View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12789_low_2 (Length: 469)

Name: NF12789_low_2
Description: NF12789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12789_low_2
NF12789_low_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (127-469)||(31454344-31454689)
chr1 (105-465)||(51449094-51449459)
chr1 (350-469)||(2215930-2216049)
chr1 (350-469)||(2224040-2224159)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (158-469)||(9279526-9279828)
chr7 (176-444)||(9279215-9279478)
chr7 (298-469)||(9247203-9247375)
chr7 (320-469)||(9290657-9290799)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (251-469)||(17200316-17200533)
[»] scaffold0653 (1 HSPs)
scaffold0653 (298-469)||(6513-6685)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 127 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 31454689 - 31454344
Alignment:
Q  127 tctaagacatacaaattaaaccaaccaaaggaccacataagaataccaccatttacacactaccatatcaattcattcaaaattctaaaactaccctaat 226  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31454689 tctaagacagacaaattaaaccaaccaaaggaccacataagaatagcaccatttacacactacaataccaattcattcaaaattctaaaactaccctact 31454590  T
Q  227 gtgatcaccatgatttaaagtcaattcaagtcataattaaaaa---cacccctaattaaaataaacagaaccaccacatgacaacaaacgcaaagaactc 323  Q
     ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||   ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||    
T  31454589 ttgatcaccatgatttcaagttaattcaagtcataataaaaaaacacactcctaattaaaataaacagcaccgccacatgacaacaaaagcaaagaaatc 31454490  T
Q  324 attctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcc 423  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
T  31454489 attctttggcagttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagctattgttcccttgataagggtatcaagctcctcatctcc 31454390  T
Q  424 cctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31454389 cctgatggcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcaccttc 31454344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 105 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 51449459 - 51449094
Alignment:
Q  105 aactccaacagcatcacaaatatctaagacatacaaattaaaccaaccaaaggaccacataagaataccaccatttacacactaccatatcaat----tc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |     
T  51449459 aactccaacaacatcacaaatatctaagacggacaaattaaaccatccaaaggacgacataagaataccaccatttacacaccaccatatcaatcaattg 51449360  T
Q  201 attcaaaattctaaaactaccctaatgtgatcaccatgatttaaagtcaattcaagtcataattaaaaacac--ccctaattaaaataaacagaaccacc 298  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  51449359 attcaaaattgtaaaactaccctactgtgatcatcatcattttaagtcaattcaagtcatgattaaaaacacacccctaattaaaataaacagcaccacc 51449260  T
Q  299 acatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttga 398  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  51449259 acatgacaacaaaagcaa-gaactcattctttggcagttttattgatcaaggacttgtgaatgttaggaatgacaccaccaccagcaatcgttcccttga 51449161  T
Q  399 taagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcac 465  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51449160 taagggtatcaagttcctcatctcccctaatagccagttgcaaatgtcttggtgtgatcctcttcac 51449094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 350 - 469
Target Start/End: Original strand, 2215930 - 2216049
Alignment:
Q  350 gacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttg 449  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| | ||||||||| || | ||| || |    
T  2215930 gacttgtggatatgaggaataacaccaccaccagctattgttcctttgatgagagtgtcaagttcttcgtctccacggatagcaagttgtagatgtctag 2216029  T
Q  450 gtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||| || | ||||||||||    
T  2216030 gtgtaatacgcttcaccttc 2216049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 350 - 469
Target Start/End: Original strand, 2224040 - 2224159
Alignment:
Q  350 gacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttg 449  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| | ||||||||| || | ||| || |    
T  2224040 gacttgtggatatgaggaataacaccaccaccagctattgttcctttgatgagagtgtcaagttcttcgtctccacggatagcaagttgtagatgtctcg 2224139  T
Q  450 gtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||| || | ||||||||||    
T  2224140 gtgtaatacgcttcaccttc 2224159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 158 - 469
Target Start/End: Original strand, 9279526 - 9279828
Alignment:
Q  158 accacataagaataccaccatttacacactaccatatcaattcattcaaaattctaaaactaccctaatgtgatcaccatgatttaaagtcaattcaagt 257  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||| |||||    
T  9279526 accacataagaatttcaccatttacacactaccatataaattcattcaaaattctaaaactaccctactgtgatcactatcatttcaagtcaatccaagt 9279625  T
Q  258 cataattaaaa--acacccctaattaaaataaacagaaccaccacatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaaggacttg 355  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9279626 cataataaaaaacacacccctaattaaaataaacag---caccacatgacaacaaaagtaaag-actcgttctttggcagttttgttgatcaaggacttg 9279721  T
Q  356 tggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtga 455  Q
    || |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  9279722 tgaatgttagaaatgacaccaccaccaacaattgttcccttgataagg-------gttcctcatctcccctaatagccagctgcaaatgctttggtgtga 9279814  T
Q  456 tcctcttcaccttc 469  Q
    ||||||||||||||    
T  9279815 tcctcttcaccttc 9279828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 176 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 9279478 - 9279215
Alignment:
Q  176 catttacacactaccatatcaattcattcaaaattctaaaactaccctaatgtgatcaccatgatttaaagtcaattcaagtcataattaaaaaca---c 272  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||   |    
T  9279478 catttacacactaccatataaattc-ttcaaaattataaaactaccctacggtgatcaccattatttcaaatcaattcaagtcataataaaaaacatacc 9279380  T
Q  273 ccctaattaaaataaacagaaccaccacatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgac 372  Q
     |||||||||||||||||    ||||| ||||||||||| |||||   ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9279379 tcctaattaaaataaacat---caccaaatgacaacaaaagcaaa---ctcattctttggcagttt-gttgatcaaggacttgtcaatgtgaggaatgac 9279287  T
Q  373 accaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatg 444  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||    
T  9279286 acaaccaccaggaattgttcccttgataagggtatcaaattcctcatctcccctaatagcgagctgcaaatg 9279215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 298 - 469
Target Start/End: Original strand, 9247203 - 9247375
Alignment:
Q  298 cacatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagca-attgttccctt 396  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  || |||||||    
T  9247203 cacatgacaacaaaagcaaagaactcattctttggcagttttgttgataaaggacttgtggatgtgtggaatgatacaaccaccagcatttttttccctt 9247302  T
Q  397 gataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9247303 gataagggtatcaagttcctcatctcccctaatagccagctgcaactgccttggtgtgatcctcttcaccttc 9247375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 320 - 469
Target Start/End: Original strand, 9290657 - 9290799
Alignment:
Q  320 actcattctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgt 419  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||| || |    
T  9290657 actcgttctttggcagttttgttgatcaaggacttgtgaatgttagaaatgacaccaccaccaacaattgttcccttgataagg-------gttcctcat 9290749  T
Q  420 ctcccctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9290750 ctcccctaatagccagctgcaaatgctttggtgtgatcctcttcaccttc 9290799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 140; Significance: 4e-73; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 251 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 17200533 - 17200316
Alignment:
Q  251 ttcaagtcataattaaaaacac--ccctaattaaaataaacagaaccaccacatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaa 348  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  17200533 ttcaagtcataataaaaaacacacccctaattaaaataaacaa---caccacatgacaacaaaagcaaagaactcattctttgatagttttgttgatcaa 17200437  T
Q  349 ggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgcctt 448  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  17200436 ggacttgtgaatgttaggaatgacaccaccaccagcaattgttcccttgacaagggtatcaagttcctcatctcccctaatagccagctgcaaatgcctt 17200337  T
Q  449 ggtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  17200336 ggtgtgatcctcttcaacttc 17200316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0653 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0653
Description:

Target: scaffold0653; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 298 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 6685 - 6513
Alignment:
Q  298 cacatgacaacaaacgcaaagaactcattctttggcggttttgttgatcaaggacttgtggatgtgaggaatgacaccaccaccagca-attgttccctt 396  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||  || |||||||    
T  6685 cacatgacaacaaaagcaaagaactcattctttggcagttttgttgataaaggacttgtggatgtgtggaatgatacaaccaccagcatttttttccctt 6586  T
Q  397 gataagggtatcaagttcttcgtctcccctgatagcaagctgcaaatgccttggtgtgatcctcttcaccttc 469  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6585 gataagggtatcaagttcctcatctcccctaatagccagctgcaactgccttggtgtgatcctcttcaccttc 6513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University