View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12683_high_4 (Length: 363)

Name: NF12683_high_4
Description: NF12683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12683_high_4
NF12683_high_4
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-345)||(46532001-46532345)
chr7 (1-345)||(46524448-46524792)
chr7 (1-345)||(46322767-46323111)
chr7 (1-345)||(46326472-46326816)
chr7 (5-345)||(46520382-46520722)
chr7 (5-346)||(46478951-46479292)
chr7 (5-345)||(46490154-46490494)
chr7 (1-346)||(46494451-46494796)
chr7 (1-345)||(46516741-46517085)
chr7 (236-339)||(46464833-46464934)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (83-345)||(7475308-7475570)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (266-345)||(88323-88402)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (266-345)||(37151828-37151907)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46532345 - 46532001
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532345 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 46532246  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532245 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacaccgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 46532146  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46532145 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 46532046  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46532045 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgt 46532001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46524792 - 46524448
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46524792 tggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccagatt 46524693  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| | || |||||||| |||||||    
T  46524692 gtagctctcagctccctcggctaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacaccgatgctccgtcttcagttagtagctacacaggttttc 46524593  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46524592 acatagtaggtgatcttgttgcacttatagattttctgggtgttgatcaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 46524493  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46524492 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgt 46524448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 46322767 - 46323111
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  46322767 tggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggtactcttggcgccaccagatt 46322866  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    |  ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46322867 gcggctctcggctctctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacacaggttttc 46322966  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  46322967 acattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcattggttggtacctttg 46323066  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46323067 catgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgt 46323111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 46326472 - 46326816
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  46326472 tggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggtactcttggcgccaccagatt 46326571  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    |  ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||| || |||||||||||  ||||||    
T  46326572 gcggctctcggatccctcggttaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacacagatgttccgtcttccattagcagctacacatgttttc 46326671  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    || | || |||||| ||||| | || || || ||||||||||| || ||||| || ||||| | |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  46326672 acgtagttggtgacattgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatcattggttggtatctttg 46326771  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  46326772 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctcagtgt 46326816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 5 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46520722 - 46520382
Alignment:
Q  5 atcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaattgtag 104  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  46520722 atcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggtattcatggcgccaccagattgctg 46520623  T
Q  105 ctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttcacat 204  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||  |||||||||||||||||||    || ||| |    
T  46520622 ctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataagcagctacacaatcttccactt 46520523  T
Q  205 tgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatg 304  Q
     || |||||  | ||||| || || || |  || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  46520522 ggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatgattggttggtatctttgcatg 46520423  T
Q  305 tttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  46520422 tttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgt 46520382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 46479292 - 46478951
Alignment:
Q  5 atcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaattgtag 104  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  46479292 atcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggtattcatggcgccaccagattgctg 46479193  T
Q  105 ctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttcacat 204  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||  |||||||||||||||||||    || ||| |    
T  46479192 ctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaataagcagctacacaatcttccactt 46479093  T
Q  205 tgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatg 304  Q
     || |||||  | ||||| || || || |  || || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |     
T  46479092 ggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgccatgattggttggtatctttgttta 46478993  T
Q  305 tttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgtg 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  46478992 tttcgccctgaaaaaatcaaagcttatgtttgtttgagtgtg 46478951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46490494 - 46490154
Alignment:
Q  5 atcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaattgtag 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||   |    
T  46490494 atcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacccgttgtcctgttccttcatggcttccctgaactctggtattcatggcgccaccagatttctg 46490395  T
Q  105 ctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttcacat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  | || || || ||||||||    || ||  |    
T  46490394 ctcttggctccctcggttaccgcgctgttgctccagatctccgtggttatggcgacaccgatgctccggcctccattagtagctacacaatcttccattt 46490295  T
Q  205 tgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatg 304  Q
     || |||||| | ||||| || || || |  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  46490294 ggttggtgacatcgttgctctcatcgactcacttggcgttgaccgagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcattggttggtatctttgtttg 46490195  T
Q  305 tttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||    
T  46490194 tttcgccctgaaagaatcaaagcctacgtgtgtctgagtgt 46490154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 46494796 - 46494451
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  46494796 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcctgttccttcacggattccctgaactctggtactcttggcgccaccagatt 46494697  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    |  ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||   |||  ||| ||| || ||    || |    
T  46494696 gcggctctcggctctctcggttaccgggctgtggctcccgatcttcgtggttatggcgatactgatgtccccagttcggtaaacagttatacaatcttcc 46494597  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    || | || |||||| ||||||| || || || | |||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  46494596 acttggttggtgacattgttgcgctcatcgactcgcttggggttgatcaagtcttccttgtggctcatgattggggtgccatcgttggttggtatctttg 46494497  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgtg 346  Q
      ||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  46494496 cttgtttcgccctgagagagttaaagcctatgtgtgtctcagtgtg 46494451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 46517085 - 46516741
Alignment:
Q  1 tggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggtattcatggcgccaccaaatt 100  Q
    |||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||  | || |||||||||||||| || || ||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  46517085 tggaatcaaaatgcatgtcgcagagaaaggaaaagaaggaccaatagtattgttccttcatggttttcctgaaatctggtactcatggcgccaccagatt 46516986  T
Q  101 gtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagcagctacactggttttc 200  Q
    || |||||  ||||||| || |||||| |||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||  ||||| | || ||||||||   ||| |    
T  46516985 gttgctctcagctcccttggctaccgcaccgtggctccagatctctgtggctacggtgacactgatgctcccacttcagttagtagctacacaattttac 46516886  T
Q  201 acattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 300  Q
    |  | || |||||  | ||||| || || || |  || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46516885 atttggttggtgatatcgttgctctaattgactcactgggtgtggaccaagttttccttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttg 46516786  T
Q  301 tatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    | ||||||| ||||| | | |||| ||||||||||| ||||||||    
T  46516785 tttgtttcgtcctgagaaagtcaaggcttatgtttgcctcagtgt 46516741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 46464934 - 46464833
Alignment:
Q  236 cttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgttt 335  Q
    ||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||  | | |||||||||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  46464934 cttggggttgatcaagtcttttttgttgctcatgattggggtgccttaactggttggtatc--tgtttgtttcgtcctgaaagagtcaaagcctatgttt 46464837  T
Q  336 gtct 339  Q
    ||||    
T  46464836 gtct 46464833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 83 - 345
Target Start/End: Original strand, 7475308 - 7475570
Alignment:
Q  83 tcatggcgccaccaaattgtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataa 182  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  |||||||||| ||||  | ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  7475308 tcatggcgccaccagattatagctctcagctccctcggctaccatgtcgtggctactgatctccgtggctatggtgacaccgattctccatcttcaataa 7475407  T
Q  183 gcagctacactggttttcacattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgctat 282  Q
    |||||||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7475408 gcagctacacagggtttcatatggttggtgaccttgttgcacttatagattttcttggtgttgatcaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgccat 7475507  T
Q  283 cattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7475508 cattggttggtacctttgcacgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgt 7475570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 345
Target Start/End: Original strand, 88323 - 88402
Alignment:
Q  266 catgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||| |||| || ||||||||||| |||||    
T  88323 catgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgt 88402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 37151907 - 37151828
Alignment:
Q  266 catgattggggtgctatcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtttgtctcagtgt 345  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||| |||| || ||||||||||| |||||    
T  37151907 catgattggggtgcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgt 37151828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University