View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12751_low_8 (Length: 459)

Name: NF12751_low_8
Description: NF12751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12751_low_8
NF12751_low_8
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-428)||(4134428-4134855)
chr8 (1-428)||(4145230-4145657)
chr8 (1-428)||(4123883-4124310)
chr8 (1-428)||(4153233-4153660)
chr8 (1-428)||(4163586-4164019)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4134855 - 4134428
Alignment:
Q  1 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134855 ctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 4134756  T
Q  101 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatttcaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  4134755 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaacaaacatttcatc 4134656  T
Q  201 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcg 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4134655 ttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgca 4134556  T
Q  301 gatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcaggac 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4134555 gattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcgggac 4134456  T
Q  401 attttacaattagtgttgaaagattgga 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134455 attttacaattagtgttgaaagattgga 4134428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4145657 - 4145230
Alignment:
Q  1 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145657 ctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 4145558  T
Q  101 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatttcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4145557 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatttcatc 4145458  T
Q  201 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcg 300  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  4145457 ttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacccttca 4145358  T
Q  301 gatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcaggac 400  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4145357 gattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcgggac 4145258  T
Q  401 attttacaattagtgttgaaagattgga 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145257 attttacaattagtgttgaaagattgga 4145230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4124310 - 4123883
Alignment:
Q  1 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124310 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatcaaccac 4124211  T
Q  101 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatttcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||||| |    
T  4124210 tcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatttcatc 4124111  T
Q  201 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4124110 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgca 4124011  T
Q  301 gatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcaggac 400  Q
    ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4124010 gatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttcaggac 4123911  T
Q  401 attttacaattagtgttgaaagattgga 428  Q
    ||| | ||  |||| |||||||||||||    
T  4123910 attattcagctagtcttgaaagattgga 4123883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4153660 - 4153233
Alignment:
Q  1 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153660 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatcaaccac 4153561  T
Q  101 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatttcaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||||| |    
T  4153560 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatttcatc 4153461  T
Q  201 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgcg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4153460 ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacaccctgca 4153361  T
Q  301 gatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttcaggac 400  Q
    ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4153360 gatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttcaggac 4153261  T
Q  401 attttacaattagtgttgaaagattgga 428  Q
    ||| | ||  |||| |||||||||||||    
T  4153260 attattcagctagtcttgaaagattgga 4153233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4164019 - 4163586
Alignment:
Q  1 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatcaaccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4164019 ctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatcaaccac 4163920  T
Q  101 tcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacattt---- 196  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||        
T  4163919 tcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatttcaag 4163820  T
Q  197 --caacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacac 294  Q
      ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | || || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||    
T  4163819 tccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttcactcac 4163720  T
Q  295 cctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttctt 394  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||  || || ||| | ||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4163719 cctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtatcaagaaaaagtgaaaatgatccttctt 4163620  T
Q  395 caggacattttacaattagtgttgaaagattgga 428  Q
    ||||||||| || |   ||| |||||||||||||    
T  4163619 caggacattatataggaagtcttgaaagattgga 4163586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University