View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12710_low_4 (Length: 556)

Name: NF12710_low_4
Description: NF12710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12710_low_4
NF12710_low_4
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (1-545)||(19186458-19187002)
chr8 (1-500)||(16005636-16006145)
chr8 (5-465)||(19149534-19149986)
chr8 (32-498)||(15954153-15954618)
chr8 (5-477)||(15982561-15983026)
chr8 (2-498)||(15964061-15964541)
chr8 (236-454)||(15942793-15943011)
chr8 (3-135)||(15941937-15942069)
chr8 (263-447)||(19190283-19190467)
chr8 (326-479)||(16050522-16050675)
chr8 (240-301)||(15977170-15977231)
chr8 (253-454)||(19453833-19454034)
chr8 (253-454)||(19552006-19552207)
chr8 (253-454)||(19580481-19580682)
chr8 (253-454)||(19527040-19527242)
chr8 (94-289)||(16050694-16050888)
chr8 (82-138)||(19338533-19338589)
chr8 (83-138)||(19356561-19356616)
chr8 (83-138)||(19501592-19501647)
chr8 (92-138)||(19378039-19378085)
chr8 (83-138)||(19288785-19288840)
chr8 (92-138)||(19406491-19406537)
chr8 (92-138)||(19538186-19538232)
chr8 (92-138)||(19552478-19552524)
chr8 (92-138)||(19580164-19580210)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (92-138)||(36312481-36312527)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 545
Target Start/End: Original strand, 19186458 - 19187002
Alignment:
Q  1 cgatgatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19186458 cgatgatctagaaggcgatttaagcaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggcttttcatcagaaaacaag 19186557  T
Q  101 ttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19186558 ttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcatt 19186657  T
Q  201 catcattttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaagga 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19186658 catcattttattgatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacatctggacaagga 19186757  T
Q  301 atgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatat 400  Q
    ||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |    
T  19186758 atgattgagtttagaaatgaattaacactcatttgtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacgagagagaatgt 19186857  T
Q  401 tgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctcttaaggttgtttattgaaaatttaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19186858 tgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttttatttggtgaggtatattgattgatacaatctcttaaggttgtttattgaaaatttaa 19186957  T
Q  501 tctggtatcaactgtttcatatgttgctaccaactctccattcat 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19186958 tctggtatcaactgtttcatatgttgctaccaactctccattcat 19187002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 500
Target Start/End: Original strand, 16005636 - 16006145
Alignment:
Q  1 cgatgatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaag 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||||    
T  16005636 cgatgatctagaaggcaatttcagcagtggagatgacttaaaagtgtttagctattcatcaataattgtggccaccaatggcttttcttctgaaaacaag 16005735  T
Q  101 ttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttt-----tgttgaaataaa-----ataagtagacgattaaacagttaag 190  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||  ||||     || | ||||||      |||| |  ||||||||| |||| ||    
T  16005736 ttaggacaaggtggctttgaacctgtttttaaggtgaccctttttta--gtttatcagtgataaaataactgcacataactgcacgattaaatagttgag 16005833  T
Q  191 ataatgcattcatc-attttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaactt 289  Q
    || ||||||||||| |||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16005834 attatgcattcatccattttattaattttttttttatattcaattcagggaattctaccttcagggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaactt 16005933  T
Q  290 ctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaaca 389  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  16005934 ctggacaaggaatgactgagtttagaaatgaattaacactcattagtaagcttcagcatacgaatcttgttcggctaatcggacattgcattcatgaaca 16006033  T
Q  390 tgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctcttaagg-ttgttta 488  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  16006034 tgagcgtatattgatctatgagtatatgcccaacaaaagcttggacttctttttatttggtgagatatattaattgctacagtctcttaaggtttgttta 16006133  T
Q  489 ttgaaaatttaa 500  Q
    | ||| ||||||    
T  16006134 tggaatatttaa 16006145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 5 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 19149986 - 19149534
Alignment:
Q  5 gatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaagttag 104  Q
    ||||||||||| |||||||| || |  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  19149986 gatctagaaggagatttaagcaacggtgatgacttaaaagtgtttagctattcatcaataattgtggctaccaatggcttttcttctgaaaacaagttag 19149887  T
Q  105 gacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcattcatc 204  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||  |||||| ||| ||       || |    | ||| |||| |||| |||||||||||    
T  19149886 gacaaggtggctttggacctgttttcaaggtgaccctttttta--gttttgctgagatg------gtggctcctgaaatagtttagattatgcattcatc 19149795  T
Q  205 -attttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatg 303  Q
     ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19149794 cattttattaatgata-ttttatatttaattcagggaattctaccttcagggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatg 19149696  T
Q  304 acggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattga 403  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19149695 acggagtttagaaatgaattaacactcatttgtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacaagagcggatattga 19149596  T
Q  404 tctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattg 465  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19149595 tctatgagtatatgcccaacaaaagcttggacttctttttatttggtgagatatattaattg 19149534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 32 - 498
Target Start/End: Original strand, 15954153 - 15954618
Alignment:
Q  32 gatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgttttta 131  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  15954153 gatgacttaaaagtgtttagctattcatcaataattgtggctaccaatggcttttcttctgaaaacaagttaggacaaggtggctttggacctgttttca 15954252  T
Q  132 aggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcattcat-cattttattaatgatgcttttatattc 230  Q
    |||||||  |||| ||  | ||| |||| |||  |||| |  || || ||| |||| |||| ||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  15954253 aggtgaccctttttta--ggtttattgagatatcataactgcaccatgaaatagttcagattatggattcatacattttattaataatgtttttatattc 15954350  T
Q  231 aattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactc 330  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || |||| |||||||| |||||||    
T  15954351 aattcagggaattctaccttcagggcaagaagtagctgtgaagaaactttcacaaacttctggacaaggaattattgaatttaaaaatgaattaacactc 15954450  T
Q  331 attagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagct 430  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  15954451 atttgtaagcttcagcatacaaatcttgttcggctaatcggacattgcattcatgaacaagagcggatattgatctatgagtatatgcccaacaaaagct 15954550  T
Q  431 tggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctcttaaggttgtttattgaaaattt 498  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  15954551 tggacttctttttatttggtgagatatgttaattgcgacaatctcttaaggttgtttatggaatattt 15954618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 5 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 15983026 - 15982561
Alignment:
Q  5 gatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaagttag 104  Q
    ||||||||||| ||||| || || |  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||| || |||||||||||||    
T  15983026 gatctagaaggagatttgagcaacggcgatgacttaaaagtgtttagctattcatcaataattgttgctaccagtggcttttcttctgaaaacaagttag 15982927  T
Q  105 gacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcattcatc 204  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||  |||||| ||| ||       || |    | ||| |||| |||| ||||||| |||    
T  15982926 gacaaggtggctttggacctgttttcaaggtgaccctttttta--gttttgctgagatg------gtggcttctgaaatagtttagattatgcatttatc 15982835  T
Q  205 -attttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatg 303  Q
     ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15982834 cattttattaatgaagtttttatattcaattcagggaattctaccttcagggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatg 15982735  T
Q  304 acggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattga 403  Q
    || |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  15982734 accgagtttagaaatgaattaactctcatttgtaagcttcagcataccaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacaagagcgtatattga 15982635  T
Q  404 tctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctctt 477  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  15982634 tctatgagtatatgcctaacaaaagcttggacttctttttatttggtgagatatattaatagttacattctctt 15982561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 2 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15964541 - 15964061
Alignment:
Q  2 gatgatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaagt 101  Q
    |||||||||||||| ||||| || || | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  15964541 gatgatctagaaggagatttgagcaacggagatgacttaaaagtgtttacctattcatcaataattgtggcaaccaatggcttttcatcagaaaacaagt 15964442  T
Q  102 taggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgaca-tttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagataatgcatt 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||  |||                ||| ||||||||  ||| ||  | |    
T  15964441 taggacaaggtggctttggacctgttttcaaggtgaccctttttttatagtttttctga----------------gatgaaacagttgcgattattgagt 15964358  T
Q  201 catcattttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaagga 300  Q
    ||||  ||| ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15964357 catcggttttttaat-atgcttttaaattcaacacagggaattctaccttcggagcaagaggtagctgtgaagaaactttcaaaaacatctggacaagga 15964259  T
Q  301 atgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatat 400  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |    
T  15964258 atgactgagtttagaaatgaattaacactcatttgtaagcttcagcatacaaatcttgttcggctaatcggtcattgcattcatgaacgagagagaatgt 15964159  T
Q  401 tgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctcttaaggttgtttattgaaaattt 498  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  15964158 tgatctatgagtatatgcccaacaaaagtttggacttctttttatttggtgagatatattgattgctacaatttcttaaggttgtgtattgaatattt 15964061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 236 - 454
Target Start/End: Original strand, 15942793 - 15943011
Alignment:
Q  236 agggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattag 335  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||    || |||| |||||||| ||  |||||  |    
T  15942793 agggaattctaccttctgggcaagaagtagctgtgaaaagactttcaaaatcttctggacaaggaattgttgaatttaaaaatgaattaaatctcatatg 15942892  T
Q  336 taagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggac 435  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| | ||||| | ||| ||||||    
T  15942893 taagctccagcatacaaatctggttcagctaataggtcactgcattcatgaacaagagagaatattaatctatgagtatcttccaaataaaagtttggac 15942992  T
Q  436 ttctttgtatttggtgaga 454  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  15942993 ttctttttatttggtgaga 15943011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 3 - 135
Target Start/End: Original strand, 15941937 - 15942069
Alignment:
Q  3 atgatctagaaggcgatttaagaaatgcagatgacctaaaagtgtttagctattcatcaatacttgtggctaccaatggtttttcatcagaaaacaagtt 102  Q
    ||||||||||||  |||||||| || | ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||   || ||||| ||||  |||||||| |||||||||||    
T  15941937 atgatctagaagttgatttaagcaaaggagatgacttgaaagtatttagctattcatcaataaaagtagctactaatgacttttcatctgaaaacaagtt 15942036  T
Q  103 aggacagggtggctttggacctgtttttaaggt 135  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  15942037 aggacagggtggctttggatcggtttttaaggt 15942069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 263 - 447
Target Start/End: Original strand, 19190283 - 19190467
Alignment:
Q  263 tagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttca 362  Q
    |||||||||| | || ||||||| |||||||||||||| | |  || |||||||| |||| |||||||||  | ||||| |||||||||||||| |||||    
T  19190283 tagctgtgaaaagacattcaaaatcttctggacaaggagttattgaatttagaaacgaattaacactcatctgcaagctccagcatacaaatctggttca 19190382  T
Q  363 actaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtattt 447  Q
     ||    ||||| ||||||||| || | || ||||| ||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||| |||||    
T  19190383 gctgcaaggtcactgcattcataaagaagaacgaatgttgatctatgagtatttgtcaaataaaagcttggacttctttttattt 19190467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 326 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 16050675 - 16050522
Alignment:
Q  326 cactcattagtaagcttcagcatacaaatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacag 425  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||   || || ||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||||| | | |||||||| ||||     
T  16050675 cactcatttgtaagcttaagcatacaaattcggtacatctaattggtcattgagttcatgaacaagagagaatgttgatctgtcaatatatgcctaacaa 16050576  T
Q  426 aagcttggacttctttgtatttggtgagatatattaattgatacaatctcttaa 479  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| || | ||||||||    
T  16050575 aagcttggagttctttttatttgatgagaaatattaattgctatagtctcttaa 16050522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 240 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 15977231 - 15977170
Alignment:
Q  240 aattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaa 301  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15977231 aattctaccttctgagcaagaagtagctgtgaagaaactttcaagaacttctggacaaggaa 15977170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 253 - 454
Target Start/End: Original strand, 19453833 - 19454034
Alignment:
Q  253 gggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaa 352  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||||    ||| ||  || | |||||||| ||||    
T  19453833 gggcaagaagttgctgtaaaaagactttcaaaaacatctggacaaggaattatggaattcaaaaatgaattggtacttatatgtgaacttcagcacacaa 19453932  T
Q  353 atcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtga 452  Q
    ||||||| |||||| | |||  ||||||||||||| | ||  | ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||    
T  19453933 atcttgtacaactacttggttgttgcattcatgaagaagaaaggattctaatctatgaatatatgccaaacaaaagcttggatttctatttatttggtga 19454032  T
Q  453 ga 454  Q
    ||    
T  19454033 ga 19454034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 253 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19552207 - 19552006
Alignment:
Q  253 gggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaa 352  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||   ||| || | ||||||||    ||| ||  || | |||||||| | ||    
T  19552207 gggcaagaagttgctgtaaaaagactttcaaaaacatctggacaaggaattgtggaattcaaaaatgaattggtacttatatgtgaacttcagcacaaaa 19552108  T
Q  353 atcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtga 452  Q
    ||||||| |||||| | |||  ||||||||||||| | ||  | ||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||    
T  19552107 atcttgtacaactacttggttgttgcattcatgaagaagaaaggattctgatctatgaatatatgccaaacaaaagcttggatttctatctatttggtga 19552008  T
Q  453 ga 454  Q
    ||    
T  19552007 ga 19552006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 253 - 454
Target Start/End: Original strand, 19580481 - 19580682
Alignment:
Q  253 gggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcattagtaagcttcagcatacaa 352  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||   ||| || | ||||||||    ||| ||  || | |||||||| | ||    
T  19580481 gggcaagaagttgctgtaaaaagactttcaaaaacatctggacaaggaattgtggaattcaaaaatgaattggtacttatatgtgaacttcagcacaaaa 19580580  T
Q  353 atcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtga 452  Q
    ||||||| |||||| | |||  ||||||||||||| | ||  | ||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||    
T  19580581 atcttgtacaactacttggttgttgcattcatgaagaagaaaggattctgatctatgaatatatgccaaacaaaagcttggatttctatctatttggtga 19580680  T
Q  453 ga 454  Q
    ||    
T  19580681 ga 19580682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 253 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 19527242 - 19527040
Alignment:
Q  253 gggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaacttctggacaaggaatgacggagtttagaaatgaatcaacactcatta-gtaagcttcagcataca 351  Q
    ||||||||||| ||||| || | |||||||||||| |||||||||||||| | ||| || | ||||||||    ||| ||   || | |||||||| |||    
T  19527242 gggcaagaagttgctgtaaaaagactttcaaaaacatctggacaaggaattatggaattcaaaaatgaattggtacttatactgtgaacttcagcacaca 19527143  T
Q  352 aatcttgttcaactaatcggtcattgcattcatgaacatgagcgaatattgatctatgagtatatgccaaacagaagcttggacttctttgtatttggtg 451  Q
    |||||||| |||||| | |||  ||||||||||||| | ||  | ||  | |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||    
T  19527142 aatcttgtacaactacttggttgttgcattcatgaagaagaaaggattctaatctatgaatatatgccaaacaaaagcttggatttctatttatttggtg 19527043  T
Q  452 aga 454  Q
    |||    
T  19527042 aga 19527040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 16050888 - 16050694
Alignment:
Q  94 aaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgacatttttgtatagttttgttgaaataaaataagtagacgattaaacagttaagata 193  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||   || | | |||| ||||||| ||||||||| |  | ||| ||||| || ||||     
T  16050888 aaacaacttaggacatggtggctttggacctatttttaaggtgagcgttattt-tagtgttgttgagataaaataactgcatgatgaaacaattgagatt 16050790  T
Q  194 atgcattcatcattttattaatgatgcttttatattcaattcagggaattctaccttcggggcaagaagtagctgtgaagaaactttcaaaaactt 289  Q
    ||| | ||||   |||  |||| ||| ||||||||| ||| ||  ||||| ||| ||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16050789 atgtagtcattggttttataataatgtttttatatttaatacaatgaattatacattgagggtaagaagtagttgtgaagaaactttcaaaaactt 16050694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 138
Target Start/End: Original strand, 19338533 - 19338589
Alignment:
Q  82 tttttcatcagaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19338533 tttttcatctgaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 19338589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 138
Target Start/End: Original strand, 19356561 - 19356616
Alignment:
Q  83 ttttcatcagaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19356561 ttttcatctgaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 19356616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19501647 - 19501592
Alignment:
Q  83 ttttcatcagaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  19501647 ttttcacctgaaaacaagttaggacagggaggctatggacctgtttataaggtgac 19501592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Original strand, 19378039 - 19378085
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  19378039 gaaaacaagttaggacagggaggctatggacctgtttataaggtgac 19378085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 138
Target Start/End: Original strand, 19288785 - 19288840
Alignment:
Q  83 ttttcatcagaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||    
T  19288785 ttttcacctgaaaacaagttaggacagggaggttatggacctgtttataaggtgac 19288840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Original strand, 19406491 - 19406537
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19406491 gaaaacaagttaggacagggaggctatggaccagtttataaggtgac 19406537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19538232 - 19538186
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19538232 gaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 19538186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19552524 - 19552478
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19552524 gaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 19552478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Original strand, 19580164 - 19580210
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  19580164 gaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 19580210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 36312527 - 36312481
Alignment:
Q  92 gaaaacaagttaggacagggtggctttggacctgtttttaaggtgac 138  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  36312527 gaaaacaagttaggacagggaggctatggacccgtttataaggtgac 36312481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University