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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12681_low_2 (Length: 459)
Name: NF12681_low_2
Description: NF12681
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12681_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 441
Target Start/End: Original strand, 7303084 - 7303482
Alignment:
| Q |
43 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
142 |
Q |
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| T |
7303084 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
7303183 |
T |
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| Q |
143 |
agacaattgattcaaactattatacaccattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
242 |
Q |
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| T |
7303184 |
agacaattgattcaaactattatacaccattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
7303283 |
T |
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| Q |
243 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
342 |
Q |
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| T |
7303284 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
7303383 |
T |
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| Q |
343 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
441 |
Q |
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| T |
7303384 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
7303482 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 16445101 - 16444703
Alignment:
| Q |
43 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
142 |
Q |
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| T |
16445101 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
16445002 |
T |
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| Q |
143 |
agacaattgattcaaactattatacaccattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
242 |
Q |
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| T |
16445001 |
agacaattgattcaaactattatacatcattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
16444902 |
T |
|
| Q |
243 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
342 |
Q |
| |
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|
| T |
16444901 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
16444802 |
T |
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| Q |
343 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
441 |
Q |
| |
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|
|
| T |
16444801 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
16444703 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 40288431 - 40288294
Alignment:
| Q |
47 |
cagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtgagac |
146 |
Q |
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|
|
| T |
40288431 |
cagggacccaagatgatacaaatggtgaagatgaagacatgggtgacttatttagtgaagaagatgaagatatgagttatacattaaatgaaggtgagac |
40288332 |
T |
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| Q |
147 |
aattgattcaaactattatacaccattgtttgagatat |
184 |
Q |
| |
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| T |
40288331 |
aactaattcaaactattacacaccattgtttgagatat |
40288294 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 441
Target Start/End: Original strand, 6123262 - 6123660
Alignment:
| Q |
43 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
142 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6123262 |
gttccagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtg |
6123361 |
T |
|
| Q |
143 |
agacaattgattcaaactattatacaccattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
242 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6123362 |
agacaattgattcaaactattatacaccattgtttgagatataacgttgctaaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattc |
6123461 |
T |
|
| Q |
243 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
342 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6123462 |
aaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatattagtttctgatgtgttatagtgctgctggtcatgtattaaaattagtttcatgtattaaaatta |
6123561 |
T |
|
| Q |
343 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
441 |
Q |
| |
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|
|
| T |
6123562 |
aaacattagattcaaaaaggggagtttcatgtatttggtgttttttcagtgtttgttgtgttgctggtctattatagcgcttctgtatttggcctttgt |
6123660 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 184
Target Start/End: Original strand, 4201891 - 4202028
Alignment:
| Q |
47 |
cagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtgagac |
146 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4201891 |
cagggacccaagatgatacaaatggtgaagatgaagacatgggtgacttatttagtgaagaagatgaagatatgggttatacattaaatgaaggtgagac |
4201990 |
T |
|
| Q |
147 |
aattgattcaaactattatacaccattgtttgagatat |
184 |
Q |
| |
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| T |
4201991 |
aattaattcaaactattacacaccattgtttgagatat |
4202028 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 184
Target Start/End: Original strand, 24741091 - 24741228
Alignment:
| Q |
47 |
cagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtgagac |
146 |
Q |
| |
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|
| T |
24741091 |
cagggacccaagatgatacaaatggtgaagatgaagacatgggtgacttatttagtgaagaagatgaagatatgggttatacattaaatgaaggtgagac |
24741190 |
T |
|
| Q |
147 |
aattgattcaaactattatacaccattgtttgagatat |
184 |
Q |
| |
|
| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24741191 |
agctaattcaaactattacacaccattgtttgagatat |
24741228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 47 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 25997496 - 25997359
Alignment:
| Q |
47 |
cagggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtgagac |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25997496 |
cagggacccaagatgatacaaatggtgaagatgaagacatgggtgacttatttagtgaagaagatgaagatatgggttatacattaaatgaaggtgagac |
25997397 |
T |
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| Q |
147 |
aattgattcaaactattatacaccattgtttgagatat |
184 |
Q |
| |
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|| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
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| T |
25997396 |
aactaattcaaactattacacaccattgtttgagatat |
25997359 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 48 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 10369778 - 10369642
Alignment:
| Q |
48 |
agggacccaagatgatataaatggtggagatgaagacatgcatgacttatttggtgaagaagatgaagatatgggtgatgcattaaatgaaggtgagaca |
147 |
Q |
| |
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| T |
10369778 |
agggaccaaagatgatacaaatggtggacatgaagacatatgtgacttatttagtgaagaatatgaagatatgggttatacattaaatgaaggtgagaca |
10369679 |
T |
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| Q |
148 |
attgattcaaactattatacaccattgtttgagatat |
184 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
10369678 |
atttattcaaactattatacaccattgtttaagatat |
10369642 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 194 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10369525 - 10369443
Alignment:
| Q |
194 |
aaagttaaacttgagatattaatattgctggttgtattgaagaagattcaaataaagtggtgtagtagtattaaagttaaaatatt |
279 |
Q |
| |
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|
|
| T |
10369525 |
aaagtttagcttgagatattaacattgcttgctgtattaaagaagattaaaataaactggt---gtagtattaaaattaaaatatt |
10369443 |
T |
|
Back To:
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