View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12743_high_1_N (Length: 847)

Name: NF12743_high_1_N
Description: NF12743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12743_high_1_N
NF12743_high_1_N
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (29-834)||(27090774-27091578)
chr7 (29-834)||(27186723-27187527)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (216-385)||(9909611-9909780)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 778; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 27091578 - 27090774
Alignment:
Q  29 aataattgcacaaataaaattgatttcatggcctagttcgccgtcgtataccctctatatctttgattgtaatgtcttttttcctttctctaatggtgag 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27091578 aataattgcacaaataaaattgatttcatggcctagttcgccgtcgtataccctctatatctttgattgtaatgtcttttttcctttctctaatggtgag 27091479  T
Q  129 tgttttgtgtgactgattctctaatagagagtgaaatccagaaaattatatcttacaacaaattaaaatgtcttatttgaagtaattttttaatacaggg 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27091478 tgttttgtgtgactgattctctaatagagagtgaaatccagaaaattataccttacaacaaattaaaatgtcttatttgaagtaattttttaatacaggg 27091379  T
Q  229 caaacaaggcatatattctttccatttgatacaaaaaacgacactgctattaaagtggcaatggagatggtagaagaacttgaaatcaatcacttggaac 328  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27091378 caaacgaggcatatattctttccatttgatacaaaaaacgacactgctattaaagtggcaatggagatggtagaagaacttgaaatcaatcacttggaac 27091279  T
Q  329 cattaaagattgctgcaatgatagataatgagatatcaactttatttccaacttggatgggaactcatggcaagtgtgagcatcaattacaacatagcta 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27091278 cattaaagattgctgcaatgatagataatgagatatcaactttatttccaacttggatgggtactcatggcaagtgtgagcatcaattacaacatagcta 27091179  T
Q  429 taactatgaagaagatgaggatgttaataaccataatccttttgtcttatcatcatcttatccttcttcccctcatgattctctccctaagtctcactcc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27091178 taactatgaagaagatgaggatgttaataaccataatccttttgtcttatcatcatcttatccttcttcccctcatgattctctcactaagtctcactcc 27091079  T
Q  529 aaggcccacttctgtgcaaagcatagcatgtttcctcaagaatggaatcaaggtaattttacttgtaaaacactttggtaaatatatgtttcaagtttgg 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27091078 aaggcccacttctgtgcaaagcatagcatgtttcctcaagaatggaatcaaggtaattttacttgtaaaacactttggtaaatatat-tttcaagtttgg 27090980  T
Q  629 ataatactagcaaaatctttagcacactttttacatattattttatagatttgaatgatacgttgttctgcctcatttatgaaccatatatgtattttgt 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27090979 ataatactagcaaaatctttagcacactttttacatattattttatagatttgaatgatacgttgttctgcctcatttatgaaccatatatgtattttgt 27090880  T
Q  729 agatttatatatgaatgatgatggaagctcaccaagctcaatgaactcctacaaatgttcaaatatccaatatcatgaagatgaacattgcccaacaata 828  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27090879 agatttatatatgaatgatgatggaagctcaccaagctcaatgaactcctacaaatgttcaaatatccaatatcatgaagatgagcattgcccaacaata 27090780  T
Q  829 gtagaa 834  Q
    ||||||    
T  27090779 gtagaa 27090774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 834
Target Start/End: Original strand, 27186723 - 27187527
Alignment:
Q  29 aataattgcacaaataaaattgatttcatggcctagttcgccgtcgtataccctctatatctttgattgtaatgtcttttttcctttctctaatggtgag 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186723 aataattgcacaaataaaattgatttcatggcctagttcgccgtcgtataccctctatatctttgattgtaatgtcttttttcctttctctaatggtgag 27186822  T
Q  129 tgttttgtgtgactgattctctaatagagagtgaaatccagaaaattatatcttacaacaaattaaaatgtcttatttgaagtaattttttaatacaggg 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186823 tgttttgtgtgactgattctctaatagagagtgaaatccagaaaattataccttacaacaaattaaaatgtcttatttgaagtaattttttaatacaggg 27186922  T
Q  229 caaacaaggcatatattctttccatttgatacaaaaaacgacactgctattaaagtggcaatggagatggtagaagaacttgaaatcaatcacttggaac 328  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186923 caaacgaggcatatattctttccatttgatacaaaaaacgacactgctattaaagtggcaatggagatggtagaagaacttgaaatcaatcacttggaac 27187022  T
Q  329 cattaaagattgctgcaatgatagataatgagatatcaactttatttccaacttggatgggaactcatggcaagtgtgagcatcaattacaacatagcta 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27187023 cattaaagattgctgcaatgatagataatgagatatcaactttatttccaacttggatgggtactcatggcaagtgtgagcatcaattacaacatagcta 27187122  T
Q  429 taactatgaagaagatgaggatgttaataaccataatccttttgtcttatcatcatcttatccttcttcccctcatgattctctccctaagtctcactcc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27187123 taactatgaagaagatgaggatgttaataaccataatccttttgtcttatcatcatcttatccttcttcccctcatgattctctcactaagtctcactcc 27187222  T
Q  529 aaggcccacttctgtgcaaagcatagcatgtttcctcaagaatggaatcaaggtaattttacttgtaaaacactttggtaaatatatgtttcaagtttgg 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27187223 aaggcccacttctgtgcaaagcatagcatgtttcctcaagaatggaatcaaggtaattttacttgtaaaacactttggtaaatatat-tttcaagtttgg 27187321  T
Q  629 ataatactagcaaaatctttagcacactttttacatattattttatagatttgaatgatacgttgttctgcctcatttatgaaccatatatgtattttgt 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27187322 ataatactagcaaaatctttagcacactttttacatattattttatagatttgaatgatacgttgttctgcctcatttatgaaccatatatgtattttgt 27187421  T
Q  729 agatttatatatgaatgatgatggaagctcaccaagctcaatgaactcctacaaatgttcaaatatccaatatcatgaagatgaacattgcccaacaata 828  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27187422 agatttatatatgaatgatgatggaagctcaccaagctcaatgaactcctacaaatgttcaaatatccaatatcatgaagatgagcattgcccaacaata 27187521  T
Q  829 gtagaa 834  Q
    ||||||    
T  27187522 gtagaa 27187527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 216 - 385
Target Start/End: Original strand, 9909611 - 9909780
Alignment:
Q  216 ttttaatacagggcaaacaaggcatatattctttccatttgatacaaaaaacgacactgctattaaagtggcaatggagatggtagaagaacttgaaatc 315  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||| ||| | || ||||  ||||||||  |||||||||||||     
T  9909611 ttttaatacagggcacacaagaaatatatacttcccatttgacaccaaaaaggacactgccattgaggttgcaaatgagatggtcaaagaacttgaaatt 9909710  T
Q  316 aatcacttggaaccattaaagattgctgcaatgatagataatgagatatcaactttatttccaacttgga 385  Q
    | | ||||||||||| || |||||||||  ||||| ||  | |||||||||||| || ||||||| ||||    
T  9909711 agtgacttggaaccaatagagattgctgagatgattgaagaagagatatcaactatagttccaacatgga 9909780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University