View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1277D-Insertion-3 (Length: 857)
Name: NF1277D-Insertion-3
Description: NF1277D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1277D-Insertion-3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 856
Target Start/End: Original strand, 46123704 - 46124561
Alignment:
| Q |
8 |
tatataacatagtagtgtatgtgtgttttcctaaatcatgatgtagttctcataagttcttaatttttaaccaaattttgaacatttgccgacacatctc |
107 |
Q |
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| T |
46123704 |
tatataacatagtagtgtatgtgtgtttccctaaatcatgatgtagttctcataagttcttaatttttaaccaaattttgaacatttgccgacacatctc |
46123803 |
T |
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| Q |
108 |
tgttcaggctacatccctctaattgataaggtgaagcgagctggtgttgtcccgcggtttgtgcagtttttgacaagggatgatatgccccaattgcagg |
207 |
Q |
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| T |
46123804 |
tgttcaggctacatccctctaattgataaggtgaagcgagctggtgttgtcctgcggtttgtgcagtttttgacaagggatgatatgccccaattgcagg |
46123903 |
T |
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| Q |
208 |
tatgaatctttttctatcaagtgattcctgaatgtaatgattttgacctcactcacaaaatatgttgtacaatattatatctgcagtccatggcagcatg |
307 |
Q |
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| T |
46123904 |
tatgaatctttttctatcaagtgattcctgaatgtaatgattttgacctcactcacaaaatatgttgtacaatattatatctgcagtccatggcagcatg |
46124003 |
T |
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| Q |
308 |
gactctgatcaatgtcactgcgggattgtctgagcatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctgcttgtgaagcttctgagctctggcagt |
407 |
Q |
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| T |
46124004 |
gactctgatcaatgtcactgcgggattgtctgaacatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctgcttgtgaagcttctgagctctggcagt |
46124103 |
T |
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| Q |
408 |
gatgacggcaaagaacaggtgatgtcttcctcaatctcgtggcataattgctttgagaaaactatcgtgtatgcatgtatctatgtatgagttgatcgct |
507 |
Q |
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| T |
46124104 |
gatgacggcaaagaacaggtgatgtcttcctcaatctcgtggcataattgctttgagaaaactatcgtgtatgcatgtatctatgtatgagtcgatcgct |
46124203 |
T |
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| Q |
508 |
tacacaatttcaatgtctcatgtattgatcaggcattatgggcattaggtaatattgctggcaattccctgactgcaagggatcttgttttaaatcatgg |
607 |
Q |
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| T |
46124204 |
tacacaatttcaatgtctcatgtattgaacaggcattatgggcattaggtaatattgctggcaattccctgaccgcaagggatattgttttaaatcatgg |
46124303 |
T |
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| Q |
608 |
tgcactttctccactattgtctttgatgtggaatccttcttcaacnnnnnnntctacatggaatattgctacatgggcttttttcaacttcactcgcaga |
707 |
Q |
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| T |
46124304 |
tgcactttctccactattgtctttgatgtggaatccttcttcaacaaaaaaatctacatggaatattgctacatgggcttttttcaacttcactcgcgga |
46124403 |
T |
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| Q |
708 |
aagcctcttctaactcttcaggatcaggttgggaaaaatttgcacggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctctataaat---------taatga |
798 |
Q |
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| T |
46124404 |
aagcctcttctaactcttcagaatcaggttgggaaaaatttgcaaggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctatataaattaataaatataatga |
46124503 |
T |
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| Q |
799 |
atttacacattgtttgttatcttctcgtctccaactgcatgctctcctgttatctttt |
856 |
Q |
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| T |
46124504 |
atttacacattgtttgttatcttctcttctccaactgcatgctctcctgttatctttt |
46124561 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 796
Target Start/End: Original strand, 46129747 - 46130501
Alignment:
| Q |
29 |
tgtgttttcctaaatcatgatgtagttctcataagttcttaatttttaaccaaattttgaacatttgccgacacatctctgttcaggctacatccctcta |
128 |
Q |
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| T |
46129747 |
tgtgttttcctaaatcatgatgtggtgcacataagttcttaatttttaaccaaattttgaacatttgccgacacatctctgttcaggctacatccgtcta |
46129846 |
T |
|
| Q |
129 |
attgataaggtgaagcgagctggtgttgtcccgcggtttgtgcagtttttgacaagggatgatatgccccaattgcaggtatgaatctttttctatcaag |
228 |
Q |
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| T |
46129847 |
attgataaagtgaagcaggcagatgttgtccggcgatttgtgcagtttttgaaaagggatgatatgccccaactgcaggtatgaatatttttctatcaag |
46129946 |
T |
|
| Q |
229 |
tgattcctgaatgtaatgattttgacctcactcacaaaatatgttgtacaatattatatctgcagtccatggcagcatggactctgatcaatgtcactgc |
328 |
Q |
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| T |
46129947 |
taattcctgaatgagatgattttgacctcactcacaaa-------------tattatatctgcagtccatggcagcatggactctgatcaatgtcaccgc |
46130033 |
T |
|
| Q |
329 |
gggattgtctgagcatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctgcttgtgaagcttctgagctctggcagtgatgacggcaaagaacaggtg |
428 |
Q |
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| T |
46130034 |
gggattgtctgagcatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctccttgtgaagcttctgagctctggtagtgatgacggcaaagaacaggtg |
46130133 |
T |
|
| Q |
429 |
atgtcttcctcaatctcgtggcataattgctttgagaaaactatcgtgtatgcatgtatctatgtatgagttgatcgcttacacaatttcaatgtctcat |
528 |
Q |
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| T |
46130134 |
atgtcttcctcaatctcgtggcataattgctttgagaaaactatcgtgtatgcatgtatctatgtatgagtcgatcgcttacacaatttcaatgtctcat |
46130233 |
T |
|
| Q |
529 |
gtattgatcaggcattatgggcattaggtaatattgctggcaattccctgactgcaagggatcttgttttaaatcatggtgcactttctccactattgtc |
628 |
Q |
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| T |
46130234 |
gtattgaacaggcattatgggcattaggtaatattgctggtagttctgagaccgcgaaggatgttgttttaaatcatggtgcacttcctccattattgtc |
46130333 |
T |
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| Q |
629 |
tttgatgtggaatccttcttcaacnnnnnnntctacatggaatattgctacatgggcttttttcaacttcactcgcagaaagcctcttctaactcttcag |
728 |
Q |
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| T |
46130334 |
tctgttgtggaatccttctgcaacagaaaaatctacatggaggattgctatatgggcttttgccaacgttattcctgggaagcttccactaactcttgag |
46130433 |
T |
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| Q |
729 |
gatcaggttgggaaaaatttgcacggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctctataaattaat |
796 |
Q |
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| T |
46130434 |
gatcaggttgggaaaagtttgcaaggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctatataatttaat |
46130501 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 852
Target Start/End: Original strand, 46702532 - 46703348
Alignment:
| Q |
29 |
tgtgttttcctaaatcatgatgtagttctcataagttcttaatttttaaccaaattttgaacatttgccgacacatctctgttcaggctacatccctcta |
128 |
Q |
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| T |
46702532 |
tgtgttttcctaaatcatgatgtagtgcacataagttcttaattgttaaccaaattt-gaacatttattgacacatctgtgttcaggccacatctatcta |
46702630 |
T |
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| Q |
129 |
attgataaggtgaagcgagctggtgttgtcccgcggtttgtgcagtttttgacaagggatgatatgccccaattgcaggtatgaatctttttctatcaag |
228 |
Q |
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| T |
46702631 |
attgataaggtgaagcaggcagatgttgtcccgcggtttgtgcagtttttgacaagggatgatatgccccaactgcaggtatgaatctttttctatcaag |
46702730 |
T |
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| Q |
229 |
tgattcctgaatgtaatgattttgacctcactcacaaaatatgttgtacaatattatatctgcagtccatggcagcatggactctgatcaatgtcactgc |
328 |
Q |
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| T |
46702731 |
taattcctgaatgagatgattttgacctcactcacaga-------------tattatatctgcagtccatggcagcatggacactgaccaatatcgcggc |
46702817 |
T |
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| Q |
329 |
gggattgtctgagcatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctgcttgtgaagcttctgagctctggcagtgatgacggcaaagaacaggtg |
428 |
Q |
| |
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| T |
46702818 |
gggattgtctgagcatacaaatactgtgattgaacatggtgctgttcctctgcttgtgcagcttctgagctctggttgtgatgacggcaaagaacaggtg |
46702917 |
T |
|
| Q |
429 |
atgtcttcctcaatctcgtggcataattgctttgagaaaactatcgtgtatgcatgtatctatgtatgagttgatcgcttacacaatttcaatgtctcat |
528 |
Q |
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| T |
46702918 |
atgtcttcttcaatctcttggcataattgcattgagaaaaccattgtgtatgcatgtatctatgtatgtgttgatcccttacagaatttcaatgtctcat |
46703017 |
T |
|
| Q |
529 |
gtattgatcaggcattatgggcattaggtaatattgctggcaattccctgactgcaagggatcttgttttaaatcatggtgcactttctccactattgtc |
628 |
Q |
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| T |
46703018 |
gtattgaacaggcattatgggcattaggtaatattgctggcaattccctgaccgcaagggatcttgttttaaataatggtgcactttctccattattgtc |
46703117 |
T |
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| Q |
629 |
tttgatgtggaatccttcttcaacnnnnnnntctacatggaatattgctacatgggcttttttcaacttcactcgcagaaagcctcttctaactcttcag |
728 |
Q |
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| T |
46703118 |
tctgttgtggaatccttctacaa---aaaaatctacatggaggattgctatatgggcttttgtcaacattattcgtgaaaagcctcctctaactcttgag |
46703214 |
T |
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| Q |
729 |
gatcaggttgggaaaaatttgcacggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctctataaat---------taatgaatttacacattg-tttgttat |
818 |
Q |
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| T |
46703215 |
gatcaggttgggaaaactttgcaaggatagcatgtgcagtaaatttagcatatcctatataatttcataaatataatgaatttagacattgttttgttaa |
46703314 |
T |
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| Q |
819 |
cttctcgtctccaactgcatgctctcctgttatc |
852 |
Q |
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| T |
46703315 |
tttctcttctccaactgcatgctctcctgttatc |
46703348 |
T |
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Back To:
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