View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1277A-Insertion-13 (Length: 753)

Name: NF1277A-Insertion-13
Description: NF1277A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1277A-Insertion-13
NF1277A-Insertion-13
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-753)||(53563458-53564203)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 738; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 753
Target Start/End: Original strand, 53563458 - 53564203
Alignment:
Q  8 gtaagcctgataaggtttcattttcgatcgtgattagtagtttatgtaagaagagaagggctagtgaagcagaattgttttttgatagtcttaagcataa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563458 gtaagcctgataaggtttcattttcgattgtgattagtagtttatgtaagaagagaagggctagtgaagcagaattgttttttgatagtcttaagcataa 53563557  T
Q  108 atttgaacctgatgttatagtttatactagtttagttcatggttggtgtcgtgctggtgatatagcgaaagcagaggaggttttcagtgatatgaaggag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563558 atttgaacctgatgttatagtttatactagtttagttcatggttggtgtcgtgctggtgatatagcgaaagcagaggaggttttcagtgatatgaaggag 53563657  T
Q  208 gctggtgtaaagcctaatgtttatacttatagcattgtgattgattcgctctgtcggtgtgggcaaattactcgtgctcatgatgttttctctgagatga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563658 gctggtgtaaagcctaatgtttatacttatagcattgtgattgattcgctctgtcggtgtgggcaaattactcgtgctcatgatgttttctctgagatga 53563757  T
Q  308 ttgatgctggttgcaatcctaatgctgttacttttaacagtcttatgagggttcatgtgaaagctggtaggactgaaaaggtcttgcaggtttataatca 407  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563758 ttgatgctggttgcgatcctaatgctgttacttttaacagtcttatgagggttcatgtgaaagctggtaggactgaaaaggtcttgcaggtttataatca 53563857  T
Q  408 aatgaagaggcttggttgtgctgctgatacgattagctataatttcttaattgagagtcattgcaaggatgagaatctggatgaagctgtgaaggtactt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563858 aatgaagaggcttggttgtgctgctgatacgattagctataatttcttaattgagagtcattgcaaggatgagaatctggatgaagctgtgaaggtactt 53563957  T
Q  508 gatacaatggttaagaaaggggttgctcctaatgcatctactttcaattcaatttttggatgcatagctgagttgcatgatgtgaatggtgcacatcgga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53563958 gatacaatggttaagaaaggggttgctcctaatgcatctactttcaattcaatttttggatgcatagctgagttgcatgatgtgaatggtgcacatcgga 53564057  T
Q  608 tgtatgctaaaatgaaggaactgaagtgcatgcctaatacgctgacttataatatactgatgagaatgtttgctgactcaaaatctattgacatggttct 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53564058 tgtatgctaaaatgaaggaactgaagtgcatgcctaatacgctgacttataatatactgatgagaatgtttgctgactcaaaatctattgacatggttct 53564157  T
Q  708 gaagttgaaaaaggaaatggatgagagtgaagttgaacctaatgtc 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53564158 gaagttgaaaaaggaaatggatgagagtgaagttgaacctaatgtc 53564203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University