View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12776_low_1 (Length: 883)

Name: NF12776_low_1
Description: NF12776
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12776_low_1
NF12776_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-870)||(45704594-45705451)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 870
Target Start/End: Complemental strand, 45705451 - 45704594
Alignment:
Q  17 agaacttgtatcatattttatcttctctgcaacagcaatcgacattggaaacctgtttcgatccaagagatgcatatgatcagtccatgccgcgaaataa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45705451 agaacttgtatcatattttatcttctctgcaacagcaattgacattggaaacctgtttcgatccaagagatgcatatgatcggtccatgccgcgaaataa 45705352  T
Q  117 cgaaagtactgaggatagtcactggcacaaattggttccaccgtatctgcaaattttagagcttcagcacgcaaaaatctttcataaattactggtgatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705351 cgaaagtactgaggatagtcactggcacaaattgcttccaccgtatctgcaaattttagagcttcagcacgcaaaaatctttcataaattactggtgatt 45705252  T
Q  217 ttgtcattatcaatgactcaaaaataattgtaaagctgctcatgata-----------aatcctgtccaagtattgaattgttgaccgaaggaaactaga 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705251 ttgtcattatcaatgactcaaaaataattgtaaagctgctcatattagaccaagccaaaatcctgtccaagtattgaattgttgaccgaaggaaactaga 45705152  T
Q  306 tttgttgacgttgttcatgataaataccaagacctctttgcaaaacttctcttgagatcctaagtcctaacatctgtctcaaatttttggcatgttccag 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45705151 tttgttgacgttgtttatgataaataccaagacctctttgcaaaacttctcttgagatcctaa-------catctgtctcaaatttttggcatgttccag 45705059  T
Q  406 tctcaacggaatcttaacctgttcagcagacggtgtgtgtaccaaaccaagcagttcagcaattcaactgctcatataatttttataattgacggctgaa 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||    
T  45705058 tctcaacggaatcttaacctgttcagcagacggtgtgtgtaccaaaccaagcagttcagcaattcgactactcatataatttttataattgatgactgaa 45704959  T
Q  506 gggtttttaaacagacaaaggatgcaataagcccatattatcccaaattcgctacgagtaatggaagggatatcttccagttccaatcctgaaatcctta 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45704958 gggtttttaaacagacaaaggatgcaataagcccatattatcccaaattcgctacgagtaatggaagggatatcttccagttccaatcctgaaatcctta 45704859  T
Q  606 aaacagcatctgaatccacctctgttacctcaataccacagttactcaatgcttcgataacattctctttcaagtctggcacaaacatgtgaaataatga 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45704858 aaacagcatctgaatccacctctgttacctcaataccacagttactcaatgcttcgatgacattctctttcaagtctggcacaaacatgtgaaataatga 45704759  T
Q  706 gccaacatatgcacacatttggtgtgcatcgtcgcattccaacaatcttatataagcagctctaaatgataatgacctaggatctctaagacttgatgta 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45704758 gccaacatatgcacacatttggtgtgcgtcgtcacattccaacaatcttatataagcagctctaaatgataatgacctaggatctctaagacttgatgta 45704659  T
Q  806 aaaaacaagcagcttcttttaaaaccttgatccctaaaatacgatttactctttttcgctctctg 870  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45704658 aaaaacaagcagcttcttttaaaaccttgatccctaaaatatgatttactctttttcgctctctg 45704594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University