View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1271-6-Insertion-3 (Length: 667)
Name: NF1271-6-Insertion-3
Description: NF1271-6
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1271-6-Insertion-3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 595
Target Start/End: Original strand, 33048459 - 33049043
Alignment:
| Q |
9 |
acagaacacattctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
108 |
Q |
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| T |
33048459 |
acagaacacattctagttttacttcatcaatctcaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
33048558 |
T |
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| Q |
109 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcata |
208 |
Q |
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| T |
33048559 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctttcagctatcccaacactgattcatgttggaattgcata |
33048658 |
T |
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| Q |
209 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
308 |
Q |
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| T |
33048659 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
33048758 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagctcttccctctgcagcaatgg |
408 |
Q |
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|
| T |
33048759 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagctcttccctctgcagcaatgg |
33048858 |
T |
|
| Q |
409 |
tatggtatgtcccttttgatgattgatcttagaaaacatagtttgcaaaattattaggcccggtttactttgagcaacattttcaaaccagctgagttac |
508 |
Q |
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| T |
33048859 |
tatggtatgtcccttttgatgattgatcttagaaaacatagtttgcaaaattattaggcccggtttactttgagcaacattttcaaaccagttgagttac |
33048958 |
T |
|
| Q |
509 |
ccaatcccccggtccactttggcttctagtttgaacactattagacttttgttggtaaatgaaagatccttatattatgaatcttac |
595 |
Q |
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| T |
33048959 |
ccaatcccccggt-cac-ttggcttctagtttgaacactattagacttttgttatttaatgaaagatgcttatattatgaatcttac |
33049043 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 9 - 417
Target Start/End: Original strand, 33061573 - 33061981
Alignment:
| Q |
9 |
acagaacacattctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
108 |
Q |
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|
| T |
33061573 |
acagaacacattctagtgttacttcatcaatctcaagacattgctagaacagctgcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
33061672 |
T |
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| Q |
109 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcata |
208 |
Q |
| |
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| T |
33061673 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctttcagctatcccaacactgattcatgttggaattgcata |
33061772 |
T |
|
| Q |
209 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
308 |
Q |
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| T |
33061773 |
tggatttgttcaatggacaggtctgaatttcataggtggaccggttgccacttctatttcactctggatatcgatgataatgttaggattttatgtaatg |
33061872 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagctcttccctctgcagcaatgg |
408 |
Q |
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| T |
33061873 |
tatgcaaagaagtttaagaatacatggagaggattctccatgcaatcatttgattacctgtttgcaaacatgaaactagctttgccttctgctgcaatgg |
33061972 |
T |
|
| Q |
409 |
tatggtatg |
417 |
Q |
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| T |
33061973 |
tatggtatg |
33061981 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 9 - 417
Target Start/End: Original strand, 33069540 - 33069948
Alignment:
| Q |
9 |
acagaacacattctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
108 |
Q |
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|
|
| T |
33069540 |
acagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
33069639 |
T |
|
| Q |
109 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcata |
208 |
Q |
| |
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||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||| || | |||||||| |||||||||| |
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|
| T |
33069640 |
tcttgagaaacatgttgaggtttctactaacacaatctgtagtgatgccactggttgtcttttcagctatcccagcaattgttcatgttggtattgcata |
33069739 |
T |
|
| Q |
209 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
308 |
Q |
| |
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| T |
33069740 |
tggatttgttcattggtcaggtcttaatttcaaaggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattagtaggtttttatatcttg |
33069839 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagctcttccctctgcagcaatgg |
408 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069840 |
tatgcaaagaagtttaagaatacatggaggggattttcaatgcaatcatttcagtacttgtttacaaacttgaaactagctcttccctctgcagcaatgc |
33069939 |
T |
|
| Q |
409 |
tatggtatg |
417 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
33069940 |
tatggtatg |
33069948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 9 - 417
Target Start/End: Original strand, 33079508 - 33079916
Alignment:
| Q |
9 |
acagaacacattctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
108 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |
|
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| T |
33079508 |
acagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatttggca |
33079607 |
T |
|
| Q |
109 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcata |
208 |
Q |
| |
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|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| || | |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
33079608 |
ccttgagaaacatgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtgatgccactggttattctttcagctataccagcaattgttcatgttggtattgcata |
33079707 |
T |
|
| Q |
209 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
308 |
Q |
| |
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|
| T |
33079708 |
tggatttgttcaatggtcgggtcttaaattcaaaggtggaccagttgcaatttctatttcactatggatatctatgatattggtaggtttttatatcttg |
33079807 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagctcttccctctgcagcaatgg |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
33079808 |
tatgcaaagaagtttaagaatacatggagaggattttcaatgcgatcatttcagtacttgtttacaaacttgaaactagctcttccctctgcagcaatgc |
33079907 |
T |
|
| Q |
409 |
tatggtatg |
417 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
33079908 |
tatggtatg |
33079916 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 9 - 389
Target Start/End: Original strand, 33087992 - 33088372
Alignment:
| Q |
9 |
acagaacacattctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagca |
108 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33087992 |
acagaacccattctagtgttacttcatcaatcacaagacattgctagaacagcagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagta |
33088091 |
T |
|
| Q |
109 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcata |
208 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33088092 |
tcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaataccactggttatactttcagctataccagcattggttcatggtgggattgcata |
33088191 |
T |
|
| Q |
209 |
tggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttg |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||| || ||||| || |
|
|
| T |
33088192 |
tggatttgttcaatggacaagtctgaatttcaaaggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatcaatgataatgttaggatcatatgttatg |
33088291 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagct |
389 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
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| T |
33088292 |
tatgcaaagaagtttgagaatacgtggaggggattttcaatgcaatcattttattacttgtttccaaacatgaaactagct |
33088372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 64 - 389
Target Start/End: Original strand, 33095543 - 33095868
Alignment:
| Q |
64 |
cactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaatgccactggt |
163 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
33095543 |
cactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagtatcttgcaaaacttgttgaggtttctacaaacacaatctgtagtaataccactggt |
33095642 |
T |
|
| Q |
164 |
tatcctatcagctatcccaacattgattcatgttagtattgcatatggatttgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttct |
263 |
Q |
| |
|
||| || |||||||| ||| ||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33095643 |
tatactttcagctataccagcattggttcatggtgggattgcatatggatttgttcaatggacaagtctgaatttcaaaggtggaccagttgcaacttct |
33095742 |
T |
|
| Q |
264 |
atttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttgtatgcaaagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagt |
363 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||| || |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||||| | | |
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|
| T |
33095743 |
atttcactatggatatcaatgataatgttaggatcatatgttatgtatgcaaagaagtttgagaatacgtggaggggattttcaatgcaatcattttatt |
33095842 |
T |
|
| Q |
364 |
acttgtttacaaacattaaactagct |
389 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33095843 |
acttgtttccaaacatgaaactagct |
33095868 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 530 - 562
Target Start/End: Original strand, 33062755 - 33062787
Alignment:
| Q |
530 |
gcttctagtttgaacactattagacttttgttg |
562 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
33062755 |
gcttctagtttgaacactatcagacttttgttg |
33062787 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 389
Target Start/End: Original strand, 18485590 - 18485964
Alignment:
| Q |
19 |
ttctagtgctacttcaccaatcaccagacattgctagaacagcttcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgcaaaa |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18485590 |
ttctagtgttacttccccaatctcaagacattgctagaacaacagcactctatatgaagtttcttataccaggattatttgcatatagcatcttgcaaaa |
18485689 |
T |
|
| Q |
119 |
cttgttgaggtttctacaaac-acaatctgtagtaatgccactggttatcctatcagctatcccaacattgattcatgttag---tattgcatatggatt |
214 |
Q |
| |
|
| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |
|
|
| T |
18485690 |
catgttgagatttctacaaaagaaaatctgtagtaatgcctctggttatcctttcagctatcccaacattgattcatgttggaattattgcctatggatt |
18485789 |
T |
|
| Q |
215 |
tgttcaatggacaggtttgagtttcataggtggaccagttgcaacttctatttcactatggatatctatgatattggtaggttcttatgtcttgtatgca |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
18485790 |
tgttcaatggaaaggtttgaatttcataggtggaccagttacaacttcgatttcactatggatatctttgatattggtaggattttatgtcttgtatgca |
18485889 |
T |
|
| Q |
315 |
aagaagtttgagaatacatggagaggattttcaaaggaatcatttcagtacttgtttacaaacattaaactagct |
389 |
Q |
| |
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||||||||| | |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
18485890 |
aagaagtttaaaaatatatggagaggaatttcaatggaatcatttcagtacttgtttacaaacctaaaactagct |
18485964 |
T |
|
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