View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12718_low_20 (Length: 248)

Name: NF12718_low_20
Description: NF12718
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12718_low_20
NF12718_low_20
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (6-228)||(25381448-25381679)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (6-228)||(38253300-38253529)
chr2 (6-228)||(43156013-43156242)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (6-228)||(11473337-11473566)
chr1 (6-118)||(28246609-28246721)
chr1 (118-228)||(28246470-28246580)
chr1 (8-228)||(10465734-10465961)
chr1 (8-228)||(43735386-43735613)
chr1 (118-228)||(7282316-7282426)
chr1 (8-102)||(7282469-7282563)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (6-226)||(10124492-10124718)
chr6 (16-228)||(19308162-19308397)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (39-213)||(25862078-25862257)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (118-213)||(5910724-5910819)
chr3 (8-118)||(5910575-5910685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 228
Target Start/End: Original strand, 25381448 - 25381679
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25381448 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 25381547  T
Q  106 aaacatacacac---------atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgt 196  Q
    ||||||||||||         |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25381548 aaacatacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatatgtaccagttagacatgaatctgactctctttgt 25381647  T
Q  197 gaatatatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25381648 gaatatgtcatcactaaggcaaaacatgaagg 25381679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 38253529 - 38253300
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  38253529 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 38253430  T
Q  106 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 198  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253429 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 38253330  T
Q  199 atatatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  38253329 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaagg 38253300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 228
Target Start/End: Original strand, 43156013 - 43156242
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  43156013 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 43156112  T
Q  106 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 198  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156113 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 43156212  T
Q  199 atatatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  43156213 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaagg 43156242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 228
Target Start/End: Original strand, 11473337 - 11473566
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  11473337 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaa 11473436  T
Q  106 aaacatacacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 198  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473437 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 11473536  T
Q  199 atatatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  11473537 atatgtcatcacaaaggcaaaacatgaagg 11473566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 28246721 - 28246609
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28246721 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 28246622  T
Q  106 aaacatacacaca 118  Q
    |||||||||||||    
T  28246621 aaacatacacaca 28246609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 118 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 28246580 - 28246470
Alignment:
Q  118 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  28246580 atttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggca 28246481  T
Q  218 aaacatgaagg 228  Q
    |||||||||||    
T  28246480 aaacatgaagg 28246470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 10465961 - 10465734
Alignment:
Q  8 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 107  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  10465961 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 10465862  T
Q  108 acatacacac-------atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 200  Q
    | ||||||||       |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  10465861 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 10465762  T
Q  201 atatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    || |||| |||||  | |||||||||||    
T  10465761 atgtcattactaatacgaaacatgaagg 10465734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 43735613 - 43735386
Alignment:
Q  8 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 107  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  43735613 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 43735514  T
Q  108 acatacacac-------atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaat 200  Q
    | ||||||||       |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  43735513 atatacacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaat 43735414  T
Q  201 atatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    || |||| |||||  | |||||||||||    
T  43735413 atgtcattactaatacgaaacatgaagg 43735386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 7282426 - 7282316
Alignment:
Q  118 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 217  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |     
T  7282426 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaatacg 7282327  T
Q  218 aaacatgaagg 228  Q
    |||||||||||    
T  7282326 aaacatgaagg 7282316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 7282563 - 7282469
Alignment:
Q  8 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgg 102  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  7282563 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgg 7282469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 6 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10124718 - 10124492
Alignment:
Q  6 gaggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10124718 gaggagaagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggatagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaa 10124619  T
Q  106 aaacatacacac-------atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 198  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124618 aaacatacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtga 10124519  T
Q  199 atatatcatcactaaggcaaaacatgaa 226  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10124518 atat-tcatcacaaaggcaaaacatgaa 10124492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19308397 - 19308162
Alignment:
Q  16 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacat---- 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        
T  19308397 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacatacac 19308298  T
Q  112 ----------------acacac---atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctct 192  Q
                    ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19308297 acacacacacacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatttgactctct 19308198  T
Q  193 ttgtgaatatatcatcactaaggcaaaacatgaagg 228  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19308197 ttgtgattatgtcatcactaaggcaaaacatgaagg 19308162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 213
Target Start/End: Original strand, 25862078 - 25862257
Alignment:
Q  39 tatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacatacacac-------atttgaattgtttc 131  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||       |||||| |||||||    
T  25862078 tatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatatacacacatactatatttgagttgtttc 25862177  T
Q  132 aagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaa 213  Q
    || | | |  ||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  25862178 aaaacgag--taagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaa 25862257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 213
Target Start/End: Original strand, 5910724 - 5910819
Alignment:
Q  118 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaa 213  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  5910724 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacccattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaa 5910819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 118
Target Start/End: Original strand, 5910575 - 5910685
Alignment:
Q  8 ggagcagagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaa 107  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||     
T  5910575 ggagaagagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaag 5910674  T
Q  108 acatacacaca 118  Q
    | |||||||||    
T  5910675 atatacacaca 5910685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University