View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1277A-Insertion-10 (Length: 646)

Name: NF1277A-Insertion-10
Description: NF1277A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1277A-Insertion-10
NF1277A-Insertion-10
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-643)||(35881379-35882011)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-643)||(24455580-24456212)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 35882011 - 35881379
Alignment:
Q  8 caacgttggtgaacctgttgtgtgagagattaaggttttgaatggttgaggttttattgttcaactcaatggtgatgcttcctccgaatttgtttcttga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35882011 caacgttggtgaacctgttgtgtgagagattaaggttttgaatggttgaggttttattgttcaactcaatggtgatgcttcctccgaatttgtttcttga 35881912  T
Q  108 gaggtttatttctaataaggatgaaaaactagaccaaaaccagcttggtacatggccttgtagagaatttccagagagatcaagaatttgtaagtttgag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35881911 gaggtttatttctaataaggatgaaaaactagaccaaaaccagcttggtacatggccttgtagagaatttccagagagatcaagaatttgtaagtttgag 35881812  T
Q  208 atgtttttgagataaccccatgaaattgttccggttagatttttggagggaagaactattttggtgagatgagagtttaaaattcttgtttggaataagg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35881811 atgtttttgagataaccccatgaaattgttccggttagatttttggagggaagaactattttggtgatatgagagtttgaaattcttgtttggaataagg 35881712  T
Q  308 tggaagagttgaagccagaaacaaatttgaaagcttttgaaattaacaagatttggtgttcactgttgcatgaagattctactatagagaagaaggttag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35881711 tggaagagttgaagccagaaacaaatttgaaagcttttgaaattaacaagatttggtgtttactgttgcatgaagattctactatagagaagaaggttag 35881612  T
Q  408 gagaatcaagaatctgtaaaaaggtttcattttgaagtagtgagtgtctcagcttattgagctagaactagaaagaaaatatttaaaacaggggttgctc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35881611 gagaatcaagaatctgtaaaaaggtttcattttgaaata---cgtgtctcagcttattgagctagaactagaaagaaaatatttaaaacagggattgctc 35881515  T
Q  508 tgttttactattgttgttcgtgttgctaaggttcaagattataaacaaaaaacaagggttactcttccaacagttgaacatgcaatttaatggaagatgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35881514 tgttttactattgttgttcgtgttgctaaggttaaagattatagacaaaaaacaagggttactcttccaacagttgaacatgcaatttaatggaagatgg 35881415  T
Q  608 ggaaatagtgaaggtgttgtgttgagctttgaattt 643  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35881414 gaaaatagtgaaggtgttgtgttgagctttgaattt 35881379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 24456212 - 24455580
Alignment:
Q  8 caacgttggtgaacctgttgtgtgagagattaaggttttgaatggttgaggttttattgttcaactcaatggtgatgcttcctccgaatttgtttcttga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24456212 caacgttggtgaacctgttgtgtgagagattaaggttttgaatggttgaggttttattgttcaactcaatggtgatgcttcctccgaatttgtttcttga 24456113  T
Q  108 gaggtttatttctaataaggatgaaaaactagaccaaaaccagcttggtacatggccttgtagagaatttccagagagatcaagaatttgtaagtttgag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24456112 gaggtttatttctaataaggatgaaaaactagaccaaaaccagcttggtacatggccttgtagagaatttccagagagatcaagaatttgtaagtttgag 24456013  T
Q  208 atgtttttgagataaccccatgaaattgttccggttagatttttggagggaagaactattttggtgagatgagagtttaaaattcttgtttggaataagg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24456012 atgtttttgagataaccccatgaaattgttccggttagatttttggagggaagaactattttggtgatatgagagtttgaaattcttgtttggaataagg 24455913  T
Q  308 tggaagagttgaagccagaaacaaatttgaaagcttttgaaattaacaagatttggtgttcactgttgcatgaagattctactatagagaagaaggttag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24455912 tggaagagttgaagccagaaacaaatttgaaagcttttgaaattaacaagatttggtgtttactgttgcatgaagattctactatagagaagaaggttag 24455813  T
Q  408 gagaatcaagaatctgtaaaaaggtttcattttgaagtagtgagtgtctcagcttattgagctagaactagaaagaaaatatttaaaacaggggttgctc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24455812 gagaatcaagaatctgtaaaaaggtttcattttgaaata---cgtgtctcagcttattgagctagaactagaaagaaaatatttaaaacagggattgctc 24455716  T
Q  508 tgttttactattgttgttcgtgttgctaaggttcaagattataaacaaaaaacaagggttactcttccaacagttgaacatgcaatttaatggaagatgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24455715 tgttttactattgttgttcgtgttgctaaggttaaagattatagacaaaaaacaagggttactcttccaacagttgaacatgcaatttaatggaagatgg 24455616  T
Q  608 ggaaatagtgaaggtgttgtgttgagctttgaattt 643  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24455615 gaaaatagtgaaggtgttgtgttgagctttgaattt 24455580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University