View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12715_low_4 (Length: 772)

Name: NF12715_low_4
Description: NF12715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12715_low_4
NF12715_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-754)||(2223111-2223836)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 2223836 - 2223111
Alignment:
Q  17 agttgcgagtactcctaaaacacgattcccattccaatcaatcactcttccacctgctgcttcaatcctttctctttcatccggaagatctggctgatcg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223836 agttgcgagtactcctaaaacacgattcccattccaatcaatcactcttccacctgctgcttcaatcctttctctttcatccggaagatctggctgatcg 2223737  T
Q  117 atcatcattaaataataataattcagccaaaacaaagtgtttgatatggtaccaaaagcagttcaaataccataaatgtattttgcttcttaattnnnnn 216  Q
    |||||||||||||||||||||||           || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  2223736 atcatcattaaataataataatt-----------aattgttggatatggtaccaaaagcagttcaaataccataaatgtattttgcttcttaattaaaaa 2223648  T
Q  217 nnnnncaaactattattctagttaattacttgttagataagcaatatgcatatatacatgtatgatatatgactaactaaactaattaaccaattcggtg 316  Q
         ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223647 aaaaacaaaccattattctatttaattacttgttagataagcaatatgcatatatacatgtatgatatatgactaactaaactaattaaccaattcggtg 2223548  T
Q  317 tacatattttctttatgagaattaagtgtacatgtttagtttgcttaattgtaagtttctttatatctcatgagtcaccattaattaaccatcaccttat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223547 tacatattttctttatgagaattaagtgtacatgtttagtt-gcttaattgtaagtttctttatatctcatgagtcaccattaattaaccatcaccttat 2223449  T
Q  417 gatctcgtgaaagtggcaccgctacaccgccactacaaagcaccgcccttgagtcaccacaattcgccactacaatctcctccttccccaccaccaccac 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223448 gatctcgtgaaagtggcaccgctacaccgccactacaaagcaccgcccttgagtcaccacaattcgccactacaatctcctccttccccaccaccaccac 2223349  T
Q  517 agccgccgtcgaacccacggtattcccatcaacctcatcaccacaacttccaccgactccaatttcactatccattttcataaaacaagaacacatagct 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2223348 agccgccgtcgaacccacggtattcccatcaacctcatcaccacaacttccaccgactccaatttcactatccatcttcataaaacaagaacacatagct 2223249  T
Q  617 tcacaccaatccaatccatgattcctcctaccctccttcacttcctccgccaacaacaagtgcagcctatcacggcaagcattcgccaccgtcataccac 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223248 tcacaccaatccaatccatgattcctcctaccctccttcacttcctccgccaacaacaagtgcaacctatcacggcaagcattcgccaccgtcataccac 2223149  T
Q  717 catgaccgtcataaaccgcaaagaaatcataaccgcac 754  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2223148 catgaccgtcataaaccgcaaagaaatcataaccgcac 2223111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University