View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1270_low_10 (Length: 524)
Name: NF1270_low_10
Description: NF1270
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1270_low_10 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 16946369 - 16945883
Alignment:
| Q |
29 |
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128 |
Q |
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16946369 |
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16946270 |
T |
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| Q |
129 |
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228 |
Q |
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| T |
16946269 |
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16946170 |
T |
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| Q |
229 |
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328 |
Q |
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T |
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| Q |
329 |
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428 |
Q |
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| T |
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16945970 |
T |
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429 |
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515 |
Q |
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| T |
16945969 |
gtgcaaatttgatcaatgattttatttaaacaatgttgcatttaagtacccggtttatcgttcaggctttactgtattaacctatga |
16945883 |
T |
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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 17017034 - 17016548
Alignment:
| Q |
29 |
aaatagaaaatgtagataaggtataattatatcttgtatatggtggagcacttaagacagcgttannnnnnnngtcaacaaaccaaaccagatttctttt |
128 |
Q |
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aaatagaaaatgtagataaggtataattatatcttgtatatggtggagcacttaagacagcgttattttttttgtcaacaaaccaaaccagatttctttt |
17016935 |
T |
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| Q |
129 |
tggcattatcttaatgttgattaatagaatcaaactgtgtattttttgtgttacagaatgtaccatatactgaaaccggaaccgaggtgagcaagtatga |
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tggcattatcttaatgttgattaatagaatcaaactgtgtattttttgtgttacagaatgtaccatatactgaaaccggaaccgaggtgagcaagtatga |
17016835 |
T |
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aaagttacaggacattgaagaatcaaaaaccaatacttctactgatgataagggagatgaaaattctggaggaccgtttgatcaggttttcatcaacttt |
17016735 |
T |
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taattagattttatttacttgtttaactttataatgtaaggttggataatggtagtgataattttggaaaaacaatcactgttttcatattgtaacactg |
17016635 |
T |
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gtgcaaatttgatcaatgattttatttaaacaatattgcatttaagtacccggtttatcgttcaggctttactgtattaacctatga |
515 |
Q |
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gtgcaaatttgatcaatgattttatttaaacaatgttgcatttaagtacccggtttatcgttcaggctttactgtattaacctatga |
17016548 |
T |
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