View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12767_low_4 (Length: 664)

Name: NF12767_low_4
Description: NF12767
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12767_low_4
NF12767_low_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-648)||(31942709-31943345)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-648)||(9393079-9393713)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-648)||(1340906-1341533)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (144-644)||(46630136-46630634)
chr4 (15-644)||(5642958-5643603)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 648
Target Start/End: Original strand, 31942709 - 31943345
Alignment:
Q  12 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcacgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942709 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcgcgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaa 31942808  T
Q  112 cccctttcttatcagttgcacggacattggacccagattcacttgaaagtattgaagtctccctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaa 211  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942809 cccctttcttatcagttgcatggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtcttgctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaa 31942908  T
Q  212 ccataatcaacataaaaaattcggtaaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatgttacagaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942909 ccataatcaacataaaaaattcggtgaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttacaaaatcataccattgtcaatgttacagaa 31943008  T
Q  312 ggttaaatatggcacagtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttca 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943009 agttaaatatggcacagtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttca 31943108  T
Q  412 aaactctgaacattataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31943109 aaactctgaacattataatgcaaaattagaagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgtttactttcc 31943208  T
Q  512 taactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacat 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943209 taactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattaccatggtccttaatcacctgcacacacat 31943308  T
Q  612 tcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943309 tcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 31943345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 648
Target Start/End: Original strand, 9393079 - 9393713
Alignment:
Q  12 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcacgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9393079 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattagattctttaatttgtgttgacttttctttaa 9393178  T
Q  112 cccctttcttatcagttgcacggacattggacccagattcacttgaaagtattgaagtctccctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaa 211  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9393179 ccccttttttatcagttgcacggacattggacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcgctttctattatggcatgtgctgtatcaatcagggcaaa 9393278  T
Q  212 ccataatcaacataaaaaattcggtaaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatgttacagaa 311  Q
    ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  9393279 ccacaatcaacaaaaaaaatacggtaaagctacaagcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatattagagaa 9393378  T
Q  312 ggttaaatatggcacagtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttca 411  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9393379 agttaaatatggcacattgtacttcatatcaaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacgtatttca 9393478  T
Q  412 aaactctgaacattataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcc 511  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  9393479 aaa--ctgaacattataatgcaaaattacaagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgtttattttcc 9393576  T
Q  512 taactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9393577 taactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaattctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacgcat 9393676  T
Q  612 tcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 648  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9393677 tcatatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 9393713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 648
Target Start/End: Original strand, 1340906 - 1341533
Alignment:
Q  12 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcacgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1340906 aagcaaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcaggcctattacattctttaatttgacttgatttttctttaa 1341005  T
Q  112 cccctttcttatcagttgcacggacattggacccagattcacttgaaagtattgaagtctccctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaa 211  Q
    || | || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  1341006 ccgcatttttatcagctgcatggacattgtacccagattcacttgaaagtgttgaagtctcactttctattttggcaggtgatgtatcaatcagggtaaa 1341105  T
Q  212 ccataatcaacataaaaaa---ttcggtaaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatgttaca 308  Q
    ||| |||||||||||||||   ||  | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||  |    
T  1341106 ccacaatcaacataaaaaaaagtttagcaaagttacatgcaagaaacttaaacaaatcatcataattaaattatgaaatcataccattgccaacatttga 1341205  T
Q  309 gaaggttaaatatggcacagtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatt 408  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  1341206 gaacgttaaatatggcacagtgtacttcatgtcaaaatagaattcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtgtataaaatcaacatatt 1341305  T
Q  409 tcaaaactctgaacattataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  1341306 tcaaaactctgaacattataatgcaa---------ttatacaacaa---aagaactacatgaagcacttacatcaggagaaatttgtacaatgttaactt 1341393  T
Q  509 tcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacaca 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341394 tcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatatgaaaatcctctttttgtcaaccagattcccatggtccttaatcacctgcacaca 1341493  T
Q  609 cattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341494 cattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaacagcta 1341533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 144 - 644
Target Start/End: Original strand, 46630136 - 46630634
Alignment:
Q  144 ccagattcacttgaaagtattgaagtctccctttctattatggcaggtgctgtatcaatcagggcaaaccataatcaacataaaaaattc-ggtaaagct 242  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||| |    
T  46630136 ccagattcactagaaagtgttgaagtctcgctttctattctggcaggtgctgtatcaatcagggcaaaccacaatcaacataaaaaaaaccggtaaaggt 46630235  T
Q  243 acatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcataccattgtcaatgttacagaaggttaaatatggcacagtgtacttcatatcg 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  46630236 acatgcaagaaacttaagcaaaccatcgtaatttaaatatgaaatcataccattgtcaatgttggagaaagttaaatatggtacagtgtacttcatatca 46630335  T
Q  343 aaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaaacaaaatcaacatatttcaaaactctgaacattataatgcaaaattataa 442  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  46630336 aaataaaattcactaggaggaattttcttcttttttgcagcctttagtatacaaaatcaacatatttcaaaactccaaacattataatgcaaaagtataa 46630435  T
Q  443 gttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaaatttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttt 542  Q
    || || ||||||   | |||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46630436 gtcatgcaacaa---aggaactacacaaagcacttgcatcaggagaaatccgtacaattcctactttcttaactaaacaatctaaaggattttcatcttt 46630532  T
Q  543 tacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggtccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaa 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  46630533 tacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaaacagattcccgtggtccttgatcacctgcacacgtattcaaatcaccaaaataaaaaataacgctaaa 46630632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 644
Target Start/End: Original strand, 5642958 - 5643603
Alignment:
Q  15 caaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatccagtaaagtccactcacgcctattagattctttaatttgagttgatttttctttaaccc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |   ||| |||||||||||||| ||   ||  ||||| | ||     
T  5642958 caaaggccagtggacatagctccacacccagaatacaaatctaataaagtccactctc---tatcagattctttaattttagacaatccttcttcagcca 5643054  T
Q  115 ctttcttatcagttgcacggacattggacccagattcacttgaaagtattgaagtctccctttctattatggcag---------------------gtgc 193  Q
    | || |||||||||||||   |||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||| || |||                     || |    
T  5643055 cattattatcagttgcacatgcattggacccagattcacttgatattgttgaagtctcactttctattttgtcagtctcgctttctatttttgaaggttc 5643154  T
Q  194 tgtatcaatcagggcaaaccataatcaacataaaaaa-ttcggtaaagctacatgcaagaaacttaagcaaatcatcataattaatttatgaaatcatac 292  Q
    || |||||||| || |||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| |||||  |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5643155 tgaatcaatcaaggaaaaccacaataaacataaaaaaattcagtaaagttacatagaagaaacttaaagaaatcatcataattaaattatgaaatcatac 5643254  T
Q  293 cattgtcaatgttacagaaggttaaatatggcacagtgtacttcatatcgaaatagaagtcacaaggaggaattttcttcttttttgcagcctgtagtaa 392  Q
    ||||||||||| |  | || |||| |||||||| |||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||||  ||||||| ||| ||| |||||||||     
T  5643255 cattgtcaatgcttgaaaaagttagatatggcaaagtgtatttcatatcataatatagatcacaaggaggaacattcttctctttagcatcctgtagtat 5643354  T
Q  393 a---caaaatcaacatatttcaaaactctgaacattataatgcaaaattataagttatacaacaaaagaagaactacacaaagcacttacatcagaagaa 489  Q
    |   |||| | ||||| | |||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      ||||||||||||||||||| ||||    
T  5643355 atatcaaattaaacatttatcaaaactctaaaaaacataatgcaaaattataaattacacaacaaaagaa------cacaaagcacttacatcaggagaa 5643448  T
Q  490 atttgtacaatgtttactttcctaactaaacaatctaaaggattttcatcttttacatcagatttgaaaatcctctttttgtcaactagattcccatggt 589  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||| ||||||||    
T  5643449 atttgtacaatgttaactttcttaactaaacaatcaagagggttttcatctttcacatcagatttgaaaatccttttttcatcaatgagatccccatggt 5643548  T
Q  590 ccttaatcacctgcacacacattcaaatcaccaaaatcaacaataaccctaaaca 644  Q
     ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5643549 tcttgataacctgcacacacattcaaatcacaaaaatcaacaataaccctaaaca 5643603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University