View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1271_low_12 (Length: 620)

Name: NF1271_low_12
Description: NF1271
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1271_low_12
NF1271_low_12
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (126-524)||(13378768-13379166)
chr5 (29-508)||(13372875-13373354)
chr5 (193-498)||(13419297-13419602)
chr5 (193-498)||(13446848-13447153)
chr5 (189-415)||(13385407-13385633)
chr5 (189-415)||(13389228-13389454)
chr5 (193-413)||(13426188-13426408)
chr5 (189-488)||(13393562-13393861)
chr5 (189-329)||(13412948-13413088)
chr5 (189-413)||(13453797-13454021)
chr5 (29-92)||(13378630-13378693)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (157-518)||(28430508-28430869)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (189-498)||(47601115-47601424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 524
Target Start/End: Original strand, 13378768 - 13379166
Alignment:
Q  126 attagttattaaaagcgagctattggtacgcacctgcatttggtcttgttcgtggctaaccacaaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttc 225  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13378768 attagtcattaaaagcgaattattggtacgcaccttcatctggtcttgttcgcgactaaccacgaatgagtcagctcctaagcgttcaatggcttccttc 13378867  T
Q  226 tttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacaccta 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13378868 tttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacaccta 13378967  T
Q  326 tatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatc 425  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13378968 tatgcagtccaggtttgtcaaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatc 13379067  T
Q  426 gggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtgccatcaacattcttggaactgtatgtctgaat 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13379068 gggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtgccatcaacattcttggaactgtatgtctgaat 13379166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 29 - 508
Target Start/End: Original strand, 13372875 - 13373354
Alignment:
Q  29 agtgctgaaacagtgtcaataataccatcaagggtgtccattacagcctataacataatgaacagtgttagaagtttataactgatttcatatatagatt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13372875 agtgctgaaacagtgtcaataataccatcaaaggtgcccattacagcctataacataatgaacagtgttagaagtttataactgatttcatatatagatt 13372974  T
Q  129 agttattaaaagcgagctattggtacgcacctgcatttggtcttgttcgtggctaaccacaaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttcttt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13372975 agttattaaaagcgagctattggtacgcacctgcatttggtcttgttcgtggctaaccacaaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttcttt 13373074  T
Q  229 ttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatat 328  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||| ||| ||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  13373075 ttgttaggagaagtgcttatcactgttacattagcaccaaaagctttggtaaatttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacccacat 13373174  T
Q  329 gcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcggg 428  Q
    | |  ||||| ||||  | |||||||| |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||| ||    
T  13373175 gtaaaccaggcttgttaagtccaaaatatttcaaagggctatatactgtgatccccgcacaaagaagaggagcagcggcatcaagtggtaaggcatcagg 13373274  T
Q  429 aatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtgccatcaacattcttgg 508  Q
    ||||||||  |  |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  13373275 aatacggatcacgaagtgttcgtgggcaaccatggtatcagagtagcctccatatgtgattgttccatcaatattcttgg 13373354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 193 - 498
Target Start/End: Original strand, 13419297 - 13419602
Alignment:
Q  193 gagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagcca 292  Q
    ||||||||||| |||||||| || |||||||| | ||||| ||| || ||||| |  || || || ||| |||| || ||||| || || ||||||||||    
T  13419297 gagtcagctcccaagtgttctattgcttccttttctttgtgaggcgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagcttttgcaaatttcacagcca 13419396  T
Q  293 tatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaag 392  Q
    |||| || | ||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||| ||||| | | ||||||||   |  || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  13419397 tatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcataccaggcttgtcgagttcaaaatgtcgaagaggactatacactgtgattccagcgcaaag 13419496  T
Q  393 gagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtg 492  Q
     |||||| ||||||||||||| | ||||  ||| ||||| || |  | |||||| |||||  ||||||| | ||| ||||| |||||||||||||  |||    
T  13419497 aagaggaccggcagcatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagtaacctccatatgtgacggtg 13419596  T
Q  493 ccatca 498  Q
    ||||||    
T  13419597 ccatca 13419602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 193 - 498
Target Start/End: Original strand, 13446848 - 13447153
Alignment:
Q  193 gagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagcca 292  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| |  || ||||| || ||||| |  || || || ||| ||||||| ||||| || || ||||||||||    
T  13446848 gagtctgctcctaagtgttctattgcttccttttcctttttaggcgacgtactaattacggtcactttagcaccaaaagctttagcaaatttcacagcca 13446947  T
Q  293 tatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaag 392  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| ||  ||||| ||||| | ||||||||||   |  || |||||||||||||  ||||| |||||    
T  13446948 tatgaccaagtccaccaagaccaacaactcctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13447047  T
Q  393 gagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtg 492  Q
     |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||| ||||| || |  | |||||| |||||  ||||||| | ||| ||| | |||||||| |||||||||    
T  13447048 aagaggaccggcaccatcaagaggtaagctatcaggaatgcgaatcacaaagtgctcgtctgcaaccattgagtcggagaaacctccataggtgatagtg 13447147  T
Q  493 ccatca 498  Q
    ||||||    
T  13447148 ccatca 13447153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 189 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13385633 - 13385407
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||||||| | |||| ||| ||| ||||| |  || || || ||| ||||||| |||||||| || ||||||    
T  13385633 aaatgaatcagctcctaagtgttcttttgcttccttttctttgctagcagatgtactaattacggtcacattagcaccaaaagctttggcaaatttcaca 13385534  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcac 388  Q
    ||||| ||||| |  |||||||||||||| ||||| | ||| || ||||||||||| | |||||| | | | |  || || ||||| |||||||||||||    
T  13385533 gccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacaccgacatgaagaccaggtttgtcgagtccaaagtatctaagaggactgtacacagtgatcccagcac 13385434  T
Q  389 aaaggagaggagcggcagcatcaagtg 415  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||    
T  13385433 aaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 13385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 189 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13389454 - 13389228
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    |||||| || |||||||||||||| || ||||| |||| |||||| || || ||||| | ||| |||||  |  ||||||| |||||||| || ||||||    
T  13389454 aaatgaatcggctcctaagtgttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaatcactgttacaatcgcaccaaatgctttggcaaatttcaca 13389355  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcac 388  Q
    ||||| ||||| |  |||||||||||||| ||||||||| | || |||||||| || | |||| ||| | | |  || || ||||| |||||||||||||    
T  13389354 gccatgtgaccaagcccaccaagaccaacaacacctatacgaagaccaggtttatcgagtccataatatctaagaggactgtacacagtgatcccagcac 13389255  T
Q  389 aaaggagaggagcggcagcatcaagtg 415  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||    
T  13389254 aaaggagaggtgcagcagcttcaagtg 13389228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 193 - 413
Target Start/End: Original strand, 13426188 - 13426408
Alignment:
Q  193 gagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagcca 292  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||| | |||| |||| || ||||| |  || ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13426188 gagtcagctcctaaatgttctatcgcttccttttctttgctaggcgatgtactaattactgttacattagcaccaaaagctttggcgaatttcacagcca 13426287  T
Q  293 tatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaag 392  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| || ||||||| ||  ||||| ||||| | |  ||||||    |  || |||||||||||||  ||||| |||||    
T  13426288 tatgaccaagtccaccaagaccaacaacgcctatattcataccaggcttgtcgagttgaaaatgacgaagaggactatacactgtgactccagcgcaaag 13426387  T
Q  393 gagaggagcggcagcatcaag 413  Q
     |||||| ||||| |||||||    
T  13426388 aagaggaccggcaacatcaag 13426408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 189 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 13393861 - 13393562
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    |||||| |||||||||| || ||| || ||||| |||| |||||| || || ||||| |  || ||||| ||| | ||||| ||||| || |||||||||    
T  13393861 aaatgaatcagctcctaggttttctattgcttctttctctttgttgggtgatgtactaattactgttacattagctccaaaagcttttgcaaacttcaca 13393762  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcac 388  Q
     |||  ||||| | ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||| ||||| | |||||||| |   |  || |||||||| || || || ||||    
T  13393761 cccaagtgaccaagtccaccaagaccaacaatacctatattcataccaggcttgtcgagtccaaaatatcgaagaggactatacacagtaataccggcac 13393662  T
Q  389 aaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgat 488  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||| |||| |||| |||||  | || |||||||| || ||  ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  13393661 aaaggagaggagcagcagattcaagtggtaagccatcaggaatgtgaactataaagtgctcatctgcaaccattgagtcagagtaccctccatatgtgat 13393562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 329
Target Start/End: Original strand, 13412948 - 13413088
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| || ||||| |  || || || ||| |||| || |||||||| || ||||||    
T  13412948 aaatgaatcagctcctaagtgttctattgcttccttttctttgttaggcgatgtactaattacggtaacattagcaccgaaagctttggcaaatttcaca 13413047  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatg 329  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  13413048 gccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatatg 13413088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 189 - 413
Target Start/End: Original strand, 13453797 - 13454021
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |  |||||||| |  || ||||| || ||||| |  || || || ||| |||| || ||||||||||| |||||     
T  13453797 aaatgagtccgctcgtaagtgttctaatgcttccttttcctttttaggtgatgtactaattacggtcacattagcaccgaaagctttggcgaatttcacg 13453896  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcac 388  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||| ||   |||| ||||| | ||||||||||   |  || ||||| || || ||||||||||    
T  13453897 gccatatggccaagtccaccaagaccaacaacacctatattcatatcaggcttgtcgagtccaaaatgtcgaagaggactatatacggttatcccagcac 13453996  T
Q  389 aaaggagaggagcggcagcatcaag 413  Q
    ||||||||||||| || ||||||||    
T  13453997 aaaggagaggagcagctgcatcaag 13454021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 92
Target Start/End: Original strand, 13378630 - 13378693
Alignment:
Q  29 agtgctgaaacagtgtcaataataccatcaagggtgtccattacagcctataacataatgaaca 92  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||  ||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13378630 agtgctgaaacagtgtcgatgattccatcaaacgttcccattacagcctataacatattgaaca 13378693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 5e-67; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 157 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 28430869 - 28430508
Alignment:
Q  157 acctgcatttggtcttgttcgtggctaaccacaaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagtta 256  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||| |   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||    
T  28430869 acctgcatttgatcttgttcactgctaaccacaaatgagtcagctccaagaagttcaatagcttccttctttttgttaggagaagtgctaatcactgtta 28430770  T
Q  257 ccttaacaccaaaggctttggcgaacttcacagccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatg 356  Q
    ||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||||    |||||| || | ||||||||     
T  28430769 ccttagcaccaaaagctttggcaaatttcacagccatatgaccaagtccaccaagaccaaccacacctaattgcaagttaggtttatcaagtccaaaata 28430670  T
Q  357 tttcattgggctatacactgtgatcccagcacaaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgaca 456  Q
    |||||  ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| | || |  ||  ||||| | ||  | ||||  |||||||       
T  28430669 tttcaaagggctatacaccgtgatcccggcgcagaggagaggagctgcagcatcaagaggtaggctatttggaatgctgatcacaaagctttcgtcggtg 28430570  T
Q  457 accatggtgtcagagtagcctccatatgtgatagtgccatcaacattcttggaactgtatgt 518  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  28430569 accattgtgtcggagtagcctccatatgtgatggtgccatcaagattcttggaaccgtatgt 28430508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 498
Target Start/End: Original strand, 47601115 - 47601424
Alignment:
Q  189 aaatgagtcagctcctaagtgttcaatggcttccttctttttgttaggagaagtacttaccacagttaccttaacaccaaaggctttggcgaacttcaca 288  Q
    |||||||||||||||||||  |||  | ||||| || | ||||||||| || ||||| |  ||||| || ||| | ||||| ||||| || ||||| |||    
T  47601115 aaatgagtcagctcctaagcattctcttgcttctttttctttgttaggtgatgtactaattacagtcacattagccccaaaagctttagcaaacttaaca 47601214  T
Q  289 gccatatgacctaatccaccaagaccaaccacacctatatgcagtccaggtttgtctaatccaaaatgtttcattgggctatacactgtgatcccagcac 388  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || | |||||||| |   |  || |||||||||||||| || ||||    
T  47601215 gccatgtgaccaagtccaccaagaccaacaacacctatatgcataccaggtttatcgagtccaaaatatcgaagaggactatacactgtgataccggcac 47601314  T
Q  389 aaaggagaggagcggcagcatcaagtgataaggcatcgggaatacggacaataaagtgttcgtcgacaaccatggtgtcagagtagcctccatatgtgat 488  Q
    |||| |||||||| | ||| |||||||  ||  ||||||||||  | || | |||||| ||||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||| |    
T  47601315 aaagaagaggagcagtagcttcaagtggcaaaccatcgggaatgtgaaccacaaagtgctcgtctacaaccattgagtcagagtaacctccgtatgtggt 47601414  T
Q  489 agtgccatca 498  Q
     |||||||||    
T  47601415 ggtgccatca 47601424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University