View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12813_low_7 (Length: 386)

Name: NF12813_low_7
Description: NF12813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12813_low_7
NF12813_low_7
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-379)||(48912385-48912763)
chr4 (1-374)||(48957910-48958283)
chr4 (1-374)||(48965095-48965468)
chr4 (49-196)||(48974062-48974209)
chr4 (1-164)||(48961267-48961432)
chr4 (95-198)||(48951185-48951288)
chr4 (275-365)||(48967233-48967323)
chr4 (59-151)||(33396687-33396779)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (1-374)||(6551-6924)
scaffold0536 (1-374)||(10533-10906)
scaffold0536 (49-198)||(1541-1690)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-365)||(13448138-13448502)
chr2 (1-365)||(13439975-13440339)
chr2 (1-372)||(13454602-13454973)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-200)||(12590212-12590411)
chr6 (10-200)||(12483516-12483706)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (6-368)||(3417572-3417934)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-374)||(12540451-12540824)
chr5 (178-368)||(28385106-28385296)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-200)||(12641530-12641720)
chr8 (251-350)||(12641771-12641870)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 48912385 - 48912763
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912385 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 48912484  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912485 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 48912584  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912585 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 48912684  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcactcga 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48912685 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcattcga 48912763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 48958283 - 48957910
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |    
T  48958283 attagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgttagcg 48958184  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||  || |||||||||||||| ||||||||    
T  48958183 cgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttggtgcaac 48958084  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     || ||| |   ||  ||| ||| ||| | | ||||| | ||  | |  |||| ||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  48958083 agagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagct 48957984  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 374  Q
    ||| |||||| ||| | ||||| |||||| || || || |||| ||  ||  || |||||||||| ||||||||    
T  48957983 gaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacgagctgttcaagaaggtggatcatctca 48957910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 48965468 - 48965095
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| |||    
T  48965468 attaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtg 48965369  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | |||||||| ||||| || |||||    |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||| | ||||  |||||||| ||||| || ||||||||    
T  48965368 cgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaac 48965269  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     |||||| |    |||||| |||  |||||||||||| ||||  | || ||||  || ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  48965268 agaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatgaagct 48965169  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 374  Q
    |||||||| |||   | ||||| ||||||||| || || |||| ||  || ||| |||||||||| || |||||    
T  48965168 gagaaaattagaagtcgtgctcaagagtttggagaaaaggctagacgagccattcaagaaggtggctcgtctca 48965095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 48974209 - 48974062
Alignment:
Q  49 ggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttaca 148  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| ||||    
T  48974209 ggtgcattcttgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctaca 48974110  T
Q  149 atgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtg 196  Q
    | |||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||||| ||||    
T  48974109 acgagaagttgataactcaggtgcggggtattggtgtggaggttggtg 48974062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 48961432 - 48961267
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattc--cactgttgaggcagttag 98  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||| |||||||| ||  |||  ||||||| | |||    
T  48961432 attaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattgaggctggtag 48961333  T
Q  99 tgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataac 164  Q
    ||||||| | |||||||| || |||||  | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  48961332 tgcagggatcccaatgataacatggcccgtacatggagaacaattctacaacgagaagttgataac 48961267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 48951288 - 48951185
Alignment:
Q  95 ttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcgg 194  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| | || || || |||||||||||| | ||||| || |||| |||||| || ||||| || ||    
T  48951288 ttagtgtaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatagtgatcagttctacaatgagaagctcataactcatgtgcgtgggataggagtggaagtagg 48951189  T
Q  195 tgca 198  Q
    ||||    
T  48951188 tgca 48951185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 48967323 - 48967233
Alignment:
Q  275 gattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 365  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || || |||| ||  ||| || ||||||||||    
T  48967323 gattgatggacaatgacgatgaagctgagaagatcagacaacgtgctcgagactttggagaaaaggctacacgagcacttcaagaaggtgg 48967233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 59 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 33396779 - 33396687
Alignment:
Q  59 tgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatg 151  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  | || | ||| ||||||||| | |||||| | || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  33396779 tgacacattgtggatggaattcaacattggaaggagtgagtgcagggttaccaatggtgacatggccaatgtatggtgaacaattttacaatg 33396687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 6551 - 6924
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6551 attaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtg 6650  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||||| ||| || ||| |    
T  6651 caggggttccgatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagc 6750  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||| ||||||    
T  6751 tgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagct 6850  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 374  Q
    |||||||||| | |  ||||||||||||||||||| || |||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  6851 gagaaaatcaaaaagtatgctcgagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 6924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 10533 - 10906
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  10533 attaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcggttagtg 10632  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| || ||||||      
T  10633 caggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattgggggggaagtgggtgcagt 10732  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     || ||| ||  |  |||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| ||||    
T  10733 agagtggtgcttagttggtattggggagaaagagaagttggtcgggagggatggtattgagaaggttgtgaagagattgatggacaatagttatgtagct 10832  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 374  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||   | | |||||||||||||||||    
T  10833 gagataatcagacgacatgctcgagagtttggggataaggctaaatgtgcggctcaggaaggtggttcatctca 10906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 49 - 198
Target Start/End: Original strand, 1541 - 1690
Alignment:
Q  49 ggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttaca 148  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || |     ||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||  | ||| | || ||||| || |    
T  1541 ggtgcatttttgacacattgtgggtggaactctataaccgaggctgttagtgcaggaattccaatgatcacatggccagtacatagtgatcaattctata 1640  T
Q  149 atgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgca 198  Q
    | || | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1641 acgaaacgttgataactcaggtgcatgggattggagtggaagtcggtgca 1690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 13448502 - 13448138
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || || || ||||| |||||||    
T  13448502 attaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgttagtg 13448403  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||  | |  || ||||| || || |||||||||||    
T  13448402 cgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcggtgcaac 13448303  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     |||||| | || | |||| | | ||| ||| ||||| | ||  | || ||||  || ||||||| ||| | | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13448302 agaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtgatgaagct 13448203  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 365  Q
    || || ||||| | || ||||||||||||||| || ||||||| ||| || ||| ||||||||||    
T  13448202 gaaaatatcaggctacgtgctcgagagtttggagaaaaagctatacaagctattcaagaaggtgg 13448138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 13440339 - 13439975
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || | ||| ||| | |||||||    
T  13440339 attaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgttagtg 13440240  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||  || |||||||  | |  || ||||| ||||| |||||||||||    
T  13440239 cgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagtcggtgcaac 13440140  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
    ||||||| | |  | |||| ||| ||| ||||||||| ||||  | |||||||| || ||||||| ||||| | |||||||||| | |||||||||||||    
T  13440139 ggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatggagaatggtgatgaagct 13440040  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 365  Q
     | || || || | || ||||| ||||||||| || || |||| ||| || ||| ||||||||||    
T  13440039 aaaaatatgaggctacttgctcaagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaagaaggtgg 13439975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13454973 - 13454602
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||||||||| ||||| |||| |||  |||| ||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || |  || ||||| |||||      
T  13454973 attaggggttgggccccacaagttaagatattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagaggctgttagca 13454874  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
      || ||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||||| || |  || |||||  | || |||||||||||    
T  13454873 tgggagttccaatgataacgtggccagtccatggagatcaattctacaacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagtcggtgcaac 13454774  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     |||||| | |||| |||| ||| ||| ||||||||| ||||  | |  ||||  || ||||||| ||||| | ||||||||| | ||||||||||||||    
T  13454773 agaatggtgtacaagtggtgttgcggagagagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaagct 13454674  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatct 372  Q
     | || |||||   || ||||||||||||||| || || |||| ||| || ||| || ||||||| ||||||    
T  13454673 aaaaatatcagggtacgtgctcgagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaaaaaggtggctcatct 13454602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 12590212 - 12590411
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||||||||| ||||| || |||||| |||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||   || ||||| |||||||    
T  12590212 attaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcggttagtg 12590311  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | ||  |||| |||||||| |||||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  12590312 ctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataactgatgtgcatggaattggagtggaagttggtgcaac 12590411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 200
Target Start/End: Original strand, 12483516 - 12483706
Alignment:
Q  10 tgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttc 109  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||   ||| || || |||||||||||| |||    
T  12483516 tgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaagcggttagtgcagggattc 12483615  T
Q  110 caatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    ||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||  |||||||| ||||| |||||||||||    
T  12483616 caatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatgagaaactcataactaatgtgcgagggattggtgtggaagtcggtgcaac 12483706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 368
Target Start/End: Original strand, 3417572 - 3417934
Alignment:
Q  6 gggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggg 105  Q
    ||||||||| |||||||||  |||  |||||||| | || || || | ||||||||||||||||||| |||| ||   ||||||||| ||| |||||||     
T  3417572 gggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgcagga 3417671  T
Q  106 gttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaat 205  Q
    ||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||| | |||||||||  | |||||||| || |  || ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  3417672 gttccaatgataacgtggccgggtcatggagatcaattgttcaatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaacagaat 3417771  T
Q  206 ggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaa 305  Q
    || |  ||  |||||||||||| ||| ||||| ||||  | || ||| | || |||||||   ||| | |||||||||||||| ||||||| |||||       
T  3417772 ggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagtgatgaggctgaagg 3417871  T
Q  306 aatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttc 368  Q
     || |||| || |||||||||| |||| ||||| |||||||  || ||| |||||||||||||    
T  3417872 tatgagactacgtgctcgagagcttggagagaaggctaaacgagctattcaagaaggtggttc 3417934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 12540824 - 12540451
Alignment:
Q  1 attaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtg 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| |||  |||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||||| | || || | ||| ||||| ||| |||    
T  12540824 attaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggctgttggtg 12540725  T
Q  101 caggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    | || ||||||||||| |||||||||   |||||||| || || | ||| |||||  | ||||||||||| |  || ||||| || || || ||||||||    
T  12540724 cgggagttccaatgataacgtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagtaggtgcaac 12540625  T
Q  201 ggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagct 300  Q
     |||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||| ||||| | || |||   || ||||||| | ||| | ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  12540624 agaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagct 12540525  T
Q  301 gagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 374  Q
    || || || |||| || ||| |||||| |||| ||||| |||| ||  ||  || ||||||||||||| |||||    
T  12540524 gaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctca 12540451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 178 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 28385296 - 28385106
Alignment:
Q  178 attggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgat 277  Q
    ||||| ||||| || |||| |||||||||| | |||| ||||| |||||| ||| ||||| ||||  | || ||||| || ||||||| | ||| |  ||    
T  28385296 attggagtggaagtaggtgtaacggaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggtgagcagagataacatagagaaggctatgaggaaat 28385197  T
Q  278 tgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttc 368  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| || || ||||||| |||||||||||| || ||||| |||| ||  ||  ||||||||||||||||    
T  28385196 tgatggacggtggcgatgaagctgaaaatatgagacaacgtgctcgagagttaggagagaaggctacacgagctgttaaagaaggtggttc 28385106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 200
Target Start/End: Original strand, 12641530 - 12641720
Alignment:
Q  10 tgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttc 109  Q
    ||||| ||||| || |||||| | |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||   || ||||| |||||||||||| |||    
T  12641530 tgggccccacaagtaatgattttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattc 12641629  T
Q  110 caatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 200  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| || || ||||||||| |||||||    ||||   |||||||||||||||| ||||||||    
T  12641630 caatgatcacgtggccagtgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtggaggtgggtgcaac 12641720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 350
Target Start/End: Original strand, 12641771 - 12641870
Alignment:
Q  251 ataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgc 350  Q
    ||| ||| ||||| | ||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||| | || |||| ||||||    
T  12641771 atagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctcaagagtttgggaaaaaggctacacatgc 12641870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University