View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12738_low_1 (Length: 664)

Name: NF12738_low_1
Description: NF12738
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12738_low_1
NF12738_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-648)||(1807645-1808292)
chr4 (1-648)||(49348677-49349324)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-648)||(27525033-27525680)
chr1 (213-623)||(24136083-24136494)
chr1 (159-648)||(45951462-45951942)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-645)||(6756264-6756908)
chr2 (35-648)||(7125712-7126316)
chr2 (317-648)||(21812533-21812862)
chr2 (3-143)||(21812333-21812473)
chr2 (187-248)||(21812472-21812533)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-648)||(23109526-23110173)
chr7 (2-648)||(31076181-31076826)
chr7 (253-648)||(47194846-47195241)
chr7 (159-437)||(19915707-19915985)
chr7 (463-648)||(19915980-19916165)
chr7 (436-648)||(44083351-44083551)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (5-648)||(41011586-41012227)
chr8 (484-572)||(9532057-9532145)
chr8 (510-647)||(5372870-5373007)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (52-623)||(26880715-26881288)
chr6 (265-648)||(34551310-34551694)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 1808292 - 1807645
Alignment:
Q  1 caagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1808292 caagtttaaagtttgttgctactatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttgaaaagctagtgatgtgatccgaca 1808193  T
Q  101 aagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1808192 aattaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaattgattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcgggt 1808093  T
Q  201 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1808092 aaatttaaacttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcggttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 1807993  T
Q  301 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1807992 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatattgagtg 1807893  T
Q  401 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1807892 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcatttcatacttatgcttctctactagctaaaataacaagtttgttg 1807793  T
Q  501 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1807792 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctaggttggggaggaactctactcttggaataa 1807693  T
Q  601 caacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  1807692 caacttgggtgacacctcctgatgagctgatttcgttgctcaactttg 1807645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Original strand, 49348677 - 49349324
Alignment:
Q  1 caagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49348677 caagtttaaagtttgttgctactatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 49348776  T
Q  101 aagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  49348777 aattaacctcatggttgaggatatggttttgttatctacaactgattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcggat 49348876  T
Q  201 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 300  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49348877 aaatttaaagttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgttatcggttcatgaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcagggttct 49348976  T
Q  301 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49348977 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 49349076  T
Q  401 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49349077 tgagacagactccactgagatcaaaaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 49349176  T
Q  501 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49349177 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgtagattttttggctaggttggggaggaactctactcttggaataa 49349276  T
Q  601 caacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  49349277 caacttgggtgacacctcctgatgagctgatttcgttactcaactttg 49349324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Original strand, 27525033 - 27525680
Alignment:
Q  1 caagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27525033 caagtttaaagtttgttgctactatatggtggatatagcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatctgaca 27525132  T
Q  101 aagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggt 200  Q
    || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27525133 aattaacctcatggttaaggatatggttttgttatctacaactgattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcgggt 27525232  T
Q  201 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27525233 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcggttcgggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 27525332  T
Q  301 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27525333 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttatttctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 27525432  T
Q  401 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27525433 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttaatagctaaaataacaagtttgttg 27525532  T
Q  501 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataa 600  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27525533 gatcatctcccaagtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctaggttggggaggaactctactcttggaataa 27525632  T
Q  601 caacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  27525633 caacttggatgacacctcctgatgagctgatctcgttgctcaactttg 27525680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 213 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 24136494 - 24136083
Alignment:
Q  213 aatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggatt-gattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgat 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  24136494 aatgtggatggaagttgtgaccaaagtcgtgtcatcggttcaggaggatttgattcgagatgctacaggaaattggatggttggattctcatctaatgat 24136395  T
Q  312 ggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagact 411  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24136394 ggttgcggcgatgcgcttattgttgagttgtttggaatttataacggtttggtccttttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacatact 24136295  T
Q  412 ccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctccc 511  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||     
T  24136294 ccactgagattataaacctatttatggacatataatctcacttcttccatgcttatgcttctttactagctaaaatcacaagtttgttggatcacctcct 24136195  T
Q  512 aggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtg 611  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24136194 aagtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagattttttggctaggttgggaaggaactctactcttggagtaacagcttgggtg 24136095  T
Q  612 acacctcctgat 623  Q
    ||||||||||||    
T  24136094 acacctcctgat 24136083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 159 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 45951942 - 45951462
Alignment:
Q  159 aataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggtaaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggag 258  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||| | |||||||| || |||||||| |||| |||||||||| ||||||| |    
T  45951942 aataatacaagcaaggtcaaatggaaagctcccccattgaataaatttaaactcaatgtggatggcagttgtgatcaaactggtgtcatcggttcaggtg 45951843  T
Q  259 gattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacgg 358  Q
     |||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  45951842 aattgattcgagacgctgcgggaaattaggtggctggattctcatctaatgatggtcgcagcgatgcacttatcgctgagttgtttggaatttataatgg 45951743  T
Q  359 tttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattc 458  Q
    ||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  45951742 tttggttcttttgataaacaatttggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacacacaatctcactccttc 45951643  T
Q  459 catgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcag 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45951642 catgcttatgcttctttactagctaaaatcacaagtttgttagatcatctcccaggtttggcgttcaaatatgtgctccgtgaaggcaatatatgtgcag 45951543  T
Q  559 actttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
           || |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||    
T  45951542 -------gt-taggtt-gggaggaactctactcttggagtaacaacttgggtgacacctcctgatgggctgctctcgttgctcaactttg 45951462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 645
Target Start/End: Original strand, 6756264 - 6756908
Alignment:
Q  1 caagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||| ||| || || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6756264 caagtttaaagtttgttgctattatatggtggatatggcgttggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 6756363  T
Q  101 aagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6756364 aattaacctcatggttgaggatatggttttgttatctacaactgattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcgggt 6756463  T
Q  201 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6756464 aaatttaaacttaatgtggacggaagttgcgaccaaagtggtgtcatcggttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 6756563  T
Q  301 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6756564 catccaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggtatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 6756663  T
Q  401 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6756664 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactaactaaaataacaagtttgttg 6756763  T
Q  501 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  6756764 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctaggttggggagaaactctactcttggaataa 6756863  T
Q  601 caacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaact 645  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  6756864 caacttggatgacacctcctgatgagctgatctcgttgctcaact 6756908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 648
Target Start/End: Original strand, 7125712 - 7126316
Alignment:
Q  35 atggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaaagtaacctcatggttgaggatatgattttgtta 134  Q
    |||||||||| || || |||||||| | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  7125712 atggcgctggaggaacaacattgttttaggtgataaaatttggaaagccagtgatgtgatccgacaaattaacctcatggttgaggatatggtttagtta 7125811  T
Q  135 tctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggtaaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgacc 234  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  7125812 tctacaactgattcatgtgcacctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcacccatcgggtaaatttaaacttaatgtggatggaagttgtgatc 7125911  T
Q  235 aaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgc 334  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7125912 aaagtggtgtcatcggttcaggaggattgattccagacgctgcatgaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgtttattgc 7126011  T
Q  335 tgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctactt 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7126012 tgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagaca-actccactgagatcataaacctactt 7126110  T
Q  435 atggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgc 534  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  7126111 atggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaatcacaagtttgttggatcatctc--------tgtgttcaaacatgtgc 7126202  T
Q  535 tccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctc 634  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||  ||||| |||     
T  7126203 tctgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctaggttggagaggaactctactcttggtgtaacaacttgggtgacacaccctgaagagctgctctt 7126302  T
Q  635 gttgttcaactttg 648  Q
    |||| |||||||||    
T  7126303 gttgctcaactttg 7126316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 317 - 648
Target Start/End: Original strand, 21812533 - 21812862
Alignment:
Q  317 cggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccact 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21812533 cggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcgat--tgcatgttgagtgtgagacagactccact 21812630  T
Q  417 gagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  21812631 gagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataataagtttgttggatcatctcccaagtt 21812730  T
Q  517 tggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  21812731 tggtgttcaaacatgtgctccgtgaagacaatgtatgtgcagactttttggctaggttggggaggaactctactcttggagtaacaacttgggcgacacc 21812830  T
Q  617 tcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||    
T  21812831 tcctgatgagctgctctcattgctcaactttg 21812862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 21812473 - 21812333
Alignment:
Q  3 agtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaaa 102  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||| | |||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21812473 agtttaaagtttgttgctgctatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttggaaagccagcgatgtgatccgacaaa 21812374  T
Q  103 gtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaact 143  Q
     ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21812373 ttaacctcgtggttgaggatatggttttgttatctacaact 21812333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 187 - 248
Target Start/End: Original strand, 21812472 - 21812533
Alignment:
Q  187 ctcccctatcgggtaaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatc 248  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21812472 ctcccccatccggtaaatttaaacttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatc 21812533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 648
Target Start/End: Original strand, 23109526 - 23110173
Alignment:
Q  1 caagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23109526 caagtttaaagtttgttgctactatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttgaaaagctagtgatgtgatccgaca 23109625  T
Q  101 aagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23109626 aattaacctcatggttgaggatatggttttgttatctacaactgatacatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctctcccatcgggt 23109725  T
Q  201 aaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattct 300  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23109726 aaatttaaacttaatgtggatggaagttgtgaccaaagtggtatcatcggttcaggaggattgattcgagacgctataggaaattgggtggcaggattct 23109825  T
Q  301 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23109826 catctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtg 23109925  T
Q  401 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23109926 tgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttg 23110025  T
Q  501 gatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataa 600  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  23110026 gatcatctcctaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctaggttggggaggaactctactcttgaaataa 23110125  T
Q  601 caacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  23110126 caacttgagtgacacctcctgatgagctgatctcgttgctcaactttg 23110173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 648
Target Start/End: Original strand, 31076181 - 31076826
Alignment:
Q  2 aagtttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaa 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||| | |||||||||| || || |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076181 aagtttaaagtttgttgctgctatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgtattgggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaa 31076280  T
Q  102 agtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggta 201  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31076281 attaacctcatggttgaggatatggttttgttatctacaattgattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcgggta 31076380  T
Q  202 aatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctc 301  Q
    | |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31076381 a-tttaaacttaatgaggatggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcggttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggtaggattctc 31076479  T
Q  302 atctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgt 401  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31076480 atctaatgatggttgtggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtcttgcatgttgagtgt 31076579  T
Q  402 gagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttgg 501  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31076580 gagacaaactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttgg 31076679  T
Q  502 atcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataac 601  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  31076680 atcatcttccatgtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggataggttggggaggaactctactcttggagtaac 31076779  T
Q  602 aacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  31076780 aacttgggtgacacctcctgatgagctgctctcgttgctcaactttg 31076826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 253 - 648
Target Start/End: Original strand, 47194846 - 47195241
Alignment:
Q  253 caggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaattta 352  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47194846 caggaggattgattcgagacgctataggaaattgggtgacaggattctcatctaatgatggttgtggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaattta 47194945  T
Q  353 taacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcac 452  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  47194946 taacagtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacttacttatggacagacaatctcac 47195045  T
Q  453 tcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtat 552  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47195046 tcattccatgcttacgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtat 47195145  T
Q  553 gtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  47195146 gtgcagactttttggctagattggggaggaactctactcttggagtaacaatttgggtgacacctcctgatgagctgctctcgttgctcaactttg 47195241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 159 - 437
Target Start/End: Original strand, 19915707 - 19915985
Alignment:
Q  159 aataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggtaaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggag 258  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||  |||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19915707 aataatagaatcaagatcaaatggaaagctcctccattcggtaaagttaaactcaatgtggatggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcggttcaggag 19915806  T
Q  259 gattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacgg 358  Q
    ||||||||||||| ||   ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  19915807 gattgattcgagatgccggaggaaattgggtggctggattcttatctaatgatggttgcggcgatgcgcttattgttgagttgtttgaaatttataacgg 19915906  T
Q  359 tttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatg 437  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19915907 tttggtccttttgataaacaattcagtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatg 19915985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 463 - 648
Target Start/End: Original strand, 19915980 - 19916165
Alignment:
Q  463 cttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactt 562  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| || ||    
T  19915980 cttatgcttctttactagctaaaatcacaagtttgttggatcatctctcaggtttggtgttcaaacatgtgctctatgaaggcaatgtatgtgcggattt 19916079  T
Q  563 tttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||| |||||||||    
T  19916080 tttggctaggttgggaaggaactctactcttggagtaacaacttgggtgacacctcttgatgggctgctctcgttgctcaactttg 19916165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 436 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 44083551 - 44083351
Alignment:
Q  436 tggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgct 535  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      
T  44083551 tggacagacaatctcactcattccatgcttatgtttctttattagataaaataacaagtttgttggatcatattccaggtttggtgttcaaacatgtg-- 44083454  T
Q  536 ccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctcg 635  Q
               |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||     
T  44083453 ----------tatgtatgtgcagactttttggctaggttagggaggaactctactcttggagtaacaacttgggtgacacctcctgatgagctgctctca 44083364  T
Q  636 ttgttcaactttg 648  Q
    ||| |||||||||    
T  44083363 ttgctcaactttg 44083351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 648
Target Start/End: Original strand, 41011586 - 41012227
Alignment:
Q  5 tttaaagtttgttgctactagatagtgcagatggcgctggcggcactacattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaaagt 104  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||| | |||||||||| || || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41011586 tttaaagtttgttgctgctatatggtggatatggcgctggaggaacaacattgttttgggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaaatt 41011685  T
Q  105 aacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcaggtgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggtaaat 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41011686 aacctcatggttgaggatatggttttgttatctacaactaattcatgtgcagctaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccccatcgggtaaat 41011785  T
Q  205 ttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatc 304  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41011786 ttaaacttaatatggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcggttcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcata 41011885  T
Q  305 taatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgag 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41011886 taatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttgatcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgag 41011985  T
Q  405 acagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatc 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  41011986 acagactccactgagatcataaacctacttatggatagacaatctcactcattccatgcttatgcttctttattagctaaaataacaagtttgttagatc 41012085  T
Q  505 atctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaac 604  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||     
T  41012086 atctcccaggtttgttgttcaaac--gtgctccgtgaaggcaatgtatatgcatactttttggctaggttggggaggaactcttctcttgaagtaacaat 41012183  T
Q  605 ttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||    
T  41012184 ttggatgacacctcctgatgagctgctctcattgctcaactttg 41012227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 484 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 9532145 - 9532057
Alignment:
Q  484 aaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctagg 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9532145 aaataacaagtttgttggatcatcttccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttggctagg 9532057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 510 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 5373007 - 5372870
Alignment:
Q  510 ccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttggg 609  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||| | |||||| |||||    
T  5373007 ccagatttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggtaatgtatgtgcagactttttgattaggttggggaggaactatactcttgaagtaacaatttggg 5372908  T
Q  610 tgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaacttt 647  Q
    ||| ||||| |||| ||||| ||| |||| ||||||||    
T  5372907 tgatacctcttgatgagctgctcttgttgctcaacttt 5372870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 623
Target Start/End: Original strand, 26880715 - 26881288
Alignment:
Q  52 acattgttgtcggtgataaaacttggaaagctagtgatgtgatccgacaaagtaacctcatggttgaggatatgattttgttatctacaactgattcagg 151  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||| |    
T  26880715 acattgttttgggtgataaaacttggaaagccagcgatatgatccgacaaattaacctaatggttaaggatatggctttgttgtctacaactgattcatg 26880814  T
Q  152 tgcagcgaataatagaagcaaggtcaaatggaaagctcccctatcgggtaaatttaaatttaatgtggacggaagttgtgaccaaagtggtgtcatcagt 251  Q
    |||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||| |||| | |||||||| || | |||||| |||| |||||||||| ||    
T  26880815 tgcagataataatagaatcaagatcaaatggaaagctcccccattgggtaaatataaactcaatgtggatggcatttgtgatcaaactggtgtcatcggt 26880914  T
Q  252 tcaggaggattgattcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaattt 351  Q
    ||||||||||| |||||||| |||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26880915 tcaggaggattaattcgagaagctgtgggaaattgggtggctggattctcatctaatgatggttgcggcgatgcgcttatcgctgagttgtttggaattt 26881014  T
Q  352 ataacggtttggtcttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctca 451  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  26881015 ataatggtttggtccttttgataaacaatgcggtgttccatgttgagtgtgagatagactccactgagatcattaacctacttattgacggacaatctca 26881114  T
Q  452 ctcattccatgcttatgcttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtg-aaggcaatgt 550  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  26881115 ctccttccatgcttatacttctttactagctaaaatcacaagtttgttagatcatctcgcaggtttggtgttcaaacatgtactccatgaaaggcaatgt 26881214  T
Q  551 atgtgcagactttttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgac-acctcctgat 623  Q
    ||||| ||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  26881215 atgtgtagattttttgactaggttgggaaggaactctactcttggtgtaacaacttgggtgacaacctcctgat 26881288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 265 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 34551694 - 34551310
Alignment:
Q  265 ttcgagacgctacaggaaattgggtggcaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgctgagttgtttggaatttataacggtttggt 364  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34551694 ttcgagacgttacatgaaattgggtggtaggattctcatctaatgatggttgcggtgatgcgcttattgttgagttgtttggaatttataacggtttggt 34551595  T
Q  365 cttgttgataaacaattcggtgttgcatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacaaacaatctcactcattccatgct 464  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34551594 cttgttgataaacaatttggtgttgtatgttgagtgtgagacagactccactgagatcataaacctacttatggacagacaatctcactcattccatgct 34551495  T
Q  465 tatgc-ttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttggtgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagacttt 563  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34551494 tatgctttctttactagctaaaataacaagtttgttggatcatctcccaggtttgatgttcaaacatgtgctccgtgaaggcaatgtatgtgcagacttt 34551395  T
Q  564 ttgtctaggttggggaggaaatctactcttggaataacaacttgggtgacacctcctgataagctgatctcgttgttcaactttg 648  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||    
T  34551394 ttggctaggttggggaggaactctactcttggagtaacaacttgggtgacacctcctaatgagctgctctcgttgctcaactttg 34551310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University