View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12740_high_7 (Length: 483)

Name: NF12740_high_7
Description: NF12740
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12740_high_7
NF12740_high_7
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (15-472)||(20277936-20278393)
chr7 (15-472)||(20282514-20282972)
chr7 (15-458)||(20293013-20293456)
chr7 (15-436)||(20169289-20169710)
chr7 (40-472)||(20272192-20272624)
chr7 (42-440)||(20302233-20302631)
chr7 (40-457)||(20230055-20230472)
chr7 (15-440)||(20287660-20288088)
chr7 (40-456)||(20242006-20242422)
chr7 (40-437)||(20300163-20300557)
chr7 (295-461)||(20064028-20064194)
chr7 (42-237)||(20262843-20263038)
chr7 (42-182)||(20063790-20063930)
chr7 (42-82)||(20090338-20090378)
chr7 (128-270)||(20090410-20090552)
chr7 (347-461)||(20090580-20090694)
chr7 (49-154)||(19937723-19937828)
chr7 (49-154)||(19968862-19968967)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (40-458)||(40820410-40820828)
chr4 (15-449)||(40825052-40825487)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 20278393 - 20277936
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20278393 accaagttctgcatacgctgtgcagacatatagatcaagtcctccactttcgagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 20278294  T
Q  115 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20278293 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagctggtactt 20278194  T
Q  215 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20278193 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctactacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccggt 20278094  T
Q  315 ccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcccca 414  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20278093 ccagttatgtccattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcccca 20277994  T
Q  415 catataccgtaaacatcacactccgagtcttggcttgtccatgtaacaataacttctt 472  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20277993 catataccgtaaacatcacactccaagtcttggcttgtccatgtaacaataacttctt 20277936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 20282972 - 20282514
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20282972 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 20282873  T
Q  115 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20282872 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagccggtactt 20282773  T
Q  215 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagt 314  Q
    ||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  20282772 tcaccatctgtagtttgaaaaa-gcatattcctttctctgtgtggttttattgttagccttgccacactgcaaaggggttctcctaacacacccaccggt 20282674  T
Q  315 ccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagac--agatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccc 412  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  20282673 ccagttatgtatattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagagatacatattggtgagaccaatgaattacagcttgcaaatgccc 20282574  T
Q  413 cacatataccgtaaacatcacactccgagtcttggcttgtccatgtaacaataacttctt 472  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20282573 cacatataccataagcatcacactctgagtcttggcttctccatgtaacaataacttctt 20282514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 20293456 - 20293013
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 114  Q
    |||||||||||| || |||   || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||    
T  20293456 accaagttctgcgtaggctacacgaacatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagatttccagtccaagacatacagccaatc 20293357  T
Q  115 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactt 214  Q
     | |||||||| ||||| |||| ||| || ||||| | ||| |||| ||||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||| | || ||||    
T  20293356 ccagaatcatgagaatacgcaatgcaggagcaattatgcaaacataagcttctgcatatttctggtgtaacagctacaccttctgcaaaatctggaactt 20293257  T
Q  215 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagt 314  Q
    | ||| |||  |||||||||||| ||||||||||| | |  ||||||||||||||  ||||  |||||| |||||  || ||||||||||||||||| ||    
T  20293256 taaccatcttcaatttcaaaaacccatcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttcacactccaaaggtgtcctcctaacacacccaccggt 20293157  T
Q  315 ccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcccca 414  Q
    ||| ||||||| | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20293156 ccaattatgtttactccattcttctatgtttctgggtacaaatcctctcaaacagctacatattggtgagctcaatgaactacagcttgcaaaggcccca 20293057  T
Q  415 catataccgtaaacatcacactccgagtcttggcttgtccatgt 458  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||| || ||||||||||    
T  20293056 catataccataaacatcacactctgattctcgggttgtccatgt 20293013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 436
Target Start/End: Original strand, 20169289 - 20169710
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 114  Q
    |||||||||| |||  |||  ||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||| || || ||||| |||||||| ||||||    
T  20169289 accaagttctccattggctacgcgaacatatagatcaagtcctcctctttgaaattgttgtatgtcacgtagattgccggtccaagacatacaaccaatc 20169388  T
Q  115 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactt 214  Q
     |   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||| ||||||||||| | || ||||    
T  20169389 ccatcatcatgagaatatgcaaggcaagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtctgatgtaacagtcaaaccttcagcaaaatctggaactt 20169488  T
Q  215 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagt 314  Q
    | | | | |||| |||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||  || || | |||||||||||| ||    
T  20169489 taatcatttgtagtttcaaaaacccatcttcctttgtacttgtggttttattgttgaccctttcacactgcaaaggtgtccttcgaacacacccaccggt 20169588  T
Q  315 ccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcccca 414  Q
    ||||||||||  |||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  20169589 ccagttatgtatattccattgttctatgtttctgggttcaaaccctctcaaacagctacatgttggtgagctcaatgaattacaacttgcaaatgcccca 20169688  T
Q  415 catataccgtaaacatcacact 436  Q
    ||||   |||||||||||||||    
T  20169689 cataagtcgtaaacatcacact 20169710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 40 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 20272624 - 20272192
Alignment:
Q  40 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 139  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||  || ||||||||||||||||| ||  | ||||||  ||||||||||||| |   |||||| |||||||||||||    
T  20272624 acatatagatcgagtcctcccatttcaagctgttgtatgtcaagtagatttgcagtccacagcatacagccaatcccatcatcatgagaatatgcaaggc 20272525  T
Q  140 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgc 239  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||| ||||||||||| | || ||||| | |||||||| |||||||| | |    
T  20272524 aagagcaattctccaagcataggcttctgcatatgtcaggtgtaacgattaaaccttcagcaaaatctggaactttaatcgtctgtagtttcaaaatccc 20272425  T
Q  240 atcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgt 339  Q
    |||||||||| | | ||||||||||||||   ||||  | ||||||||||  ||  |||||||||||||||||| |||||| | |   ||||||||  ||    
T  20272424 atcttcctttgtacttgtggttttattgtggaccctttcgcactgcaaaggtgtcttcctaacacacccaccagaccagttgtttattttccattcacgt 20272325  T
Q  340 atgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccg 439  Q
    || ||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  20272324 atatttttaggttcaaatcctttcagacagctgcatattggtgaggtcgatgaactacagattgcaaatgcgccacatataccataaacatcacactctg 20272225  T
Q  440 agtcttggcttgtccatgtaacaataacttctt 472  Q
    | ||| |||||||||||||||||  ||||||||    
T  20272224 aatctcggcttgtccatgtaacatgaacttctt 20272192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 42 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 20302631 - 20302233
Alignment:
Q  42 atatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaa 141  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||| | | ||| | ||| ||||||  ||||    
T  20302631 atatagatcaagtcctccactttcgagttgttgtatgtcaagtaaattcccagtccaagacatgcagccaatcccagcatcgttggagtatgcagtgcaa 20302532  T
Q  142 gaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgcat 241  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| | |||| |||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||| |||    
T  20302531 gagcaattctccaagcataagcttctgcatatatctggtgtaacagctacaccttctgcaaaatcgggaactttaaccatctgcaatttcaaaaacccat 20302432  T
Q  242 cttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgtat 341  Q
    |||| ||| | | |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| || | |  ||||||||| |||||    
T  20302431 cttcttttgtacttgtggttttattgttgaccctttcacactgcaaagatcttctcctaacacacccactagtccaattgtttctattccattcctgtat 20302332  T
Q  342 gtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccga 440  Q
    |||  | || ||||| ||| ||| |||| | || ||||| | |  ||||||| ||||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||    
T  20302331 gttgattggatcaaaccctttcaaacagctgcaaattggcgtgctcaatgaattacaaattgcaaatgccccgcaaataccataaacatcacactccga 20302233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 40 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 20230472 - 20230055
Alignment:
Q  40 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 139  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |   |||||| ||||| ||||  |    
T  20230472 acatataggtcaagtcctccactttggaattgttgtatgtcaagtagattgccggtccaagacatacagccaatcccatcatcatgagaatacgcaacac 20230373  T
Q  140 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgc 239  Q
    |||| ||||||||||| |||| | |||||||  |||| |||||  |  ||||| ||||||||||| | || ||||| ||| |||||| |||||||||| |    
T  20230372 aagagcaattctccaaacataagattctgcatctgtcaggtgtcccttctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcaaaaaccc 20230273  T
Q  240 atcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgt 339  Q
     ||||||||||| | |||||||||||||     |||   ||||||||| |   | | |||||||||||| ||||||||||| | |  ||||||||| |||    
T  20230272 gtcttcctttctacctgtggttttattgccgatccttttacactgcaatggtttccgcctaacacacccgccagtccagttgtttctattccattcctgt 20230173  T
Q  340 atgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccg 439  Q
    |||||    || ||||| ||| ||| |||| | || ||||| | |  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  20230172 atgttcaccggatcaaaccctttcaaacagctgcaaattggcgtgctcaatgaattacagcttgtaaatgccccacatagaccataaacatcacactctg 20230073  T
Q  440 agtcttggcttgtccatg 457  Q
    ||| ||||||| ||||||    
T  20230072 agtattggcttttccatg 20230055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 20288088 - 20287660
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatc 114  Q
    ||||||||||||||| |||   || ||||||| |||||| |||||| ||| || ||||||||| |||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  20288088 accaagttctgcataggctacacgaacatataaatcaagccctccatttttgaattgttgtatatcaattagattcccagtccaagacatacaaccaatc 20287989  T
Q  115 acggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactt 214  Q
     | |     || |||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||  ||| || |||  |||||| | || ||||    
T  20287988 ccagcggtgtgagaatatgcaatgcaagagcaattctctaagcatcggcttctacatatgtctggtgtaagtgctgaaccttgtgcaaaatcaggaactt 20287889  T
Q  215 tcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctt---tctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccacc 311  Q
    | ||| |||  |||||||||||  ||||||||||   | | | |||||| ||||| ||  ||||  |||||||||||    | || ||||||||||||||    
T  20287888 taaccatcttcaatttcaaaaatccatcttccttctttgtacttgtggtgttattattgaccctttcacactgcaaaagtatccttctaacacacccacc 20287789  T
Q  312 agtccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcc 411  Q
    ||||||||| |||  |||||| || ||| |||| || |||||||||||||||| |||  | ||||||||| |   |||||||||||||||||| ||||||    
T  20287788 agtccagttgtgtctattccactcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatattggtaacttcaatgaactacagcttgcgaatgcc 20287689  T
Q  412 ccacatataccgtaaacatcacactccga 440  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| |||||    
T  20287688 ccacatataccataaatgtcacattccga 20287660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 40 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 20242422 - 20242006
Alignment:
Q  40 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 139  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||   || ||| ||||| ||||  |    
T  20242422 acatataggtcaagtcctccaatttcgaattgttctatgtcaagtagattgccggtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgcaacac 20242323  T
Q  140 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgc 239  Q
    |||| |||||||| || |||| | |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||||||| | || ||||| ||| |||||| ||||| |||| |    
T  20242322 aagagcaattctctaaacataagattctgcatgtgtcaggtgtaactgctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttcagaaaccc 20242223  T
Q  240 atcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttct-cctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttg 338  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| |  ||||   |||| |||||| |  ||| |||||||||||| ||||||||||| | |  | |||||||  |    
T  20242222 atcttcctttctacttgtggttttattggtgacccttttacacagcaaag-gtctctgcctaacacacccgccagtccagttgtttctactccattcacg 20242124  T
Q  339 tatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactcc 438  Q
      | ||||| |||||||||||| ||| |||  | || | |||||||  ||||||| ||||||||| |||  | ||||||| ||| ||||||||||| ||     
T  20242123 agtatttctgggttcaaatcctttcaaacaactgcaaactggtgagctcaatgaattacagcttgtaaaatctccacatagaccataaacatcacattct 20242024  T
Q  439 gagtcttggcttgtccat 456  Q
    | || ||||||| |||||    
T  20242023 gcgttttggcttttccat 20242006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 20300557 - 20300163
Alignment:
Q  40 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||    | ||||||| |||| ||| ||||  ||||| |||||||| |||||  | | |||||| ||||  |||| ||    
T  20300557 acatatagatcaagtcctccacttt---ctagttgtatatcaattagattcctagtccaagacatacaaccaattccagcatcatgagaattcgcaacgc 20300461  T
Q  140 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgc 239  Q
    | || ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| | |||| |||||  | || ||||| ||| |||| ||| |||||||  |    
T  20300460 atgagcaattctacaagcataagcttctgcatatgtctggtgcaacagctacaccttctgcaaattcaggaactttaaccatctgcaatatcaaaaatcc 20300361  T
Q  240 atcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgt 339  Q
    |||||||||| | |  ||||||||||||||  ||||   |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| || | |  |||||||||||||    
T  20300360 atcttcctttgtactggtggttttattgttgaccctttaacactgaaaagctgtcctcctgacacacccaccagtccaattgtttctattccattcttgt 20300261  T
Q  340 atgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactc 437  Q
    ||     | ||||||||| || ||| |||| | || ||||||||    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  20300260 atcgacttgggttcaaattctttcaaacaggtgcaaattggtgaacttagtgaactacagcttgcaaataccccgcatataccataaccatcacactc 20300163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 295 - 461
Target Start/End: Original strand, 20064028 - 20064194
Alignment:
Q  295 ctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaac 394  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | |  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| |  ||||||||    
T  20064028 ctcctaacacacccacctgtccagttgtttctattccattcctgtatgctcctaggttcaaatcctttcaaacagctgcatattggtgtgttcaatgaac 20064127  T
Q  395 tacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccgagtcttggcttgtccatgtaac 461  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| || | | |||| |||||||||||    
T  20064128 tacagcttgcaaatgccccacatgtaccatatacatcacactctgattttcggctagtccatgtaac 20064194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 42 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20263038 - 20262843
Alignment:
Q  42 atatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaa 141  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||   || ||| ||||| ||||  |||    
T  20263038 atataggtcaagtcctccactttggaattgttgtatgtcaagtagatttcgggtccaagacatacagccaatcacatcatgatgagaatacgcaacacaa 20262939  T
Q  142 gaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaac 237  Q
    || ||||||||||| |||| | || ||||  |||| |||| ||| |||||| ||||||||||| | || ||||| ||| |||||| ||| ||||||    
T  20262938 gagcaattctccaaacataagattttgcatttgtcaggtgcaactgctaaaccttcagcaaaatctggaactttaaccatctgtagtttgaaaaac 20262843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 182
Target Start/End: Original strand, 20063790 - 20063930
Alignment:
Q  42 atatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaa 141  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | |||||| |||||| | | ||| |  || || |||  ||||    
T  20063790 atatagatcaagtcctcccatttggagttgttgtatgtcaagtaagttcccagtccaagtcatacaaccaatcccagcatcgttagagtacgcagtgcaa 20063889  T
Q  142 gaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgt 182  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  20063890 gagcaattctccaagcataaccttctgcatatgtccggtgt 20063930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 82
Target Start/End: Original strand, 20090338 - 20090378
Alignment:
Q  42 atatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaa 82  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  20090338 atatagatcaagtcctccactttcgagttgttctatgtcaa 20090378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 128 - 270
Target Start/End: Original strand, 20090410 - 20090552
Alignment:
Q  128 aatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaa 227  Q
    |||| |||| ||| || ||||| | ||| |||| ||| ||||| || ||||||| |||||||| | |||| |||||| | || ||||| ||| |||  ||    
T  20090410 aatacgcaacgcaggagcaattatgcaaacataagctgctgcatatttctggtgcaacagctacaccttctgcaaaatctggaactttaaccatcttcaa 20090509  T
Q  228 tttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgtta 270  Q
    |||||||||| ||||||||||| |   ||||||||| ||||||    
T  20090510 tttcaaaaacccatcttcctttgtatttgtggttttgttgtta 20090552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 347 - 461
Target Start/End: Original strand, 20090580 - 20090694
Alignment:
Q  347 taggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccgagtcttg 446  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||  |||| || ||||  |||||||||||||||| || || |||  |||  |||  || | |||    
T  20090580 taggttcaaatcctctcaaacaaatgcatatcggtgagttcaattaattacacgttgcaaatgccccacaaatgccataacgatcgtactatgacttttg 20090679  T
Q  447 gcttgtccatgtaac 461  Q
    |||||||||||||||    
T  20090680 gcttgtccatgtaac 20090694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 19937828 - 19937723
Alignment:
Q  49 tcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaat 148  Q
    |||||||||||| ||  || || ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| |||||  | | |||||  ||||||||||  ||||| ||||    
T  19937828 tcaagtcctccatttgagaatttttgtatgtcaactaggttcccagtccaagacatacaaccaatgtcagcatcataagaatatgcaacacaagagcaat 19937729  T
Q  149 tctcca 154  Q
    ||||||    
T  19937728 tctcca 19937723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 19968967 - 19968862
Alignment:
Q  49 tcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaat 148  Q
    |||||||||||| ||  || || ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| |||||  | | |||||  ||||||||||  ||||| ||||    
T  19968967 tcaagtcctccatttgagaatttttgtatgtcaactaggttcccagtccaagacatacaaccaatgtcagcatcataagaatatgcaacacaagagcaat 19968868  T
Q  149 tctcca 154  Q
    ||||||    
T  19968867 tctcca 19968862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 40 - 458
Target Start/End: Original strand, 40820410 - 40820828
Alignment:
Q  40 acatatagatcaagtcctccactttggagttgttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaatcacggaatcatgggaatatgcaaggc 139  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||| ||    
T  40820410 acatatagatcgagtcctccactttggagttgatgtatgtcaagtagattcccagtccaagacatacagccaatcccagaatcatgagaatacgcaacgc 40820509  T
Q  140 aagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtactttcaccgtctgtaatttcaaaaacgc 239  Q
    | || ||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||||  | |  ||||  ||||  || |||||||||||| |    
T  40820510 aggagcaattgtgcagacataagcttctgcatatgtctggtgtaacagctacaccttctgcaaattctgaaacttcaaccgcatgcaatttcaaaaaccc 40820609  T
Q  240 atcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccagtccagttatgttcattccattcttgt 339  Q
    || ||||||| | |  |||||||||||| |   |||  |||||| |||||  || ||||||||||||| ||| ||||| ||||||  | ||||||||| |    
T  40820610 attttcctttgtactcgtggttttattgctgatcctttcacactccaaaggtgtcctcctaacacaccgacccgtccaattatgtatactccattcttct 40820709  T
Q  340 atgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgccccacatataccgtaaacatcacactccg 439  Q
    |||||||| ||| |||||||||| | |||| |||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||  |    
T  40820710 atgtttctgggtacaaatcctctaaaacagctacatattggcgagctcaataaactacagcttgcaaatgctgcacatataccataaacatcacactatg 40820809  T
Q  440 agtcttggcttgtccatgt 458  Q
    | ||| |||||||||||||    
T  40820810 attctcggcttgtccatgt 40820828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 449
Target Start/End: Original strand, 40825052 - 40825487
Alignment:
Q  15 accaagttctgcatacgctgtgcggacatatagatcaagtcctccactttggagtt-gttgtatgtcaagtagtttccctgtccacgacatacagccaat 113  Q
    ||||||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||| |||| ||| || || ||||| |||||||| |||||    
T  40825052 accaagttctgcataggctacacgaacatatagatcaagtcctccattttagaatttgttgtatatcaattagattgccagtccaagacatacaaccaat 40825151  T
Q  114 cacggaatcatgggaatatgcaaggcaagaacaattctccaagcataggcttctgcaaatgtctggtgtaacagctaaagcttcagcaaaagcgggtact 213  Q
    | | |     || |||||||||| |||||| |||||||| | |||| ||||| | || |||||||||||||| ||| ||  ||  |||||| | || |||    
T  40825152 cccagtggtgtgagaatatgcaatgcaagagcaattctctatgcattggcttttacatatgtctggtgtaactgctgaactttgtgcaaaatcaggaact 40825251  T
Q  214 ttcaccgtctgtaatttcaaaaacgcatcttcctttctccgtgtggttttattgttatccctaccacactgcaaagtggttctcctaacacacccaccag 313  Q
    || ||| |||| |||||||||||| ||||||||||| | | ||| || ||||| ||  || |  |||||||||||   || || |||||||||||||| |    
T  40825252 ttaaccatctgcaatttcaaaaacccatcttcctttgtacttgttgtcttattattgaccttttcacactgcaaaagtgtccttctaacacacccacctg 40825351  T
Q  314 tccagttatgttcattccattcttgtatgtttctaggttcaaatcctctcagacagatacatattggtgagaacaatgaactacagcttgcaaatgcccc 413  Q
    ||||||| |||  |||||| || ||| |||| || |||||||||||||||| |||  | ||||| ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  40825352 tccagttgtgtctattccactcctgtttgttcctgggttcaaatcctctcaaacaactgcatatcggtaacttcaatgaactacagcttgaaaatgcccc 40825451  T
Q  414 acatataccgtaaacatcacactccgagtcttggct 449  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||    
T  40825452 acatataccataaacgtcacattccgattgttggct 40825487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University