View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12818_low_1 (Length: 453)
Name: NF12818_low_1
Description: NF12818
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12818_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 26073058 - 26073483
Alignment:
| Q |
18 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
117 |
Q |
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| T |
26073058 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
26073157 |
T |
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| Q |
118 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaatctataagag |
217 |
Q |
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| T |
26073158 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaatctataagag |
26073257 |
T |
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| Q |
218 |
ataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaagcactcatatt |
317 |
Q |
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| T |
26073258 |
ataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaagcactcatatt |
26073357 |
T |
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| Q |
318 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
417 |
Q |
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| T |
26073358 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
26073457 |
T |
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| Q |
418 |
gctttacctatggtgtcacccctatg |
443 |
Q |
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| T |
26073458 |
gctttacctatggtgtcacctctatg |
26073483 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 1670644 - 1670219
Alignment:
| Q |
18 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
117 |
Q |
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| T |
1670644 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
1670545 |
T |
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| Q |
118 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaatctataagag |
217 |
Q |
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| T |
1670544 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaatctataagag |
1670445 |
T |
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| Q |
218 |
ataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaagcactcatatt |
317 |
Q |
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| T |
1670444 |
ataatccatcaaaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaagcactcatatt |
1670345 |
T |
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| Q |
318 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
417 |
Q |
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| T |
1670344 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
1670245 |
T |
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| Q |
418 |
gctttacctatggtgtcacccctatg |
443 |
Q |
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| T |
1670244 |
gctttacctatggtgtcacccctatg |
1670219 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 443
Target Start/End: Original strand, 44271835 - 44272260
Alignment:
| Q |
18 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
117 |
Q |
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| T |
44271835 |
gaatgcctcttcatatttagaagctacctccaacattaaatatgtggtattccatcttgttgctacatcaattactaccttttgtgagctagaaatgttt |
44271934 |
T |
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| Q |
118 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatattagaaatggatgaatctataagag |
217 |
Q |
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| T |
44271935 |
gcatctttcacacacactttaaacaatgccaatctagaaggagatgacttaacatgcttgcaagcagccctgatcttagaaatggatgaatctataagag |
44272034 |
T |
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| Q |
218 |
ataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcctctttaagaaagttatttccattccaagcactcatatt |
317 |
Q |
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| T |
44272035 |
ataatccatcagaaacaatcaaattcaagatatgggcacaacaccgcagatgcatatactcccctttaagcaaggtatttccattccaagcactcatatt |
44272134 |
T |
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| Q |
318 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaacagtgcacaatttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
417 |
Q |
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| T |
44272135 |
tctagtcaaataagatagagcaacattattagagctagcattatctactgtaactgtgcacagtttagtaattccccaatctttcaagcatttttctaag |
44272234 |
T |
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| Q |
418 |
gctttacctatggtgtcacccctatg |
443 |
Q |
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| T |
44272235 |
gctttacctatggtgtcacctctatg |
44272260 |
T |
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