View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12772_low_9 (Length: 318)

Name: NF12772_low_9
Description: NF12772
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12772_low_9
NF12772_low_9
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (10-299)||(7193107-7193396)
chr5 (19-274)||(10588273-10588528)
chr5 (24-278)||(10659924-10660178)
chr5 (19-274)||(10652045-10652300)
chr5 (72-275)||(10740541-10740744)
chr5 (25-275)||(10762975-10763225)
chr5 (72-273)||(19605709-19605910)
chr5 (72-275)||(10611874-10612077)
chr5 (25-275)||(10559019-10559269)
chr5 (21-275)||(10604865-10605119)
chr5 (19-275)||(9836170-9836426)
chr5 (72-279)||(10716778-10716985)
chr5 (72-205)||(10565191-10565324)
chr5 (72-199)||(10746933-10747060)
chr5 (72-199)||(11048575-11048702)
chr5 (72-198)||(10216668-10216794)
chr5 (72-268)||(10581167-10581356)
chr5 (82-198)||(9825258-9825374)
chr5 (226-275)||(10746869-10746918)
chr5 (226-273)||(11048513-11048560)
chr5 (223-275)||(9825392-9825444)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (72-198)||(7457-7583)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (72-198)||(12899734-12899860)
chr6 (76-198)||(12932447-12932569)
chr6 (72-198)||(12948808-12948934)
chr6 (72-198)||(12907354-12907480)
chr6 (72-198)||(12958242-12958368)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (76-198)||(17923322-17923444)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (110-194)||(39875815-39875899)
chr1 (110-194)||(39883938-39884022)
chr1 (110-194)||(39890892-39890976)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (89-192)||(28605804-28605907)
chr8 (106-274)||(27723899-27724067)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (76-187)||(31467092-31467203)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 10 - 299
Target Start/End: Original strand, 7193107 - 7193396
Alignment:
Q  10 gagaagcagagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatca 109  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193107 gagaatcaaagaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatca 7193206  T
Q  110 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacga 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7193207 ttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacga 7193306  T
Q  210 cacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttttatagactcttaaatcacttg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7193307 cacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttttacagactcttaaatcacttg 7193396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 10588528 - 10588273
Alignment:
Q  19 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 118  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| || | |||||||| | || | ||||||| ||||||| ||||||||||||   | || |||||||||    
T  10588528 agaacgttggaccttgttcatagattaaatatcactatcgatattgcttctgcactacattatcttcatcatgaatgtgagcaggtggtccttcattgtg 10588429  T
Q  119 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 218  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10588428 atataaagccaagcaacgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgaagacacatctca 10588329  T
Q  219 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 274  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10588328 tcaggaaactagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggta 10588273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 10660178 - 10659924
Alignment:
Q  24 gttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgattta 123  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| |||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||    
T  10660178 gttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgctagtgtattacattaccttcatcacgaatgtgagcaagcggtcattcattgtgatcta 10660079  T
Q  124 aagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgag 223  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    |    
T  10660078 aagccaagtaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacgatacctctcacaagg 10659979  T
Q  224 aaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtatttt 278  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10659978 aatttagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggtatttt 10659924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 19 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 10652300 - 10652045
Alignment:
Q  19 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 118  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||    
T  10652300 agaatgttggaccttgatcaacgactgaatatcattgttgacattgcttctgtattacattaccttcatcatgaatgtgagcaagcggtcattcattgtg 10652201  T
Q  119 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 218  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||| |    
T  10652200 atctaaagccaagtaatgtccttcttgatgacgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacaatacctctaa 10652101  T
Q  219 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 274  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10652100 caaggaaactagtacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctccaggta 10652045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 72 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10740744 - 10740541
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||| |||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10740744 attacattatcttcaccaagaatgtgaacaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 10740645  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  10740644 gattttggcatagcaagacttgtctcagccattgacgatacctctcacaaggaaactagtacaattggaataaaaggaactgttggctatgctcctccag 10740545  T
Q  272 gtat 275  Q
    ||||    
T  10740544 gtat 10740541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 25 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10763225 - 10762975
Alignment:
Q  25 ttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaa 124  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  | ||||| |||| | || ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||||||||||| |||    
T  10763225 ttggatcttgatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaa 10763126  T
Q  125 agccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgaga 224  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||  ||||     ||||||| |   ||    
T  10763125 agccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggaatagcaagactagttcaagccattgcttgtacctctcttaagga 10763026  T
Q  225 aactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10763025 aactagtacaactggaataaaaggaactgttggctatgctcctccaggtat 10762975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 72 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 19605910 - 19605709
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||    
T  19605910 attacattaccttcatcatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttattgacgacgatatcgttgcacatgtgagt 19605811  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 271  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||   |  |||| | | ||||  || ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  19605810 gattttggcatagcaagacttgtatcttctgctgacaataactcttgtcaagaaactagcacaattggaataaaagggaccattggctatgctcctccag 19605711  T
Q  272 gt 273  Q
    ||    
T  19605710 gt 19605709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 72 - 275
Target Start/End: Original strand, 10611874 - 10612077
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  10611874 attacattatcttcataatgaatgtgagcaattggtccttcattgtgatataaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgcacatgtgagt 10611973  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaa-actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctcca 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |   ||||||||  |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10611974 gattttggcatagcaagacttgtctcggccattggtggttcctctcat-aagaatactaagacaattggaattaaagggactgttggctatgctcctcca 10612072  T
Q  271 ggtat 275  Q
    |||||    
T  10612073 ggtat 10612077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 275
Target Start/End: Original strand, 10559019 - 10559269
Alignment:
Q  25 ttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaa 124  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||  | ||||| |||| | || ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||||||||||| |||    
T  10559019 ttggatcttaatcaaagactgaatatcattattgatgttgcttctgcattacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcattgtgatctaa 10559118  T
Q  125 agccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgaga 224  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |   ||||  |  |||| |   ||    
T  10559119 agccaagcaatgtccttattgatgaagacaatgttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactcgtctcatctgcggacggtatatctcctaagga 10559218  T
Q  225 aactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10559219 aactagcacaattggaataaaagggactgttggctatgctcctccaggtat 10559269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 21 - 275
Target Start/End: Original strand, 10604865 - 10605119
Alignment:
Q  21 aacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgat 120  Q
    |||||||||||||| | ||||||| || |||  | ||||| |||| | || ||| ||||| |||||||  |||||||||||||   ||||||||||||||    
T  10604865 aacgttggaccttggtaaaagatttaacatcatttttgatgttgcttctgcattgcattatcttcatcaagaatgtgagcaattagtcattcattgtgat 10604964  T
Q  121 ttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatc 220  Q
     ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||  |  |||||||||     
T  10604965 ctaaagccaagcaatgtcctacttgatgatgatatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagactggtctcgtccattggtggtacctctcata 10605064  T
Q  221 gagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
     | | |||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  10605065 taaatactagtacaattgggataaaaggaactgttggatatgctcctccaggtat 10605119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9836426 - 9836170
Alignment:
Q  19 agaacgttggaccttgatcaaagattgaatatcgctgttgatattgcctttgtattacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtg 118  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||| | |||||| |  |||||||||| | || ||||||||| ||||||  |||||||||||||  | ||||||||||||    
T  9836426 agaacattgaaccttgttcaaagactaaatatctccattgatattgcttctgcattacattatcttcattgtgaatgtgagcaagtggtcattcattgtg 9836327  T
Q  119 atttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctca 218  Q
    || | |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||  ||||||||    
T  9836326 atatcaagccaagcaacatccttctcgatgataacatggttgctcacgtgagtgattttggcatagcaagacttatctcagccattgacggtacctctca 9836227  T
Q  219 tcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
    |   ||||||||||||| |  |||   |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9836226 taaggaaactagtacaactacaatatcagggaccattggctatgctcccccaggtat 9836170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 72 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 10716985 - 10716778
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||| ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10716985 attacattatcttcaccaagaatgtgaacaattaatcattcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgact 10716886  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccag 271  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |   |||||| ||   || || |||||| ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||    
T  10716885 gattttggcatagcaaaacttgtctcggatattggcattacctctgataaggataccagtacagttggaataaaagggagcattggctatgctcccccag 10716786  T
Q  272 gtattttt 279  Q
    ||||||||    
T  10716785 gtattttt 10716778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 205
Target Start/End: Original strand, 10565191 - 10565324
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| ||||||   ||||||||  ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10565191 attacattatcttcatagagaatgtgaagaattggtcattcattgtgatctaaagccaagcaatatccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 10565290  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattg 205  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10565291 gattttggcatagcaagactcgtctcagctattg 10565324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 10747060 - 10746933
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| ||||| |  |||||||||||||   ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  10747060 attacattatcttcaccaagaatgtgagcaattagtcattcactgtgatctcaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgact 10746961  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcag 199  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10746960 gattttggcatagcaaaacttgtctcag 10746933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 11048702 - 11048575
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  11048702 attacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagtaatgttcttcttaacgacgacatggttgctcatgtgagt 11048603  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcag 199  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  11048602 gattttggcattgcaaaacttgtctcag 11048575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 10216794 - 10216668
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  10216794 attacattatctgcatcaagaatgtgagcaattgattattcattgtgatctaaagccaagcaatgttcttctgaatgatgacatggttgctcatgtgagt 10216695  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||    
T  10216694 gattttggcatagcaacatttgtctca 10216668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 268
Target Start/End: Original strand, 10581167 - 10581356
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||| | || ||| ||||||| ||||||||||||     |||||||| |||||||||||    |||||||||    
T  10581167 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattggtccttcgttgtgatctaaagccaagcaca---cttcttgatgatgacatggt----catgtgagt 10581259  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctcagttattgacgacacctctcatcgagaa-actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctc 268  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||   |  ||| |||||  |||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  10581260 gattttggcacagcaagacttgtctcagccatttgtggtaccactcat-aagaatactagtacaactggaataaaaggaacaattggctatgctcctc 10581356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 82 - 198
Target Start/End: Original strand, 9825258 - 9825374
Alignment:
Q  82 cttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggca 181  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||| || || || ||| |||| | ||||||||||||||    
T  9825258 cttcatcgtgattgtgagcaattaatccttcattgtgatataaagccaagtaatatccttgttgatgaagatattgtttctcaggcgagtgattttggca 9825357  T
Q  182 tagcaagacttgtctca 198  Q
    | |||||||||||||||    
T  9825358 ttgcaagacttgtctca 9825374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10746918 - 10746869
Alignment:
Q  226 actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10746918 actagtacaattggaataaaaggaactgttggctatgctcctccaggtat 10746869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 226 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 11048560 - 11048513
Alignment:
Q  226 actagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggt 273  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  11048560 actagtacaattggaataaaaggaaccattggctacgctcctccaggt 11048513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 223 - 275
Target Start/End: Original strand, 9825392 - 9825444
Alignment:
Q  223 gaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggtat 275  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  9825392 gaaactagcacaattggactaaaagggactgttggatatgctcctccatgtat 9825444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 7457 - 7583
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||  ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7457 attacattaacttcatcgagaatgtgagcaattaatacttcattgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 7556  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  7557 gattttggcatagcaagacttgtctca 7583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 12899734 - 12899860
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12899734 attacattatcttcatcgagaatgtgagcaattagtctttcattgtgatataaagccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 12899833  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12899834 gattttggcatagcaagacttgtctca 12899860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 76 - 198
Target Start/End: Original strand, 12932447 - 12932569
Alignment:
Q  76 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 175  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12932447 cattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 12932546  T
Q  176 ttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  12932547 ttggcatagcaagacttgtctca 12932569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 12948808 - 12948934
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||   ||||||||||||   || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12948808 attacattatcttcatcgataatgtgagcaattagtccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagt 12948907  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12948908 gattttggcatagcaagacttgtctca 12948934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 12907354 - 12907480
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |  ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  12907354 attacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatcctccattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatttgagt 12907453  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  12907454 gattttggcatagcaagacttgtctca 12907480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 198
Target Start/End: Original strand, 12958242 - 12958368
Alignment:
Q  72 attacattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagt 171  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |  ||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  12958242 attacattatcttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcactgtgatctaaagccaagcaatgtccttcttgatggtgacatggttgctcatgtgagt 12958341  T
Q  172 gattttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  12958342 gattttggaatagcaagacttgtctca 12958368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 76 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 17923444 - 17923322
Alignment:
Q  76 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 175  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |  ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17923444 cattaccttcatcgagaatgtgagcagttaatccttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 17923345  T
Q  176 ttggcatagcaagacttgtctca 198  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  17923344 ttggcatagcaagacttgtctca 17923322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39875899 - 39875815
Alignment:
Q  110 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39875899 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39875815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39884022 - 39883938
Alignment:
Q  110 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39884022 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39883938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 110 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 39890976 - 39890892
Alignment:
Q  110 ttcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgt 194  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  39890976 ttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcttagccagacttgt 39890892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 89 - 192
Target Start/End: Original strand, 28605804 - 28605907
Alignment:
Q  89 ttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaag 188  Q
    |||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  28605804 ttgaatctgagcatccaatcattcattgtgatttaaagccaagcaatattcttcttcataatgacatggttgctcatgtgagtgattttggacaagcaag 28605903  T
Q  189 actt 192  Q
    ||||    
T  28605904 actt 28605907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 106 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27724067 - 27723899
Alignment:
Q  106 atcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgattttggcatagcaagacttgtctcagttattg 205  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  ||  | ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||| ||||||||  |   |      
T  27724067 atcatccattgtgatttaaaaccaaataacattcttcttgacaatgacatggttgctcgtgttagtgattttggactagcaaaacttgtctgtgccgtca 27723968  T
Q  206 acgacacctctcatcgagaaactagtacaattggaattaaagggactattggctatgctcctccaggta 274  Q
    | | || |||  ||| | | ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  27723967 atggcatctccgatctacagactagcacaattggaattaagggaactattggatatgctcctccaggta 27723899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 76 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 31467203 - 31467092
Alignment:
Q  76 cattaccttcatcttgaatgtgagcaatcgatcattcattgtgatttaaagccaagcaatgtccttcttgacgatgacatggttgctcatgtgagtgatt 175  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||   ||||| ||||||||||||||||    
T  31467203 cattatcttcatcatgaatgtcagcaacctgtcattcattgtgatttaaagcctagcaacgttcttcttgatgattctatggtagctcatgtgagtgatt 31467104  T
Q  176 ttggcatagcaa 187  Q
    ||||||||||||    
T  31467103 ttggcatagcaa 31467092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University