View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12715_high_2 (Length: 886)

Name: NF12715_high_2
Description: NF12715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12715_high_2
NF12715_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-867)||(17653653-17654512)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 17654512 - 17653653
Alignment:
Q  10 aggagcagagatctacgacattgtggtgatggtgatggttttgttttgagttggcaaaattcgatcaatatcttccttcttctttagagggggtagtgta 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654512 aggaccagagatctacgacattgtggtgatggtgatggttttgttttgagttggcaaaattcgatcaatatcttccttcttctttagagggggtagtgta 17654413  T
Q  110 cctccaaacaatttgaagattaaataagaatgagctgaatatgcgagatttttagggtataaaagtgtgcacatgaaatgagaccatgtgtaagccttta 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654412 cctccaaacaatttgaagattaaataagaatgagctgaatatgcgagatttttagggtataaaagtgtgcacatgaaatgagaccatgtgtaagccttta 17654313  T
Q  210 tatggaaggctttattctgacaatcgtcctcgaaggatgtctgtgtgtagatacggataagtaaaccttgagtctggtatggtcatccatatatcttatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17654312 tatggaaggctttattctgacaatcgtcctcgaaggacgtctgtgtgtagatacggataagtaaaccttgagtctggtatggtcatccatatagcttatc 17654213  T
Q  310 gaaccctaattttgtgaatttagggaaagtccatgtcataatcagcgtgagtggtatttacttaaggcaactcagtctgttgaagaaatgactcttgact 409  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17654212 caaccctaattttgtgaatttagggaaagtccatgtcataatcagcgtgagtgctatttacttaaggcaactcagtctgttgaagaaatgactcttaact 17654113  T
Q  410 cagtccaaaacatatacaatgacccataatgaatcaaactaacttaaatctaattactttgaaatatttttattgaacttgttgatttatgaataaaatg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654112 cagtccaaaacatatacaatgacccataatgaatcgaactaacttaaatctaattactttgaaatatttttattgaacttgttgatttatgaataaaatg 17654013  T
Q  510 aatcaaatttaataaactt---tgaagaactcaaacgtaagaaatataaaatagcttggaaatggagataaaattaaaaactaattagctttgtttaaaa 606  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654012 aatcaaatttaataaactttgatgaagaactcaaacgtaagaaatataaaatagcttggaaatggagataaaattaaaaactaattagctttgtttaaaa 17653913  T
Q  607 gctaagttggtggctaacttggtcatggtttatcctcaaggccactttctcatttgtagaggattttcgggcttggtcttgatgccaaagacatttattt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17653912 gctaagttggtggctaacttggtcatgg-ttatcctcaaggccactttctcatttgtagaggattttcgggcttggtcttgatgccaaagacatttattt 17653814  T
Q  707 ggttagtttagcttattcggttttctttagaacctcccagggtggaggagatcatactgaggaggaagcccaaattttgactaaggtatagaagagttga 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17653813 ggttagtttagcttattcggttttctttagagcctcccagggtggaggagatcatactgaggaggaagcccaaattttgactaaggtatagaagagttga 17653714  T
Q  807 tgacccctatcctaaggtcatcatcttctgttagaagtaactttaagataggattcctact 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  17653713 tgacccctatcctaaggtcatcatcttctgttagaagtaacttcaggataggattcctact 17653653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University