View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12684_high_1 (Length: 850)

Name: NF12684_high_1
Description: NF12684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12684_high_1
NF12684_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-833)||(47053691-47054512)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 833
Target Start/End: Original strand, 47053691 - 47054512
Alignment:
Q  12 agcaaaggcaaagagacacacgagccaagctggaagagcacacactcttctctaagaagaaactaaaccctaatagagcttagggaacttagacgacgct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47053691 agcaaaggcaaagagacacacgagccaagctggaagagcacacactcttctctaagaagaaactaaaccctaacagagcttagggaacttagacgacgct 47053790  T
Q  112 gagttatgaaattctaagtttctaaccaatgttatcttctgagaaacaatcactaagctttctccaaacattggcagcttcatcagtctacaaaatgctt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053791 gagttatgaaattctaagtttctaaccaatgttatcttctgagaaacaatcactaagctttctccaaacattggcagcttcatcagtctacaaaatgctt 47053890  T
Q  212 gtggcagcgctagctgacatgcaatgaccgactcacaaaagcaccaacaggtttcatcttttccatttgtccaaggtagaggcagcatagtaaagtacct 311  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  47053891 gtggcagcgctagctgacacgcaatgaccgactcacaaaagcaccaacaggtttcatcttttccatttgtccaaggtagaggcatcatagtaaagttcct 47053990  T
Q  312 aaatagtttattgctactttatagggacatagtcatggcacatgatcaacactaaaaattttaaccttgaagcattggaaagtaattaggagggaatggt 411  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053991 aaatagattatttctactttatagggacatagtcatggcacatgatcaacactaaaatttttaaccttgaagcattggaaagtaattaggagggaatggt 47054090  T
Q  412 tttcatctgggtgagaatgtagagaagaaaggggacgaaggtgatagaagtagaattatttacatctgataccaaatgaaatattaaagcaaaacattct 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054091 tttcatctgggtgagaatgtagagaagaaaggggacgaaggtgatagaagtagaattatttacatctgataccaaatgaaatattaaagcaaaacattct 47054190  T
Q  512 tactctcaaccatgaatcgtatatcaacttgaaactaaagaacctaaatgcaaactaacacagaataaaagtaacataattaactactttcaaaggagat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054191 tactctcaaccatgaatcgtatatcaacttgaaactaaagaacctaaatgcaaactaacacagaataaaagtaacataattaactactttcaaaggagat 47054290  T
Q  612 taacacttctgtttatagttgattttgaataaaaaatgcaaatatatggtgtgatgccttaaattccgtcttcacccaacactaaaaaagtggtacttaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054291 taacacttctgtttatagttgattttgaataaaaaatgcaaatatatggtgtgatgccttaaattccatcttcacccaacactaaaaaagtggtacttaa 47054390  T
Q  712 aatctaaggagctttgtggatcaagtatctaaagatagaaaaggctctaattgtagaatctaatgaattttggatgcttgtgggaaatgggattgggaag 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054391 aatctaaggagctttgtggatcaagtatctaaagatagaaaaggctctaattgtaaaatctaatgaattttggatgcttgtgggaaatgggattgggaag 47054490  T
Q  812 gaagtggtttgatatttctact 833  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  47054491 gaagtggtttgatatttctact 47054512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University