View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12675_high_3 (Length: 241)

Name: NF12675_high_3
Description: NF12675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12675_high_3
NF12675_high_3
[»] scaffold0098 (2 HSPs)
scaffold0098 (1-231)||(35037-35267)
scaffold0098 (1-231)||(24167-24397)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (1-231)||(44493623-44493853)
chr8 (1-231)||(34950500-34950730)
chr8 (1-231)||(22000249-22000479)
chr8 (1-231)||(22005227-22005457)
chr8 (1-231)||(21980230-21980460)
chr8 (1-231)||(11251588-11251818)
chr8 (1-231)||(21985213-21985443)
chr8 (1-231)||(21967505-21967735)
chr8 (42-231)||(8414449-8414638)
chr8 (1-231)||(21328981-21329211)
chr8 (42-231)||(11774846-11775035)
chr8 (41-231)||(16197829-16198020)
chr8 (41-159)||(25658189-25658307)
chr8 (153-231)||(42560402-42560481)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-231)||(14647653-14647882)
chr3 (53-231)||(16325291-16325469)
chr3 (42-231)||(41651-41840)
chr3 (1-231)||(16839607-16839837)
chr3 (41-231)||(13436234-13436425)
chr3 (50-231)||(2248710-2248880)
chr3 (34-224)||(34852625-34852817)
chr3 (34-224)||(8928398-8928590)
chr3 (153-223)||(11912827-11912898)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-231)||(14594175-14594404)
chr6 (1-223)||(7429804-7430025)
chr6 (42-231)||(23955986-23956175)
chr6 (50-231)||(9622393-9622577)
chr6 (34-221)||(25738344-25738532)
chr6 (34-224)||(29416873-29417065)
chr6 (153-231)||(34297144-34297223)
chr6 (39-93)||(20136762-20136817)
chr6 (39-93)||(22196052-22196107)
chr6 (35-151)||(23539003-23539120)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-231)||(43243208-43243437)
chr5 (42-231)||(33473303-33473492)
chr5 (35-224)||(23538388-23538579)
chr5 (34-224)||(10816362-10816554)
chr5 (153-231)||(36460068-36460147)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-231)||(20031591-20031820)
chr1 (34-224)||(29534508-29534700)
chr1 (34-176)||(32649720-32649863)
chr1 (188-231)||(11945475-11945518)
chr1 (40-118)||(20958175-20958254)
chr1 (34-115)||(2332943-2333025)
[»] scaffold0001 (4 HSPs)
scaffold0001 (42-231)||(175916-176105)
scaffold0001 (1-231)||(163036-163266)
scaffold0001 (42-231)||(168562-168751)
scaffold0001 (3-231)||(152913-153141)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (1-231)||(208878-209108)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (1-231)||(13892547-13892777)
chr7 (1-231)||(34957293-34957523)
chr7 (1-223)||(29003951-29004173)
chr7 (34-224)||(837325-837517)
chr7 (34-224)||(1202505-1202697)
chr7 (34-231)||(833329-833528)
chr7 (34-231)||(1198509-1198708)
chr7 (153-231)||(15213597-15213676)
chr7 (35-165)||(16109483-16109614)
chr7 (40-118)||(16996289-16996367)
chr7 (37-150)||(42461984-42462098)
chr7 (40-92)||(16091851-16091903)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (42-231)||(28385367-28385556)
chr4 (34-224)||(4831504-4831696)
chr4 (34-224)||(4834799-4834991)
chr4 (34-217)||(30146353-30146538)
chr4 (44-173)||(40906926-40907055)
chr4 (35-165)||(14047659-14047790)
[»] scaffold0080 (2 HSPs)
scaffold0080 (1-223)||(28861-29083)
scaffold0080 (1-223)||(34326-34548)
[»] scaffold0301 (4 HSPs)
scaffold0301 (108-231)||(14196-14321)
scaffold0301 (1-106)||(12106-12210)
scaffold0301 (1-106)||(15258-15362)
scaffold0301 (1-106)||(16506-16610)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (34-224)||(22703058-22703250)
chr2 (34-170)||(13101605-13101743)
[»] scaffold0066 (1 HSPs)
scaffold0066 (34-224)||(48287-48479)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (34-224)||(146145-146337)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (153-223)||(103-174)
scaffold0599 (153-223)||(4521-4592)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (40-93)||(11238-11291)
scaffold0040 (40-93)||(22338-22391)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (40-93)||(75803-75857)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (167-231)||(1458-1523)
scaffold0017 (167-231)||(8209-8274)
[»] scaffold0396 (1 HSPs)
scaffold0396 (40-147)||(1932-2040)


Alignment Details
Target: scaffold0098 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 2)
Name: scaffold0098
Description:

Target: scaffold0098; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35267 - 35037
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  35267 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaactcattatgtggattatgtgtgatgtttaagtagtgttgattgtcatttggtattgtcatatt 35168  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  35167 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagtgtgttgggttgtacgttgccaaatga 35068  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35067 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 35037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0098; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 24397 - 24167
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  24397 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaacccattatgtggattatgtgtgatgtttaagtagtgttgattgtcatttggtattgtcatatt 24298  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  24297 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagtgtgttgggttgtacgttgccaaatga 24198  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24197 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 24167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 44493623 - 44493853
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| ||||||    
T  44493623 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaagtgcattatatggattatgtatgatgtttaagtagtttcgattaccatttggtattgtcatatt 44493722  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44493723 ttgggatgtccatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 44493822  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44493823 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 44493853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34950730 - 34950500
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  34950730 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaatgcattatgtggattaagtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgttatatt 34950631  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  34950630 ttgggatgtctatgtgctgctggtgttgctgttggatcttaattaagatgtggatgttggtctaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccaaatga 34950531  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34950530 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 34950500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22000249 - 22000479
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  22000249 tggttgagggtgttaatattatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatctt 22000347  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  22000348 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaata 22000447  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22000448 agtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 22000479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 22005227 - 22005457
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  22005227 tggttgagggtgttaatattatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatctt 22005325  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  22005326 ttgggatatctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaata 22005425  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22005426 agtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 22005457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21980230 - 21980460
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  21980230 tggttgagggtgttaatattatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatctt 21980328  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  21980329 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgttgttggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcgttgttgggttgtaagttgccgaata 21980428  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21980429 agtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 21980460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 11251588 - 11251818
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11251588 tggttgagggtgttaatattgtgataaatttgccaagtgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgtcgattatcatttggtattgtcatatt 11251687  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||    
T  11251688 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgaaagagtgctaagttgtacgttgccgaatga 11251787  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  11251788 gtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 11251818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21985213 - 21985443
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  21985213 tggttgagggtgttaatattatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatctt 21985311  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||     
T  21985312 ttgggatgtctatgtgctactagagttgctattggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcgttgttgggttgtaagttgccgaata 21985411  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21985412 agtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 21985443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 21967505 - 21967735
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||| |||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21967505 tggttgatgatgttaatattatggtaaattcgtcaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 21967603  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagc-gtgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  21967604 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcattgttgggttgtacgttgccgaata 21967703  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  21967704 agtcatatgtaagttatggaaattgtcgatgt 21967735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 8414449 - 8414638
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8414449 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgttgttggatctta 8414548  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8414549 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgttgatgt 8414638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21329211 - 21328981
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21329211 tggttgaggttgttaatattatggtaaatttgc-aaatgcattatgtggataatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 21329113  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  21329112 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttgaatcttaattaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgggatgtacgttgccgaata 21329013  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  21329012 agtgataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 21328981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11775035 - 11774846
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11775035 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 11774936  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||    
T  11774935 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagtgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagaaaattatgcaaattgtcgatgt 11774846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 41 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16198020 - 16197829
Alignment:
Q  41 attatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  16198020 attatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactagcatttggtattgtcatattttgagatgtctatgtgctactagtgtttctgttgaatctt 16197921  T
Q  141 aattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  16197920 aattaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgtcgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 16197829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Original strand, 25658189 - 25658307
Alignment:
Q  41 attatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  25658189 attatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatattttgagatatctatgtgctactagtgttgctgttgaatctt 25658288  T
Q  141 aattaagatgtgaatgttg 159  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  25658289 aattaagatgtaaatgttg 25658307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 231
Target Start/End: Original strand, 42560402 - 42560481
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  42560402 aatgttggtataagttgtaagtgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 42560481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 14647653 - 14647882
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14647653 tggttgaggttgttaatgttatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 14647751  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14647752 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatga 14647851  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14647852 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 14647882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 231
Target Start/End: Original strand, 16325291 - 16325469
Alignment:
Q  53 atgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtg 152  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16325291 atgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtg 16325390  T
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  16325391 aatgttgatttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 16325469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 41840 - 41651
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41840 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtattgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatatgctactagtgttgttgttggatctta 41741  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  41740 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 41651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 16839607 - 16839837
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |    
T  16839607 tggttgaggttgttaatattttggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtaatgttgattatcatttggtattgtcattgt 16839705  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  16839706 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgctgaatcttaattaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgtcgaata 16839805  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  16839806 agtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 16839837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 41 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13436425 - 13436234
Alignment:
Q  41 attatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13436425 attatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatattttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttgaatctt 13436326  T
Q  141 aattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13436325 aattaagatgtaaatgttgttttaagttgtaagcgtcgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 13436234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 231
Target Start/End: Original strand, 2248710 - 2248880
Alignment:
Q  50 attatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagat 149  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||           ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2248710 attatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt-----------atgtgttactagtgttgttgttggatcttaattaagat 2248798  T
Q  150 gtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2248799 gtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 2248880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 34852625 - 34852817
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  34852625 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 34852724  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  34852725 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgatttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 34852817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 8928398 - 8928590
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| || |||    
T  8928398 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgttgt 8928497  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  8928498 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagctgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 8928590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11912898 - 11912827
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  11912898 aatgttggtataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaatt 11912827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 14594175 - 14594404
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14594175 tggttgaggttgttaatgttatggtaaattttccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 14594273  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14594274 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatga 14594373  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14594374 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 14594404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 7430025 - 7429804
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7430025 tggttgaggttgttaatgttatggtaaatttgccaa-tgcattatgtgaattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 7429927  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7429926 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttagtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatga 7429827  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  7429826 gtcataagtaagttatgcaaatt 7429804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23956175 - 23955986
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23956175 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 23956076  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  23956075 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagtgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 23955986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 231
Target Start/End: Original strand, 9622393 - 9622577
Alignment:
Q  50 attatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtg---ctaatagtgttgctgttggatcttaattaa 146  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||  |||||| ||   ||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  9622393 attatgtatgatgtttaagtagtgttgaatatcatttggtattgttatattttggggtgtctatatgatactggtggtgttgctgttggatcttaattaa 9622492  T
Q  147 gatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9622493 gatgtgaatgtcggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 9622577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 25738532 - 25738344
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgtt 133  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| | ||| ||||| ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||     
T  25738532 caaatgcattatgtggattatgaatgatgtttaagttgagttgattattaattgatattgtcatatcttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgtg 25738433  T
Q  134 ggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaa 221  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25738432 gaatcttaattaagatgtaaatgttggtctaagttgtaaacgttgttcagttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaa 25738344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 29416873 - 29417065
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||| ||   ||| |||| |    
T  29416873 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttaattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgatacctgtgatgctat 29416972  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  29416973 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 29417065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 231
Target Start/End: Original strand, 34297144 - 34297223
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34297144 aatgttgggataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 34297223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 20136817 - 20136762
Alignment:
Q  39 tcattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattg 93  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||    
T  20136817 tcattatgtggattatatatgatgtttaagttgttgttgattatcatttgatattg 20136762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 93
Target Start/End: Original strand, 22196052 - 22196107
Alignment:
Q  39 tcattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattg 93  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||    
T  22196052 tcattatgtggattatatatgatgtttaagttgttgttgattatcatttgatattg 22196107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 35 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 23539120 - 23539003
Alignment:
Q  35 aaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgtt 133  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  | | |||| ||||||||||| |||||  |||| ||| || || ||||||||    |||||||||||    
T  23539120 aaatgcattatgtggattatatatgatgtttatgttgatgttaattatcatttgatattgttatatcttgagatgtatatgtgctgcctgtgttgctgtt 23539021  T
Q  134 ggatcttaattaagatgt 151  Q
    | |||||  |||||||||    
T  23539020 gaatcttggttaagatgt 23539003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 171; Significance: 6e-92; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 43243208 - 43243437
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43243208 tggttgaggttgttaatgttatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattacgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 43243306  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43243307 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttacttaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatga 43243406  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43243407 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 43243437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Original strand, 33473303 - 33473492
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33473303 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 33473402  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  33473403 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagtgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 33473492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 23538579 - 23538388
Alignment:
Q  35 aaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgtt 133  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| |||||||    
T  23538579 aaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatgatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacatgtgatgctgtt 23538480  T
Q  134 ggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    | ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  23538479 gaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 23538388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 10816554 - 10816362
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||    || ||||||    
T  10816554 caaatgcattatgtggagttatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctatgatgctgt 10816455  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  10816454 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggactaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 10816362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36460147 - 36460068
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36460147 aatgttggtataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 36460068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 163; Significance: 3e-87; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 20031591 - 20031820
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20031591 tggttgaggttgttaatcttatagtaaatttgc-aaatgccttatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatatt 20031689  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatga 200  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20031690 ttgggatgtctgtgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatga 20031789  T
Q  201 gtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20031790 gtcataagtaagttatgcaaattgtcgatgt 20031820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 29534700 - 29534508
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| || | |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  29534700 caaatgcattatgtggaattttatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatatcgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 29534601  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
     | ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  29534600 cgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctgagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataaatatgttatgcaaattg 29534508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 32649863 - 32649720
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  32649863 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 32649764  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt 176  Q
       ||||||| |||||||| |||||| | |||| ||||||||||    
T  32649763 caaatcttaactaagatgtaaatgttagcctaagttgtaagcgt 32649720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 188 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11945518 - 11945475
Alignment:
Q  188 cgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  11945518 cgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 11945475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 20958254 - 20958175
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgct 118  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| || || ||||||||    
T  20958254 cattatgtggattatataagatgtttaagttgatgttgattatcatttgatattgtcatatcttgagatgtttatgtgct 20958175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 115
Target Start/End: Original strand, 2332943 - 2333025
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgt 115  Q
    ||||| ||||||||||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||    
T  2332943 caaatgcattatgtggacttatataggatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgt 2333025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 4)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 176105 - 175916
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  176105 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 176006  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  176005 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 175916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 163036 - 163266
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  163036 tggttgatgttgttaatattatggtaaatttga-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgtagattatcatttggtattgtcatatt 163134  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  163135 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttgaatcttaattaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgggatgtacgttgccgaata 163234  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  163235 agtgataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 163266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 168751 - 168562
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  168751 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 168652  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  168651 attaagatgtgaatgttggtttaaattgtaagcgtgctaggttgtacattgccgaatgagtcataagtaaattatgaaaattgtcgatgt 168562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Original strand, 152913 - 153141
Alignment:
Q  3 gttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatttt 102  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  152913 gttgaggatgttaatgttatggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgagtatcatttggcattgtcatatttt 153011  T
Q  103 gggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgag 201  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  153012 gagatgtctatgtgctactagtgttgctgctgaatcttaattaagatgtaaatgttggcttaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataag 153111  T
Q  202 tcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  153112 tcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 153141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 209108 - 208878
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||   ||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  209108 tggttgatgatgttaatattatggtaaattcttcaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 209010  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagc-gtgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  209009 ttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtaaatgttggtctaaattgtaagcattgttgggttgtacgttgccgaata 208910  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  208909 agtcatatgtaagttatggaaattgtcgatgt 208878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13892777 - 13892547
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13892777 tggttgaggttgttaaagttatggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 13892679  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  13892678 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgctgttgaatcttatttaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttaccgaata 13892579  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  13892578 agtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 13892547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34957523 - 34957293
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  34957523 tggttgaggttgttaatgttatggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagggttgactatcatttgatattgtcatatt 34957425  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  34957424 ttgagatgtctatgtgctactagtgttgttgttgaatcttaattaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaata 34957325  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  34957324 agtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 34957293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29004173 - 29003951
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29004173 tggttgaggttgttaatgttatagtaaatttgcaaatgtc-ttatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatatt 29004075  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| || || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||     
T  29004074 ttgagatgtttatgtgctactagtgttgctgttgaatcttaattacgatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgggttgaacgttgccgaata 29003975  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    
T  29003974 agtcataagtatgttatgcaaatt 29003951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 837325 - 837517
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| || |||    
T  837325 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgatgt 837424  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
     | ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  837425 cgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtgcgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 837517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 1202505 - 1202697
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| || |||    
T  1202505 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgatgt 1202604  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
     | ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1202605 cgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtgcgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 1202697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 231
Target Start/End: Original strand, 833329 - 833528
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||    || ||||||    
T  833329 caaatgcattatgtgaaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcaattgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctatgatgctgt 833428  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
     | ||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  833429 cgaatcttaactaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagttataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 833528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 231
Target Start/End: Original strand, 1198509 - 1198708
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||    || ||||||    
T  1198509 caaatgcattatgtgaaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcaattgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctatgatgctgt 1198608  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
     | ||||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1198609 cgaatcttaactaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagttataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 1198708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 15213676 - 15213597
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  15213676 aatgttggtataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 15213597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 165
Target Start/End: Original strand, 16109483 - 16109614
Alignment:
Q  35 aaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgtt 133  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||     
T  16109483 aaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgctatatcttgagatgtctatgtgctacccgtgatgctgtc 16109582  T
Q  134 ggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaa 165  Q
    | ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  16109583 gaatcttgactaagatgtaaatgttggtctaa 16109614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 16996367 - 16996289
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgct 118  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||| ||||||| |||||  |||| ||| || || ||||||||    
T  16996367 cattatgtggattatataagatgtttaaatgttgttgattttcatttgatattgttatatcttgagatgtttatgtgct 16996289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 42462098 - 42461984
Alignment:
Q  37 attcattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttgg 135  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||  |||| ||| || || |||||| |     |||||||||||     
T  42462098 attcattatgtggattatataagatgtttaagttgatgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtttatgtgttgcctatgttgctgttgt 42461999  T
Q  136 atcttaattaagatg 150  Q
    || ||||||||||||    
T  42461998 atattaattaagatg 42461984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 16091903 - 16091851
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtatt 92  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| |  |||||||||||||||| ||||    
T  16091903 cattatgtggattatatatgatgattaagtgttgttgattatcatttgatatt 16091851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 28385556 - 28385367
Alignment:
Q  42 ttatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatctta 141  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28385556 ttatgtggaaaatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatattttgggatgtctatgtgctactagtgttgctgttggatctta 28385457  T
Q  142 attaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgtgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  28385456 attaagatgtgaatgttggtttaaattggaagcgtgctaagttgtacgttgccgaatgagtcataagtaaattatgcaaattgtcgatgt 28385367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 4831504 - 4831696
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  4831504 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 4831603  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4831604 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 4831696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Original strand, 4834799 - 4834991
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  4834799 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 4834898  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  4834899 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 4834991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 30146538 - 30146353
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||| ||   ||| ||||||    
T  30146538 caaatgcattaagtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgttacctgtgatgctgt 30146439  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatg 217  Q
     | ||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  30146438 cgaatcttaactaagatgtaagtgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatg 30146353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 44 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 40907055 - 40906926
Alignment:
Q  44 atgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaat 143  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || || |||||| |  | |||||||||||| ||||||||    
T  40907055 atgtggattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtttatgtgatgtttgtgttgctgttgaatcttaat 40906956  T
Q  144 taagatgtgaatgttggtctaaattgtaag 173  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  40906955 taagatgtaaatgttggtataagttgtaag 40906926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 35 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14047790 - 14047659
Alignment:
Q  35 aaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgtt 133  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||     
T  14047790 aaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgtc 14047691  T
Q  134 ggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaa 165  Q
    | ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  14047690 gaatcttaactaagatgtaaatgttggtctaa 14047659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 29083 - 28861
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29083 tggttgaggttgttaatgttacggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatatt 28985  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  28984 ttgagatatctatgtgctaatagtattgttgttgaatcttaattaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaata 28885  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||||| |||||| |||||    
T  28884 agtcataagtatgttatgaaaatt 28861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34548 - 34326
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  34548 tggttgaggttgttaatgttacggtaaatttgc-aaatgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgactatcatttggtattgtcatatt 34450  T
Q  101 ttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatg 199  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  34449 ttgagatatctatgtgctaatagtattgttgttgaatcttaattaagatgtaaatgttggtttaagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaata 34350  T
Q  200 agtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||||| |||||| |||||    
T  34349 agtcataagtatgttatgaaaatt 34326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0301 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0301
Description:

Target: scaffold0301; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 108 - 231
Target Start/End: Original strand, 14196 - 14321
Alignment:
Q  108 gtctatgtgctaatagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccg-aatgagtcat 205  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14196 gtctatgtgctactagtgttgctgttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaaatgagtcat 14295  T
Q  206 aagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  14296 aagtaagttatgcaaattgtcgatgt 14321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0301; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 12106 - 12210
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12106 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaa-tgcattacgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 12204  T
Q  101 ttggga 106  Q
    ||||||    
T  12205 ttggga 12210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0301; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 15258 - 15362
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15258 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaa-tgcattacgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 15356  T
Q  101 ttggga 106  Q
    ||||||    
T  15357 ttggga 15362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0301; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 106
Target Start/End: Original strand, 16506 - 16610
Alignment:
Q  1 tggttgagggtgttaatattatgataaatttgccaaattcattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16506 tggttgagggtgttaatattatggtaaatttgccaa-tgcattatgtggattatgtatgatgtttaagtagtgttgattatcatttggtattgtcatatt 16604  T
Q  101 ttggga 106  Q
    ||||||    
T  16605 ttggga 16610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22703250 - 22703058
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  22703250 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaaattgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 22703151  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  22703150 tgaatcttaactaagatgtaaatgttggactaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 22703058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 170
Target Start/End: Original strand, 13101605 - 13101743
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggt-attgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctg 131  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||   |||| ||| || ||||||||||||   ||| |||||    
T  13101605 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgataatttttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctg 13101704  T
Q  132 ttggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgt 170  Q
    |||  |||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  13101705 ttgagtcttaactaagatgtaaatgttggtttaagttgt 13101743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 48479 - 48287
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  48479 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 48380  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    || ||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  48379 tgaatcttaactaagatgtaaatattggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 48287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 146337 - 146145
Alignment:
Q  34 caaattcattatgtgga-ttatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgt 132  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||||||||   ||| ||||||    
T  146337 caaatgcattatgtggaattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtctatgtgctacctgtgatgctgt 146238  T
Q  133 tggatcttaattaagatgtgaatgttggtctaaattgtaagcg-tgttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattg 224  Q
    ||  ||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  146237 tgattctgaactaagatgtaaatgttggtctaagttgtaagcgttgttgagttgtacgttgtcgaataagtcataagtatgttatgcaaattg 146145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 174 - 103
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  174 aatgttggtataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaatt 103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 153 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4592 - 4521
Alignment:
Q  153 aatgttggtctaaattgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaatt 223  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4592 aatgttggtataagttgtaagcgttgttgggttgtacgttgccgaataagtcataagtatgttatgcaaatt 4521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 11291 - 11238
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattg 93  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  11291 cattatttggattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattg 11238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 22391 - 22338
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatagtgttgattatcatttggtattg 93  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  22391 cattatatggattatatatgatgtttaagttgtgttgattatcatttgatattg 22338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 93
Target Start/End: Original strand, 75803 - 75857
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattg 93  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||    
T  75803 cattatgtggattatatatgatgtttaagttgttgttgattatcatttgatattg 75857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 231
Target Start/End: Original strand, 1458 - 1523
Alignment:
Q  167 ttgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1458 ttgtaagcgttgttgagttgtacgttgttgaacaagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 1523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 167 - 231
Target Start/End: Original strand, 8209 - 8274
Alignment:
Q  167 ttgtaagcgt-gttgggttgtacgttgccgaatgagtcataagtaagttatgcaaattgttgatgt 231  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  8209 ttgtaagcgttgttgagttgtacgttgttgaacaagtcataagtatgttatgcaaattgtcgatgt 8274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0396 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0396
Description:

Target: scaffold0396; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 2040 - 1932
Alignment:
Q  40 cattatgtggattatgtatgatgtttaaatag-tgttgattatcatttggtattgacatattttgggaagtctatgtgctaatagtgttgctgttggatc 138  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||||||||||| |||||  |||| ||| || || ||||||||     ||||||||||| ||     
T  2040 cattatgtggattatataagatgtttaagttgatgttgattatcatttgatattgttatatcttgagatgtttatgtgctgcctatgttgctgttgtata 1941  T
Q  139 ttaattaag 147  Q
    |||||||||    
T  1940 ttaattaag 1932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University