View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12755_high_2 (Length: 488)

Name: NF12755_high_2
Description: NF12755
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12755_high_2
NF12755_high_2
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (15-472)||(2791908-2792365)
chr3 (15-472)||(2770654-2771111)
chr3 (23-438)||(2798963-2799378)
chr3 (11-459)||(2820150-2820598)
chr3 (15-439)||(2760808-2761232)
chr3 (15-416)||(2750589-2750990)
chr3 (15-421)||(2808861-2809267)
chr3 (15-421)||(2853951-2854357)
chr3 (15-342)||(2836820-2837147)
chr3 (15-259)||(5414479-5414723)
chr3 (222-270)||(3196657-3196705)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (15-435)||(4276-4696)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-349)||(11115974-11116296)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (71-173)||(31681564-31681666)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 446; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 472
Target Start/End: Original strand, 2791908 - 2792365
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2791908 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 2792007  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2792008 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatatcatcccctccccaacttctg 2792107  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2792108 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagactgagtttttctatgttgaactatg 2792207  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2792208 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 2792307  T
Q  415 tctaaaactgatgacactgaacctccgttgcttgtataaagtaaactcggttgttatt 472  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2792308 tcttaaactgatgacactgaacctccgttgcttgtataaagtaaactcggttgttatt 2792365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 472
Target Start/End: Original strand, 2770654 - 2771111
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2770654 ggggcgtatatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaaggcgagtaagacgagaacatgggaacgccttatgtgctgc 2770753  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2770754 agtagcagaaatgaaacaccttgaacatcttaatatctgtgcaatatctgaggatgaaatacttgacttgaactgtatatcatccccaccccaacttctg 2770853  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||     
T  2770854 cggctacatttgaaagctagactacagaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagactgagtttttctatgttgaaagata 2770953  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2770954 atccactgcagtcactgaaaaacatgccgaatctggtgagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 2771053  T
Q  415 tctaaaactgatgacactgaacctccgttgcttgtataaagtaaactcggttgttatt 472  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  2771054 tctaaaattgatgacactgaatctccgttgcttgaataaagttaactccattgttatt 2771111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 23 - 438
Target Start/End: Original strand, 2798963 - 2799378
Alignment:
Q  23 gatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgcagtagcag 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | ||| ||||| || || ||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  2798963 gatctcattcaagaaatgaaaatgctaaggaatttaaggagttcaggtttaaggcatgtcagaggagaacatgggaattccttaagtgctgctgtagcag 2799062  T
Q  123 aaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctgcggctaca 222  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||| | |||||| ||||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2799063 aaatgacacaccttgaaaatctgaatatctcagtaatatcggaggatgaaattattgacctgaactttatatcatccccaccccaacttcagcggctaca 2799162  T
Q  223 tttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatgatccactg 322  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||| || ||||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  2799163 tttgaaaggtagactacagaagttgcccgattggattgcaaaacttgagtgtctcgttaaggtaaagctgagcttttctatgttgaaatatgatccattg 2799262  T
Q  323 cagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtttctaaaac 422  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||||  | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  2799263 cagtcactgcaaaacttaccgaatcttctcaatctctgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcgaaatggagggtttctaaaat 2799362  T
Q  423 tgatgacactgaacct 438  Q
    |||  |||||||||||    
T  2799363 tgaacacactgaacct 2799378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 459
Target Start/End: Original strand, 2820150 - 2820598
Alignment:
Q  11 cataggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtg 110  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  2820150 cataggggagtcgatctcattaacgagatgaaaatgttaaagcagttaaggaggttaggtttaaggcatgtaagaagagaacatggggatgccttaagtg 2820249  T
Q  111 ctgcagtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaact 210  Q
    |||   ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||   ||||||||||| |||  ||||||| | | | ||||  || | ||||||    
T  2820250 ctgttatagtagaaatgaaacaccttgaagatcttaatatcactaccattggtgaggatgaaaccattaacttgaattttgtctcatatccacaccaact 2820349  T
Q  211 tctgcggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaac 310  Q
    || |||||| ||||||||||| ||| || | |  |||||||||||||||||| |||||||||  |||||  || | |   ||  ||| |||| ||||||     
T  2820350 tcagcggcttcatttgaaagccagattagatacattgcctgattggattccaaaacttgagtctcttgtggagatcaagctggctttatctaagttgaaa 2820449  T
Q  311 tatgatccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggag 410  Q
     ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||| | |   || || | |||||| ||  ||| |||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  2820450 aatgatccactgcaatctctgaaaaacttgccgaacctgctgaagtttggtctatgggacgatgcctacgatggtgaaattttgcattttcgaattggag 2820549  T
Q  411 ggtttctaaaactgatgacactgaacctccgttgcttgtataaagtaaa 459  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||| || ||||| ||| ||||||    
T  2820550 ggtttctaaaattgaagagactgaacctcagtcgcttgaatagagtaaa 2820598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 439
Target Start/End: Original strand, 2760808 - 2761232
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||| |||||| | ||| || ||||||     
T  2760808 ggggagttgatctcattcaagagatgaaaatgttaagtcagttaagaaggttaggtttaaggcatgtaagaagagagcatggggaggccataagtgctgt 2760907  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
      ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||   ||||||||||| |||  ||||||| | | | ||||| || |||||||||| |    
T  2760908 tatagtagaattgaaacaccttgaagatcttaatatcactacaattggtgaggatgaaagcattaacttgaattttgtctcatctccgccccaacttcag 2761007  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
      ||| ||||||||||||| |||| | |  |||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| || |||  |||  ||| |||   |||||  |||    
T  2761008 gcgcttcatttgaaagctaaactagatacattgcctgaatggattccaaaacttgagtatcttgttgagataaagttggctttatcttacttgaaaaatg 2761107  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |   |  || | ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2761108 atccactgcagtcacttaaaaacttgccaaatctgttgaagttcggtctatgggacaacgcctatgatggtgaaattttgcattttcaaattggagggtt 2761207  T
Q  415 tctaaaactgatgacactgaacctc 439  Q
    ||||||  ||| || ||||||||||    
T  2761208 tctaaagttgaagagactgaacctc 2761232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 15 - 416
Target Start/End: Original strand, 2750589 - 2750990
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |||||| | ||||||||||||||| || |||||||    
T  2750589 ggggagtagatctcattgaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaagttaggtttaaagcatgtaagaagggaacatgggaatgccataagtgctgc 2750688  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    ||||  ||| ||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||   ||||||||||| || ||||| |||| |   ||| |||| ||  ||||||      
T  2750689 agtacaagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgcaatagaagaggatgaaattattgacttaaactttgcgtcaaccccaccaaaacttcaa 2750788  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| || |  |  ||  ||| || | | ||||  |||    
T  2750789 cggctccatttgaaagctagactagagaagtttcctgattggattccaaaatttgagtgtcttgttcagatttgtctggctttatccaagctgaaagatg 2750888  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    ||||  |||||||||| ||||| ||||| |||||  | |  ||   ||||| ||| |||  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  2750889 atccgttgcagtcactgaaaaatttgccaaatcttctgaagctcaatttgttggagaatgcctttgatggtgaaattttgcattttcaaaatggaggatt 2750988  T
Q  415 tc 416  Q
    ||    
T  2750989 tc 2750990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 421
Target Start/End: Original strand, 2808861 - 2809267
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2808861 ggggggtagatctcattcaagagatgaaaatgttagggcagttaaggaggttaggtttaaggcatgtgagaagagaacatgggaatgccttatgtgctgc 2808960  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  ||| |||||||  ||  |||||||||   | || || || ||||| ||||      
T  2808961 aatagtagaaatgaaacaccttgaaaatcttaatatcactacaataggtgaagatgaaacaattaacttgaacttcgtctcgtctccaccccagcttcga 2809060  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    || || ||||||||||||| |||| |    |||||||| ||||| ||| |||| ||||  |||||| || |||   ||  ||| |||  ||||||  |||    
T  2809061 cgacttcatttgaaagctaaactagattcattgcctgaatggatcccaaaactggagtatcttgttgagataaagctggctttatctcagttgaaaaatg 2809160  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||||  || || | |   |  || | ||||||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  2809161 atccattacagtcactgaaaaacttgccatatttgttgaaattcggtctatgggacaacgcctatgatggtgaaattttacattttcagaatggcgggtt 2809260  T
Q  415 tctaaaa 421  Q
    | |||||    
T  2809261 tttaaaa 2809267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 2854357 - 2853951
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||||||| | ||| || |||||||    
T  2854357 ggggggtagatctcattcaagagatgaaaatgttaaggcagttaagaaggttaggtttaaggcatgtaagaagagaacatggggaggccataagtgctgc 2854258  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| | ||||||||||| || ||||| |||| |   ||| |||| ||  |||||  |    
T  2854257 agtagaagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgcaatagcagaggatgaaattattgacttaaactttgcgtcaaccccaccaaaacttagg 2854158  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| | |  |||||||| ||||| ||| || | ||||  |||||| || |||   ||  ||| || | | ||||  |||    
T  2854157 cggcttcatttgaaagctaaactagatacattgcctgaatggatcccaaaattggagtatcttgttgagataaagctggctttatccaagctgaaagatg 2854058  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |  | |  || | | |||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  2854057 atccaatgcagtcactaaaaaacttgccaaatttactgaagctatctgtgtgggacgatgcttacgatggtgaaattttgcattttcaaaatggaggatt 2853958  T
Q  415 tctaaaa 421  Q
    || ||||    
T  2853957 tcaaaaa 2853951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 2837147 - 2836820
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||| ||||| || |||| | |||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2837147 ggggagtagatcttattgaagagatggaaatgttaaggcaattatggaagttaggtttaaggcatgtaaaaagagaacatgggaatgccttaagtgcagc 2837048  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    ||||| | | ||| | ||||||||||  ||||||||| |||||||||  ||||||||||| || |||||||||| | | ||| |||| ||  |||||  |    
T  2837047 agtagaaaagatgcagcaccttgaatcacttaatatcactgcaatatgcgaggatgaaattattgacttgaactttgtgtcaaccccaccaaaacttagg 2836948  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || |  |||||||| | |||||| || |||   ||  ||| || | | ||||  |||    
T  2836947 cggcttcatttgaaagctagactacagaagttgcctaattgggtttccaaacttgagggtcttgttgagataaagctggctttatccaagctgaaagatg 2836848  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgcc 342  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  2836847 atccaatgcagtcactgaaaaacttgcc 2836820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 259
Target Start/End: Original strand, 5414479 - 5414723
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| ||| || ||||  || |||||| ||||||| ||||||||| || |||  ||    
T  5414479 ggggagtggatctcattgaagagatgaagatgcttaagcagttaaggaagttgggtttaaagcatgtaagaagagaacacgggaatgccataagtgtggc 5414578  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    ||||| ||| ||| || |||||||||  ||||||||| |||||||| | ||||||||||| || ||||| |||| | | ||| |||| ||  ||||||      
T  5414579 agtagtagagatgcaataccttgaatcacttaatatcactgcaatagccgaggatgaaattattgacttaaactttgtgtcaaccccgccaaaacttcgt 5414678  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggatt 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  5414679 cggcttcatttgaaagctagactagagaagttgcctgattggatt 5414723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 222 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3196705 - 3196657
Alignment:
Q  222 atttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttga 270  Q
    |||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||| |||||||    
T  3196705 atttgaaagctagactaacaaagtttcccgattggattccaaaacttga 3196657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 4696 - 4276
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||| |||||||| |  |||||||| |||| ||    
T  4696 ggggagtagatctcattgaagagatgaaaatactaaggcagttaaggaagttaggtttaaggcatgtaagaagagaacatagccatgccttaagtgcggc 4597  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    | ||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| | ||||||||||| || ||||| |||| | | |||||||| ||| |||||| |    
T  4596 attagtagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgcaatagcagaggatgaaattattgacttaaactttgtgtcatccccacccaaacttcag 4497  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    || || ||||||||||| ||| || | | ||| ||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||| |||| ||  |||| || | | ||||  | |    
T  4496 cgacttcatttgaaagccagattagagaggttacctgattggattccaaaactcgagtttcttgttaagataaggttaggtttatccaagctgaaagacg 4397  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctggttagtctttgtttgtgggacaattgctatgatggtgaaatttttcattttcaaaatggagggtt 414  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| | |  || | |||||||||||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| ||    
T  4396 atccaatgcagtcactgaaaaacttgccaaatctgttgaagctctctttgtgggacaatgcctatgatggcgaagttttgcattttcaaagtggaggatt 4297  T
Q  415 tctaaaactgatgacactgaa 435  Q
    |  |||| |||||||||||||    
T  4296 taaaaaattgatgacactgaa 4276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 11116296 - 11115974
Alignment:
Q  15 ggggagtagatctcattcaagagatgaaaatgctaaggcagttaaggaggttaggcttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgc 114  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| |  || | | |||||| || |||||| ||| |||||||    
T  11116296 ggggagtagatcttatagaagagatgaaaatgttaaggcagttaagaaagttaggtttaaggcgtgtgaaaagagaacttgtgaatgcattaagtgctgc 11116197  T
Q  115 agtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatgaaatcatcgacttgaactgtatttcatcccctccccaacttctg 214  Q
    | ||| ||| ||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||| || ||||||| || ||           ||| |||||| |    
T  11116196 aatagaagagatgcaacaccttgaatcacttaatatcactgcaattgcagaggatgaaattattgacttgacct-ta-----------cccaaacttcgg 11116109  T
Q  215 cggctacatttgaaagctagactacaaaagttgcctgattggattccagaacttgagtgccttgttaaggtaagattgagtttttctatgttgaactatg 314  Q
    || || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||| || ||||  |   ||| || | | ||||  |||    
T  11116108 cgacttcatttgaaagctagacttgataagttgcctgattggattccaaatcttgagtgtattgtttagataaggctagctttatccaagctgaaagatg 11116009  T
Q  315 atccactgcagtcactcaaaaacttgccgaatctg 349  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  11116008 atccaatgcagtcactgaaaaacttgccaaatctg 11115974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 173
Target Start/End: Original strand, 31681564 - 31681666
Alignment:
Q  71 ttaagtcaagtaagacgagaacatgggaatgccttatgtgctgcagtagcagaaatgaaacaccttgaatatcttaatatctctgcaatatctgaggatg 170  Q
    ||||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||| | | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||| ||||    
T  31681564 ttaaggcatgtaagaagagaacacgggaatgccgtatgtgcagcaatcgtagaaacgaaacaccttgaaaatcttaatatcactgcaatagttgaagatg 31681663  T
Q  171 aaa 173  Q
    |||    
T  31681664 aaa 31681666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University