View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1276_low_4 (Length: 491)

Name: NF1276_low_4
Description: NF1276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1276_low_4
NF1276_low_4
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (30-478)||(10700-11166)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (30-478)||(16421988-16422454)
chr7 (31-415)||(28384411-28384795)
chr7 (31-448)||(28393327-28393761)
chr7 (32-478)||(26262487-26262925)
chr7 (30-450)||(16484298-16484741)
chr7 (32-478)||(12527991-12528447)
chr7 (32-237)||(11282909-11283113)
chr7 (103-478)||(36018335-36018702)
chr7 (32-446)||(48185957-48186381)
chr7 (324-478)||(12502357-12502511)
chr7 (69-234)||(21267446-21267611)
chr7 (32-222)||(12502609-12502817)
chr7 (324-446)||(21267242-21267364)
chr7 (40-122)||(12502822-12502903)
chr7 (324-373)||(11282769-11282818)
chr7 (40-122)||(36018203-36018284)
chr7 (32-76)||(21267896-21267940)
chr7 (40-119)||(26262933-26263011)
chr7 (40-122)||(12528452-12528533)
chr7 (40-122)||(28393242-28393323)
chr7 (40-118)||(48186390-48186467)
chr7 (40-122)||(11283118-11283199)
chr7 (40-122)||(21267945-21268026)
chr7 (40-121)||(28384326-28384406)
chr7 (32-76)||(36018289-36018333)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (30-450)||(29962370-29962788)
chr2 (30-450)||(2039341-2039780)
chr2 (40-122)||(2039257-2039338)
chr2 (40-122)||(29962791-29962872)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (30-450)||(44669222-44669660)
chr8 (34-447)||(3896591-3897024)
chr8 (32-321)||(6818888-6819191)
chr8 (32-457)||(5536382-5536817)
chr8 (324-450)||(6820148-6820274)
chr8 (40-122)||(5536822-5536903)
chr8 (39-122)||(6818801-6818883)
chr8 (40-122)||(44669138-44669219)
[»] scaffold0172 (1 HSPs)
scaffold0172 (30-450)||(33936-34377)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (34-478)||(18902308-18902758)
chr1 (32-214)||(18153737-18153919)
chr1 (369-478)||(18153920-18154029)
chr1 (40-122)||(18153651-18153732)
chr1 (40-122)||(18902220-18902301)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (30-448)||(1311816-1312214)
chr3 (34-478)||(19933077-19933544)
chr3 (32-373)||(3225079-3225418)
chr3 (34-478)||(11034230-11034646)
chr3 (44-122)||(11034653-11034730)
chr3 (40-122)||(3224993-3225074)
chr3 (40-122)||(19932989-19933070)
chr3 (40-122)||(1311732-1311813)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (30-450)||(15278182-15278620)
chr6 (34-478)||(34514024-34514477)
chr6 (308-478)||(3510403-3510573)
chr6 (324-478)||(34517092-34517246)
chr6 (30-373)||(24540983-24541347)
chr6 (30-196)||(3510173-3510357)
chr6 (32-234)||(34518208-34518428)
chr6 (32-206)||(21441938-21442109)
chr6 (38-123)||(8910397-8910481)
chr6 (324-401)||(8910688-8910765)
chr6 (103-202)||(8910479-8910577)
chr6 (40-122)||(3510089-3510170)
chr6 (61-123)||(21441873-21441934)
chr6 (40-122)||(24540899-24540980)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (30-373)||(15426277-15426623)
chr4 (30-373)||(15419260-15419624)
chr4 (32-450)||(52945183-52945613)
chr4 (32-234)||(28653957-28654162)
chr4 (324-478)||(28653721-28653875)
chr4 (40-122)||(28654167-28654248)
chr4 (40-122)||(15419176-15419257)
chr4 (40-121)||(52945096-52945177)
[»] scaffold0655 (3 HSPs)
scaffold0655 (122-450)||(7999-8341)
scaffold0655 (34-123)||(7894-7982)
scaffold0655 (40-114)||(7806-7879)


Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 478
Target Start/End: Original strand, 10700 - 11166
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
T  10700 ggcgattcatatgaattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 10799  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10800 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatctggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 10899  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 311  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10900 gcattttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagtgaggtttcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 10999  T
Q  312 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||    
T  11000 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttaatagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtctatccgtgtctcctccttggcggt 11099  T
Q  412 gacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  11100 gacgtcagggaggcaaagtgatacagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggaggctcgatat 11166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 478
Target Start/End: Original strand, 16421988 - 16422454
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
T  16421988 ggcgattcatatgaattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 16422087  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422088 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatctggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 16422187  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 311  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422188 gcattttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagtgaggtttcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 16422287  T
Q  312 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||    
T  16422288 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttaatagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtctatccgtgtctcctccttggcggt 16422387  T
Q  412 gacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  16422388 gacgtcagggaggcaaagtgatacagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggaggctcgatat 16422454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 31 - 415
Target Start/End: Original strand, 28384411 - 28384795
Alignment:
Q  31 gcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcc 130  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  28384411 gcgattcatatgcattagatcattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggaggtattgcccaatgttggggtatattgtcc 28384510  T
Q  131 aatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgta 230  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  28384511 aatggtgggacatttggatccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactaaccaatagggattaacgcattttagtcaggctgta 28384610  T
Q  231 acttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatgca 330  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28384611 acttaaggtgagctgtggtgattatggaattgagtaatgtgtcttgtacggtctatttatttatttgattatcttttgtgtaaatttatatatgcatgca 28384710  T
Q  331 tatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||    
T  28384711 tatttgtactatgtttgttagtttgagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatccgtctttcctccttggcggtgacg 28384795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 31 - 448
Target Start/End: Original strand, 28393327 - 28393761
Alignment:
Q  31 gcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtg------------- 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||                 
T  28393327 gcgattcatatgcattagatgattcataataatttccaatggtggggtaccgaacatcgaatttttaggatttattatccaatggtggggtattgcccaa 28393426  T
Q  118 ----gggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28393427 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaatttcgattcatgagcatttgcatatagactgaccaatagggattaacgc 28393526  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaa 313  Q
    | |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393527 attttagtcaagttgtaacttaaggtgaggtgtggtgattatggaattgagtaatgtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaa 28393626  T
Q  314 atttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtga 413  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||  |||||    
T  28393627 atttatatatgcatgcatatttgtactatgtttgttagttagagatgacccttacttttggatagatgaccgtcaatccgtctttcctcattggcggtga 28393726  T
Q  414 cgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagac 448  Q
    |||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||    
T  28393727 cgtcggggaggtaaagtgatctagtagatgaagac 28393761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 32 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 26262925 - 26262487
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 131  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26262925 cgattcatatgcattagatgattcaaaataatgcccaatggtggggtactgaacatccaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 26262826  T
Q  132 atggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgtaa 231  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||| | |||| || |||||| ||   ||||    
T  26262825 atggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatgtacatatagattgaccattagggactaacacattttagttagagcgtaa 26262726  T
Q  232 cttaagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatgca 330  Q
    |||    | ||| ||| |||||||| ||||| || || ||||| | || |    ||| ||||||||  |||| |||  || |||| ||| |  ||||||     
T  26262725 cttggtgctaggggtgatgattatgaaactgaagtaatgtgtcatatatg----attaatttattt--ttat-tttcatg-aaatctatgt-tgcatgcc 26262635  T
Q  331 tatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaaagt 430  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  26262634 tatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttggcggtgacgttagggaggcaaagt 26262535  T
Q  431 gatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26262534 gatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggaggcttgatat 26262487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Original strand, 16484298 - 16484741
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat------ 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  16484298 ggcgattcatatgcactaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacttcaaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 16484397  T
Q  124 ------------attgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
                ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  16484398 atggtggggtatattgtccaatgatgggacatttggctccgtttagaggcgaaatc-ggatcatgagcattggcatatagactcaccaatagggattaac 16484496  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttattta------tttggttatctt 305  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||| | ||||||| || || ||||||||  | ||||||| ||      ||||||| ||||    
T  16484497 gcattttagtcaagttgtaacttaaggctaggggtggtgattaagtaactgaggaatgtatcttgtactatttatttatctatttatttttggttttctt 16484596  T
Q  306 ttgtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctcctt 405  Q
    ||   |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | || || ||| ||||||||||    
T  16484597 ttaattaaatttatatctgcatgcatatttttactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagataatcatcaattcgtctttcctcctt 16484696  T
Q  406 gaaggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
     | || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  16484697 aacggcgacgtcagggaggtaaagtgatatagtagaagaagacgc 16484741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 32 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 12528447 - 12527991
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttatta------------------cccaat 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||                  ||||||    
T  12528447 cgattcatatgcattagatgattcagaataatgtccaatggtggggtactgaaaattgaatttttaggagttattatccaatggtggggtattgcccaat 12528348  T
Q  114 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||| |||||| |||| | ||||||    
T  12528347 ggtggggtatattgtccaatggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatggacaaatagattgaccattagggactaacgc 12528248  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgta 312  Q
    | |||||||||  || |||||    | ||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| | |  ||||||||      |||| |||  || |    
T  12528247 attttagtcagagtggaacttggtgctaggggtgatgattatgaaactggagcaacgtgtcgtgtatgtttcatttattt------ttat-tttcatg-a 12528156  T
Q  313 aatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtg 412  Q
    ||| ||| |  |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||    
T  12528155 aatctatgtt-gcatgcctatttgtaccatgttggttagttggagaggacccttacttttggacagatgactgtcgatccgtgtttcctccttggcggtg 12528057  T
Q  413 acgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12528056 acgtcagggaggcaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcatatttggaggcttgatat 12527991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 32 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 11283113 - 11282909
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 131  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11283113 cgattcatatgcattagatgattcagaataatgtccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggtgttattacccaatggtggggtatattgtcca 11283014  T
Q  132 atggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgtaa 231  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||||| |||||||    
T  11283013 atggttggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagca-ttgcatatagactgaccattagggactaacacactttagtcaagttgtaa 11282915  T
Q  232 cttaag 237  Q
    ||||||    
T  11282914 cttaag 11282909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 103 - 478
Target Start/End: Original strand, 36018335 - 36018702
Alignment:
Q  103 tattacccaatggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaata 202  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| | |||||| ||    
T  36018335 tattgcccaatggtggggtatattgtccaatggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatgcacatatatattgaccatta 36018434  T
Q  203 ggaattaacgcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggtta 301  Q
    || | ||||||| |||||||||  ||||||||    | ||| ||| |||||||| ||||| || || ||||| |||| | |  ||||||||      |||    
T  36018435 gggactaacgcattttagtcagagtgtaacttggtgctaggggtgatgattatgaaactggagtaatgtgtcatgtatgtttcatttattt------tta 36018528  T
Q  302 tcttttgtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcct 401  Q
    | |||  || |||| ||| |  | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  36018529 t-tttcatg-aaatctatgtt-gtatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcgatccgtgttacct 36018625  T
Q  402 ccttgaaggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36018626 ccttggcggtgacgtcagggaggcaaagtgatatagtagaagaagatgctagtggtgcacatttggaggcttgatat 36018702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 32 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 48186381 - 48185957
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggg------------ 119  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  48186381 cgattcatatgcattagatgattcagaaaaatgcccaatgatggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgcccaat 48186282  T
Q  120 ------gtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
          ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| | ||| ||    
T  48186281 ggtggggtatattttccaatggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatgcacatatagattgaccattagggactaatgc 48186182  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaact-gagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgta 312  Q
    | |||||||||  ||||||||    | ||| ||| |||||||| |||| ||| || ||||| | || | |  ||||||||      |||| |||  || |    
T  48186181 attttagtcagagtgtaacttggtgctaggggtgatgattatgaaactggagtaatgtgtcatatatgtttcatttattt------ttat-tttcatg-a 48186090  T
Q  313 aatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtg 412  Q
    ||| ||| |  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||| |||||||||||  ||||    
T  48186089 aatctatgt-tgcatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagataaccgtcaattcgtctttcctccttggcggtg 48185991  T
Q  413 acgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaag 446  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  48185990 acgtcagggaggcaaaatgatctagtagaagaag 48185957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 324 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 12502511 - 12502357
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggag 423  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12502511 gcatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagaggacccttacttttggacagatgactgtcgatccgtgtttcctccttgacggtgacgtcagggag 12502412  T
Q  424 acaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  12502411 gcaaagtgataaagtagaagaagacgctagtggtgcatatttggaggcttgatat 12502357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 69 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 21267611 - 21267446
Alignment:
Q  69 atggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatcc 168  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21267611 atggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattaccgaatggtggggtatattgtccaatggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatcc 21267512  T
Q  169 ggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgtaactt 234  Q
    |||||||||||||   ||| |||| |||||| |||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||    
T  21267511 ggatcatgagcatgcacatgtagattgaccattaggaactaacgcattttagttagagtgtaactt 21267446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12502817 - 12502609
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagt------------------tattacccaat 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||                  |||| ||||||    
T  12502817 cgattcatatgcattagatgattcagaataatgtccaatggtggggtattgaacatcgaatttttaggagttatttcccaatagtggggtattgcccaat 12502718  T
Q  114 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   || ||||| |||||| ||||   ||||||    
T  12502717 ggtggggtatattgtccaatggtgggacaattggctccgtttagaggttaaatccggatcatgagcatggacaaatagattgaccattaggggctaacgc 12502618  T
Q  214 actttagtc 222  Q
    | |||||||    
T  12502617 attttagtc 12502609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 324 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 21267364 - 21267242
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggag 423  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || ||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  21267364 gcatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagataaccgttaattcgtctttcctccttggcggtgacgtcagggag 21267265  T
Q  424 acaaagtgatatagtagaagaag 446  Q
     ||||||||| ||||||||||||    
T  21267264 gcaaagtgatctagtagaagaag 21267242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 12502903 - 12502822
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12502903 atgcattagatgactcagaaaaatgcccaacggtggggtactgaacatcg-agttttaggagttattacccaatggtggggta 12502822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 324 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 11282818 - 11282769
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 373  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11282818 gcatgaatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 11282769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 36018203 - 36018284
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||| |||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36018203 atgcattagatgactcagacaaatgtccaacggtggggtactgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtggggta 36018284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 21267940 - 21267896
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggg 76  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21267940 cgattcatatgcattagatgattcagaataatgcccaatggtggg 21267896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 26263011 - 26262933
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggg 119  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||| | |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26263011 atgcattagatgactcagacaaatgcccaacgctggggtactgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtggg 26262933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 12528533 - 12528452
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| | |||| |||||||||  ||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12528533 atgcattagatgacttagaaaaatgcccaacagtggggtaccgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtggggta 12528452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 28393242 - 28393323
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  28393242 atgcattagatgactcaaataaatgcccaatggtggggcactgaccatcgagtttt-aggagttattacccaacggtggggta 28393323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 48186467 - 48186390
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtgg 118  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||    
T  48186467 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggcactgaccatcg-agttttaggagttactacccaatggtgg 48186390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 11283199 - 11283118
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||| ||| | |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  11283199 atgcattagatgactcagacaaataccctacggtggggtactaaacatcgagtttt-aggagttattacccaacggtggggta 11283118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 21268026 - 21267945
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||| |  ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  21268026 atgcattagatgactcagacaaatgcccaacggtgtggcactgaccatcgagtttt-aggagttactacccaatggtggggta 21267945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 121
Target Start/End: Original strand, 28384326 - 28384406
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggt 121  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  28384326 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggcactgaccatcg-agttttaggatttattacccagcggtggggt 28384406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 32 - 76
Target Start/End: Original strand, 36018289 - 36018333
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggg 76  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||    
T  36018289 cgattcatatgcattagatgattcaaaaaaatgtccaatggtggg 36018333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 29962788 - 29962370
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  29962788 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattatccaatggtcgggtatattgtc 29962689  T
Q  130 caatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgt 229  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  29962688 taattgtggaacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgaacatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcgttttagtcaggttgt 29962589  T
Q  230 aacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatgc 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  29962588 aacttaaggcgaggtgtggtgattatggaactgagaaatgtgtcttgtatggtctatttatttatttggttatcttttttgtaaatttatatatgcatgc 29962489  T
Q  330 atatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaaag 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||  ||||||| | ||||| |||||    
T  29962488 atatttgtactatgtttgttagttg--gatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatccgtctttcctcattggcggtgacgccggggaggcaaag 29962391  T
Q  430 tgatatagtagaagaagacgc 450  Q
    |||| ||||||| ||||||||    
T  29962390 tgatttagtagatgaagacgc 29962370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Original strand, 2039341 - 2039780
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
T  2039341 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgccaaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 2039440  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2039441 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttgactccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaacaataggaattaac 2039540  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatc-ttttgtg 310  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2039541 gcattttaatcaggttgtaacttaaggcgaggtgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatctttttttg 2039640  T
Q  311 taaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaagg 410  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||    
T  2039641 taaatttatatatgcatgcatatttgcactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatccgtctttcgtccttggcgg 2039740  T
Q  411 tgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
    |||||   ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  2039741 tgacgctggggaggcaaagtgatttagtagatgaagacgc 2039780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 2039257 - 2039338
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||  || | | |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2039257 atgcattagttgactcagacaaatgcccaatggtgggacactgactattg-agttttaggagttactacccaacggtggggta 2039338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 29962872 - 29962791
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||| ||  ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  29962872 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtagggcactgaccattgaatttt-aggagttactacccaacggtggggta 29962791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Original strand, 44669222 - 44669660
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaa----------------- 112  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||                     
T  44669222 ggcgattcatatgcatttgatgattcagaataatgtccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgtcca 44669321  T
Q  113 -tggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44669322 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 44669421  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 311  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44669422 gcattttagtcaggttgtaactcaagacgaggtgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacggtctaattatttatttggttatcttttgtgt 44669521  T
Q  312 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggt 411  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||  |||    
T  44669522 aaatttatatatgcatgcatgtttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatccgtctttcctccttggcggt 44669621  T
Q  412 gacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
    |||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  44669622 gacgccggggaggcaaagtgatttagtagatgaagacgc 44669660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 34 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 3897024 - 3896591
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat---------- 123  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  3897024 attcatatgcattacgtgattcagaataatgtctaatggtggggtaccaaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgcccaatgg 3896925  T
Q  124 --------attgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcat--ttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
            ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3896924 tggggtatattttccaatggtgggatatttgactccgtttagaggtgaaatcaggatcatgaacataattgcacatagactgaccaataggaattaacgc 3896825  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaa 313  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3896824 attttagtcatgttgtaacttaaggcgaggtgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacgatctatttatttatttggttatcttttgtgtaa 3896725  T
Q  314 atttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtga 413  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||| |||||| |||||||||||  |||||    
T  3896724 atttatatatgcatgcatacttgtattatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagacaatcgtcaatccgtctttcctccttggcggtga 3896625  T
Q  414 cgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaaga 447  Q
    ||   ||||| ||||||||| || |||| |||||    
T  3896624 cgcgggggaggcaaagtgatttaatagatgaaga 3896591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 32 - 321
Target Start/End: Original strand, 6818888 - 6819191
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtg-------------- 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||                  
T  6818888 cgattcatatgcattaggtgattcaaaataaagcccaacagtggggtactgaagatcgaatttttaggagttattacccaagggtggggtattgcccaac 6818987  T
Q  118 ----gggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  6818988 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctctgcttagaggtgaaatccgaatcatgagcatttgcatatagactgaccaatagggattaacac 6819087  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaa 313  Q
    | ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  6819088 attttagtcaggttgtaacttaaggtgaggtgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacggtc----tatttatttggttatcttttgtgtaa 6819183  T
Q  314 atttatat 321  Q
    ||||||||    
T  6819184 atttatat 6819191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 5536817 - 5536382
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat-------- 123  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||            
T  5536817 cgattcatatgcattagatgattcagaatgatgcccaatggtggggtcctgaacatcgaatttttaggagttattatccaatggtggggtattgcctaat 5536718  T
Q  124 ----------attgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
              |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| || | | |||| |    
T  5536717 ggtggggtatattgtccaatcgtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatgcacatatagattgaccattaaggactaacac 5536618  T
Q  214 actttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgta 312  Q
    | |||||||||  ||||||||    | ||| ||| |||||||| | ||| || || ||||| |||| | |  ||||||||      |||| |||  || |    
T  5536617 attttagtcagagtgtaacttggtgctaggggtgatgattatgaatctggagtaatgtgtcatgtatgtttcatttattt------ttat-tttcatg-a 5536526  T
Q  313 aatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtg 412  Q
    ||| ||| |  |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||  ||||    
T  5536525 aatctatgtt-gcatgcctatttgtaccatgtttattagttggagatgacccttacttttggacagatgatcgtcgattcgtgtttcctccttggcggtg 5536427  T
Q  413 acgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggt 457  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5536426 acgtcagggaggcaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggt 5536382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 324 - 450
Target Start/End: Original strand, 6820148 - 6820274
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggag 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||  ||||||||| |||||    
T  6820148 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatctgtctttcctccttggtggtgacgtcggggag 6820247  T
Q  424 acaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6820248 gcaaagtgatctagtagatgaagacgc 6820274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 5536903 - 5536822
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5536903 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggtactgaacatcg-agttttaggagttattacccaatggtggggta 5536822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 39 - 122
Target Start/End: Original strand, 6818801 - 6818883
Alignment:
Q  39 tatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    |||||||||| ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  6818801 tatgcattagatgactcagactgatgtccaatggtggggtaccgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatgatggggta 6818883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 44669138 - 44669219
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  44669138 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggcactgaccatcgagtttt-aggagttactacccaatggtggggta 44669219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0172 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0172
Description:

Target: scaffold0172; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 34377 - 33936
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat------ 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||          
T  34377 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattatccaatggtggggtattgtcca 34278  T
Q  124 ------------attgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  34277 atcgtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttacatatagactgaccaataagaattaac 34178  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatc---ttttg 308  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||     
T  34177 gcattttagtcaggttgtaacttaaggcgaggtgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatctttttttt 34078  T
Q  309 tgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaa 408  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||      
T  34077 tgtaaatttatatatgcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaatccgtctttcctccttggt 33978  T
Q  409 ggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
     |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  33977 agtgacgtcggggaggcaaagtgatttagtagatgaagacgc 33936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 34 - 478
Target Start/End: Original strand, 18902308 - 18902758
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtata--ttgtcca 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  18902308 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatatattgtcca 18902407  T
Q  132 atggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgtaa 231  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||    
T  18902408 atggtgggacatttggctctgtttagaggtgaaatccggatcatgtgcattggcatatagactgaccaatagggattaacgcattttagtcaagtcgtaa 18902507  T
Q  232 cttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatt----tatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcat 327  Q
    ||||||   ||| |||||||||| | ||||||| || || ||||||||  | ||||    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  18902508 cttaaggttaggggtggtgattaagaaactgaggaatgtatcttgtactatttatttatctatttttttggttatcttttgtttaaatttatatctgcat 18902607  T
Q  328 gcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaa 427  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  18902608 gcatatttgcactatgattgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcgatctgtgtttcctccttggcggtgacgtcagggaggcaa 18902707  T
Q  428 agtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18902708 agtgatatagtagcagaagacactagtggtgcacatttggaggcttgatat 18902758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 214
Target Start/End: Original strand, 18153737 - 18153919
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 131  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18153737 cgattcatatgcattagatgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 18153836  T
Q  132 atggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgca 214  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| | |||||||    
T  18153837 atggtgggacaattgacttcgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatgcacatatagattgaccattagggactaacgca 18153919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 369 - 478
Target Start/End: Original strand, 18153920 - 18154029
Alignment:
Q  369 ttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggt 468  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  18153920 ttttggacagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttggcggtgacgttagggaggcaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcatatttgga 18154019  T
Q  469 ggcttgatat 478  Q
    ||||||||||    
T  18154020 ggcttgatat 18154029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 18153651 - 18153732
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18153651 atgcattagatgactcagacaaatgcccaacggtggggtactgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtggggta 18153732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 18902220 - 18902301
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||| | ||||| | |||||||||||| |||| || |||||||||    
T  18902220 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggtacttaccatcg-agttttaggagttactaccgaacggtggggta 18902301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 30 - 448
Target Start/End: Original strand, 1311816 - 1312214
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||                     
T  1311816 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggggttattacccaa----------------- 1311898  T
Q  130 caatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgt 229  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  1311899 ---tggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaatagaaattaacgcattttagtcaggttgt 1311995  T
Q  230 aacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatgc 329  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1311996 aacttaagacgagatgtggtgattatggaactgagtaatgtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatatatgcatgc 1312095  T
Q  330 atatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaaag 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | | |||||||||||  ||||||| | ||||| |||||    
T  1312096 atatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcaattcttctttcctccttggcggtgacgccggggaggcaaag 1312195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 34 - 478
Target Start/End: Original strand, 19933077 - 19933544
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------atgg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||    
T  19933077 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgcccaatgg 19933176  T
Q  116 tggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcac 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  19933177 tggggtatattgtccaatggcgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgtgcattggcatatagactgaccaatagggattaacgcat 19933276  T
Q  216 tttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctattta-----tttatttggttatcttttgtg 310  Q
    |||||||| || |||||||||| | ||| |||||||||| | ||||||| || || ||||||||  | ||||||     ||| ||||||||||||||||     
T  19933277 tttagtcaagtcgtaacttaaggctaggggtggtgattaagaaactgaggaatgtatcttgtactatttatttatctattttttttggttatcttttgtt 19933376  T
Q  311 taaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaagg 410  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  19933377 taaatttatatctgcatgcatatttgcactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcgatccatgtttcctccttgacgg 19933476  T
Q  411 tgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
     |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  19933477 cgacgtcagggaggcaaaatgatatagtagcagaagacgctagtggtgaacttttggaggcttgatat 19933544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 32 - 373
Target Start/End: Original strand, 3225079 - 3225418
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggga-tactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcc 130  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3225079 cgattcatatgcattagatgattcagaataatacccatcggtgggggtactaaacatcaaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcc 3225178  T
Q  131 aatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgta 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||    
T  3225179 aatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagca-ttgcatatagactgaccattagggactaacgcattttagtcaagttgta 3225277  T
Q  231 acttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatt--tatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatg 328  Q
    ||||||| | | | ||||||| || | || |||| || ||   |||||||| ||||||| |  | ||||||||| || | | ||||| ||| |  |||||    
T  3225278 acttaaggctaagagtggtgactaagaaattgagtaatgt---ttgtacggcctatttaatcatttttggttat-ttgtttttaaatatatgtctgcatg 3225373  T
Q  329 catatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 373  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3225374 aatatttgtacgatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 3225418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 34 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 11034646 - 11034230
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtccaat 133  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
T  11034646 attcatatgcattaaatgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaat-------------------- 11034567  T
Q  134 ggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgtaact 233  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    |||||||| |||||| |||| | ||||||| |||||||||  |||||||    
T  11034566 ggtgggacaattggctccgtttagaggtgaaatacgaatcatgagcacgcacatatagattgaccattagggactaacgcattttagtcagagtgtaact 11034467  T
Q  234 taagacgaggtgtggtgattatggaact-gagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaatttatataagcatgcata 332  Q
    |    | ||| ||| |||||||| |||| ||| || ||||| |||| | |  ||||||||      |||| |||  || |||| ||  |  |||||| ||    
T  11034466 ttgtgctaggggtgatgattatgaaacttgagtaatgtgtcatgtatgtttcatttattt------ttat-tttcatg-aaatctacgtt-gcatgccta 11034376  T
Q  333 tttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggagacaaagtga 432  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  11034375 tttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgttgatccgtgtttcctccttggcggtgacgtcagggaggcaaagtga 11034276  T
Q  433 tatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  11034275 tacagtagaagaagacgctagtggtgcatatttggaggcttgatat 11034230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 11034730 - 11034653
Alignment:
Q  44 attaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||| ||| |||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11034730 attagatgactcagacaaatgcccaacggtggggtactgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtggggta 11034653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 3224993 - 3225074
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||| |||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  3224993 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggcggggcactgaccatcgagtttt-aggagttattacccaacggtggggta 3225074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 19932989 - 19933070
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  19932989 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggtactgaccatcg-agttttaggagttactactcaacggtggggta 19933070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 1311732 - 1311813
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  | ||| |||||| |||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  1311732 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggcattgatcatcgagtttt-aggagttactacccaacggtggggta 1311813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 30 - 450
Target Start/End: Original strand, 15278182 - 15278620
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||                      
T  15278182 ggcgattcatatgcattaggtgattcagtataatgcccaatggtggagtactgaacatcaaatttttaggatttattacccaatggtggggaactgccca 15278281  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  15278282 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcattttcatatagactgaccaatagggattaac 15278381  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgt 311  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| || ||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15278382 gcattttagtcaggttgtaacttaaggcgaggtgtggtgcatatagatctgagtaatgtgtcttgtacgacctatttatttatttggttatctcttgtgt 15278481  T
Q  312 aaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggt 411  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| || |||||| |||||||||||  |||    
T  15278482 aaatttatatatgcatgcatatttgtactgtgtttgttagttggagatgacccttacttttgaacatatgaccatcaatccgtctttcctccttggcggt 15278581  T
Q  412 gacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
    || ||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  15278582 gatgtcggggaggcaaagtgatctagtagatgaagacgc 15278620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 34 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 34514477 - 34514024
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggg-------------- 119  Q
    ||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||                  
T  34514477 attcatatgcattggatgattcagagaaatgcccaatggtggagtactgaacatcaaatttttaggagttattacctaatggtgggtattgcccaatgat 34514378  T
Q  120 ---gtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcact 216  Q
       ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||| | ||||||| |    
T  34514377 ggggtatattgttcaatggtgggacaattggctccgtttagtggtgaaatccggatcatgagcatgcacatatagattgaccattagggactaacgcatt 34514278  T
Q  217 ttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatcttttgtgtaaat 315  Q
    ||||||||  ||||||||    | ||| ||| |||||||| ||||| || || ||||| |||| | |  |||||||| | |  | |||        ||||    
T  34514277 ttagtcagagtgtaacttggtgctaggggtgatgattatgaaactggagtaatgtgtcatgtatgtttcatttatttttattttcatc--------aaat 34514186  T
Q  316 ttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacg 415  Q
     ||| |  |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  34514185 ctatgtt-gcatgtctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttactttttgacagatgaccgtcgatctgtgtttcctccttggcggtgacg 34514087  T
Q  416 tcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34514086 tcagggaggcaaagtgatatagtagaggaagacgctagtggtgcacatttggaggcttgatat 34514024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 308 - 478
Target Start/End: Original strand, 3510403 - 3510573
Alignment:
Q  308 gtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  3510403 gtgtaaatttatataagcatgcacatttgtactatgtttgttagttggagatgacctttacttttggacagatgaccgtcgatccgtgtctccttcttgg 3510502  T
Q  408 aggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
     ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3510503 cggtgacgtcagggaggcaaagtgttatagtagaagaagacactagtggtgcacatttggaggcttgatat 3510573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 324 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 34517246 - 34517092
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggag 423  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  34517246 gcatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgacgatgacgtcagggag 34517147  T
Q  424 acaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34517146 gcaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggaggcttgatat 34517092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 30 - 373
Target Start/End: Original strand, 24540983 - 24541347
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttatta------------------ccca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||                  ||||    
T  24540983 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacaccgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 24541082  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| | ||||    
T  24541083 atggtggggtattttgttcaatggtgggacatttggctccgtttataggtgaaatccggatcatgagca-ttgcatatagactgaccgttagggactaac 24541181  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatct------- 304  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| | | | ||||||| || | || |||| || ||   |||||||| |||| || ||||||  |||| |           
T  24541182 gcattttagtcaagttgtaacttaaggctaagagtggtgactaagaaattgagtaatgt---ttgtacggcctatctaattatttaattatttttggtta 24541278  T
Q  305 tttgtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 373  Q
    |||||  |||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24541279 tttgttgaaatatatgtctgcatgaatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 24541347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 30 - 196
Target Start/End: Original strand, 3510173 - 3510357
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||                      
T  3510173 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacatcaaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 3510272  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactga 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3510273 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactga 3510357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 32 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 34518428 - 34518208
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggg------------ 119  Q
    |||||||||| |||| | | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  34518428 cgattcatatacattggataattcagaataatgtccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgcccaat 34518329  T
Q  120 ------gtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
          ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||   ||| |||| |||||| |||| | ||||||    
T  34518328 ggtggggtatattgtccaatggtgggacaattggctccgtttagtggtgaaatccagattatgagcatgcacatgtagattgaccattagggactaacgc 34518229  T
Q  214 actttagtcaggttgtaactt 234  Q
    | |||||| ||  ||||||||    
T  34518228 attttagttagagtgtaactt 34518208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 206
Target Start/End: Original strand, 21441938 - 21442109
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtcca 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||  || ||||| |||||| || |||||| || ||  ||||| |||    
T  21441938 cgattcatatgcattaggtgattcaaaataatgtccaactgtgggatactgaacat-taaattttaagagttaatatccaatgctgagg--tattgccca 21442034  T
Q  132 atggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaa 206  Q
    ||||||| ||||||||||| |  |||| |||||  |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  21442035 atggtggaacatttggctctgcatagatgtgaaggccggatcacgagcatttgcatatagatagaccaataggaa 21442109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 123
Target Start/End: Original strand, 8910397 - 8910481
Alignment:
Q  38 atatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat 123  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8910397 atatgcattaagtgattcagaataatgcccaacgttggg-tactagacatcaaatttttaagagttattacccaatggtggggtat 8910481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 401
Target Start/End: Original strand, 8910688 - 8910765
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcct 401  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||| |||| | ||||||    
T  8910688 gcatgcctatttgtaccatgtttgttagttgaagatgacccttacttttgaacagatgatcgtcaatccatctttcct 8910765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 202
Target Start/End: Original strand, 8910479 - 8910577
Alignment:
Q  103 tattacccaatggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaata 202  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||| |||||||  |||||||||||  ||||||||| |||  ||||||||| |||| ||||    
T  8910479 tattacccaatgatggggtatattgtctagtg-tgggacatttagctccgtagagaggtgaaatttggatcatgaacatcggcatatagattgactaata 8910577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 3510089 - 3510170
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  3510089 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggtactgaccatcg-agttttaggagttactacccaacggtggggta 3510170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 61 - 123
Target Start/End: Original strand, 21441873 - 21441934
Alignment:
Q  61 aatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat 123  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  21441873 aatgcctaatggtggggtattgaacatcgagtttt-aggagttattatccaatagtggggtat 21441934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 24540899 - 24540980
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| || ||| ||||||| |||||||||    
T  24540899 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtggggcactgaccatcg-atttttatgatttactacccaacggtggggta 24540980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 175; Significance: 5e-94; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 30 - 373
Target Start/End: Original strand, 15426277 - 15426623
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtc 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15426277 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacaccgaatttttaggagttattacccaatggtggggtatattgtt 15426376  T
Q  130 caatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttgt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||| |||||    
T  15426377 caatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagca-ttgcatatagactgaccattagggactaacgcattttagtcaagttgt 15426475  T
Q  230 aacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatct-------tttgtgtaaatttatata 322  Q
    |||||||| | | | | ||||| || | || |||| || ||   |||||||| |||| || ||||||  |||| |       |||||  |||| ||| |     
T  15426476 aacttaaggctaagaggggtgactaagaaattgagtaatgt---ttgtacggcctatctaattatttaattatttttggttatttgttgaaatatatgtc 15426572  T
Q  323 agcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 373  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15426573 tgcatgaatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 15426623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 373
Target Start/End: Original strand, 15419260 - 15419624
Alignment:
Q  30 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattaccca------------------ 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||                      
T  15419260 ggcgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtggggtactgaacaccgaatttttaggagttattacccaatggtggggtattgccca 15419359  T
Q  112 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||    
T  15419360 atggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagca-ttgcatatagactgaccattagggactaac 15419458  T
Q  212 gcactttagtcaggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttatttatttggttatct------- 304  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| | | | | ||||| || | || |||| || ||   |||||||| |||| || ||||||  |||| |           
T  15419459 gcattttagtcaagttgtaacttaaggctaagaggggtgactaagaaattgagtaatgt---ttgtacggcctatctaattatttaattatttttggtta 15419555  T
Q  305 tttgtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 373  Q
    |||||  |||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15419556 tttgttgaaatatatgtctgcatgaatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttg 15419624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 450
Target Start/End: Original strand, 52945183 - 52945613
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttatta------------------cccaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||                  ||||||    
T  52945183 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatggccaatggtgggataccgaacattgaatttttagaagttattatccaacggtggggtattgcccaat 52945282  T
Q  114 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  52945283 ggtggggtatattgtccaatggtgggacatttggctccgcatagaggtgaaatccggatcatgagcattggcatatagacttaccaatagg-attaacgc 52945381  T
Q  214 actttagtcaggttgtaactt-aagacgaggtgtggtgattatggaactg-agcaaggtgtcttgtacggtctatttatt-tatttggttatcttttgtg 310  Q
    | |||||| |||||||| |||   |   |||||||||||||||| || || || || ||||| ||||||   | ||| || |||||  ||||| ||        
T  52945382 attttagttaggttgtatcttgggggttaggtgtggtgattatgaaattgaagtaacgtgtcatgtacg---tttttgttgtattt--ttatcgtt--at 52945474  T
Q  311 taaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaagg 410  Q
     |||||||  |  |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||| || ||| |||||||||||   |    
T  52945475 aaaatttaagtctgcatgcctatttgtaccatgtttgttaattggagatgacccttacttttggacaggtgatcgtcaat-cgtttttcctccttggcag 52945573  T
Q  411 tgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52945574 tgacgccaaggagacaaagcgatatagtagaagaagacgc 52945613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 28654162 - 28653957
Alignment:
Q  32 cgattcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttatta---cccaatggtggggtatattgt 128  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  28654162 cgattcatatacattagatgattcaaaataatgtccaatggtggggtactgaacatcgaatttttaggagttattattacccaatggtggggtatattgt 28654063  T
Q  129 ccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagtcaggttg 228  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||  |||||| |||| | ||||||| |||||||||  ||    
T  28654062 ccaatggtgggacaattgactctgtttagaggtgaaatctggatcatgagcatgcacatataggttgaccattagggactaacgcattttagtcagagtg 28653963  T
Q  229 taactt 234  Q
    ||||||    
T  28653962 taactt 28653957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 324 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 28653875 - 28653721
Alignment:
Q  324 gcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttgaaggtgacgtcagggag 423  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  28653875 gcatgcctatttgtaccatgtttgttagttggagatgacccttacttttggacagatgatcgtcaatccgtgtttcctccttggcggtgacgtcagggag 28653776  T
Q  424 acaaagtgatatagtagaagaagacgctagtggtgcacatttggtggcttgatat 478  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  28653775 gcaaagtgatatagtagaagaaggcgctggtggtgcacatttggaggtttgatat 28653721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 28654248 - 28654167
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||| |||| |||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  28654248 atgcattagatgactcagacaaatgtccaacggtgaggtactgaacatcgagtttt-aggagttattacccaatggtagggta 28654167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 122
Target Start/End: Original strand, 15419176 - 15419257
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggta 122  Q
    ||||||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  15419176 atgcattagatgactcacacaaatgcccaatggtggggcactgaccatcg-atttttaagagttactacccaacggtggggta 15419257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 121
Target Start/End: Original strand, 52945096 - 52945177
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggt-gggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggt 121  Q
    ||||||||| ||| |||||  ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||  |||||||    
T  52945096 atgcattagatgactcagacaaatgcccaatggtgggggtactgaacatc-aagttttaggagtcattacccaacagtggggt 52945177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 3)
Name: scaffold0655
Description:

Target: scaffold0655; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 122 - 450
Target Start/End: Original strand, 7999 - 8341
Alignment:
Q  122 atattgtccaatggtgggacatttggctccgtttagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatatagactgaccaataggaattaacgcactttagt 221  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  7999 atattgtccaatggtcggacatttggctccgcatagaggtgaaatccggatcatgagcatttgcatataaactaaccaatagggattaacgcattttagt 8098  T
Q  222 caggttgtaacttaagacgaggtgtggtgattatggaactgagcaaggtgtcttgtacggtctatttattta--------------tttggttatctttt 307  Q
    ||||||||| |||||| | |||||| ||||||| | ||||||| || ||| |||||| ||| ||||||||||              ||||||| ||||||    
T  8099 caggttgtatcttaaggctaggtgttgtgattacgaaactgagtaatgtgacttgtagggtttatttatttatttatttatttacttttggttgtctttt 8198  T
Q  308 gtgtaaatttatataagcatgcatatttgtactatgtttgttagttggagatgacccttacttttggatagatgaccgtcgatccgtgtttcctccttga 407  Q
    || ||||| ||||    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| |||||||     
T  8199 gtttaaatctataactacatgcatatttgtactatttttgttggttggagatgacccttacttttgcacagatgaccgtcaatccgttttttctccttgg 8298  T
Q  408 aggtgacgtcagggagacaaagtgatatagtagaagaagacgc 450  Q
     |||||   | ||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  8299 tggtgataccggggaggcaaagggatctagtagatgaagacgc 8341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 123
Target Start/End: Original strand, 7894 - 7982
Alignment:
Q  34 attcatatgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatggtggggtat 123  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  7894 attcattttcattaggtgtttcagaataatgcccaacggtagggtactgaacatc-aaattttaagagttattacccaacagtggggtat 7982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0655; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 114
Target Start/End: Original strand, 7806 - 7879
Alignment:
Q  40 atgcattaggtgattcagaataatgcccaatggtgggatactgaacatcgaatttttaggagttattacccaatg 114  Q
    ||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  7806 atgcattagatgactcaaacaaatgcccaatggtggggtactgaacatcg-agttttaggagttattacccaatg 7879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University