View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1274-Insertion-4 (Length: 860)

Name: NF1274-Insertion-4
Description: NF1274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1274-Insertion-4
NF1274-Insertion-4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-860)||(655242-656095)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (30-127)||(22873214-22873311)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 814; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 860
Target Start/End: Original strand, 655242 - 656095
Alignment:
Q  10 tagatgtccgatttcgcgtttctgcataatttcatttaagatggatgcagaaaattcatgaacatgtacatcagtaacatctgcgccgttcatgacaagc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  655242 tagatgtccgatttcacgtttctgcataatttcatttaagatggatgcagaaaattcatgaacatgtacatcagtaacatctgcgccgttcattacaagc 655341  T
Q  110 aactgaaccatctccacatgattttctgacatagcaatttggatagctgtcatgccatgtcgatctttcgagtcaatgtttaatccttgctttaaaagct 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  655342 aactgaaccatctccacatgattttctgacatagcaatttggatagctgtcatgccatgtcgatctttcgagtcaatgtttaatccttgctttaaaagct 655441  T
Q  210 cattcattactgttatatcatttctttttgctgctgtacataggagatttcctgccgtgtatggatcagaaagagcagatagctgatagaggatcctgaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  655442 cattcattactgttatatcatttctttttgctgctgtacataggagatttcctgccgtgtatggatcagaaagagcagatagctgatagaggatcctgaa 655541  T
Q  310 tattgagtgatgttttgatgctatagcataccatagtgcagtgtcaccattcatatctgccaattattgttgagttaaatataaaccttataaaaggaaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  655542 tattgagtgatgttttgatgctatagcataccatagtgcagtgtcaccattcatatctgccaattattgttgagttaaatataaaccttataaaaggaaa 655641  T
Q  410 tcacagaaaaatacatgtcttaagttaaaggataccttttatatgtatgttgcacgtatgcttaagcaagactttaacacactcttcgtgcccatttgat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  655642 tcacagaaaaatacatgtcttaagttaaaggataccttttatatgtatgttgcacgtatgcttaagcaagactttaacacactcttcgtgcccatttgat 655741  T
Q  510 gcagctatgtgctgcaaaaagaccaacaatttttaagttgttatgatcaaaagtcaaaactatattgaaggaaacataatctaagaagcactgccaccga 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  655742 gcagctatgtgctgcaaaaagaccaacaatttttaagttgttatgatcaaaagtcaaaactatattgaaggaaacataatctaagaagcactgccaccga 655841  T
Q  610 cacaaacaccggacacgacactaagcgtagacgttcctaataatttaagagaatgaaagtaattgaatgcgagccaatgtatcggtgtcatgtcggtgtt 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  655842 cacaaacaccggacacgacactaagcgtagacgttcctaataatttaagagaatgaaagtaattgaatgcgagcaaatgtatcggtgtcatgtcggtgtt 655941  T
Q  710 ggacactcacaccgtcacatgtgtaggacaccgaacacaccatcgatccgatgtgtcggtgtatataagaaggaacatatttaaaaggatagatg-ttta 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  655942 ggacactcacaccgtcacatgtgtaggacaccgaacacaccatcgatccgatgtgtcagtgtatataagaaggaacatatttaaaaggatagatgtttta 656041  T
Q  809 ttagacatgggcatacc-atggagttttttc-tttgagtctcctatgtcgggat 860  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  656042 ttagacatgggcataccaatggagttttttcttttgagtctcctatgtcgggat 656095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 22873311 - 22873214
Alignment:
Q  30 tctgcataatttcatttaagatggatgcagaaaattcatgaacatgtacatcagtaacatctgcgccgttcatgacaagcaactgaaccatctccaca 127  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22873311 tctgcagaatttcatttaagatggatacagaaaattcatgaacatgtacatcggtaacatctgcaccgttcatgacaagcatctgaaccatgtccaca 22873214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University