View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12679_low_19 (Length: 293)
Name: NF12679_low_19
Description: NF12679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12679_low_19 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 17 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9002247 - 9001987
Alignment:
| Q |
17 |
gagagaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaac |
116 |
Q |
| |
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| T |
9002247 |
gagagaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaac |
9002148 |
T |
|
| Q |
117 |
ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacatac |
216 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9002147 |
ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgatttttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacatac |
9002048 |
T |
|
| Q |
217 |
agatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaaaagcgttcattttctttt |
277 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
9002047 |
agatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaaaagcgttcattttctttt |
9001987 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 277
Target Start/End: Original strand, 8975867 - 8976127
Alignment:
| Q |
20 |
agaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaactta |
119 |
Q |
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| T |
8975867 |
agaagtaggtttcatggaatgttgcatgagtttcaagctttacttgcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaactta |
8975966 |
T |
|
| Q |
120 |
ggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca---tac |
216 |
Q |
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| T |
8975967 |
ggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgaacatttggatccaaatagagaacaaattac |
8976066 |
T |
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| Q |
217 |
agatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaaaagcgttcattttctttt |
277 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||| |||| || ||| | |||||||| || || ||||||||| |
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| T |
8976067 |
agatgaagaagttattgttgatatcttactccaattgaagaaaaaacgatcgttttctttt |
8976127 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Original strand, 9027619 - 9027845
Alignment:
| Q |
20 |
agaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaactta |
119 |
Q |
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| T |
9027619 |
agaagtaggtttcatggaatgttgcatgagtttcaagctttacttgcagaaatatttgtttctgattatattcccttcatgagttggattgataaactta |
9027718 |
T |
|
| Q |
120 |
ggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca---tac |
216 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |
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|
| T |
9027719 |
ggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgtacatttggatccaaatagagaacaaattac |
9027818 |
T |
|
| Q |
217 |
agatgaagaggttattgttgatgtctt |
243 |
Q |
| |
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||||||||| | ||||||||||||||| |
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| T |
9027819 |
agatgaagaagatattgttgatgtctt |
9027845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 273
Target Start/End: Original strand, 8952781 - 8953034
Alignment:
| Q |
23 |
agtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggg |
122 |
Q |
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| T |
8952781 |
agtaggtttcatggattgttgcatgagtttcaagctttgcttgcaacaagctttttttctgattatattccattcacgggatggattgataagctcagag |
8952880 |
T |
|
| Q |
123 |
gattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca---tacaga |
219 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
8952881 |
gattgcatggtcgtgttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgaacatttggatccaaatagagaacatattacaga |
8952980 |
T |
|
| Q |
220 |
tgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaaaagcgttcattttc |
273 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |
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|
| T |
8952981 |
tgaagaggatattgttgatgtcttgctcgaactcaagaaaaaacgttcattttc |
8953034 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 74 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 8930200 - 8930031
Alignment:
| Q |
74 |
tttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatc |
173 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| | |
|
|
| T |
8930200 |
tttgtttctgattatattacattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagatggatgcattttacc |
8930101 |
T |
|
| Q |
174 |
aagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacatacagatgaagaggttattgttgatgtctt |
243 |
Q |
| |
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||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8930100 |
aagaggttattgatgaacatttggatccaaatagacaaaatacagatggagagtttattgttgatgtctt |
8930031 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8972185 - 8971940
Alignment:
| Q |
17 |
gagagaagtaggtttcaaggaatgtttcatgagtgtcaagctttgctggcagaaatatttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaac |
116 |
Q |
| |
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|||| |||||| ||||| | |||||| ||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||| | |
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|
| T |
8972185 |
gagaaaagtagatttcatgaaatgttgcatgagtttcaagctttgcttgcagaattttttgtttgtgattatattccatatatgggttggcttgataagc |
8972086 |
T |
|
| Q |
117 |
ttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca--- |
213 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |
|
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| T |
8972085 |
ttagaggattgcatggtcgtgttgataaaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaagagattattgatgagcatttggatccaaatagagaacaaat |
8971986 |
T |
|
| Q |
214 |
tacagatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaa |
259 |
Q |
| |
|
|| ||||||||| | |||||||||||| || || ||||| |||||| |
|
|
| T |
8971985 |
taaagatgaagaagatattgttgatgttttactccaactcaagaaa |
8971940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 78 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8905509 - 8905325
Alignment:
| Q |
78 |
tttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaaga |
177 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| || | | || ||||| || ||||||| |||||| | ||||| ||||| || || |
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|
| T |
8905509 |
tttctgattatattccatttacgggttggattgataaactatctggccttcgtgcacgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccagga |
8905410 |
T |
|
| Q |
178 |
gattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacataca---gatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaa |
259 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| |
|
|
| T |
8905409 |
ggttattgatgaacatttggatccaaatagacaacatgaagatgatgaagaggtcattgttgatgtcttgctacaattgaagaaa |
8905325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 78 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 8916353 - 8916169
Alignment:
| Q |
78 |
tttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaaga |
177 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| || | | || ||||| || ||||||| |||||| | ||||| ||||| || || |
|
|
| T |
8916353 |
tttctgattatattccatttacgggttggattgataaactatctggccttcgtgcacgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccagga |
8916254 |
T |
|
| Q |
178 |
gattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacataca---gatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaa |
259 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| |
|
|
| T |
8916253 |
ggttattgatgaacatttggatccaaatagacaacatgaagatgatgaagaggtcattgttgatgtcttgctacaattgaagaaa |
8916169 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 74 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 9401205 - 9400999
Alignment:
| Q |
74 |
tttgtttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatc |
173 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |
|
|
| T |
9401205 |
tttgtttctgattatattccatttatgggttggattgataaactaagagggttgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaagagtttgatgaattctacc |
9401106 |
T |
|
| Q |
174 |
aagagattatagatgaacatttggatccaaatagaaaaca---tacagatgaagaggttattgttgatgtcttgcttcaacttaagaaaaagcgttcatt |
270 |
Q |
| |
|
|||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||||||| || ||| | ||| ||||||||||||| |
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|
| T |
9401105 |
aagaaattattgatgaacatttggatccaaatgaacaacaatttacaagtgaaaaggttattgttgatgtcttactccaattgaaggaaaagcgttcatt |
9401006 |
T |
|
| Q |
271 |
ttctttt |
277 |
Q |
| |
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||||||| |
|
|
| T |
9401005 |
ttctttt |
9400999 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 20075549 - 20075381
Alignment:
| Q |
78 |
tttctgattatattccattcatgagttggattgataaacttaggggattgcatggtcgtcttgatagaaatttcaaggagtttgatgaattttatcaaga |
177 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| | | || ||||| || ||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| |
|
|
| T |
20075549 |
tttctgattatattccattcacgggttggattgataaactatctggacttcgtgcgcgtctcgaacgaaattttaaggagatggatgagttttaccaaga |
20075450 |
T |
|
| Q |
178 |
gattatagatgaacatttggatccaaatagaaaacataca---gatgaagaggttattgttgatgtctt |
243 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
20075449 |
ggttattgatgaacatttggatccaaatagacaacatgaagatgatgaagaggtcattgttgatgtctt |
20075381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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