View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12742_low_25 (Length: 246)

Name: NF12742_low_25
Description: NF12742
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12742_low_25
NF12742_low_25
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-230)||(50780816-50781045)
chr1 (1-230)||(44540919-44541148)
chr1 (34-162)||(25590451-25590579)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-230)||(37186349-37186578)
chr8 (1-230)||(37790668-37790897)
chr8 (21-120)||(25480215-25480316)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (2-230)||(11748377-11748605)
chr3 (1-230)||(18649172-18649399)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-230)||(296087-296316)
chr2 (1-230)||(29960688-29960912)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-230)||(5725402-5725629)
chr4 (1-225)||(6681264-6681488)
chr4 (1-230)||(50912272-50912500)
chr4 (40-171)||(26903859-26903990)
chr4 (33-162)||(7042987-7043116)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (2-229)||(43087465-43087692)
chr7 (44-230)||(35894650-35894836)
chr7 (1-230)||(293521-293749)
chr7 (1-151)||(45938180-45938322)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-221)||(11186393-11186603)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (34-151)||(59129-59246)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-173)||(22664416-22664568)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 50781045 - 50780816
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50781045 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaacagttttggatcaaatatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 50780946  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50780945 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 50780846  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50780845 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 50780816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 44541148 - 44540919
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  44541148 gtgtgtattgatttctctgttttcttgagaatttagcaagatgaacacaaacggttttggatcaaatatcttgattcttgatggcaagaactgggaacga 44541049  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  44541048 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgaatgatcttgtgaaaaatgggtttgaaaaacctcatgcaaataccaatgatgtgcaga 44540949  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44540948 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 44540919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 34 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 25590579 - 25590451
Alignment:
Q  34 aagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtg 133  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  | ||||| |      
T  25590579 aagcaagatgaatagcaatggttttggatcaaacattctggttcttgatgacaagaactgggaacgatggagtgccttgatgagatctctatttggagaa 25590480  T
Q  134 caagatgtgagtgatcttgtgcataatgg 162  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  25590479 caagatgtgagtgatcaagtgcagaatgg 25590451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 37186578 - 37186349
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  37186578 gtgtgtattgatttctctgttttcttgataattaagcaagatgaacataaacggttttggatcaaacatcttagttcttcatggcaagaactgggaacga 37186479  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37186478 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgcagaatggttttgaagaacctcctgcaaattccactaatgtgcaga 37186379  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37186378 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 37186349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 37790897 - 37790668
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||| |    
T  37790897 gtgtgtattgatttctctgttttcttgagaatttagcaagatgaacacaaacggttttggatcaaatatcttgattcttgatggcaagaattgggaacga 37790798  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37790797 tggagtgctttgatgtgatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgcagaatgggtttgaagaacctcctgcaaattccactgaagtgcaga 37790698  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37790697 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 37790668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 120
Target Start/End: Original strand, 25480215 - 25480316
Alignment:
Q  21 tttcttgaaaattaagcaagatgaacacaa--atggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgaga 118  Q
    ||||||||| |  ||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||| |||    
T  25480215 tttcttgaagaagaagcaagatgatcacaataacggttttggatcaaacattctagttcttgatggaaagaactgggaacgattgagtgccttgatcaga 25480314  T
Q  119 tc 120  Q
    ||    
T  25480315 tc 25480316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 2 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 11748605 - 11748377
Alignment:
Q  2 tgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  11748605 tgtgtattgatttctctgttttcttgagaattaagcaagatgaacacaaacggttttagatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgagaacgat 11748506  T
Q  102 ggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcagag 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11748505 ggagtgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgcagaatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcagag 11748406  T
Q  202 agcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11748405 agcagcttacaaagaaaacaagaataaag 11748377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 18649399 - 18649172
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  18649399 gtgtgtattgatttctctgttttcttgagaattaagcaagatgaacacaaacggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggagcga 18649300  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18649299 tggagcgctttgatgagatcgttgtttggcgcgcaagatgtgagcgatcttgtgcaaaatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 18649200  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18649199 gagca--ttacaaagaaaacaagaagaaag 18649172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 296087 - 296316
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  296087 gtgtgtattgatttctctgttttcttgagaatttagcaagatgaacacaaacggttttggatcaaatatcttgattcttgatggcaagaactaggaacaa 296186  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  296187 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcagaatgagtttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 296286  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  296287 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 296316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 29960688 - 29960912
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||| |||||||||||  |||| ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  29960688 gtgtgttttgatttctcttatttcctgagattta-gcaagatgaacacaaacggttttggatcaaatatcttgattcttgatggcaagaactgggaacga 29960786  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29960787 tggagcgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgca----ggttttgaagaacctcctgcaaattcctctgatgtgcaga 29960882  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  29960883 gagcagcttacaaataaagcaagaagaaag 29960912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 183; Significance: 4e-99; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 5725629 - 5725402
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  5725629 gtgtgtattgatttctctgttttcttgagaattaagcaagatgaacacaaacggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggagcga 5725530  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5725529 tggagcgctttgatgagatcgttgtttggcgcgcaagatgtgagcgatcttgtgcaaaatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 5725430  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  5725429 gagca--ttacaaagaaaacaagaagaaag 5725402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 6681488 - 6681264
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  6681488 gtgtgtattgatttctctgatttcttgagaattaagcaagatgaacactaacggttttggatcaaacatcttggttcttgatggcaagaactgagaacga 6681389  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  6681388 tggactgttttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtgatcttgtgccaaatgggtttgaataacctcctgcaaatgccagtgatgtgcaga 6681289  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaa 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  6681288 gagcagcttacaaagaaaacaagaa 6681264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 50912272 - 50912500
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| | ||| || |||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  50912272 gtgtgtattgatttctcttatttcttgagattta-gcgagatgaacactaacagttttggatcaaatatcttggttcttgatggcaagaactgggaacga 50912370  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| | | |||||||| |||| || |||||||    
T  50912371 tggagagctttgatgagatctttgtttggcgcacaagatgtgagtgatcttgtgcagaatggctatgaagatcttgctgcaaatgccacagaggtgcaga 50912470  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
     |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  50912471 aagcatctttcaaagaaaacaagaagaaag 50912500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 171
Target Start/End: Original strand, 26903859 - 26903990
Alignment:
Q  40 gatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagat 139  Q
    ||||||||  || |||||| |||||||||| || |||||| |||  ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||  ||||||    
T  26903859 gatgaacaataacggtttttgatcaaacattttggttcttaatgttaagaaatgggaacgatgtagtgccttgatgagatatttgtttggcgcacaagat 26903958  T
Q  140 gtgagtgatcttgtgcataatggttttgaaga 171  Q
    || |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  26903959 gtaagtgatcttgtgcataatgggtatgaaga 26903990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 7043116 - 7042987
Alignment:
Q  33 taagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatcattgtttggcgt 132  Q
    ||||||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||  ||||  || ||||||||||||| |||  ||||||| ||    
T  7043116 taagcaagatgaataacaatggttatggattaaacattctagatcttgatggcaagaactaagaacgctgaagtgctttgatgaaatctctgtttggagt 7043017  T
Q  133 gcaagatgtgagtgatcttgtgcataatgg 162  Q
     ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  7043016 acaagatgcgagtgatctggtgcataatgg 7042987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 229
Target Start/End: Original strand, 43087465 - 43087692
Alignment:
Q  2 tgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  43087465 tgtgtattgatttctctgttttcttgagaattaagcaagatgaacacaaacggttttggctcaaacatcttagttcttgatggcaagaattgggaacgat 43087564  T
Q  102 ggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcagag 201  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  43087565 ggagtgctttgatgaaatcattgtttggcacgcaagatgtgagtgaagttgtgcagaatgattttgaagaaccttctgcaaattccactaatgtgcagag 43087664  T
Q  202 agcagcttacaaagaaaacaagaagaaa 229  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  43087665 agcagtttagaaagaaaacaagaagaaa 43087692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 35894650 - 35894836
Alignment:
Q  44 aacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtga 143  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  35894650 aacacaaacggttttggatcaaacatcttaattcttgatggcaagaattgggaacgatggagtgatttgatgagatcattgtttggtgcgcaagatgtga 35894749  T
Q  144 gtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcagagagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35894750 gtgatcttgtgcataatgggtttgaggaatctcctgcaaattccactgatgtgcagagagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 35894836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Original strand, 293521 - 293749
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |    
T  293521 gtgtgtattgatttctctgatttcttgagattta-gcaagatgaacactaacggttttggatcaaacgtcttggttcttgatggcaagaactgggatcga 293619  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||  |||| ||||| ||||    
T  293620 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgcgcaagatgtgagtggtcttgtgcagaatgggtatgaaaaacctcctgcaaacgccacagatgttcaga 293719  T
Q  201 gagcagcttacaaagaaaacaagaagaaag 230  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  293720 aagcagtttacaaagaaaacaagaagaaag 293749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 45938180 - 45938322
Alignment:
Q  1 gtgtgtattgatttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaa 100  Q
    |||||||| ||||||| || |||| ||| | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||| |    
T  45938180 gtgtgtatcgatttctatgatttcctgagattta-gcaagatgaacacaaacggttttggatcaaatatctt-------gatggcaagaactgggaacga 45938271  T
Q  101 tggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatctt 151  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  45938272 tggagcgctttgatgagatcgttgtttggcgcgcaagatgtgagttatctt 45938322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 11186603 - 11186393
Alignment:
Q  11 atttctctgttttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctt 110  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||  || ||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  11186603 atttctctggtttcttgaagaataatgaagatgaacaataacggttttggatcaaacattttgattcttaatggcaagaactgggaatgatggagtgcct 11186504  T
Q  111 tgatgagatcattgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaacctcctgcaaattccactgatgtgcagagagcagctta 210  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||    
T  11186503 tgatgagatccttgtttggcgcacaagatgtgagtgatcttgtgcataatgggtatgaagagcttcctgcatatgccactgatgtacagagagcaactta 11186404  T
Q  211 caaagaaaaca 221  Q
    |||||||||||    
T  11186403 caaagaaaaca 11186393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 59246 - 59129
Alignment:
Q  34 aagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatcattgtttggcgtg 133  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| | |    
T  59246 aagcaagatgaatagcaatggttttggatcaaacatcctggttcttgatgacaagaactgggaacgatggagtgctttgatgagatctttatttggagcg 59147  T
Q  134 caagatgtgagtgatctt 151  Q
    ||||||||||||||||||    
T  59146 caagatgtgagtgatctt 59129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 22664568 - 22664416
Alignment:
Q  21 tttcttgaaaattaagcaagatgaacacaaatggttttggatcaaacatcttagttcttgatggcaagaactgggaacaatggagtgctttgatgagatc 120  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||     
T  22664568 tttcttgaagaagaagcaagatgaacaataaccgttttggatcaaacattctagttcttgatggcaaaaactgggaacgatggagtgccttgatgagata 22664469  T
Q  121 attgtttggcgtgcaagatgtgagtgatcttgtgcataatggttttgaagaac 173  Q
     |||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||    
T  22664468 tttgtttggcacacaagatgtgagtgatcttgttcataatggatatgaagaac 22664416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University