View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12776_high_2 (Length: 760)

Name: NF12776_high_2
Description: NF12776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12776_high_2
NF12776_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-760)||(42335409-42336157)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 42336157 - 42335409
Alignment:
Q  12 gagcacagaacagaagacatcagtcctgggattccggacgttagaccagagatgccaaagaccactactcaaagcacaaactcagctctatgtttgacca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42336157 gagcacagaacagaagacatcagtcctgggattccggacgttagaccagagatgccaaagaccactactcaaagcacaaactcagctctatgtttgacca 42336058  T
Q  112 aagtaaacaaacttcaattccttactatattgccgttactatcaccatcttcattattattcaacctcaaccataatttgtgtattaactcttaccaact 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42336057 aagtaaacaaacttcaattccttactatattgccgttactatcaccatcttcattattattcaacctcaaccataatttgtgtattaactcttaccaact 42335958  T
Q  212 caacatacataaactgaaatattccttatacgcactcttgtgcttgcttgactcaaaggaagaatcccaactgggaatnnnnnnngtaagaatatggaac 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||       | |||||||||||||    
T  42335957 caacatacataaactgaaatattccttatacacactcttgtgcttgattgactcaaaggaagaatcccaactggtaataaaaaaagcaagaatatggaac 42335858  T
Q  312 cttctacatcttcagaaaagcagccaccaaaaggaagagttttgaaggagaagagagcaaagttttacattattcgaagatgcatagtcatgcttctctg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335857 cttctacatcttcagaaaagcagctaccaaaaggaagagttttgaaggagaagagagcaaagttttacattattcgaagatgcatagtcatgcttctctg 42335758  T
Q  412 ttggaaggataaaggagacaaggaataataccggtaaaacactcgctcacttcaaagaacactgtttctactgttcatgtatattccattattctaaggt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42335757 ttggaaggataaaggagacaaggaataataccggtaaaacactcactcacttcaaagaacactgtttctactgttcatgtatattccattgttctaaggt 42335658  T
Q  512 aaataaaaatggttataatattgcagttgttttattctgcttatagattaccagagaagcactgcaagatgactagcctatgaaggtcaaaaacaacgta 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42335657 aaataaaaatggttataatattgcagttgttttattctgcttatagattaccagagaagcactgcaagatgactagcctatgaaggtcaaaagcaacgta 42335558  T
Q  612 taaagaaggctttttcacctactcggtgaattagatgttgttgatctgctatatcattcttttttactttgagtaagtttgtaatttttgaatatacaaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335557 taaagaaggctttttcacctactcggtgaattagatgttgttgatctactatatcattcttttttactttgagtaagtttgtaatttttgaatatacaaa 42335458  T
Q  712 agcaatacatctgtaataggagctacagagagtgaatcagtgattttat 760  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335457 agcaatacatctgtaataggagctacagagagtgaatcagtgattttat 42335409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University