View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12757_high_2 (Length: 900)

Name: NF12757_high_2
Description: NF12757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12757_high_2
NF12757_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-900)||(6916946-6917838)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 900
Target Start/End: Original strand, 6916946 - 6917838
Alignment:
Q  18 catggcaggcttcttgtatattgttccggtctggccaaaagggcggccatatccaagtcctttcaacaatttggagttcattgattcattctgaattatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6916946 catggcaggcttcttgtatattgttccggtctggccaaaagggcgaccatatccaagtcctttcaacaatttggagttcattgattcattctgaattatc 6917045  T
Q  118 accttcacaaagctaaggtttagaaacagtcacacagtgacagacgcagcaatgttcctctgaatctcaataggcagaagaactgttggaagaaaattca 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917046 accttcacaaagctaaggtctagaaacagtcacacagtgacagacgcagcaatgttcctctgaatctcaataggcagaagaactgttggaagaaaattca 6917145  T
Q  218 gtttagcatcattcacggcggcgacagtgaagtctccgttgaaccgccttcattagtcaaagctcg-------ccattgacagcaccccgagtttcccat 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||     
T  6917146 gtttagcatcattcacggcggcgacagtgaagtctccgccaaaccgccttcattagtcaaagctcgagcagcgccattgacagcacgccgagtttcccac 6917245  T
Q  311 ggacacgctcagagattgatcctgaagccgcagcagtttgagacgagtccgctcccgtatctggcaatcagtttgagctgtgctgtgctcgtggaagcct 410  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| |    
T  6917246 agacacgctcagagattgatcctgaagccgcagcagtttgagacgagtctgctcccgtatctggcaaacagtttgagctgtgccatgctcgtggaagcgt 6917345  T
Q  411 agccgcccaggaga--ccgcccaagaatt-atctgaagccgtgttcgttcccggcaacagttgagcccaacgagaacacacaccagttctgcaacaggaa 507  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6917346 agccacccaggagaggccgcccaagaattgatctgaagccgtgttcgttcccggcaacagttgagcccaacgagaacacacaccagttctgcaacaggga 6917445  T
Q  508 acaggtactatccggagacgagtttgaagccgggagcacttcgctccccatacagaggtcacaactgtccagaaaggcaagttccaggccatcaagattg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6917446 acaggtactatccggagacgagtttgaagccgggagcacttcgctccccatacagaggtcacaactgtccagaatggcaagttccaggccatcaagattg 6917545  T
Q  608 agcgcggcgaggttgattccgaaacatataggttctgattttccttttgcttgttgtttgagcacactcaatataaaatgctaaatgcacagacttatta 707  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917546 agcgcggcgaggttgatttcgaaacatataggttctgattttccatttgcttgttgtttgagcacactcaatataaaatgctaaatgcacagacttatta 6917645  T
Q  708 ttcaataataatattgatcacaaacactcagtttccactaagagatggtgcagggccaagtgataagtaatttttgcactatttgatgactgttcttggc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917646 ttcaataataatattgatcacaaacactcagtttccactaagagatggtgcagggccaagtgataagtaatttttgcactatttgatgactgttcttggc 6917745  T
Q  808 acacatgcatgctgtttccacgcctgtgttatggttggttgagaggctatgatgttaacataatttgtccactggtgttgaaaagtcaaatgg 900  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917746 acatatgcatgatgtttccacgcctgtgttatggttggttgagaggctatgatgttaacataatttgtccactggtgttgaaaagtcaaatgg 6917838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University