View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12757_low_1 (Length: 1034)

Name: NF12757_low_1
Description: NF12757
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12757_low_1
NF12757_low_1
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-1018)||(34291211-34292228)
chr7 (5-1006)||(34565703-34566711)
chr7 (346-521)||(34554377-34554552)
chr7 (670-749)||(34371746-34371825)
chr7 (472-515)||(34371977-34372020)
chr7 (689-742)||(34554723-34554776)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-953)||(15895393-15896342)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (346-521)||(130244-130419)
chr1 (143-255)||(130514-130626)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1002; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1002; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1018
Target Start/End: Original strand, 34291211 - 34292228
Alignment:
Q  1 caacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291211 caacgtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaag 34291310  T
Q  101 aaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttacttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291311 aaaagttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttacttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcat 34291410  T
Q  201 ccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttcttttagactcttaaaggtgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34291411 ccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttcttttagactcttaaaggtgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgc 34291510  T
Q  301 tatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcacagcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291511 tatagatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcacagcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgca 34291610  T
Q  401 ctcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291611 ctcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctgg 34291710  T
Q  501 aaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattgcccaaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291711 aaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattgcccaaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacacccaag 34291810  T
Q  601 gaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatcttcccatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291811 gaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatcttcccatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcg 34291910  T
Q  701 gtaagccaccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatcttttctatctacaacttcccctgacagctctcgaaacagataccaagcttc 800  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34291911 gtaagccgccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatcatttctatctacaacttcccctcacagctctcgaaacagataccaagcttc 34292010  T
Q  801 atcctctttcaacagaggtacttgaaaattgagttttcatcccatattttggcacactttttcatcccgtgatgtgagcaatattttgcaatatttctca 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292011 atcctctttcaacagaggtacttgaaaattgagttttcatcccatattttggcacactttttcatcccgtgatgtgagcaatattttgcaatatttctca 34292110  T
Q  901 tgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttttctcatcagtctctcat 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34292111 tgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttttctcatcagtctctcat 34292210  T
Q  1001 gtaattgcatggctcttc 1018  Q
    ||||||||||||||||||    
T  34292211 gtaattgcatggctcttc 34292228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 1006
Target Start/End: Original strand, 34565703 - 34566711
Alignment:
Q  5 gtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaa 104  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  34565703 gtgtggagattgactgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcataaatttttcatggataaaactttaagtgtgctcatgctttggaagaaaa 34565802  T
Q  105 gttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttacttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaa 204  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  34565803 gttcaggccaaaacattggttccttgctttttgaacttacttgtaaaattttaagtgtcggacagtgtaagccattttctaactctttagtatcatccaa 34565902  T
Q  205 aataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttcttttagactcttaaaggtgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttata 304  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||      
T  34565903 aataagtgatattgcattgatctcgttcaatttctcttcttttagactcttaaaggtgtactttaccatgaatttatcttctgcatttttaaatgctact 34566002  T
Q  305 gatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca-------gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtat 397  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||       ||||| |||| |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  34566003 gatataacaacattacgcacaatatcatgcatcttcacacaccctggcacactgctatccaacaataaaaactttctccttagatcttccaccaatgtat 34566102  T
Q  398 gcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttc 497  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||| | |||| |||||||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34566103 gcactcgatttcttgcttcccatgatgcactgatgtctttgaacggacccaagccaaaaccatgacacaataaactttcaatgggaatgtcaaagtcttc 34566202  T
Q  498 tggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattgcccaaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacaccc 597  Q
    |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |  |||||||||  |     
T  34566203 tggatacaatccacaaagcataaggaagagcttatgttctctgctgtccaaaaactttaaactaagctcaatgctggggtagacaaattttccaacgtct 34566302  T
Q  598 aaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatcttcccatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaa 697  Q
     || ||| |||||||||||  |   |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  34566303 gagaagggagatgattgaaaatttcttaaatgtctaagtgcatcctcccatgccgacttcccttcattacttagtgctcttccaactgtcacaattgcaa 34566402  T
Q  698 gcggtaagccaccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatcttttctatctacaacttcccctgacagctctcgaaacagataccaagc 797  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| | | ||||||||| | | ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  34566403 gaggcaagccaccacattcctttgcaacctcacttgctattgggttgatatcatatgtatctacaattccacctgacatctctcgaaatagataccaagc 34566502  T
Q  798 ttcatcctctttcaacagaggtacttgaaaattgagttttcatcccatattttggcacactttttcatcccgtgatgtgagcaatattttgcaatatttc 897  Q
     ||||||||   ||||| ||  ||||||||||| |  || |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566503 ctcatcctccgacaacacagaaacttgaaaattcacattgcatcccaagtttttgcacactttttcatcccgtgatgtgagcaatattttgcaatatttc 34566602  T
Q  898 tcatgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttttctcatcagtctct 997  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34566603 tcatgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatcatcaaggacaattagaacctttttatcttttctcatcagtctct 34566702  T
Q  998 catgtaatt 1006  Q
    |||||||||    
T  34566703 catgtaatt 34566711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 346 - 521
Target Start/End: Original strand, 34554377 - 34554552
Alignment:
Q  346 acattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatc 445  Q
    |||||||| ||||||||||||||   ||   ||||||| ||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||   ||   ||   |||||||||||    
T  34554377 acattgctatccaacaacaagaagcatctctttagatcgtccacaaaactattcactcggtttcttgctttccatggctcaccgatagctttgaacaatc 34554476  T
Q  446 ccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 521  Q
    ||||||| |  || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  34554477 ccaagcccattgcgtgacataataaactttcaataggtatgtcaaagtcttccggaaacaatccacaaagcataag 34554552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 670 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 34371825 - 34371746
Alignment:
Q  670 agtgctcttccaattgtcgcaattgcaagcggtaagccaccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatc 749  Q
    ||||||| ||||| ||| ||||||||||| || || |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  34371825 agtgctcgtccaactgttgcaattgcaaggggcaaaccaccacattcccttgcaacctcacttgctattggattgatatc 34371746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 472 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 34372020 - 34371977
Alignment:
Q  472 ctttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaag 515  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  34372020 ctttctataggaatgtcaaagtcctctggaaacaatccacaaag 34371977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 689 - 742
Target Start/End: Original strand, 34554723 - 34554776
Alignment:
Q  689 caattgcaagcggtaagccaccacattcctttgcaacctcttttgctattggat 742  Q
    |||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  34554723 caatagcaagaggcaagcctccacattcctttgcaacttgttttgctattggat 34554776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 953
Target Start/End: Original strand, 15895393 - 15896342
Alignment:
Q  5 gtgtggagattgagtgaagcttgggataaatatggcagttttggaatgcacaaattttgtaaggataaaactttaagtgcactcatgccttggaagaaaa 104  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||| | | |  ||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  15895393 gtgtggagattgaatggggcttgggatagagacgagagtttaggaatgcacaaattttgcatagataaaactttaagagcacacattccttggaagaaaa 15895492  T
Q  105 gttcaggccaagacaatggtttcttgccttttgtacttacttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaa 204  Q
    |||| |||||||| | ||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||   |||| |||||||||    
T  15895493 gttcgggccaagagattggttccttgctttttgaccttacttgaaaaagtttaagtgtcggacactctaagccactttctaacttgtttgaatcatccaa 15895592  T
Q  205 aataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatcttcttttagactcttaaaggtgtattgtaccataaatttatcttctgcatttttaaatgttata 304  Q
     |||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||   |      
T  15895593 gataagtgatattgctttgatgtcattcaatttctcttcttttaaactcttaaagttgtattgcaccataaatttatgttcttcacttttaaataaaaat 15895692  T
Q  305 gatataacaacattgcgcacaatatcgtgcatcttcaca-------gcacattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtat 397  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||       ||||||| || |||| |||||| |||||||   ||||||  || ||||||||||    
T  15895693 gatataacaacatttcgcacaatatcatgcatctttacacatcctcgcacattactttccagcaacaaaaactttctctttagattatctaccaatgtat 15895792  T
Q  398 gcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatcccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttc 497  Q
    ||||| ||| |||||||| | |||||||| |||||| |||||||| |||||| || |  ||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  15895793 gcacttggtctcttgcttcccatgatgcagtaatgtgtttgaacattcccaaacccactgcatgatgcaacaaacattcaataggaatatcaaagtcttc 15895892  T
Q  498 tggaaataatccacaaagcataagcaagagcttatgttctttattgcccaaaaactttaaactaagctcaatccgggggtagatatgttttccaacaccc 597  Q
     ||||| ||||||||||||||||| || ||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||| || |  |||| ||||| |     
T  15895893 aggaaacaatccacaaagcataaggaatagcttgtattctttgtttcccaaaaactttaaactaagctcaatgcgagggtggacaaatttttcaacatct 15895992  T
Q  598 aaggaggaagatgattgaacgtcgtttaattgtcttagtgcatcttcccatgcagacttcccttcattgctcagtgctcttccaattgtcgcaattgcaa 697  Q
     | ||||||||||||||||  |   |||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15895993 gacgaggaagatgattgaaaatttcttaattgtttaagtgtgtcttcccatgcagacttcccttcaatgcttagtgctcttccaactgtcacaattgcaa 15896092  T
Q  698 gcggtaagccaccacattcctttgcaacctcttttgctattggattgatatcttttctatctacaacttcccctgacagctctcgaaacagataccaagc 797  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | | | |||||| || |||| ||  ||| |||| ||   ||||||    
T  15896093 ggggcaagccaccacatgcctttgcaacctctcttgctattggattgatatcatgtttgtttacaacatctcctgccatttcttgaaataggctccaagc 15896192  T
Q  798 ttcatcctctttcaacagaggtacttgaaaattgagttttcatcccatattttggcacactttttcatcccgtgatgtgagcaatattttgcaatatttc 897  Q
    |||||||||   ||| | ||| ||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  15896193 ttcatcctccgacaatacagggacttgaaaattcactctgcatcccatattttggcacactttttgatcccgtgatgtgaacaatattttgcaatattta 15896292  T
Q  898 tcatgttctagataaggaagtccaatacactcaaagtctagaatatcccacacatc 953  Q
    ||| |||||       |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  15896293 tcacgttct------tgaagtccaatacgctcaaaatcaagaatatcccacacatc 15896342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 8e-30; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 346 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 130419 - 130244
Alignment:
Q  346 acattgctgtccaacaacaagaactttcgtcttagatcttccaccaatgtatgcactcggtttcttgctttcaatgatgcattaatgtatttgaacaatc 445  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||   |||||||  |||||||  || ||||||| ||||||||||||||||   ||  || |  |||||||||||    
T  130419 acattgctgtccaacaacaagaaacatctctttagatcgcccaccaaactacgcactcgatttcttgctttcaatggctcaccaacggctttgaacaatc 130320  T
Q  446 ccaagccaaaagcatgatacaataaactttcaataggaatgtcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 521  Q
    ||||||| |  ||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  130319 ccaagcctattgcatgacgcaataaaatttcaataggaatatcaaagtcttctggaaataatccacaaagcataag 130244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 143 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 130626 - 130514
Alignment:
Q  143 acttgtaaaagtttaagcgtcggacagtgtaagccattttctaacacttttgtatcatccaaaataagtgatattgcgttgatctcgctcaatttatctt 242  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||| | |||||  ||||||||| || | || | |||||| |||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||    
T  130626 acttgtagaagttgaagcgtaggacaatctaagctgttttctaactctatagtgtgatccaagataagtgatattgcattgatgtcattcaatttttctt 130527  T
Q  243 cttttagactctt 255  Q
    |||| || |||||    
T  130526 ctttcagcctctt 130514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University