View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12785_low_3 (Length: 307)
Name: NF12785_low_3
Description: NF12785
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12785_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Original strand, 30085191 - 30085467
Alignment:
| Q |
22 |
agttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatctaaa |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30085191 |
agttacaaatggaaaaacacataggtttcttatttataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatataaa |
30085290 |
T |
|
| Q |
122 |
aatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
221 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30085291 |
aatacgatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattttaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
30085390 |
T |
|
| Q |
222 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
30085391 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcatatcttaatttgtg |
30085467 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Original strand, 19625705 - 19625983
Alignment:
| Q |
19 |
agcagttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatct |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19625705 |
agcagttacaaatggaaaaacacataggtttcttatttataaacctcttttagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatct |
19625804 |
T |
|
| Q |
119 |
aaaaatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaa |
218 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19625805 |
aaaaatacgatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaa |
19625904 |
T |
|
| Q |
219 |
cctgacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
19625905 |
cctgacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaactgaaatttaaaaatgttttg-tcttatcttaatttgtg |
19625983 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Original strand, 25045663 - 25045939
Alignment:
| Q |
22 |
agttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatctaaa |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
25045663 |
agttacaaatggaaaaacacataggtttcttatttataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatataaa |
25045762 |
T |
|
| Q |
122 |
aatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
221 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25045763 |
aatacgatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattttaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
25045862 |
T |
|
| Q |
222 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
25045863 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccataaccgaaatttaaaaatgttttgttcatatcttaatttgtg |
25045939 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Original strand, 32278649 - 32278925
Alignment:
| Q |
22 |
agttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatctaaa |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
32278649 |
agttacaaatggaaaaacacataggtttcttatttataaatctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatataaa |
32278748 |
T |
|
| Q |
122 |
aatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
221 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32278749 |
aatacgatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattttaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
32278848 |
T |
|
| Q |
222 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
32278849 |
gacaaatggaaatattgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatttgtg |
32278925 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 298
Target Start/End: Original strand, 42957730 - 42957804
Alignment:
| Q |
224 |
caaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
42957730 |
caaatggaaatacagttgttttaaattatgctgcaaccaaaatttaaaaatgttttgttcttaccttaatttgtg |
42957804 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Original strand, 42957496 - 42957567
Alignment:
| Q |
20 |
gcagttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatcta |
92 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| |||| |||||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
42957496 |
gcagttgcaaatggaaatacacatggcttttttatttataaac-tctttgagatcggttttgaattatatcta |
42957567 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 298
Target Start/End: Original strand, 13779531 - 13779811
Alignment:
| Q |
19 |
agcagttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatct |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13779531 |
agcagttacaaatggaaaaacacataggtttcttatttataaacctcttttagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatct |
13779630 |
T |
|
| Q |
119 |
aaaaatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgtttt-attta |
217 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
13779631 |
aaaaatacgatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacatacgctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaatctatattattattgttttaattta |
13779730 |
T |
|
| Q |
218 |
acctgacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
13779731 |
acctgacaaatgaaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatttgtg |
13779811 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 34 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 35033699 - 35033435
Alignment:
| Q |
34 |
aaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatctaaaaatacaatgaat |
133 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
35033699 |
aaaaacacataggtttcttatttataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatataaaaatacgatgaat |
35033600 |
T |
|
| Q |
134 |
agtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacctgacaaatggaaa |
233 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
35033599 |
agtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattttaacgcgtaacctatattattattgttttatttaacctgacaaatagaaa |
35033500 |
T |
|
| Q |
234 |
tactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
35033499 |
tactgtagttgcaaattatgtcagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatttgtg |
35033435 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 21261315 - 21261244
Alignment:
| Q |
197 |
atattattattgttttatttaacctgacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaattta |
269 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
21261315 |
atattattattgtttggtttaatctgccaaaggaaaatacactagttgcaaattatg-cagaaccaaaattta |
21261244 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 22 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28199052 - 28198776
Alignment:
| Q |
22 |
agttacaaatagaaaaacacataggtttcttaattataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatctaaa |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28199052 |
agttacaaatgaaaaaacacataggtttcttatttataaacctctttgagatcgattttgaattatatctaaaaactattgatattgaattatatataaa |
28198953 |
T |
|
| Q |
122 |
aatacaatgaatagtaatttgcaactaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattgtaacgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
221 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28198952 |
aatacgatgaatagtaatttgcaacaaatgtaacctacataggctagaaaatagatgaattttaatgtgtaacctatattattattgttttatttaacct |
28198853 |
T |
|
| Q |
222 |
gacaaatggaaatactgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatctgtg |
298 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28198852 |
gacaaatggaaatattgtagttgcaaattatgccagaaccgaaatttaaaaatgttttgttcttatcttaatttgtg |
28198776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University