View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1274_high_9 (Length: 682)

Name: NF1274_high_9
Description: NF1274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1274_high_9
NF1274_high_9
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-654)||(8920774-8921423)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 654
Target Start/End: Original strand, 8920774 - 8921423
Alignment:
Q  10 aagaatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattannnnnnnnatgttagttgttatgttatgttaatatttt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||     |||||||    
T  8920774 aagaatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattgctatttttatgatagttgttatgtta-----atatttt 8920868  T
Q  110 tctactttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaaccaactaaattaatcatccctggaacaattgttttg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920869 tctactttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaacgaactaaattaatcatccctggaacaattgttttg 8920968  T
Q  210 ttggcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaagttttgcgttgctatatatgaattaat-------------aacaggttatttatgc 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||             ||||||||||||||||    
T  8920969 ttggcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaaggcatgcgtagctatatatgaattaatcataatttagagcaacaggttatttatgc 8921068  T
Q  297 tgtgaccttatttatcaaggcgattgaggtaaaataggtgagacatgcattacaccttgctgaattaaaggtaatgtatccctaatgacaagtataattc 396  Q
    |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8921069 tgtgaccttat----caaggcgattgaggtaaaataggtgagatatgcattacaccttgatgaattaaaggtaatgtatctctaatgacaagtataattc 8921164  T
Q  397 aattcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcaagagaca 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8921165 aattcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcatgagaca 8921264  T
Q  497 caatctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtc-aactctacatgccccatacacc 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8921265 caatctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtcaaactctgcatgccccatacacc 8921364  T
Q  596 tttgttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8921365 tttgttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 8921423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University