View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12810_high_1 (Length: 691)
Name: NF12810_high_1
Description: NF12810
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12810_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 7105126 - 7104468
Alignment:
| Q |
16 |
cagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaaaaattttgctcaccaca |
115 |
Q |
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| T |
7105126 |
cagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaaaaattttgctcaccaca |
7105027 |
T |
|
| Q |
116 |
caacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacctattatt-ttttggcaagaggaaaagtgagcatcatatttttcacctcaattactat |
214 |
Q |
| |
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|
| T |
7105026 |
caacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacgtattattgttttggtaagaggaaaagtgagcatcatatttttcaccccaattactat |
7104927 |
T |
|
| Q |
215 |
ttaacttatagttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttggaaggaatgcacatacttt |
314 |
Q |
| |
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| T |
7104926 |
ttaacttatagttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttggaaggaatgcacatgcatt |
7104827 |
T |
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| Q |
315 |
tatcaagcatcactatnnnnnnnnctatacaataaatatttcaaatatttacataataagttatgattgaaaatgacctcatatttcaagcatatgatac |
414 |
Q |
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| T |
7104826 |
tatcaagcatcactataaaaaaa-ctatacaataaatatttcaaatatttacataataagttatgattgaaaacgacctcatatttcaagcatatgatac |
7104728 |
T |
|
| Q |
415 |
aaacaactatgactgaaatttgaggttaattaggctaacaaataaaaatcattttagtttctgtttacaggacaattattagaagttaaaacatgcataa |
514 |
Q |
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| T |
7104727 |
aaacaactatcactgaaatttgaggttaattaggctaacaa-taaaaatcattttagtttctgtttacaggacaattattagaagttaaaacatgcataa |
7104629 |
T |
|
| Q |
515 |
ttagaatatccttgatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaatgatttgtaccacagtaccagacca |
614 |
Q |
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| T |
7104628 |
ttagaatatcctagatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaatgatttgtaccacagtaccagacca |
7104529 |
T |
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| Q |
615 |
gttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcctctccatgaaggccacgtgatgtc |
675 |
Q |
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| T |
7104528 |
gttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcctctccatgaaggccacgtgatgtc |
7104468 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 7092899 - 7092256
Alignment:
| Q |
16 |
cagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaaaaattttgctcaccaca |
115 |
Q |
| |
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|
| T |
7092899 |
cagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaattagccgggatctgtaatggaagaataaaaaattttgctcaccaca |
7092800 |
T |
|
| Q |
116 |
caacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacctattatt-ttttggcaagaggaaaagtgagcatcatatttttcacctcaattactat |
214 |
Q |
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| T |
7092799 |
caacacttgttgcttgcaattctttcttttaaaatgatagacgtattattgttttggtaagaggaaaagtgagcatcatatttttcaccccagttgctat |
7092700 |
T |
|
| Q |
215 |
ttaacttatag-ttatacttatacccttctgatgtatttttgttgcattcatactccctgtggttgaaggcattaaattttggaaggaatgcacatactt |
313 |
Q |
| |
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| | || || ||| | || |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |
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| T |
7092699 |
taatgttttaacttaaagttttacccttctgatgtatatctgttgcattcgtactccctgtggttgaaggcattgaattttggaaggaaggcacatacat |
7092600 |
T |
|
| Q |
314 |
ttatcaagcatcactatnnnnnnnn-ctatacaataaatatttcaaatatttacataataagttat-----gattgaaaatgacctcatatttcaagcat |
407 |
Q |
| |
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| T |
7092599 |
ttatcaagcatcgctataaaaaaaaactattcaatcaacatttcaaatatttaaataataagttataggatgattgaaaatgaccttatatttcaagcat |
7092500 |
T |
|
| Q |
408 |
atgatacaaacaactatgactgaaatttgaggttaattaggctaacaaataaaaatcattttagtttctgtttacaggacaattattagaagttaaaaca |
507 |
Q |
| |
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| T |
7092499 |
atgatacaaacaactatgactgaaatttgaggttaatcaggctagcaaataaaaatcatgttagtttctctttacaggacaattattagaagttaaaaca |
7092400 |
T |
|
| Q |
508 |
tgcataattagaatatccttgatttcaaataggtttaaacaattaaaaagtacaatgaattgaactgtgaatagttgatcaatgatttgtaccacagtac |
607 |
Q |
| |
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| T |
7092399 |
tgcataattagaaaatcctagatttcaaataggtttaaacaattaaaaattacaatgatttgaactgtgaatggttgatccatggtttgttccacagtat |
7092300 |
T |
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| Q |
608 |
cagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcc |
651 |
Q |
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| T |
7092299 |
cagaccagttattgaaatgaaagaaataaaacccaactatatcc |
7092256 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 71
Target Start/End: Original strand, 33407429 - 33407484
Alignment:
| Q |
16 |
cagtatttttgtatccagaaaggatgagctctatactcaatgaggccagctgaatt |
71 |
Q |
| |
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| T |
33407429 |
cagtatttttgtagccagaaaggatgtgctctatactcaatgagaccagctgaatt |
33407484 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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