View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1268_1D_low_23 (Length: 232)

Name: NF1268_1D_low_23
Description: NF1268_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1268_1D_low_23
NF1268_1D_low_23
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (7-216)||(8590051-8590260)
chr3 (1-225)||(8454967-8455191)
chr3 (1-225)||(6947582-6947806)
chr3 (1-225)||(6736303-6736527)
chr3 (7-200)||(6553936-6554129)
chr3 (7-200)||(6479480-6479673)
chr3 (1-200)||(6519654-6519853)
chr3 (13-216)||(6448286-6448489)
chr3 (4-162)||(5250545-5250703)
chr3 (10-216)||(5299053-5299259)
chr3 (1-197)||(4388429-4388625)
chr3 (32-200)||(8568471-8568639)
chr3 (1-216)||(5268378-5268593)
chr3 (71-144)||(7750421-7750494)
chr3 (37-144)||(5281078-5281185)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (1-225)||(6969-7193)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-200)||(6572800-6572989)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 8e-82; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 8590260 - 8590051
Alignment:
Q  7 gttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatctta 106  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  8590260 gttccaataatcagcatagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagatagaagagcattttgagctta 8590161  T
Q  107 aagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttaaatat 206  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  8590160 aagcatgggtctatgtttctgaatcttttgatgttgttggactcaccaaagcaattatcaattcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatct 8590061  T
Q  207 actacaacat 216  Q
    ||| ||||||    
T  8590060 actccaacat 8590051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 8455191 - 8454967
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| || |||||||    
T  8455191 aaccaggttccaataatcagcatagtcggtttaggagggatgggtaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatgacaacaagataaaggagcattttg 8455092  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8455091 aacttaaagcatgggtctatgtttcagaatcttttgatgttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcgtttaattcttcagcagatggtgaagactt 8454992  T
Q  201 aaatatactacaacataaacaccaa 225  Q
    |||| |||| |||||| ||| ||||    
T  8454991 aaatctactccaacatcaactccaa 8454967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6947806 - 6947582
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| | || |||||||    
T  6947806 aaccaggttccaataatcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatgacaacaagatagaggagcattttg 6947707  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6947706 accttaaaacatgggtctacgtttcagaatcttttgatgttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 6947607  T
Q  201 aaatatactacaacataaacaccaa 225  Q
     ||| |||| |||||| ||| ||||    
T  6947606 gaatctactccaacatcaactccaa 6947582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6736527 - 6736303
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||||    
T  6736527 aaccaggttccaataattagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagataaagaagcattttg 6736428  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6736427 aacttaaagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatgtttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaagactt 6736328  T
Q  201 aaatatactacaacataaacaccaa 225  Q
     |||  ||| |||||| ||| ||||    
T  6736327 gaatcaactccaacatcaactccaa 6736303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 200
Target Start/End: Original strand, 6553936 - 6554129
Alignment:
Q  7 gttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatctta 106  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  | |||||||| ||||    
T  6553936 gttccaataatcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagataaagaagcattttgaactta 6554035  T
Q  107 aagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6554036 aagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatgtttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatactt 6554129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 200
Target Start/End: Original strand, 6479480 - 6479673
Alignment:
Q  7 gttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatctta 106  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | || |||||||| ||||    
T  6479480 gttccgataatcagcatagttggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacaacaacaagatagaggaacattttgaactta 6479579  T
Q  107 aagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6479580 aagcatgggtctatgtttcagaatcttatgatgttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatactt 6479673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 6519654 - 6519853
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | | ||   |||| ||||||| || |||  | |||||||    
T  6519654 aaccaggttccaataatcagcatagtgggtttaggaggaatgggtaaaaccacccttgctcaacatgtctacaatgacaacatgacaaagaagcattttg 6519753  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6519754 aacttaaagcatgggtctatgtttcagaatcttttgatgatgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatactt 6519853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 13 - 216
Target Start/End: Original strand, 6448286 - 6448489
Alignment:
Q  13 ataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaagcat 112  Q
    ||||||||| |||| ||| | || |||||||| || |||||  |||||||||||| | ||||  |||||| |||||| || |||||||| |||||| | |    
T  6448286 ataatcagcatagtgggtctgggtgggatgggtaagaccacttttgctaagcttgtgtacaatcacaacatgataaaggagcattttgaacttaaatctt 6448385  T
Q  113 gggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttaaatatactaca 212  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  6448386 gggtctatgtttcagaatattttgatgttgttggactcaccaaagcaatcctaaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatctactcca 6448485  T
Q  213 acat 216  Q
    ||||    
T  6448486 acat 6448489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 4 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 5250703 - 5250545
Alignment:
Q  4 catgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatc 103  Q
    ||||| |||||||||||| |||| ||| | || || ||||| || ||||| |||||| |||||||| |||||||| ||| |||  | || |||||||| |    
T  5250703 catgtaccaataatcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgcgtacaacgaccacaggatgcaggagcattttgaac 5250604  T
Q  104 ttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaatt 162  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5250603 ttaaagcttgggtctatgtttcagaaacttttgatgttgttggactcaccaaagcaatt 5250545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 10 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5299259 - 5299053
Alignment:
Q  10 ccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaag 109  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||| | |||| | ||||  |||||| |||| |  | || ||||| || ||||    
T  5299259 ccaataatcagcatagtgggtctaggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatacagaaacagtttgaactaaaag 5299160  T
Q  110 catgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttaaatatact 209  Q
    | |||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||     ||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  5299159 cctgggtctatgtttcggaaacttttaatgttgttggacttaccaaagcaattttacggtcatttcactcttcggcagatggtgaagacttgaatctact 5299060  T
Q  210 acaacat 216  Q
     ||||||    
T  5299059 ccaacat 5299053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 4388429 - 4388625
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||| | || || ||||| || ||||| |||||| |||||| | |||| |||  || ||| ||||| |||||||    
T  4388429 aaccaagtaccaataatcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgtgtacaatgaccgcaggatgaaagagcattttg 4388528  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaaga 197  Q
    | |||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||  | ||||||| | |||||| || ||| ||||||    
T  4388529 aacttaaagcttgggtctacgtttcagaaacttttgatgttgttggacttaccaaagcaattctgaggtcatttcactcttcaacacatgctgaaga 4388625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 200
Target Start/End: Original strand, 8568471 - 8568639
Alignment:
Q  32 taggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaagcatgggtctatgtttttgaatc 131  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||   ||||   |||| ||| |||||||| |  | || ||||| |||||||| |||||| ||||||  |||||    
T  8568471 taggtgggatgggtaagaccacccttgctcgacttgtctacaatgaccacaagatagagaagcaatttgaacttaaagcttgggtccatgtttcagaatc 8568570  T
Q  132 ttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||| |||| ||| | || |||||||||||    
T  8568571 ttttgatgttgttggactcaccaaaacaattctcaggtcatttcattcctcatctgacggtgaagactt 8568639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 5268593 - 5268378
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| ||| | || || ||||| || |||||||||||| | || | | |||| ||| | | ||| || ||  |||||     
T  5268593 aaccatgtaccaataatcagcatagtgggtctcggtggaatgggtaagaccacccttgctcaactcgtgtacaatgaccaaaggatcaaggagaatttta 5268494  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | | |||||| |||||||||||||  |||  |||||||| | | ||||| || ||||||||||  | ||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  5268493 aacataaagcctgggtctatgtttcggaaatttttgatggtctcggacttactaaagcaattctgaggtcatttgacttttcagcagatggtgaagactt 5268394  T
Q  201 aaatatactacaacat 216  Q
     ||| |||| ||||||    
T  5268393 gaatttactccaacat 5268378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 7750494 - 7750421
Alignment:
Q  71 acaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgtt 144  Q
    |||||||| |||||||| | || || ||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  7750494 acaacgaccacaagatacatgagcaatttgaacttaaagcttgggtctatgtttcagaatcttttgatcttgtt 7750421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 37 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 5281185 - 5281078
Alignment:
Q  37 gggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttg 136  Q
    |||||||| || |||||||||||| |||||| | | |||||| | |  || ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||  |||| |||||    
T  5281185 gggatgggtaagaccacccttgctgagcttgtgtataacgacgatagaattaaagagcattttgaacataaagcttgggtctatgtttcagaattttttg 5281086  T
Q  137 atgttgtt 144  Q
    ||| ||||    
T  5281085 atgctgtt 5281078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 6969 - 7193
Alignment:
Q  1 aaccatgttccaataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||  | |||||||    
T  6969 aaccaggttccaataatcagcatagtgggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaaagacaacaagataaagaagcattttg 7068  T
Q  101 atcttaaagcatgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7069 aacttaaagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatgtttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaagactt 7168  T
Q  201 aaatatactacaacataaacaccaa 225  Q
     |||  ||| |||||| ||| ||||    
T  7169 gaatcaactccaacatcaactccaa 7193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 200
Target Start/End: Original strand, 6572800 - 6572989
Alignment:
Q  11 caataatcagcgtagtcggtttaggagggatggggaaaaccacccttgctaagcttgcgcacaacgacaacaagataaaagatcattttgatcttaaagc 110  Q
    ||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||   |||| ||| | | |||  |  | || ||||| ||||||||    
T  6572800 caataatcagcatagtgggtttgggtgggatggggaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgaccagaggatggagaaacagtttgaccttaaagc 6572899  T
Q  111 atgggtctatgtttttgaatcttttgatgttgttggactcacgaaagcaattcacaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagactt 200  Q
     |||||| |||| |   |||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||  | ||||||  ||||||  ||||| |||||||||||    
T  6572900 ttgggtccatgtctcaaaatcatttgatgctgttggactcaccaaaacaattcttaggtcattccattcttttgcagacggtgaagactt 6572989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University