View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1274_low_8 (Length: 682)

Name: NF1274_low_8
Description: NF1274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1274_low_8
NF1274_low_8
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-654)||(8920777-8921423)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 654
Target Start/End: Original strand, 8920777 - 8921423
Alignment:
Q  13 aatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattannnnnnnnatgttagttgttatgttatgttaatatttttct 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||     ||||||||||    
T  8920777 aatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattgctatttttatgatagttgttatgtta-----atatttttct 8920871  T
Q  113 actttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaaccaactaaattaatcatccctggaacaattgttttgttg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920872 actttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaacgaactaaattaatcatccctggaacaattgttttgttg 8920971  T
Q  213 gcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaagttttgcgttgctatatatgaattaat-------------aacaggttatttatgctgt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||             |||||||||||||||||||    
T  8920972 gcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaaggcatgcgtagctatatatgaattaatcataatttagagcaacaggttatttatgctgt 8921071  T
Q  300 gaccttatttatcaaggcgattgaggtaaaataggtgagacatgcattacaccttgctgaattaaaggtaatgtatccctaatgacaagtataattcaat 399  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8921072 gaccttat----caaggcgattgaggtaaaataggtgagatatgcattacaccttgatgaattaaaggtaatgtatctctaatgacaagtataattcaat 8921167  T
Q  400 tcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcaagagacacaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8921168 tcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcatgagacacaa 8921267  T
Q  500 tctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtc-aactctacatgccccatacaccttt 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  8921268 tctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtcaaactctgcatgccccatacaccttt 8921367  T
Q  599 gttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 654  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8921368 gttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 8921423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University