View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12785_low_1 (Length: 553)

Name: NF12785_low_1
Description: NF12785
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12785_low_1
NF12785_low_1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-543)||(7721378-7721920)
chr4 (18-542)||(7520562-7521104)
chr4 (27-543)||(7128109-7128646)
chr4 (18-542)||(7494895-7495434)
chr4 (18-543)||(7528611-7529151)
chr4 (18-533)||(7482502-7483035)
chr4 (18-95)||(7717546-7717623)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (144-519)||(16749525-16749903)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (475-512)||(32727237-32727274)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 543
Target Start/End: Original strand, 7721378 - 7721920
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 117  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721378 atgacggggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 7721477  T
Q  118 tgaaa------------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttcta 199  Q
    || ||                  ||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7721478 tggaaagtcacgaagtcgtgaatgaaagaatattcggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaatatcttcta 7721577  T
Q  200 aacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaaca 299  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7721578 aacttgtactttcatctgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttt-ggaattaaatagtcttttggaaacaaagaaca 7721676  T
Q  300 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataaga 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7721677 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaattttcataaga 7721776  T
Q  400 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7721777 tctttgttcttgaatgttgaccaatccttcttcggcatggaatacatcaagcttccaatgcttctaatggcgagcggaacccctgaacattttttcacaa 7721876  T
Q  500 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7721877 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7721920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7521104 - 7520562
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7521104 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatctcttgaaacaaaagttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 7521005  T
Q  118 tgaaa------------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttcta 199  Q
    || ||                  |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7521004 tggaacatttcattctcaccatagaaaacatgtttggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaatatcttcta 7520905  T
Q  200 aacttgtactttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaaga 296  Q
    ||||||||||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7520904 aacttgtactttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgttttatgaatgaaatagtcttttggaaacaatga 7520805  T
Q  297 acaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcata 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| | ||||    
T  7520804 acaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttat---caccttgttcatcaatttgcata 7520708  T
Q  397 agatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttca 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7520707 agatctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaacatttcttca 7520608  T
Q  497 caatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7520607 caatttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 7520562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 543
Target Start/End: Original strand, 7128109 - 7128646
Alignment:
Q  27 ttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatttgaaa---- 122  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||        
T  7128109 ttgttcgtcaatattctgctcctttttattaactaaaagatagtcatctcttgaaacaaaagttgccagatcatgcacaatatcatgcatttggaacatt 7128208  T
Q  123 --------------gaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttctaaacttgtac 208  Q
                  |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128209 tcattctcgccatagaaaacatgtttggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaatatcttctaaacttgtac 7128308  T
Q  209 tttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaacaaaaagc 305  Q
    |||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  7128309 tttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaactcgaatcaatgttgttttaggaattaaatagtcttttgggaacaatgaacaaaaagc 7128408  T
Q  306 aaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataagatctttg 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  7128409 aaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaattttcataagatctatg 7128508  T
Q  406 ttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaatttcct 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128509 ttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaatttcct 7128608  T
Q  506 tgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7128609 tgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7128646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 7495434 - 7494895
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495434 atgacgaggttgtctgtcaatatgttgccccttttctttaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 7495335  T
Q  118 tg------------------aaagaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttcta 199  Q
    ||                  |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7495334 tggcagctcacactgccataaaagaagttatcttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaatatcttcta 7495235  T
Q  200 aacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaaca 299  Q
    |||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7495234 aacttgtactttcatcagatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaattttgttttatcaattaaatagtcttttggaaacaatgaaca 7495135  T
Q  300 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataaga 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  7495134 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaatt---ttatcaccttgttcatcaatttgcataaga 7495038  T
Q  400 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaa 499  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7495037 tctttgttcttgaatgatgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacccctgaacatttcttcacaa 7494938  T
Q  500 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7494937 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctct 7494895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 7529151 - 7528611
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7529151 atgacgaggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagacaatcatttcttgaaataacacttgccagatcatgcataatatcatgcatt 7529052  T
Q  118 tgaaag---------------aaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttctaaac 202  Q
    ||  ||               || | || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  7529051 tggcagctcacactaccataaaagttatcttcggtgatattttgaaagaaagatttataaactaaatccatgaagtacatatgaccaatatcttctaaac 7528952  T
Q  203 ttgtactttcatc---tgtcgattgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaaca 299  Q
    |||||||||||||   ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528951 ttgtactttcatcatctgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaaca 7528852  T
Q  300 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataaga 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  7528851 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaatt---ttatcaccttgttcatcaatttgcataaga 7528755  T
Q  400 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  7528754 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctccttgaaatacattaagcttccaatgcttctgatggcgagaggaacacccgcacattttttcacaa 7528655  T
Q  500 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7528654 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctctagttctctg 7528611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 7483035 - 7482502
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7483035 atgacgaggttgtttatcaatatgctgcccctttttattaactaaaagacaatcatttcttgaaataacacttgccagatcatgcacaatatcatgcatt 7482936  T
Q  118 tg---------------aaagaaatcatgttcagtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttctaaac 202  Q
    ||               | |  | | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7482935 tggcaactcacactgccataatagttatcttcggtgatattttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgaagtacttatcaccaatatcttctaaac 7482836  T
Q  203 ttgtactttcatctgtcgat---tgaataaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaaca 299  Q
    |||||||||||||||  |||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  7482835 ttgtactttcatctgatgatgactgaacaaacccttgtgcaatccaaagtcgaatcaatgttattttacaaattaaaaagtcttttggaaacaatgaaca 7482736  T
Q  300 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataaga 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7482735 aaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataacttagtttgataagctgaaaaattttattatcaccttgttcatcaattttcataaga 7482636  T
Q  400 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttctgcatggaatacattaagcttccaatggttctgatggcgagaggaacccctgaacattttttcacaa 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  7482635 tctttgttcttgaatgttgaccaatcctccttccgcatggaatagattaagcttccaatgcttctaatggcgagaggaacacccgcacattttttcacaa 7482536  T
Q  500 tttccttgccaattgacaccaattcctcattctc 533  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7482535 tttccttgccaactgacacaaattcctcattctc 7482502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Original strand, 7717546 - 7717623
Alignment:
Q  18 atgacgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaatagaacttgccag 95  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7717546 atgatgaggttgtttgtcaatatgctgcccctttttattaactaaaagatagtcatttcttgaaataaaacatgccag 7717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 144 - 519
Target Start/End: Original strand, 16749525 - 16749903
Alignment:
Q  144 ttgaaagaaagatttatgaactaaatccatgacgtacttatcaccaatatcttctaaacttgtactttcatctgtcgattgaataaacccttgtgcaatc 243  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||  || || ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |  || ||||  |  ||||||||||||    
T  16749525 ttgaaagatagatctatgaagtaaagtcaagaagtacttatcaccattatcttctaaatttgtactttcatcggatgaatgaacgagaccttgtgcaatc 16749624  T
Q  244 caaagtcgaatcaatgttgtttttggaatgaaatagtcttttggaaacaaagaacaaaaagcaaagcactttttcaaatgaaatggtagatgatcataac 343  Q
    ||||||||||||||  || | ||   |||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  16749625 caaagtcgaatcaactttttcttctcaattcgatagtcttttggaaacaaagagcaaaatgcaaagcactttttcagataaaagggtagatgatcataac 16749724  T
Q  344 ttagtttgataagctgtaaaattttattatcaccttgttcatcaatcttcataagatctttgttcttgaatgttgaccaatcctcct---tctgcatgga 440  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||   | | ||| ||    
T  16749725 ttagtttgataagttgaaaaattttattgccaccctgctcatcaattttgataagatctttgttcttgaagttcaaccaatccttctcagtttccataga 16749824  T
Q  441 atacattaagcttccaatggttctgatg-gcgagaggaacccctgaacattttttcacaatttccttgccaattgacacc 519  Q
    | ||||||| ||||||||  || | ||| || ||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  16749825 aaacattaaacttccaatactt-ttatgagcaagaggtacccctgaacatttttttgaaatttccttgccaattgacacc 16749903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 512
Target Start/End: Original strand, 32727237 - 32727274
Alignment:
Q  475 ggaacccctgaacattttttcacaatttccttgccaat 512  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32727237 ggaacccctgcacattttttcacaatttctttgccaat 32727274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University