View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12797_low_14 (Length: 359)

Name: NF12797_low_14
Description: NF12797
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12797_low_14
NF12797_low_14
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (15-342)||(1599226-1599548)
chr5 (50-342)||(8536359-8536646)
chr5 (113-342)||(8529795-8530018)
chr5 (112-342)||(9073750-9073980)
chr5 (50-332)||(8637753-8638030)
chr5 (50-332)||(8547098-8547375)
chr5 (112-332)||(8645098-8645318)
chr5 (50-332)||(2873497-2873774)
chr5 (112-332)||(2844108-2844328)
chr5 (112-332)||(2855941-2856161)
chr5 (52-228)||(9004343-9004514)
chr5 (50-217)||(8678721-8678883)
chr5 (112-213)||(2904060-2904161)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (50-342)||(48360814-48361100)
chr7 (50-332)||(35780709-35780986)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (50-342)||(9443956-9444237)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (50-332)||(16717196-16717473)
[»] scaffold0627 (1 HSPs)
scaffold0627 (112-332)||(5483-5703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 15 - 342
Target Start/End: Original strand, 1599226 - 1599548
Alignment:
Q  15 cagagagtgatgatgatgaagttttcccnnnnnnngataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgctt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||    
T  1599226 cagagagtgatgatgatgaagttttccctttttttgataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgc-----tt 1599320  T
Q  115 ctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1599321 ctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattc 1599420  T
Q  215 ggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1599421 ggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtgtgaagcttgcgcc 1599520  T
Q  315 tatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1599521 tatgttcaagcttcctctcagatcattt 1599548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 50 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 8536646 - 8536359
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| | |||||||| | ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8536646 gataatcttccgtctcacgttattgctcacattctgcttcaacttccatttaagtcg-----cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 8536552  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||  ||    
T  8536551 attgatttcagaatcacattttgctaaatcccactttgagcaatcaccactcagtctcatgattcggaccaatgactatagccgagtttcaagaacaatg 8536452  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8536451 taccttcttgagtctgatcctcaaaagtttgagattggaagcaacgatcatgtgaaacttgtgcctatgttcaagcttcctctcagatcattt 8536359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 113 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 8530018 - 8529795
Alignment:
Q  113 ttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgat 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8530018 ttctcatttgtaaatgtgtgtgcaaagtttggaaaacaattatttcagaatcacaatttgctaaatcgcactttgagcgatcaccaattagtctcatgat 8529919  T
Q  213 tcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgca 312  Q
    ||| ||    |||    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||    
T  8529918 tcgaac--gcgac----accgagtgtcaagaaccctgtaccttcttgagtgcgagcctgataagtttgagattggaagcaacaatcatgtcaagcttgca 8529825  T
Q  313 cctatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8529824 cctatattcaagcttcctctcagatcattt 8529795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 112 - 342
Target Start/End: Original strand, 9073750 - 9073980
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| | ||||    
T  9073750 cttctcatttgtaaatgtgtgtgcaaaatttggaaaagacttatttcagaaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcaccacttagttttatga 9073849  T
Q  212 ttcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgc 311  Q
    ||||||||  |||| ||    |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |||||||     
T  9073850 ttcggacccttgacgatattagagtgtcgagaaccatgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacaaacatgtcaagcttga 9073949  T
Q  312 acctatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
     ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  9073950 gcctatattcaagcttcctctcatatcattt 9073980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 50 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 8638030 - 8637753
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||  |||  ||||||||||||||| | ||||||     || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  8638030 gataatcttccatcccacatcaccacccaaattctgcttcaactttccattaag-----tctcttctcatttgtaaatgtgtgtgcaagatttggaaaac 8637936  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||   |   | ||| ||||||||| ||    
T  8637935 aatgatttcggaaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcgccccttagtctcatgattcggacaaatgatggtagactagtgtcaagaaccatg 8637836  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctct 332  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  8637835 taccttcttgagtgtgatcatgaaaagtttgagattggaagcaacaatcatgtgaagcttgcgcctatatttaagcttcctct 8637753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 50 - 332
Target Start/End: Original strand, 8547098 - 8547375
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||  || ||||| ||||     |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  8547098 gataatcttccatctcacctcactgcccacattctgcttaaacttcacatcaagtctcttc-----tcatttgtaaatgtgtttgcaagatttggaaaac 8547192  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | | |||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||| | || |||| |||||| ||||  ||||| ||   | ||| ||||||||| ||    
T  8547193 aattatttcagaacaacattttgctaaattgcactttgagagatcacaagtttgtctaatgatttggacagatgacgatagactagtgtcaagaaccatg 8547292  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctct 332  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||| | |||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  8547293 taccatcttgagtgtgagcctgaaaagttcaagattggaagcaacaatcatgtgaagcttgatcctatattcaagcttcctct 8547375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 112 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 8645318 - 8645098
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | || |||||||||    
T  8645318 cttctcatttgtgaatgtgtgtgcaagatttggaaaacacttatttcagaaccacattttgctaaattgaactttgagcgatcacaagtttgtctcatga 8645219  T
Q  212 ttcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgc 311  Q
    ||||||   |||||| |   | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||| | ||||||||    
T  8645218 ttcggatagatgactgtagactagtgtcaagaactatgtaccttcttgagtgtgatcctgaaaagtttcaaattggaagcaacagtcgtgtcaagcttgc 8645119  T
Q  312 acctatgttcaagcttcctct 332  Q
    |||||| || |||||||||||    
T  8645118 acctatatttaagcttcctct 8645098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 50 - 332
Target Start/End: Original strand, 2873497 - 2873774
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| |||||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||     || |||||||| |||| || ||||||||||| |||||| ||    
T  2873497 gataatcttccatctcacttaactacccacattcttcttcaacttcccattaag-----tctcttctcatgtgtagatgtgtgtgcaaaacttggaatac 2873591  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| || ||||||| |     ||| ||    |||| ||||||| | |     
T  2873592 acttatttcagaaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcaccagttagtttcgtgattcgaaatttagacaatataggagtgtcaagaaaccta 2873691  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctct 332  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  2873692 taccttcttgagtgcgaagctgaaaagtttgagattggaagcaacaatcatgtgaagcttgaccctatattcgagcttcctct 2873774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 332
Target Start/End: Original strand, 2844108 - 2844328
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||| | || |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| || |||    
T  2844108 cttctcatatgtagatgtgtgtgcaaaatttggaatacacttatatcagaaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcaccagttagtttcgtga 2844207  T
Q  212 ttcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgc 311  Q
    |||| |     ||| ||    |||| ||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||     
T  2844208 ttcgaaatttagacaatataggagtgtcaagaaacctataccttcttgagtgtgaagctgaaaagtttgagattggaagcaaaaatcatgtgaagcttga 2844307  T
Q  312 acctatgttcaagcttcctct 332  Q
     ||||| ||| ||||||||||    
T  2844308 ccctatattcgagcttcctct 2844328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 332
Target Start/End: Original strand, 2855941 - 2856161
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||| | || |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||| || |||    
T  2855941 cttctcatatgtagatgtgtgtgcaaaatttggaatacacttatatcagaaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcaccagttagtttcgtga 2856040  T
Q  212 ttcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgc 311  Q
    |||| |     ||| ||    |||| ||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||     
T  2856041 ttcgaaatttagacaatataggagtgtcaagaaacctataccttcttgagtgtgaagctgaaaagtttgagattggaagcaaaaatcatgtgaagcttga 2856140  T
Q  312 acctatgttcaagcttcctct 332  Q
     ||||| ||| ||||||||||    
T  2856141 ccctatattcgagcttcctct 2856161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 9004514 - 9004343
Alignment:
Q  52 taatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacat 151  Q
    ||||||| |||||||| |||||  || |||||||||||| ||||| |||||||| ||||     | ||||||| || ||||||||| ||||||||||||     
T  9004514 taatcttccatctcacctcactaaccacattctgcttcatcttcccattaagtctcttc-----ttatttgtagatgtgtgtgcaagatttggaaaacaa 9004420  T
Q  152 tgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactat 228  Q
    | |||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9004419 ttatttcataaccacattttgctaaattgcaatttgagcgagcaccaattagtctcatgattcggacttatgactat 9004343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 8678883 - 8678721
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| |||| ||| ||| ||||| |||| ||||||| ||||| ||||| || ||||     |||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  8678883 gataatcttccatcacacatcattgcccacattttgcttcatcttcccattaaatctcttc-----tcatttgtaaatgtgtgtgcaagatttggaaaac 8678789  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcgga 217  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  8678788 acttatttcagaaccacattttgctaaattgaactttgagcgatcacaagtttgtctcatgattcgga 8678721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 112 - 213
Target Start/End: Original strand, 2904060 - 2904161
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |  | || ||||||| ||| ||||||||| ||||| | ||| ||||||    
T  2904060 cttctcatatgtagatgtgtgtgcaaaatttggaatacacttatttcagaacctaaattcgctaaattgcaatttgagcgagcaccaatcagtttcatga 2904159  T
Q  212 tt 213  Q
    ||    
T  2904160 tt 2904161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 50 - 342
Target Start/End: Original strand, 48360814 - 48361100
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||     | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48360814 gataatcttccatatcacctcactgcccacattctccttcaacttcccattaagtctcttc-----ttatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 48360908  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    |||| ||||||||| ||    
T  48360909 actgatttcagaatcacaatttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggacc-ctgactatagaggagtgtcaagaaccatg 48361007  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48361008 taccttcttgagtgtgatcctgaaaagtttgagattggaagcaacaaccatgtgaagcttacacctatattcaagcttcctctcagatcattt 48361100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 50 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 35780986 - 35780709
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| |||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| || || || ||||     ||||||||| || |||||||| ||| || |||||    
T  35780986 gataatcttccatcccacctcaccgcccacattttgcttcaacttcccataaaatctcttc-----tcatttgtagatgtgtgtgcataatctgaaaaac 35780892  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | ||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||  |  ||   | |  || ||||||||| ||    
T  35780891 aatgatttcagaaccgcaatttgctaaattgcactttgagctatcaccaactagtctcatggttcggacccgtcgcttagatcatgtgtcaagaaccctg 35780792  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctct 332  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | |||||||||  || || || |||||||||||    
T  35780791 caccttcttgagtgtgagcctgaaaagtttgagtttggaaggaacaatcttgtgaagcttgaccccatatttaagcttcctct 35780709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 50 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9444237 - 9443956
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||  |||||||  |||     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9444237 gataatcttccgtctcacctcactgcccacattctccttcgacttccatttaagtctgttc-----tcatttgtaaatctgtgtgcaaagtttggaaaac 9444143  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | |||    ||||||| ||||||||| |     
T  9444142 aatgatttcagaatcacaatttgctaaattgcactttgagcgatcaccaattagtctcatgattcgaac--acgac----accgagtgtcaagaacccta 9444049  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctctcagatcattt 342  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9444048 taccttcttgagtgcgagcctgataagtttgagattggaagcaacaatcatgtcaagcttgcacctatattcaagcttcctctcagatcattt 9443956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 50 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 16717473 - 16717196
Alignment:
Q  50 gataatctttcatctcacgtcactgcccgcattctgcttcaacttcctattaagtcgcttcgcttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaac 149  Q
    |||| |||| |||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| || |||     || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  16717473 gatattcttccatcccacctcaccgcccacattttgcttcaacttcccatcaag-----tctcttctcatttgtaaatgtgtgtgcaaaatttggaaaag 16717379  T
Q  150 attgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatgattcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttg 249  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |   ||||| | ||||| ||||||||| |     
T  16717378 aatgatttcagaatcgcattttgctaaattacactttgagcaatcaccaattagtctcatgattcgaacaagatactataaacgagtgtcaagaaccctc 16717279  T
Q  250 taccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgcacctatgttcaagcttcctct 332  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||  ||||| ||||  ||||||||    
T  16717278 taccttctagagtgcgatccagaaaagtttgagattggaagcaacaatcatgtgaatcttgagcctatattcagacttcctct 16717196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0627 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 112 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5703 - 5483
Alignment:
Q  112 cttctcatttgtaaatctgtgtgcaaaatttggaaaacattgatttcagaatcacattttgctaaatcgcactttgagcgatcaccacttagtctcatga 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5703 cttctcatttgtaaatgtgtgtgcaaaatttggaaagcaatgatttcagaaccacattttgctaaattacactttgagcgatcaccgattagtctcatga 5604  T
Q  212 ttcggaccaatgactattaccgagtatcaagaaccttgtaccttcttgagtgtgaacctgaaaagtttgagattggaagcaacgatcgtatgaagcttgc 311  Q
    |||| || |   |||||   ||||| ||||||||| | ||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||     
T  5603 ttcgaacaagatactatagacgagtgtcaagaaccctataccttcttgaatgcgatcctaaaaagtttgagattggaagcaacaatcatgtgaagcttga 5504  T
Q  312 acctatgttcaagcttcctct 332  Q
     ||||| |||| |||| ||||    
T  5503 gcctatattcaggcttactct 5483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University