccagatgattttcacgatgatcctccatattttggtttgtgggtatttggagaatttcttagtctatgggccatg 37826710  T
Q  475 g 475  Q
    |    
T  37826709 g 37826709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 527
Target Start/End: Original strand, 7766003 - 7766042
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtc 527  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  7766003 ttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgtattcgtc 7766042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 474
Target Start/End: Original strand, 7878048 - 7878087
Alignment:
Q  435 tttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatg 474  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7878048 tttgtgggtatttggagaatttctcagtctatgggctatg 7878087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 48156512 - 48156465
Alignment:
Q  72 ttgtctgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggt 119  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  48156512 ttgtctatatggatttgggtatgatcaattaagagatgattacttggt 48156465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 531
Target Start/End: Original strand, 48861649 - 48861692
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgg 531  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  48861649 ttgaaatatgggtaataaaagaatacaaagtgcatttgtcttgg 48861692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 7237806 - 7237764
Alignment:
Q  80 atggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7237806 atggttttggttatgaccagtcaagagatgattacttggtggt 7237764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 122
Target Start/End: Original strand, 7771396 - 7771438
Alignment:
Q  80 atggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7771396 atggttttggttatgaccagtcaagagatgattacttggtggt 7771438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 7773900 - 7773858
Alignment:
Q  80 atggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  7773900 atggttttggttatgaccaggtaagagatgattacttggtggt 7773858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 80 - 122
Target Start/End: Original strand, 7790081 - 7790123
Alignment:
Q  80 atggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  7790081 atggttttggttatgaccagtcaagagatgattacttggtggt 7790123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 7773821 - 7773776
Alignment:
Q  177 tttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||    
T  7773821 tttgaagtttttctcatttagagataatacatggaaagaaactgag 7773776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 298 - 379
Target Start/End: Original strand, 7786626 - 7786707
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaagga 379  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||  || | |||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7786626 tttaatggggctattcattggttgtcttcgcgtcgtgatatagctttggatgtcattgttggctttgatttaacggaaagga 7786707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 488 - 545
Target Start/End: Original strand, 7786825 - 7786882
Alignment:
Q  488 ttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||  ||| ||||||||    
T  7786825 ttgaaatatgggtgatgaaagaatacaacgtgcatttatcttggaataagactcttgt 7786882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 122
Target Start/End: Original strand, 48875841 - 48875886
Alignment:
Q  77 tgtatggttttgggtatgaccatttaagagatgattacttggtggt 122  Q
    ||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||||    
T  48875841 tgtatggttttgggtatgatcagttagcagatgattacttggtggt 48875886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 350 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 50250572 - 50250454
Alignment:
Q  350 ttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagat---ggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatt 446  Q
    ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||| ||||| | | ||||||||   | |||||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||||    
T  50250572 ttattgttgcctttgatttcatg-aaaggaaactttttgagatccctcttccagatcacgattttgactatcaatctcgatattgttatttgtgggtatt 50250474  T
Q  447 tggagaatttctaagtctat 466  Q
    ||||||| |||| |||||||    
T  50250473 tggagaaattctcagtctat 50250454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 426 - 479
Target Start/End: Original strand, 50669378 - 50669431
Alignment:
Q  426 agattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggagga 479  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||    
T  50669378 agattgtggtttgtgggtatttggagaatttctcagtctttggactttggagga 50669431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 83; Significance: 6e-39; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 298 - 672
Target Start/End: Original strand, 21015992 - 21016366
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcatt 397  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||||||  | ||||| |||||||| || |||  ||    
T  21015992 tttaatggggctattcattggttggcttttcgtcatgatttatcaatgaaagttatcattgcctttgatttgatagaaagaaaacttttcgacatgtctt 21016091  T
Q  398 ttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatggaacagttgaaatatg 497  Q
    | || |||| | | ||  ||||||||||| |||||||||||||| |||| || |||||| | ||| ||||| |||||||   ||  | ||||||||||||    
T  21016092 tgccggatgatatggaacatgaacctatatattgtgatttgtgggtattcggtgaatttttgagtgtatggactatggatagtgatatagttgaaatatg 21016191  T
Q  498 ggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttca 597  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||    | ||||||||||||||| ||| |   || |   | |||||||| | | ||    
T  21016192 ggttatgaaagaatacaaagtacattcgtcttggactaagactcttactttctctattgatgacattcccactcgttatttctctccaatatgttgtaca 21016291  T
Q  598 aaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagag 672  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||   | || |||||| | ||||||||  ||||| |||||| |||||    
T  21016292 aaaagtggtgatattattggaacagatggtacagctggattggtgaggtatgatgaaaatggacagttgttagag 21016366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 296 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 21979529 - 21979420
Alignment:
Q  296 tctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgca 395  Q
    |||||||| || |||||||||||||  |||||||  ||||||||||  ||  ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||| |     
T  21979529 tctttaatagggctattcattggttgacttttcggtatgatttatctgtgtttgttattgttgcctttgatttaatagaaaggaaactttttgagatccc 21979430  T
Q  396 ttttccagat 405  Q
    | ||||||||    
T  21979429 tcttccagat 21979420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 538 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 4030438 - 4030297
Alignment:
Q  538 actcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaat 637  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  4030438 actcttgttctgtctattgatggcatttccattaagtacttttccccaatgtgctctacaataagtggtgatattattggaacatatggtggtactgaat 4030339  T
Q  638 tggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgct 679  Q
    |||| |||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||    
T  4030338 tggtgaagtatgatgacaaaggacagttgctagagcatcgct 4030297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 332 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 4962385 - 4962180
Alignment:
Q  332 atgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaac----ctatag 427  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| | || ||||||| | ||||  ||| ||||||||||||||    || ||     
T  4962385 atgatttatcagtggatgttattattgtctttgatttaatggaaaggaaattgttagagatgcctcttcccaatgattttgactatgaacctgtctgtaa 4962286  T
Q  428 attgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatgga------ggatggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgca 521  Q
     || || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||||        || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  4962285 gttatggtttgtgggtatttggagaatttctcagtctatggggcatggattatcgcaattgtagagttgaaatatgggtgatgaaagaatacaaactgca 4962186  T
Q  522 ttcgtc 527  Q
    ||||||    
T  4962185 ttcgtc 4962180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 4031628 - 4031583
Alignment:
Q  486 agttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgg 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4031628 agttgaaatatgggttatgaaagaatacaaaatgcattcgtcttgg 4031583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 596 - 672
Target Start/End: Original strand, 15349352 - 15349428
Alignment:
Q  596 caaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaattggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagag 672  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||| |||||    
T  15349352 caaagagtggtgatattattggaataaatgttggtgttgaattggtgaagtatgatgacaatgggcagttgttagag 15349428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 4031822 - 4031711
Alignment:
Q  275 atgatcccaaagtagggatgctctttaatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtgga 374  Q
    ||||||||| |||||||  ||| |||| |||  |||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||| ||||||||||  |||    
T  4031822 atgatcccagagtagggtcgctttttagtggatctattcattggttggcttttcgtcatgatttatcgataaatgttatcgttgcctttgatttaacgga 4031723  T
Q  375 aaggaaactttt 386  Q
    ||| ||||||||    
T  4031722 aagaaaactttt 4031711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 4031914 - 4031858
Alignment:
Q  162 taatatttcttcacatttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaat 218  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||    
T  4031914 taatatttcatcacatttggagtttttctcactgagagccaacacatggaaagaaat 4031858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 298 - 532
Target Start/End: Original strand, 179220 - 179463
Alignment:
Q  298 tttaatgggactattcattggttctcttttcgccatg---atttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgc 394  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||  ||||||| ||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||||| ||||| |    
T  179220 tttaatggggctattcattggttctcttttcgtcatgatcatttacaaatggatcttattcttgcctttgatctaatcaaaagggaactttttgagattc 179319  T
Q  395 attttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggaggatg-----ga-acagt 488  Q
     | | |||  || | ||||||||||| ||| | |||||||| | ||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||  |||     || |||||    
T  179320 ctctcccaattgatattgactatgaagctacaaattgtgatgtatgggtatttggacaatttctcagtatatgggctatggattatgataatgatacagt 179419  T
Q  489 tgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttggg 532  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  179420 tgaaatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcatcttggg 179463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 301 - 621
Target Start/End: Original strand, 9119928 - 9120257
Alignment:
Q  301 aatgggactattcattggttctcttttcgccatgat---ttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcatt 397  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||   |||  || |||| ||||| ||| |||||||||| |  ||| | ||||||| ||||| | |     
T  9119928 aatgggtctattcattggttcgcttttcgtcatgatcatttacaaaaggatcttattcttgcctttgatttaatcaaaacggaactttttgagattcctc 9120027  T
Q  398 ttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggagaatttctaagtctatgggctatggagg------atggaacagttga 491  Q
    | |||  || | |||| |||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||        |||  ||||||||    
T  9120028 tcccaattgatattgattatgaagctacaaattgtgatgtgtgggtatttggagaatttctcagtatatgggctatggattttgctaatgatacagttga 9120127  T
Q  492 aatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgc 591  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||  | |||||||| | |||||||| | ||   | | |||| |||||     
T  9120128 aatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcctcttggaagaaaactcttgttttgtctattgacggcatttccactaagctattttcccctatatgt 9120227  T
Q  592 tcttcaaaaagtggtggtattattggaaca 621  Q
    ||  |||||||||||| ||| |||||||||    
T  9120228 tcaacaaaaagtggtgatatcattggaaca 9120257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 479 - 531
Target Start/End: Original strand, 29688481 - 29688533
Alignment:
Q  479 atggaacagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgg 531  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  29688481 atggtacagttgaaatatgggtgatgaaaaaatacaatgtgcaatcgtcttgg 29688533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 42562034 - 42561990
Alignment:
Q  487 gttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgg 531  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42562034 gttgatatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcattcatcttgg 42561990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 222
Target Start/End: Original strand, 179112 - 179159
Alignment:
Q  175 catttgaagtttttctcattgagagctaatacatggaacgaaattgag 222  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  179112 catttggagattttctcattgagagataatacatggaaagaaattgag 179159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 384
Target Start/End: Original strand, 29696401 - 29696484
Alignment:
Q  301 aatgggactattcattggttctcttttcgccatgatttatcaatggatgttattgttggctttgatttagtggaaaggaaactt 384  Q
    |||||| ||||||| |||||  |||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||    
T  29696401 aatggggctattcactggttggcttttcgtaatgatatatcaatgcctgttattgttgcctttcatttaattgaaaggaaactt 29696484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 538 - 679
Target Start/End: Original strand, 29350833 - 29350974
Alignment:
Q  538 actcttgtcctatctattgatgacatttccattgagtactatcccccaatatgctcttcaaaaagtggtggtattattggaacaaatggtggtggtgaat 637  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||| | |||| | | ||||||| |||||| ||| | |||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||    
T  29350833 actcttgttctgtctattgatggcatttccaataagtattttgccccaatgtgctctacaataggtggtgatattattggaacggatggtggtactgaat 29350932  T
Q  638 tggtaaagtatgatggcaatggtcagttgctagagaatcgct 679  Q
    |||| |||||| ||| ||| || |||||||||||| ||||||    
T  29350933 tggtgaagtattatgacaaaggacagttgctagagcatcgct 29350974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 554
Target Start/End: Original strand, 24367531 - 24367592
Alignment:
Q  493 atatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgtcctatctat 554  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||    
T  24367531 atatgggtaatggaagaatacaaagtgcattcgtcttggactaaaactcttgttctaactat 24367592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 545
Target Start/End: Original strand, 24340634 - 24340829
Alignment:
Q  353 ttgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggaga 452  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | | | ||||||| ||||||| |||    ||  | ||||| ||| ||| ||| | |||     
T  24340634 ttgttgcctttgaattagtcgaaaggaaacttgtagagattcctctcccagatgattttgaccatggttatacggtttgtggtttatgggtatgtagagg 24340733  T
Q  453 atttctaagtctatgggctatggaggatg--ga-acagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||  || || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||||||    
T  24340734 atttctaagtctatgggttatggtggatgaggatacggttgatatctgggtaatgaaagaatataaagtgcagtcatcttggactaaaactcttgt 24340829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 353 - 545
Target Start/End: Original strand, 24352999 - 24353194
Alignment:
Q  353 ttgttggctttgatttagtggaaaggaaacttttggagatgcattttccagatggttttgactatgaacctatagattgtgatttgtggatatttggaga 452  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||| | ||||| | | | ||||||| ||||||| |||    ||  | ||||| ||| ||| ||| | |||     
T  24352999 ttgttgcctttgaattagtcgaaaggaaacttgtagagattcctctcccagatgattttgaccatggttatacggtttgtggtttatgggtatgtagagg 24353098  T
Q  453 atttctaagtctatgggctatggaggatg--ga-acagttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||  || || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||||||    
T  24353099 atttctaagtctatgggttatggtggatgaggatacggttgatatctgggtaatgaaagaatataaagtgcagtcatcttggactaaaactcttgt 24353194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 486 - 545
Target Start/End: Original strand, 24310575 - 24310634
Alignment:
Q  486 agttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||    
T  24310575 agttgatatatgggtgatgaaagaatacaaagtgcagtcttcttggagtaaaactcttgt 24310634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 545
Target Start/End: Original strand, 24416137 - 24416196
Alignment:
Q  486 agttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||  ||||||||||||    
T  24416137 agttgatatatgggtgatgaaagaatacaaagggcagtcatcttggactaaaactcttgt 24416196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 486 - 545
Target Start/End: Original strand, 48884183 - 48884242
Alignment:
Q  486 agttgaaatatgggttatgaaagaatacaaagtgcattcgtcttgggttaaaactcttgt 545  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||| ||||||||    
T  48884183 agttgaaatataggtgatgaaagaatacaaagtgcatatgtcttggactaagactcttgt 48884242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University