View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1274_low_10 (Length: 681)

Name: NF1274_low_10
Description: NF1274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1274_low_10
NF1274_low_10
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-653)||(8920774-8921423)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 653
Target Start/End: Original strand, 8920774 - 8921423
Alignment:
Q  10 aagaatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattannnnnnn-atgttagttgttatgttatgttaatatttt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||     |||||||    
T  8920774 aagaatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattgctatttttatgatagttgttatgtta-----atatttt 8920868  T
Q  109 tctactttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaaccaactaaattaatcatccctggaacaattgttttg 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920869 tctactttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaacgaactaaattaatcatccctggaacaattgttttg 8920968  T
Q  209 ttggcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaagttttgcgttgctatatatgaattaat-------------aacaggttatttatgc 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||             ||||||||||||||||    
T  8920969 ttggcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaaggcatgcgtagctatatatgaattaatcataatttagagcaacaggttatttatgc 8921068  T
Q  296 tgtgaccttatttatcaaggcgattgaggtaaaataggtgagacatgcattacaccttgctgaattaaaggtaatgtatccctaatgacaagtataattc 395  Q
    |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8921069 tgtgaccttat----caaggcgattgaggtaaaataggtgagatatgcattacaccttgatgaattaaaggtaatgtatctctaatgacaagtataattc 8921164  T
Q  396 aattcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcaagagaca 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8921165 aattcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcatgagaca 8921264  T
Q  496 caatctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtc-aactctacatgccccatacacc 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8921265 caatctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtcaaactctgcatgccccatacacc 8921364  T
Q  595 tttgttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8921365 tttgttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 8921423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University