View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12715_low_3 (Length: 774)

Name: NF12715_low_3
Description: NF12715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12715_low_3
NF12715_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-760)||(42511301-42512061)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 760
Target Start/End: Original strand, 42511301 - 42512061
Alignment:
Q  7 ggagcagagaggattgagcataatcaatagatcgctcgtagaccttgttttaagtttggctaaaaagtcaaaatacatattacctctcatacattatgat 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511301 ggagccgaaaggattgagcataatcaacagatcactcgtagaccttgttccaagtttggctaaaaagtcaaaatacatattacctctcatacattatgat 42511400  T
Q  107 ataatagctat-----ctcatttccattccgtatctcatacattcaactactataaaatgtttaataagttatgaaacatttcatatggggagataaaga 201  Q
    |||||||||||     ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511401 ataatagctattacctctcatttgcattcggtatctcatacattcaactactataaaatgtttaatcagttatgaaacatttcatatggggagataaaga 42511500  T
Q  202 agaggcccagtagctgcaaggttgtgacagtgggtgaaaagaaggtttccatcaa-taatatacaaaaatttcattgatagcgctannnnnnnnnnnngg 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||            ||    
T  42511501 agaggcccagcagctgcaaggttgtgacagtgggtgaaaagaaggtttccatcaaataatatacaaaaatttcattgatagc--tatttttattttttgg 42511598  T
Q  301 gatagttttaatggcgccattttacatcggaagtgtcttatatgcaaagttgatgtggccaagtagcatatatttaattgattaaggggtctattaattg 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511599 gatagatttaatggcgccattttacatcggaagtgtcttatatgcaaagttgatgtggccaagtagcatatatttaattgattaaggggtctattaattg 42511698  T
Q  401 gttgtttgtgacatgtggataactacgtacaaattccacaaaatgaataaaagtaatgtttgatatagagacagtatctttctatggcctactcctaaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511699 gttgtttgtgacatgtggataactacgtacaaattccacaaaatgaataaaagtaatgtttgatatagagacagtatctttctatggcctactcctaaga 42511798  T
Q  501 ccagaagacaaatagtactgtctagtcaaactgttgagttgtggtgtgaggggtaggggatatgctcatatatgcatcctcagtgttttctttttcatg- 599  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42511799 ccagaagacaaatagtattgtctagtcaaactgttgagttgtggtgtgaggggtaggggatatgctc--atatgcatcctcagtgttttctttttcatgt 42511896  T
Q  600 --------nnnnnnnnataatgtttggctgcacatgccgtttcttctgctgtcaaaatgttaatttgatcatgttacatggatctatggaacaattttgt 691  Q
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511897 ttttttttttttttttataatgtttggctgcacatgccgtttcttctgctgtcaaaatgttaatttgatcatgttacatggatctatggaacaattttgt 42511996  T
Q  692 aactaattacagataattaagctgataaatttagtatttcatatttcccatgcttcaatatttcaatgt 760  Q
    |||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42511997 aactaattacaga----taagctgataaatttagtatttcatatttcccatgcttcaatatttcaatgt 42512061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University