View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12715_high_29 (Length: 314)

Name: NF12715_high_29
Description: NF12715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12715_high_29
NF12715_high_29
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-314)||(30250073-30250386)
chr2 (8-311)||(30186303-30186606)
chr2 (12-311)||(30788428-30788727)
chr2 (8-311)||(30277680-30277983)
chr2 (8-309)||(30169355-30169656)
chr2 (8-309)||(30090437-30090738)
chr2 (8-309)||(30127042-30127343)
chr2 (8-309)||(30221895-30222196)
chr2 (8-311)||(30135436-30135739)
chr2 (8-311)||(30039242-30039545)
chr2 (8-311)||(30079556-30079859)
chr2 (8-311)||(30108720-30109023)
chr2 (8-311)||(30233380-30233683)
chr2 (8-311)||(30021150-30021453)
chr2 (46-311)||(30066406-30066669)
chr2 (46-311)||(30009909-30010174)
chr2 (176-311)||(30120738-30120873)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-252)||(30271739-30271981)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 30250073 - 30250386
Alignment:
Q  1 tattatcgttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30250073 tattatcgttattttggatgatatatggggcagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgaca 30250172  T
Q  101 tccagagatcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30250173 tccagagatcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgtgaaaa 30250272  T
Q  201 tgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30250273 tgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagtaaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaa 30250372  T
Q  301 ggctttgaggagaa 314  Q
    ||||||||||||||    
T  30250373 ggctttgaggagaa 30250386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30186606 - 30186303
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  30186606 gttattctggatgacatctggggtagacttgatttggtagaagtggggattccttttggcgacgaccacaaaggatgcaagttagtggtgacatctagag 30186507  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30186506 atcttaatgtgttgagctgtgagatgggcactcagaaagaattcagacttgaagctttgcatgaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30186407  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||    
T  30186406 tgatgttgttcaagaattcaatataaagccaattgcagtggaggtggccaaacgttgtgcaggtttgccccttttgattgttactgttgctaaggctttg 30186307  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30186306 agga 30186303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 30788428 - 30788727
Alignment:
Q  12 ttttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatct 111  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30788428 ttttggatgatatatggggtagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatctagagacct 30788527  T
Q  112 taatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacaggtgat 211  Q
    ||||||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  30788528 taatgtgttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaagatagttggaaattatttgagaaaatggcaggtgat 30788627  T
Q  212 gttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttgagga 311  Q
    ||||||||||| || ||||| || || ||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| |||||| |||| ||| |||| ||||| ||||||||||    
T  30788628 gttgttcaagattttaatattaaaccaattgcagtagaagtggccatttgttgtgctggtttgccccttctgattgttgcagtggcaaaagctttgagga 30788727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Original strand, 30277680 - 30277983
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  30277680 gttattctggatgacatttgggggagacttgatttggcagatctgggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaagttggtggtttcatccagag 30277779  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    |||||||||| || | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  30277780 atcttaatgtcttgaaccgtgagattggcactcaaaaagaatttagacttgaagttttatttgaggatgatagttggaaattatttgagaaaatggcagg 30277879  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30277880 tgatgttgttcaagaattcaatataaagccaattgcagaaaaagtggccaaatgttgttctggtttgccccttttgatagttacagtggcaaaggctttg 30277979  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30277980 agga 30277983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 30169355 - 30169656
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| | ||||| || ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30169355 gttattcttgatgacatctgggggagaattgatttgacagaagtggggattccttttggtgatgattacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 30169454  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30169455 atcttaatgtgttaaactgtgagatgggcattcaaaaagaatttagacttgaagttttacaacaagaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30169554  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  30169555 tgatattgttcatgaattaaatataaagccaattgcagtagaagtggcaaggtgttgtgctgggttgccccttttgatagttacagtggcgaaggctttg 30169654  T
Q  308 ag 309  Q
    ||    
T  30169655 ag 30169656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 30090437 - 30090738
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30090437 gttattctggatgacatttggggtagacttgatttggtagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 30090536  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||||| |||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30090537 atcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcatttagaattgatgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30090636  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||||||||||| || || |||||||||    
T  30090637 tgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccagatgttgtgccgagttacctcttttgatagttactgtggcgaaggctttg 30090736  T
Q  308 ag 309  Q
    ||    
T  30090737 ag 30090738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 30127042 - 30127343
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30127042 gttattctggatgacatttggggtagacttgatttggtagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 30127141  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||||| |||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30127142 atcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcatttagaattgatgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30127241  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||||| |  ||||| |||||||||||||| || || |||||||||    
T  30127242 tgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccagatgttgtgccgagttacctcttttgatagttactgtggcgaaggctttg 30127341  T
Q  308 ag 309  Q
    ||    
T  30127342 ag 30127343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 309
Target Start/End: Original strand, 30221895 - 30222196
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30221895 gttattcttgatgatatctggggtagacttgatttggtagaagtggggattccttttggggatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 30221994  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||  ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30221995 atcttaatgtgttaaactgtgagatgaacattcagaaagcttttagacttgatgttttgcatcaggaggatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30222094  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||||| || ||||| |||||||||||||| || || |||||||||    
T  30222095 tgatattgttcatgaatttaatataaagccaattgcggtagaagtggccagatgttgtgccgggttacctcttttgatagttactgtggcgaaggctttg 30222194  T
Q  308 ag 309  Q
    ||    
T  30222195 ag 30222196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30135739 - 30135436
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30135739 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaactaggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagag 30135640  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30135639 atcttaatgtgttgatttgtgagatgggcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30135540  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30135539 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30135440  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30135439 agga 30135436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30039545 - 30039242
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30039545 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaactaggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagag 30039446  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30039445 atcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30039346  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30039345 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30039246  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30039245 agga 30039242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Original strand, 30079556 - 30079859
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30079556 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaactaggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagag 30079655  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30079656 atcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30079755  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30079756 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30079855  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30079856 agga 30079859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30109023 - 30108720
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30109023 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaactaggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagag 30108924  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30108923 atcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30108824  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30108823 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30108724  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30108723 agga 30108720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30233683 - 30233380
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30233683 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaacttggggttccttttggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatccagag 30233584  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30233583 atcttaatgtgttgatttgtgagatgcgcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30233484  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30233483 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30233384  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30233383 agga 30233380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 311
Target Start/End: Original strand, 30021150 - 30021453
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  30021150 gttattttggatgacatttgggggagacttgatttgacagaactgggggttcctttcggtaatgatcacaaaggatgcaaattggtggtgacatctagag 30021249  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    |||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  30021250 atcttaatgtcttgatttgtgagatgggcactcaaaaagaatttagacttgaagttttacttgaggaggatagctggaaattgtttgagaagatggcagg 30021349  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||    
T  30021350 tgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgccccttttgatagtcactacggcaaaggctttg 30021449  T
Q  308 agga 311  Q
    ||||    
T  30021450 agga 30021453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 46 - 311
Target Start/End: Original strand, 30066406 - 30066669
Alignment:
Q  46 agaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaa 145  Q
    |||| ||||| |||| |||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| | || |||||||      
T  30066406 agaactgggggttccatttggtaatgatcataaaggatgtaaggtggtggtgacatctagagatctaaatttgttgagctgtgagtttggtactcaga-- 30066503  T
Q  146 gaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcag 245  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  30066504 gaatttagacttgaagttttaaatgaggaggatagttggcaattgtttaagaaaatggcaggtgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgcag 30066603  T
Q  246 ttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttgagga 311  Q
    |  ||||||| | | ||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  30066604 tagaagtggccagacgttgtgctggttttccgcttttgattgttactgtggcaaaggctttgagga 30066669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 46 - 311
Target Start/End: Original strand, 30009909 - 30010174
Alignment:
Q  46 agaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagagatcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaa 145  Q
    |||| ||||| |||| |||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||| | ||| |||| ||||||||| | || ||||||| |    
T  30009909 agaactgggggttccatttggtaatgatcataaaggatgtaaggtggtggtgacatctagagatatgaatttgttgagctgtgagtttggtactcagaga 30010008  T
Q  146 gaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcag 245  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||    
T  30010009 gaatttagacttgaagttttaaatgaggaggatagttggcaattgtttaagaaaatggcaggtgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgtag 30010108  T
Q  246 ttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttaccccttttgatagttacagtagcaaaggctttgagga 311  Q
    | |||||||| | | |||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  30010109 taaaagtggccagacgttgtgctggatttccgcttttgattgttactgtggcaaaggcttttagga 30010174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 176 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 30120873 - 30120738
Alignment:
Q  176 gatagttggaaattgtttgagaaaatgacaggtgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagtggcaaaatgttgtgctggtttac 275  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||||||||||||||||| |    
T  30120873 gatagctggaaattgtttgagaagatggcaggtgatgttgttcacgaattcaatataaaaccaattgcgataaaggttgccaaatgttgtgctggtttgc 30120774  T
Q  276 cccttttgatagttacagtagcaaaggctttgagga 311  Q
    ||||||||||||| ||    ||||||||||||||||    
T  30120773 cccttttgatagtcactacggcaaaggctttgagga 30120738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 8 - 252
Target Start/End: Original strand, 30271739 - 30271981
Alignment:
Q  8 gttattttggatgatatatggggaagacttgatttggaagaagtggggattccttttggtgatgaccacaaaggatgcaagttggtggtgacatccagag 107  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  30271739 gttattctggatgatatatggggtagacttgaattggaagaggtggggattccttgtggtgatgatcacaaaggatgcaagttggtggtgatatccgaag 30271838  T
Q  108 atcttaatgtgttaagctgtgagatgggcactcagaaagaatttagacttgaagttttacatgaggacgatagttggaaattgtttgagaaaatgacagg 207  Q
    ||||||||||||| |   |||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30271839 atcttaatgtgttgaatcgtgagatgggcactcaaaaagaatt--gacttgaaattttacatgagcaagatagttggaaattgtttgagaaaatggcagg 30271936  T
Q  208 tgatgttgttcaagaattcaatataaagcccattgcagttaaagt 252  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  30271937 tgatgttgttcaagatttcaatataaaaccaattgcagtaaaagt 30271981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University