View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12685_high_1 (Length: 886)

Name: NF12685_high_1
Description: NF12685
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12685_high_1
NF12685_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-870)||(31279347-31280200)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 781; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 781; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 31280200 - 31279347
Alignment:
Q  18 actatgcacatacaattgggagattgttgtatcaaaagaatatttagatacctgtatttctggtagcatagcatccccaaatgaaaaggcaatagttcca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31280200 actatgcacatacaattgggagattgttgtatcaaaagaatatttagatacctgtatttctggtagcatagcatccccaaatgaaaaggcaatagttcca 31280101  T
Q  118 agggcattgaaggctttgaaggatttagatgcagaactaccctgcaaactataacttaccgatgttctgtcaatcttcttccctaagataggtcataaat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31280100 agggcattgaaggctttgaaggatttagatgcagaactaccctgcaaactataacttaccaatgttctgtcaatcttcttccctaagataggtcataaat 31280001  T
Q  218 tagaaacttaatacaataccagcatgaaataaatcaatcaagtgc-tagacattgatcaattaggcaaagactgaagaatcaattagacgttaagatcaa 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31280000 tagaaacttaatacaataccagcatgaaatgaatcaatcaagtgcctagacattgatcaattaggcaaagactgaagaatcaattagacgttaagatcaa 31279901  T
Q  317 tcatgagcttaccattgtatatggtaacaccgatggttgtaccagcaaatccaatcgtgctaaaagtgcacaatgcattaacccatctcaatgagtggat 416  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31279900 tcgcgagcttaccgttgtatatggtaacaccgatggttgtaccagcaaatccaatcgtgctaaaagtgcacaatgcattaacccatctcaatgagtggat 31279801  T
Q  417 atcaggaagttgagaaagtaacagttcaaagattccaaagaaaacaataaaatgttgtaggctcaattttccatctgcatgataatgcttgtaaactgcc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31279800 atcaggaagttgagaaagtaacagttcaaagattccaaagaaaacaataaaatgttgcaggctcaattttccatctgcatgataatgcttgtaaactgcc 31279701  T
Q  517 tgtnnnnnnngtggaaataaaacatttctataaggaagaaaaatggaacatgtataatatttgttctatcatattccataaaatatggtttaatgcataa 616  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31279700 tgtaaaaaaagtggaaataaaacatttctataaggaagaaaaatggaacatgtataatatttgttctatcatattccataaaatatggtttaatgcataa 31279601  T
Q  617 ccttaaggctgctaccagcagcaatttggatagcaatgttatttcctagagaagctatttgctggaataaggcaatagaccaatacccccagaatccttt 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31279600 ccttaaggctgctaccagcagcaatttggatagcaatgttatttcctagagaagctatttgctggaataaggcaatagaccaatacccccagaatccttt 31279501  T
Q  717 aagaatgattgacaagaaattaaaagaatgttacaatgatcatggaatacgaactgcagcgagcacaaagttgcaaatataacagttgaccattgaatgc 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31279500 aagaatgattgacaagaaattaaaagaatgttacaatgatcatggaatacgaactgcagcaagcacaaagttgcaaatataacagttgaccattgaatgc 31279401  T
Q  817 aatatgcagagaaactacatattatatgtaagttaaaaatttaacataaatcag 870  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  31279400 aatttgaagagaaactacatattatatgtaagttaaaattttaatataaatcag 31279347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University