View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12760_high_1 (Length: 535)
Name: NF12760_high_1
Description: NF12760
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12760_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 457; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 457; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 32087621 - 32087119
Alignment:
| Q |
18 |
agttatgtctgaccaaaattgtcaagacttcgtctcaaaatatgtatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattttct |
117 |
Q |
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| T |
32087621 |
agttatgtctgaccaaaattgtcaagacttcatctcaaaatatgtatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattttct |
32087522 |
T |
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| Q |
118 |
aaaggttatgttttattttctaaaagtacccttatttactctatttataccctaaaggaatagctggaaaagtaattgcaaatgataagggaaaatgtga |
217 |
Q |
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| T |
32087521 |
aaaggttatgttttattttctaaaagtacccttatttactctatttatatcctaaaggaatagctgaaaaagtaattgcaaatgataagggaaaatgtga |
32087422 |
T |
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| Q |
218 |
ggatatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatatataccataatttatttgccaattaacttactaatcatataaatgt |
317 |
Q |
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| T |
32087421 |
ggatatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaa--tataccata----atttgccaattaacttactaatcatataaatgt |
32087328 |
T |
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| Q |
318 |
gtatcaccttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaatattattttttatgagatat |
417 |
Q |
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| T |
32087327 |
gtatcaccttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaatattattttttatgagatat |
32087228 |
T |
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| Q |
418 |
tacaagttattgagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgatttacaacttacattttaaggtttattgttcatcctatacattc |
517 |
Q |
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| T |
32087227 |
tacaagttattgagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgatttagaacttacattttaaggtttattgttcatcttatacattc |
32087128 |
T |
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| Q |
518 |
atctcactc |
526 |
Q |
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| T |
32087127 |
atatcactc |
32087119 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 32075306 - 32074802
Alignment:
| Q |
18 |
agttatgtctgaccaaaattgtcaagacttcgtctcaaaatatgtatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattttct |
117 |
Q |
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| T |
32075306 |
agttatgtctgaccaaaattgtctcgatttcatctcaaaatatgtatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaatttt-- |
32075209 |
T |
|
| Q |
118 |
aaaggttatgttttattttctaaaagtacccttatttactctatttataccctaaaggaatagctggaaaagtaattgcaaatgataagggaaaatgtga |
217 |
Q |
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| T |
32075208 |
aaaggttatattttattttctaaaactacccttatttactctttttaaacccaaaaggaatagctgaaaaagtaattgcaaatggtatgggaaaatgtga |
32075109 |
T |
|
| Q |
218 |
ggatatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatatataccataatttatttgccaattaacttactaatcatataaatgt |
317 |
Q |
| |
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| T |
32075108 |
ggatatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctattattt--agatatgccata----atttgtcaattaacttactaaccatataaatgt |
32075015 |
T |
|
| Q |
318 |
gtatcaccttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaa--tattattttttatgagat |
415 |
Q |
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|
| T |
32075014 |
gtatcaccttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaaatttttttttttgttgagat |
32074915 |
T |
|
| Q |
416 |
attacaagt----tattgagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgatttacaacttacattttaaggtttattgttcatcctat |
511 |
Q |
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|
|
| T |
32074914 |
attacaagttatatattaagttctttctattgtaaacatgctt-attaatcaaattgattgatttacaactaacattttatggtttattgttcatcctat |
32074816 |
T |
|
| Q |
512 |
acattcatctcact |
525 |
Q |
| |
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| T |
32074815 |
acattcatatcact |
32074802 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 220 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 32104683 - 32104396
Alignment:
| Q |
220 |
atatatggtttcatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaaatatataccataatttatttgccaattaacttactaatcatataaatgtgt |
319 |
Q |
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| T |
32104683 |
atatatggttcaatgtaaatggtttatttgcttataatctatgatttaa--atatgccataattt-----------------gtaataatataaatatgt |
32104603 |
T |
|
| Q |
320 |
atcaccttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtaattttagaagttgaatcaatattattt-tttatgagatatt |
418 |
Q |
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| T |
32104602 |
atcactttttcccttgatggttatgcaggtgctttgttggtgaaagccaagagcaggtagttttagaagttgaatcaatattatttctttataagatatt |
32104503 |
T |
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| Q |
419 |
acaagttattgagttctttctattgtaaacatgcttgattaatcaaattgattgatttacaacttacattttaaggtttattgttcatcctatacattca |
518 |
Q |
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| T |
32104502 |
ataatttattaagttctttctattgtaaatatgcttgattaatcaaattgattgaattacaacttacattttaaggtttaatgttcatcctatacattca |
32104403 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 62 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 32104922 - 32104765
Alignment:
| Q |
62 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattaaaaattcaaattgatttgaattttctaaaggttatgttttattttctaaaagtacccttatttactctat |
161 |
Q |
| |
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| T |
32104922 |
tatgtcattataacatgttcatatgaattgaaatttcaaattgatttgaattttctaaaggttatattttattctctaacagtacccatagttactcttt |
32104823 |
T |
|
| Q |
162 |
ttataccctaaaggaatagctggaaaagtaattgcaaatgataagggaaaatgtgaggat |
221 |
Q |
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| T |
32104822 |
ttaaacccaaaagaaataactg--aaagtaattgaaaatggtatgggaaaatgtgaggat |
32104765 |
T |
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