View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1270_high_26 (Length: 365)

Name: NF1270_high_26
Description: NF1270
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1270_high_26
NF1270_high_26
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (30-351)||(16752245-16752566)
chr2 (119-340)||(16756839-16757060)
chr2 (33-117)||(16756729-16756813)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (34-339)||(17583274-17583573)
chr1 (34-339)||(17591181-17591480)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (36-343)||(32739866-32740167)
chr5 (30-339)||(32762770-32763073)
chr5 (30-337)||(32767670-32767971)
chr5 (34-339)||(28474634-28474933)
chr5 (129-337)||(32651840-32652048)
chr5 (30-308)||(32858019-32858291)
chr5 (34-351)||(32656081-32656392)
chr5 (221-336)||(25469530-25469645)
chr5 (120-309)||(32662010-32662199)
chr5 (66-154)||(32558078-32558160)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (30-339)||(7969919-7970222)
chr7 (32-337)||(37576891-37577190)
chr7 (41-117)||(37586325-37586401)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-240)||(21524320-21524524)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 30 - 351
Target Start/End: Original strand, 16752245 - 16752566
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752245 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 16752344  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752345 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtccaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtatcaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 16752444  T
Q  230 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaa 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16752445 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaa 16752544  T
Q  330 tttgcataacttgcacaaaccc 351  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  16752545 tttgcataacttgcacaaaccc 16752566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 119 - 340
Target Start/End: Original strand, 16756839 - 16757060
Alignment:
Q  119 actacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgca 218  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||||    
T  16756839 actatgcttttgggaaatgcagtcaatatttgttgctttggtccaactgcttctgtgtccgagtatagttatgatatatcggctaggtctcagaaatgca 16756938  T
Q  219 aactgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctct 318  Q
    |||||||||||||||| |||| || |||| | || || |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||    
T  16756939 aactgaaattacactcgtttgcaaagaatttgcatcaagttactttagcaactctttcatcagagttccttgtgattccaattggttcttctgaacctct 16757038  T
Q  319 caagctagaaatttgcataact 340  Q
    | |||| | |||||||||||||    
T  16757039 cgagcttgtaatttgcataact 16757060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 117
Target Start/End: Original strand, 16756729 - 16756813
Alignment:
Q  33 ttgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||  |  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  16756729 ttgtctccttgaagtctgatgatgaagtcattgttcttcaagagaaacgtagtggcaaagtatttattctcaataatagtactat 16756813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 34 - 339
Target Start/End: Original strand, 17583274 - 17583573
Alignment:
Q  34 tgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttgggg 133  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||      |||||||||     
T  17583274 tgtctccatgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgatggtaaactatttattctcaataatagaagtat------gcttttggga 17583367  T
Q  134 aatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacact 233  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||  ||  |||| |||||||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  17583368 aatgcagtcaatctttgctgcattggtcctaactcttctgagtccgactatagttatgatatattggctaggtctcagatatccaaactgaaattacagt 17583467  T
Q  234 cttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttg 333  Q
    |||| || | ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  17583468 ctttcgtgaagaacgtccaacaggttcctttagcaactctttcatcagagttgcttgtgattccatttggttcttctgaacctctcaagctagatatttg 17583567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 34 - 339
Target Start/End: Original strand, 17591181 - 17591480
Alignment:
Q  34 tgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttgggg 133  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||      ||||||||||     
T  17591181 tgtctccttgaagtctaatgatgaaattattgttcttcaagaggaaaatgatggtaaactatttattctcaataatagaacta------cgcttttggga 17591274  T
Q  134 aatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacact 233  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||  ||  |||| |||||| | |||| ||||| ||||  ||| ||||||||||  |||| |||||||||||| |    
T  17591275 aatgcagtcaatctttgctgcattggtcctaactcttctgagtccaactataattatgatatattggctaggtctcagaattgcatactgaaattacagt 17591374  T
Q  234 cttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttg 333  Q
    ||||||  | ||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  17591375 cttttgcgaagaacgtccaacaagttactttagcaactctttcatcagagttgcttgtgattccatttggttcttctgaacctctcaagctagatatttg 17591474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 36 - 343
Target Start/End: Original strand, 32739866 - 32740167
Alignment:
Q  36 tctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaa 135  Q
    |||||||||||||| |||||||  | ||| |||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||      || | || || ||    
T  32739866 tctccttgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcgagaggaaaatgatgacaaactatttattctcaataatagtacta------cgttgttaggaaa 32739959  T
Q  136 tgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacactct 235  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||||||| | ||||  ||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  32739960 tgctgtcaatatttgctgctttggtccagacgcttctgagtctgagtatagttacgatatattggctacgtctcagatatgtaaactgaaattacactct 32740059  T
Q  236 tttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttgca 335  Q
    ||||  | ||||||||||||| ||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  | |||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  32740060 tttgccaagaatgtccaacagattactttagcaaatctttcatcaaagttccttgtgattccatttagttcttctgaacctctcaagttagaaatttgca 32740159  T
Q  336 taacttgc 343  Q
    ||||||||    
T  32740160 taacttgc 32740167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 30 - 339
Target Start/End: Original strand, 32762770 - 32763073
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  | ||| | ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||      | |||||    
T  32762770 tcattgtctccttgaagtctaatgatgaaaccattgtccttcaagaggaaaatgatggcaaactgtttattctcaataatagaacta------cactttt 32762863  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
     || ||||||||||||||||||||| | ||||  ||  |||| ||||| ||||||||||||| ||||  ||| || ||||||| ||||||||||||||||    
T  32762864 aggaaatgcagtcaatatttgctgcctcggtcctaactcttctgagtctgagtatagttatgatatattggctagctctcagatatgcaaactgaaatta 32762963  T
Q  230 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaa 329  Q
    || |||||||| | ||| |||||||  ||| |||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||  || ||||||| |||||||||||||||| |    
T  32762964 cagtcttttgtgaagaacgtccaacgtgttgctttagcaactctttcatcagagtttcttgtgattccatttgcttcttccgaacctctcaagctagata 32763063  T
Q  330 tttgcataac 339  Q
    ||||||||||    
T  32763064 tttgcataac 32763073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 30 - 337
Target Start/End: Original strand, 32767670 - 32767971
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||| | || ||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       |||||    
T  32767670 tcattgtctccttaaagtccaatgatcaagccattgttcttcaggaggaaaatgatggcaaactatttattctcaataatagtactata------ctttt 32767763  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
     || ||||||||| ||||||||||| ||||||  ||  | || ||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  32767764 aggaaatgcagtctatatttgctgcattggtcctaactcctctgagtccgagtatagttatgatatattggctaggtctcagacatgcaaactgaaatta 32767863  T
Q  230 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaa 329  Q
    || |||||||| |  |||||||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||||||  ||| |||||  |||| |||||||||||||    
T  32767864 cagtcttttgtgaaaaatgtccagcagtttactttagcaactcttccatcagagctccttgtgattccagttggctcttctgaaccactcaagctagaaa 32767963  T
Q  330 tttgcata 337  Q
    ||||||||    
T  32767964 tttgcata 32767971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 34 - 339
Target Start/End: Original strand, 28474634 - 28474933
Alignment:
Q  34 tgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttgggg 133  Q
    |||||| ||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||| || |      | ||||||||     
T  28474634 tgtctctttgaagtctaatgatgaaaccattgttcttcaagaggaaactgagggcaaactatttattctcaataatagaacca------cacttttggga 28474727  T
Q  134 aatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacact 233  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||  ||  |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||||||||||  ||||| |    
T  28474728 aatggagtcaatatttgctgcattggtcctaactcttctgagtccgagtatagttatgatatattggctaggtctcagatatgcaaactgactttacagt 28474827  T
Q  234 cttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttg 333  Q
    ||||||| | ||| |||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  28474828 cttttgtgaagaacgtccaagaggttgctttagcaactccttcatcagagttgcttgtgattccatttggttcttccgaacctctcaagctagatatttg 28474927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 129 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 32652048 - 32651840
Alignment:
Q  129 tggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatt 228  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||   || |||||| || |||||||||| ||||  ||| |||||| |||  ||||||||||||||    
T  32652048 tgggaaatgcagtcaatatttgcggcattggtccaaacttttacgagtctgaatatagttatgatatattggctaggtctgagatgtgcaaactgaaatt 32651949  T
Q  229 acactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaa 328  Q
    ||| |||||||  | | || ||||||  ||||||| || || ||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||| |||||||||    
T  32651948 acagtcttttggtaaggatttccaacgtgttacttcagcaaatctttcatcagagttccttgtgattccatttggttcttctgaacctctgaagctagaa 32651849  T
Q  329 atttgcata 337  Q
    |||||||||    
T  32651848 atttgcata 32651840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 308
Target Start/End: Original strand, 32858019 - 32858291
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||  | ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |      |  |||    
T  32858019 tcattgtctccttgaagtctaaagttgaaaccattgttcttcaaaaggaaaatgatggcaaactatttattctcaataatagtactct------gagttt 32858112  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
     || |||||||| |||||||| ||| ||||||  ||  |||  || ||| ||||||||| || ||||  ||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  32858113 aggaaatgcagttaatatttgttgcattggtcctaactcttgtgaatccaagtatagttctgatatatcggctaggtctcagatatgcaaattgaaatta 32858212  T
Q  230 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttctt 308  Q
    || |||||||| |   | ||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||  ||||||||    
T  32858213 cagtcttttgtgaaatacgtccaacggtttactttagcaactctttcatcagagtgccttgtgattccatttggttctt 32858291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 34 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 32656392 - 32656081
Alignment:
Q  34 tgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttgggg 133  Q
    |||||||||||||||| | |||||  | ||| || |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||      ||||||||||     
T  32656392 tgtctccttgaagtctaaggatgaaaccattgtttttcaagaggaaagttatggcaaactatttattctcaataatagagcta------cgcttttggga 32656299  T
Q  134 aatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattacact 233  Q
    |||||  |||||||||||||  |||||| |||  ||| |||||| || | |||||| | ||||  ||  ||||||||||  |||||  |||||||||| |    
T  32656298 aatgctatcaatatttgctgtattggtccaaactctttcgagtctgaatgtagttacgatatattggttaggtctcagatgtgcaacttgaaattacagt 32656199  T
Q  234 cttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatttg 333  Q
    |||| |  | ||||||||||  ||||   |||| |||||||||  | ||||| ||| ||||||||  ||||||||   || |||||||||||||||||||    
T  32656198 ctttcgcgaagaatgtccaatcggttgtattagcaactctttcgtcggagttgcttgtgattccatttggttcttttgaagctctcaagctagaaatttg 32656099  T
Q  334 cataacttgcacaaaccc 351  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  32656098 cataacttgcataaaccc 32656081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 336
Target Start/End: Original strand, 25469530 - 25469645
Alignment:
Q  221 ctgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctca 320  Q
    |||||||| ||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||   |||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||| |||  ||||||||     
T  25469530 ctgaaatttcacacttttgcgaagaatgtccaacgggttactttgaaaactctttcatcaaagttccttgtgattccatttggtttttctgaacctctcg 25469629  T
Q  321 agctagaaatttgcat 336  Q
    || |||||||||||||    
T  25469630 agatagaaatttgcat 25469645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 32662199 - 32662010
Alignment:
Q  120 ctacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaa 219  Q
    |||| |||||||| |||||  |||||||||||||  |||||| |||  ||| |||||| || ||||| |||  ||||  ||| ||||||||||  |||||    
T  32662199 ctacacttttgggaaatgctatcaatatttgctgtattggtccaaactctttcgagtctgaatatagatattatatattggctaggtctcagatgtgcaa 32662100  T
Q  220 actgaaattacactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttc 309  Q
    ||||||||| || ||||||| || | |||| ||||  ||| | || | ||||| |||  ||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  32662099 actgaaattgcagtcttttgcaaaggatgttcaacgtgttgcgttcgcaactccttcctcagagttccttttgattccatttggttcttc 32662010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 32558160 - 32558078
Alignment:
Q  66 ttcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttggggaatgcagtcaatatttgctgc 154  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||      |||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  32558160 ttcttcaagaggaaaatgatgggaaactatttactctcaataatagtactat------gcttctgggaaatgcagtcaatattagctgc 32558078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 30 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 7970222 - 7969919
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||  | ||| ||||||||||| || |||| || |||||||||||||| | ||| | |||||| | |      ||    
T  7970222 tcattgtctccttgatgtctaatggtgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgacggaaaactatttattctaaataacaatactatgagt------tt 7970129  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||  |||| | ||||||||||||||||| ||||  ||| | |||| ||| ||||||||||||||||    
T  7970128 gggaaaagcagtcaatatttgctgcattggtcctaactcttctgggtccgagtatagttatgatatatcggctaagtctgagatatgcaaactgaaatta 7970029  T
Q  230 cactcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaa 329  Q
    || |||||||  | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||  |||||||||||||||| |    
T  7970028 cagtcttttgcgaagaacgtccaacagtttactttagcaactctttcatcagagttccttgtgattccatttcgttcttctgaacctctcaagctagaca 7969929  T
Q  330 tttgcataac 339  Q
    ||||||||||    
T  7969928 tttgcataac 7969919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 337
Target Start/End: Original strand, 37576891 - 37577190
Alignment:
Q  32 attgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgcttttgg 131  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||      |||||| |    
T  37576891 attgtctccttgaagtctaatgatgaaactattgttcttcaagagaataatgttggcaaactatttattctcaataatagtactat------gctttttg 37576984  T
Q  132 ggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaattaca 231  Q
    | |||||| |||||||||| ||| || ||| |||  ||||  ||| ||||| | |||||| ||||  ||| || |||||   |||||||| |||||| ||    
T  37576985 gaaatgcaatcaatatttgttgcattagtccaaagtcttctcagtacgagtgtggttatgatatattggctagatctcaagcatgcaaaccgaaatttca 37577084  T
Q  232 ctcttttgtaacgaatgtccaacaggttactttaggaactctttcaccagagttccttatgattccaaatggttcttccaaacctctcaagctagaaatt 331  Q
     || ||||  | |||||| |||| | ||||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||  |||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  37577085 gtcgtttgcgaagaatgtgcaacggtttactttatcaactctttcattagagttccttgtgattccatttggttcttctgaacctctcgagctagaaatt 37577184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 117
Target Start/End: Original strand, 37586325 - 37586401
Alignment:
Q  41 ttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactat 117  Q
    ||||||||| |||||||    ||| ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37586325 ttgaagtctaatgatgaaagtattcttctttaagagaaaaatgatagaaaactatttattctcattaatagtgctat 37586401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 30 - 240
Target Start/End: Original strand, 21524320 - 21524524
Alignment:
Q  30 tcattgtctccttgaagtctgatgatgatgcaattattcttcaagagaaatatgatggcaaactatttattctcattaatagtactatcactacgctttt 129  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||  | ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      |  |||    
T  21524320 tcattgtctccttgaagtctaaagttgaaaccattgttcttcaagaggaaaatgatggcaaactatttattctcaataatagtactat------gagttt 21524413  T
Q  130 ggggaatgcagtcaatatttgctgctttggtcgaaatgcttccgagtccgagtatagttatggtataaaggccaggtctcagagatgcaaactgaaatta 229  Q
     || |||||||| |||||||| ||| ||||||  ||  |||  |||||| |||||||||||| ||||  ||| |||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  21524414 aggaaatgcagttaatatttgttgcattggtcataactcttttgagtccaagtatagttatgatatattggctaggtctgagatatgcaaattgaaatta 21524513  T
Q  230 cactcttttgt 240  Q
    || ||||||||    
T  21524514 cagtcttttgt 21524524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University