View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1279_low_2 (Length: 571)

Name: NF1279_low_2
Description: NF1279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1279_low_2
NF1279_low_2
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (100-564)||(16867919-16868380)
chr4 (115-551)||(30720123-30720562)
chr4 (103-551)||(30891868-30892319)
chr4 (106-551)||(30880788-30881236)
chr4 (161-551)||(44731558-44731948)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (102-552)||(8898408-8898858)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (185-330)||(31726417-31726562)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 100 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 16868380 - 16867919
Alignment:
Q  100 cactaccatggctgtcaataatcacttatatcatatttcattggcattgcttttatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaa 199  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16868380 cactaccatggctgccaataatcacttatatcatatttcattggcattgcttctatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaa 16868281  T
Q  200 gatgactccatgtatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattcactg 299  Q
    ||||||   |||||||||||||||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16868280 gatgac---atgtatgagaggcaccggcaatggatgagtcaatatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggagaaacgtttcaagatattcactg 16868184  T
Q  300 aaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcac 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16868183 aaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcgttaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcac 16868084  T
Q  400 atcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggat 499  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16868083 atcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggat 16867984  T
Q  500 tggacgaagaaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggtacatgttcatctca 564  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16867983 tggaggaagaaaggagcagttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggtacgtgttcatctca 16867919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 115 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 30720562 - 30720123
Alignment:
Q  115 caataatcacttatatcata---tttcattggcattgcttttatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaagatgactcca-- 209  Q
    ||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  30720562 caataatcaattatatcatagcatttcattgtcattgcttttatgtttgggattgtttgctattcaagtcacttctcgtactctccaagatgactccaac 30720463  T
Q  210 -tgtatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattcactgaaaatgtga 308  Q
     | ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||| || || ||||| ||||||||||  ||||| || |    
T  30720462 atatatgagaagcatgaacaatggatggttcactatggcaaagtctataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaagaaaacgtaa 30720363  T
Q  309 attacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcacatcgtctag 408  Q
    ||||||||||||||| |||||| | || |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | | |||||    
T  30720362 attacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttatacaaattaggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcatagcatctag 30720263  T
Q  409 aaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggattggacgaag 508  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  | ||||||||||  |||    
T  30720262 aaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtggattggagaaag 30720166  T
Q  509 aaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggta 551  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30720165 aaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggta 30720123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 103 - 551
Target Start/End: Original strand, 30891868 - 30892319
Alignment:
Q  103 taccatggctgtcaataatcacttatatcata---tttcattggcattgcttttatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaa 199  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30891868 taccatgactgccaataatcaattatatcatagcatttcattgtcattgcttttatgtttgggattgtttgctattcaagtcacttctcgtactctccaa 30891967  T
Q  200 gatgactccatg---tatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattca 296  Q
    |||||||||||    ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  30891968 gatgactccatcatatatgagaagcatgaacaatggatggttcactatggcaaagtctataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattca 30892067  T
Q  297 ctgaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagtt 396  Q
      ||||| || |||||||||||||||| |||||| | || |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  30892068 aagaaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttatacaaattaggcattaatcaatttgcagacatcaccaacgaggagtt 30892167  T
Q  397 cacatcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtg 496  Q
    || | | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  | |||    
T  30892168 catagcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtg 30892264  T
Q  497 gattggacgaagaaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggta 551  Q
    |||||||  ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30892265 gattggagaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggta 30892319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 106 - 551
Target Start/End: Original strand, 30880788 - 30881236
Alignment:
Q  106 catggctgtcaataatcacttatatcata---tttcattggcattgcttttatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaagat 202  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30880788 catggctgccaataatcaattatatcatagcatttcattggcattgtttttctgcttgggattgtttgctattcaagtcacttctcgtactctccaagat 30880887  T
Q  203 gactccatg---tatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattcactg 299  Q
    ||||||||    ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||| || || ||||| ||||||||||  |    
T  30880888 gactccatcatatatgagaagcatgaacaatggatggttcactatggcaaagtctataaggatcttcaagaaagagagaatcgtttaaagatattcaaag 30880987  T
Q  300 aaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcac 399  Q
    |||| || |||||||||||||||| |||||| | || |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||     
T  30880988 aaaacgtaaattacattgaagcttccaacaatgctggcaataacaagttatacaaattaggcattaatcaatttgcagacctcaccaacgaggagttcat 30881087  T
Q  400 atcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggat 499  Q
    | | ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  | ||||||    
T  30881088 agcatctagaaacaaattcaaaggtcatatgtgctcctcaatcacaaagacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtg---ttccatcaacagtggat 30881184  T
Q  500 tggacgaagaaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggta 551  Q
    ||||  ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30881185 tggagaaagaaaggagcagtaacaccagtgaagaaccaaggtcaatgtggta 30881236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 161 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 44731948 - 44731558
Alignment:
Q  161 ggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaagatgactccatgtatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataagg 260  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| | ||||| |||||||    
T  44731948 ggattgtgtgctattcaagtaacttctcgctctctccaagttgactccatgtatgagaggcacgagcaatggatgagtcaatatagcaaagtctataagg 44731849  T
Q  261 attctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattcactgaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactagg 360  Q
    || | |||||||||||  |||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||   ||||    
T  44731848 atccacaagaaagggaggaacgtcacaagatattcacagcaaatgtgaattacattgaagttttcaacaatgatgccaataacaagctatacaagttagg 44731749  T
Q  361 cattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcacatcgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtactttt 460  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |  |||| |||||||    
T  44731748 cattaatcaatttgcagacctcaccaatgaagagttcatagcatctagaaacaaattcaagggtcatatgtgctcctcaatcgcgaaaacaactactttt 44731649  T
Q  461 aagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggattggacgaagaaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggta 551  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| | |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44731648 aagtatgaaaatgtaagtgcaatcccgtccacagtggattggaggaagaaaggagcagtgacacctgtgaagaaccaaggtcaatgtggta 44731558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 102 - 552
Target Start/End: Original strand, 8898408 - 8898858
Alignment:
Q  102 ctaccatggctgtcaataatcacttatatcatatttcattggcattgcttttatgtttaggattgtttgctattcaagtcacttctcgcactctccaaga 201  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  8898408 ctaccatggctgctaataatcaattatatcatatttcattggcattggttttctgcttgggattgtgggctattcaagtcacctctcgtactctccaaga 8898507  T
Q  202 tgactccatgtatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtttcaagatattcactgaa 301  Q
    || ||||||| |||||||||| ||||  ||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  8898508 tggctccatgcatgagaggcatgagcggtggatgaatcactatggcaaagtctataaggatcatcaagaaagggagaagcgtttcaagatattcacagaa 8898607  T
Q  302 aatgtgaattacattgaagctttcaacaaaggtgacaataacaagctatacacactaggcattaatcaatttgccgacctcaccaacgacgagttcacat 401  Q
    ||  |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||   |     
T  8898608 aacatgaaatacattgaagctttcaataatggtgacaataacgaatcatacaaactaggcattaatcaatttgcagacctcaccaatgaggagtttgtag 8898707  T
Q  402 cgtctagaaacaagttcaaggggcatatgtgctcttcaatcacaaggacaagtacttttaagtatgaaaatgcaagtgcaattccatcctcggtggattg 501  Q
    | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  | ||||||||    
T  8898708 catctaggaacaaattcaagggacatatgtgctcatcaatcataaggacaactacttttaagtatgaaaatgtaagtgcaatcccatctacagtggattg 8898807  T
Q  502 gacgaagaaaggagccgttacacctgtgaagaaccaaggacaatgtggtac 552  Q
    || |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8898808 gaggaagaaaggagcagtgacacctgtgaagaaccaaggccaatgtggtac 8898858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 185 - 330
Target Start/End: Original strand, 31726417 - 31726562
Alignment:
Q  185 tctcgcactctccaagatgactccatgtatgagaggcacgagcaatggatggttcagtatggtaaagtttataaggattctcaagaaagggaaaaacgtt 284  Q
    ||||| ||||||||| ||||| | |||||||| | ||| |||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||| | | || |||| | |||||||||    
T  31726417 tctcgaactctccaaaatgaccctatgtatgaaatgcatgagcaatggatggtacaacatggcaaagtctataaggctgcacatgaaaagcaaaaacgtt 31726516  T
Q  285 tcaagatattcactgaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaa 330  Q
    |    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31726517 ttggaatattcaaagaaaatgtgaattacattgaagctttcaacaa 31726562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University