View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12680_high_4 (Length: 740)

Name: NF12680_high_4
Description: NF12680
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12680_high_4
NF12680_high_4
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (18-671)||(5196975-5197629)
chr4 (18-670)||(5183576-5184229)
chr4 (18-671)||(5215120-5215774)
chr4 (18-671)||(5161293-5161949)
chr4 (18-671)||(5174234-5174882)
chr4 (18-671)||(4840640-4841288)
chr4 (18-671)||(4855142-4855794)
chr4 (124-308)||(7143545-7143729)
chr4 (27-68)||(7143448-7143489)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Original strand, 5196975 - 5197629
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||| | || |||||| ||    
T  5196975 ttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaatt 5197074  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
     |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    
T  5197075 agagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgact 5197174  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   | | ||    
T  5197175 tgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggcca 5197274  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| |||||     
T  5197275 gtttgcaaactttgatgaggataactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcagtcgaaagtgtgaacgtgtcgagcctccaccatcatcc 5197374  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197375 caatccaatgacaatgaagaagaggaaactggtgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 5197474  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5197475 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgcatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccaacttttccattgtattgaagagt 5197574  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
    | ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5197575 ggccatagttcctgttgaaacattatgtggagtctcaaatatttgcatattgtaa 5197629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 670
Target Start/End: Original strand, 5183576 - 5184229
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||| ||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||| | || |||||| ||    
T  5183576 ttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaatt 5183675  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  5183676 aaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttacccaaatagagagccttgacttatcatacaataact 5183775  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  5183776 tgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagcacaagaca 5183875  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
     |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183876 atttgcaaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatcaaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 5183975  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  5183976 caatccaatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcataacatcttatattacaatactattggccttcataa 5184075  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| || |    
T  5184076 ctgtgttgggcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccatcttttccattatattgatgagt 5184175  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgta 670  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  5184176 gtccatagttcctgttgaaactttatgtggagtctaaaatatttggatactgta 5184229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Original strand, 5215120 - 5215774
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    ||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  5215120 ttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctcatcccttctcaaattggtcaccttcaacaagtt 5215219  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
     |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  5215220 agagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagccttgacttatcatacaataact 5215319  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||  || ||||    
T  5215320 tgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaacttttctggaacaccacctagtacaggaca 5215419  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
    ||||| |  |||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215420 gtttggaggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 5215519  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215520 caatccaatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 5215619  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  5215620 cagtgttgtgcgtcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtaaaatttttccaacgtttccattgtattgaagagt 5215719  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
    |||  |  | ||||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||    
T  5215720 gtctgttattcctgttgaaacttcaagtgaagtctcaaatatttggatattgtaa 5215774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Original strand, 5161293 - 5161949
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5161293 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggtactatcccttctcaaattgggcacctgcaacaagtt 5161392  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
      ||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |  ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  5161393 ttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaattacgttttcaaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataact 5161492  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  5161493 tgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaaccttcaacgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggaca 5161592  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
    ||||||||  || |  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  | |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  5161593 gtttgcaaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttgtggatcactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgtcaagtcttcaccatcatca 5161692  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttgga-gtttc-acagcatcttacataacaatactattggccttcat 514  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  5161693 caatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggccttcgt 5161792  T
Q  515 aacagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaaga 614  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5161793 aacagtgttgtgtatcaatgctcgttggcgtatggcttggttttattacattagtaagtttgcacgatttttttttccaacttttccattgtactgaaga 5161892  T
Q  615 atgtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
     ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161893 gtgtacgtagtacctgttgaaactttacgtggagtctcaaatatttggatattgtaa 5161949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Original strand, 5174234 - 5174882
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||| | || |||||| ||    
T  5174234 ttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaatt 5174333  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |    
T  5174334 agagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgact 5174433  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  5174434 tgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggaca 5174533  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
     |||| |   ||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | || | |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  5174534 atttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcgtcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatca 5174633  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  5174634 caatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccctcataa 5174733  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5174734 cagttttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattatatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagagt 5174833  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
    |||||||      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174834 gtccata------gtttaaactttatgtggagtctcaaatatttggatattgtaa 5174882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 4841288 - 4840640
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||    |||||||| ||||||||| | || |||||| ||    
T  4841288 ttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatttaacaggtgttatcccttcccaaattggagacctacaacaaatt 4841189  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
     |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  4841188 agagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaataact 4841089  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||  || ||||    
T  4841088 tgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctctctggaacaccacctagtacaggaca 4840989  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
     |||| |   ||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  4840988 atttggaggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcctcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatca 4840889  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  4840888 caatccaatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttagccttcataa 4840789  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  4840788 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattaaagagt 4840689  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
    |||||||      ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4840688 gtccata------gtttaaactttatgtggagtctaaaatatttggatattgtaa 4840640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 4855794 - 4855142
Alignment:
Q  18 ttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaacaagctaacaggcacgatcccttctcaaattggacatctgcaacaagtt 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    ||||||||||||||||| || || |||| ||||    
T  4855794 ttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtgtcatcccttctcaaattggtcaccttcaaccagtt 4855695  T
Q  118 cgagctttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatt 217  Q
     |||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |    
T  4855694 agagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagaaagccttgacttatcatacaataact 4855595  T
Q  218 tgagtggtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctagcgcaagaca 317  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  4855594 tgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggaca 4855495  T
Q  318 gtttgcaaattttgacgaggacaactacagaggtaatcccggtctgtgtggacaactccttaatcgaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatca 417  Q
    ||||||||  ||    ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  | |||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||    
T  4855494 gtttgcaaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgccaagtcttcaccatcatca 4855395  T
Q  418 caatccaatgacaatgaagaaaaggaaaccaatgtggacatgataacatttt-ttggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataa 516  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  4855394 caatccaatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggagtttcacaccatcttacataacaatactactgaccttcataa 4855295  T
Q  517 cagtgttgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattgaagaat 616  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  4855294 cagtgttg--catcaatccacgttggcgtttggcctggttttattacattagtaagtttgtaggtatcttttttccaacttttccattgtattaaagagt 4855197  T
Q  617 gtccatagtacctgttgaaactttatttggagtctcaaatatttggatattgtaa 671  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4855196 gtccgtagtacctgttgaaactttatgtggagtctcaaatatttgggtattgtaa 4855142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 124 - 308
Target Start/End: Original strand, 7143545 - 7143729
Alignment:
Q  124 ttgaatctatcacataattacttgtcaggtcccattccaatcagtttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatataataatttgagtg 223  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||    
T  7143545 ttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatg 7143644  T
Q  224 gtaagattccttatgaactaacccagttgacctttttatcaaccttcaatgtgtcatacaacaatctttccggaacaccacctag 308  Q
    ||||| |  ||| | ||||||  || ||||||||| ||   | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  7143645 gtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaacaacctttctggaacaccacctag 7143729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 68
Target Start/End: Original strand, 7143448 - 7143489
Alignment:
Q  27 taaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatgcaa 68  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  7143448 taaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaa 7143489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University