View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12709_high_5 (Length: 383)

Name: NF12709_high_5
Description: NF12709
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12709_high_5
NF12709_high_5
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-364)||(16232328-16232694)
chr2 (1-361)||(34690990-34691345)
chr2 (1-361)||(34713402-34713757)
chr2 (1-136)||(33861221-33861359)
chr2 (230-302)||(33861059-33861131)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (4-322)||(38137628-38137945)
chr1 (1-312)||(45993257-45993567)
chr1 (1-312)||(43045204-43045514)
chr1 (1-312)||(43045657-43045967)
chr1 (1-312)||(43066440-43066750)
chr1 (1-312)||(43084085-43084395)
chr1 (1-321)||(45983477-45983790)
chr1 (1-189)||(7890809-7890993)
chr1 (1-312)||(3300941-3301250)
chr1 (3-189)||(7888546-7888728)
chr1 (1-256)||(51291885-51292135)
chr1 (1-189)||(40034465-40034647)
chr1 (5-189)||(43076558-43076737)
chr1 (237-312)||(40034689-40034767)
chr1 (333-361)||(45983813-45983841)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-189)||(4620026-4620210)
chr8 (1-189)||(1846728-1846912)
chr8 (1-134)||(4787275-4787408)
chr8 (4-143)||(4297851-4297990)
chr8 (237-312)||(4787457-4787535)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-301)||(4231691-4231987)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (4-189)||(16349475-16349656)
chr5 (237-324)||(16349337-16349427)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (4-297)||(7519487-7519776)
chr6 (1-128)||(7528855-7528982)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 16232694 - 16232328
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232694 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 16232595  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232594 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcatcgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 16232495  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctg--- 297  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  16232494 ccactactctcggtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgctg 16232395  T
Q  298 ctgcaacaaggtattgacattttcagcatctgattattatttttataattcatttatataagtaata 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232394 ctgcaacaaggtattgacattttcagcatctgattattatttttataattcatttatataagtaata 16232328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 34691345 - 34690990
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  34691345 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatg--caagtttgagacaaccaagtact 34691248  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  34691247 gcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaa----gaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34691152  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctg--- 297  Q
    | ||||||    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||       
T  34691151 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctg 34691052  T
Q  298 ctgcaacaaggtattgaca-ttttcagcatctgattattatttttataattcatttatataagta 361  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34691051 ctgcaacaaggtatttatatttttcagcatttg---attatttttataattcatttatataagta 34690990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 34713757 - 34713402
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||    
T  34713757 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatg--caagtttgagacaaccaagtact 34713660  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  34713659 gcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaa----gaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 34713564  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctg--- 297  Q
    | ||||||    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||       
T  34713563 cgactactagaggtttgcgagctggttggtctaagaatggtcagacctgggaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctg 34713464  T
Q  298 ctgcaacaaggtattgaca-ttttcagcatctgattattatttttataattcatttatataagta 361  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34713463 ctgcaacaaggtatttatatttttcagcatttg---attatttttataattcatttatataagta 34713402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 33861359 - 33861221
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgct---tgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagt 97  Q
    |||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||| | || |||||||||| | |||    
T  33861359 tcattcaagtatgctaattgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaaccagt 33861260  T
Q  98 actgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatt 136  Q
    || | | |||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  33861259 accggtacactgtcattgatgcccctggacacagggatt 33861221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 230 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 33861131 - 33861059
Alignment:
Q  230 tctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgctgca 302  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||| || || || | |||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  33861131 tctaagcatggtcagacccgtgaacatgcccttctcgcctgcactcttggtgtgcctcaaatgatctgctgca 33861059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 322
Target Start/End: Original strand, 38137628 - 38137945
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||  |    
T  38137628 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 38137727  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaattcca 203  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  38137728 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcca 38137823  T
Q  204 ctactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgat---ctgctg 300  Q
    | |||   |||||  |||||||||  ||| |||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| | |  |||||||||| | ||||||||   ||||||    
T  38137824 caactggtagttttgaagctggttattctcaggaaggtcagacctctgaacatgctcttcttgcattcgttcttggtgtgcgccaaatgatctgctgctg 38137923  T
Q  301 caacaaggtattgacattttca 322  Q
    |||||||||||| | |||||||    
T  38137924 caacaaggtatttatattttca 38137945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 45993257 - 45993567
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||||||||||| |||||||     
T  45993257 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaagtaca 45993356  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
    | |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  45993357 gctgcactgtcattgatgcctccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgctgttctcatcattgatt 45993452  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatc---tg 297  Q
    |||||||||   ||||  |||| |||   || ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  |||||||||   ||    
T  45993453 ccactactcgtggttttgaagccggtatttcaaaggatggtcagactcgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaatcaaatgatctgttg 45993552  T
Q  298 ctgcaacaaggtatt 312  Q
    |||||||||||||||    
T  45993553 ctgcaacaaggtatt 45993567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 43045514 - 43045204
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43045514 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43045415  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43045414 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43045319  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc-- 298  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||      
T  43045318 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctg 43045219  T
Q  299 -tgcaacaaggtatt 312  Q
     ||||||||||||||    
T  43045218 ttgcaacaaggtatt 43045204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 43045967 - 43045657
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43045967 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43045868  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43045867 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43045772  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc-- 298  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||      
T  43045771 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctg 43045672  T
Q  299 -tgcaacaaggtatt 312  Q
     ||||||||||||||    
T  43045671 ttgcaacaaggtatt 43045657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 43066440 - 43066750
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43066440 tcattcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43066539  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43066540 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43066635  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc-- 298  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||      
T  43066636 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctg 43066735  T
Q  299 -tgcaacaaggtatt 312  Q
     ||||||||||||||    
T  43066736 ttgcaacaaggtatt 43066750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 43084395 - 43084085
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||||||||||||||||||    
T  43084395 tcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtact 43084296  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| |||||  ||||  |||    
T  43084295 actgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgttctcatcattgatt 43084200  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc-- 298  Q
    ||||||||    ||||  |||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||      
T  43084199 ccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatggtcagacccgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatctgctg 43084100  T
Q  299 -tgcaacaaggtatt 312  Q
     ||||||||||||||    
T  43084099 ttgcaacaaggtatt 43084085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 45983477 - 45983790
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || |||  ||||||||||||| |||||||     
T  45983477 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttgagacaaacaagtaca 45983576  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  45983577 actgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgatt 45983672  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgat---ctg 297  Q
    ||||||||    ||||  |||| ||      || | ||||||||||| | ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  ||||||||   |||    
T  45983673 ccactactggtggttttgaagccgg------tatgaatggtcagacccgtgaacatgctcttcttgccttcactcttggtgtgaatcaaatgatctgctg 45983766  T
Q  298 ctgcaacaaggtattgacattttc 321  Q
    ||||||||||||||| | ||||||    
T  45983767 ctgcaacaaggtatttatattttc 45983790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 7890809 - 7890993
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | |     
T  7890809 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgagacaaccaacttcc 7890908  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||    
T  7890909 gctgcactctcattgatgcccctggacacagggatttc----attaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgctgttct 7890993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 3301250 - 3300941
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| || |||||||    
T  3301250 tcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtact 3301151  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  3301150 actgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattgatt 3301055  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatga--tctgc 298  Q
    |||||||     ||||  |||| |||   || |||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||  | |||    
T  3301054 ccactaccggtggttttgaagccggtatatcaaaggatgggcagacccgtgaacacgctcttcttgctttcactcttggtgtgaagcaaatgatttttgc 3300955  T
Q  299 tgcaacaaggtatt 312  Q
    ||||||||||||||    
T  3300954 tgcaacaaggtatt 3300941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 189
Target Start/End: Original strand, 7888546 - 7888728
Alignment:
Q  3 attcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||  |||||     
T  7888546 attcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaaccagctactgc 7888645  T
Q  103 tgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||    
T  7888646 tgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----atcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgttct 7888728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 51292135 - 51291885
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| |||| ||||||||    
T  51292135 tcattcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagtttga-acaatcaagtact 51292037  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||    ||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||||| | ||||  || |  |||    
T  51292036 attgcactctcattgatgcccccggacatgggaatttc----attaagaacatgatcgccgggccgttccaagctgactgtgttattctcatccttgatt 51291941  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacat 256  Q
    |||| |||  | | ||  |||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||    
T  51291940 ccacaactggcgggtttgaagctggttattctaaggatggtcagaccggtgaacat 51291885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 40034465 - 40034647
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||     
T  40034465 tcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtttgagacaaccaaatacc 40034564  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||    || ||||||||| | ||||| || |||  ||||||||||||||||||    
T  40034565 actgcactctcattgacgcccccggacaca--gatttc----atcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgctgttct 40034647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 189
Target Start/End: Original strand, 43076558 - 43076737
Alignment:
Q  5 tcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgttg 104  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||  | || |||||||||||||| ||| |||| ||    
T  43076558 tcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaactgctg 43076656  T
Q  105 caccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    |    ||||||||| ||| ||||||| | |||||    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  43076657 cgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttc----attaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttct 43076737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 312
Target Start/End: Original strand, 40034689 - 40034767
Alignment:
Q  237 atggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc---tgcaacaaggtatt 312  Q
    |||||||||||   ||||||||||| ||||| || |||||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||    
T  40034689 atggtcagaccactgaacatgctcttcttgcctatactcttggtgtgaatcaaatgatctgctgctgcaacaaggtatt 40034767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 333 - 361
Target Start/End: Original strand, 45983813 - 45983841
Alignment:
Q  333 attatttttataattcatttatataagta 361  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45983813 attatttttataattcatttatataagta 45983841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4620210 - 4620026
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  4620210 tcattcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtttgagacaaccaagtact 4620111  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  4620110 actgcactctcattgatgcccccggacacagagatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgctgttct 4620026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 1846912 - 1846728
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| | |     
T  1846912 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaaccaacttcc 1846813  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  1846812 tctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgccgttct 1846728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 4787275 - 4787408
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||     
T  4787275 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtaca 4787374  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacaggga 134  Q
      |||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  4787375 actgcactgtcattgatgctcccggacacaggga 4787408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4297990 - 4297851
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||   |    
T  4297990 ttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaacaagtacaact 4297891  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaa 143  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  4297890 gcattgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaa 4297851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 312
Target Start/End: Original strand, 4787457 - 4787535
Alignment:
Q  237 atggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgc---tgcaacaaggtatt 312  Q
    |||||||||||   ||||||||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||    
T  4787457 atggtcagacccttgaacatgctcttcttgccttcactgttggtgtgaagcaaatgatctgctgctgcaacaaggtatt 4787535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4231987 - 4231691
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||| || |||||||    
T  4231987 tcatttaagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagaccactaagtact 4231888  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaatt 200  Q
      |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||||||||  ||||  |||    
T  4231887 actgcactgtcattgatgcccctggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgctgttctcatcattgatt 4231792  T
Q  201 ccactactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctgctg 300  Q
    |||| |||    ||||  ||||||||   || ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4231791 ccaccactggtggttttgaagctggtatttccaaggatggtcagactcgtgaacatgctctccttgctttcactcttggtgtgaggcaaatgatctgctg 4231692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 4 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349475
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||| | |    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 189  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttct 16349475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 16349427 - 16349337
Alignment:
Q  237 atggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctg---ctgcaacaaggtattgacattttcagc 324  Q
    ||||||||| | | ||||||||||| | ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||    
T  16349427 atggtcagatccgtgaacatgctctccatgcttactctcttggtgtcaagcaaatgatctgctgctgcaacaaggtattcatattttcagc 16349337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 297
Target Start/End: Original strand, 7519487 - 7519776
Alignment:
Q  4 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 103  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |  |||| || |||||||| ||||||||||  |    
T  7519487 ttcaagtacgcatgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatttgagaccaccaagtactact 7519586  T
Q  104 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaattcca 203  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  | ||||||    || ||||||||||| || || |||||| | ||||| |||||||| ||  ||||  | ||||    
T  7519587 gcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttc----atcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgtccttatcattgactcca 7519682  T
Q  204 ctactctcagtttgcaagctggttggtctaaggatggtcagacctgggaacatgctctacttgcgtacactcttggtgtgaggcaaatgatctg 297  Q
    | |||    ||||  ||||||||   ||||||||||| |||||| | || |||||||| ||||| |  |||||||| |||| ||| ||||||||    
T  7519683 ccactggtggttttgaagctggtatctctaaggatggacagacccgtgagcatgctcttcttgcatttactcttggagtgaagcagatgatctg 7519776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Original strand, 7528855 - 7528982
Alignment:
Q  1 tcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtact 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || || ||| || |||| || |||||||| ||||||||||    
T  7528855 tcattcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatttgagaccaccaagtact 7528954  T
Q  101 gttgcaccctcattgatgcccccggaca 128  Q
      |||||  |||||||||| ||||||||    
T  7528955 actgcacagtcattgatgctcccggaca 7528982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University